单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27707 篇文献，本页显示第 9461 - 9480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9461 | 2024-09-04 |
Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing
2024-07, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13169
PMID:38613320
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了静止期黑色素细胞干细胞的分子异质性 | 发现了静止期黑色素细胞干细胞的新亚群，并预测了其黑色素细胞分化潜能、神经嵴潜能和静止深度 | 研究样本仅来自成年雌性C57BL/6J小鼠的休止期皮肤，可能限制了结果的普遍性 | 评估静止期黑色素细胞干细胞的高分辨率转录组景观 | 静止期黑色素细胞干细胞及其亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自成年雌性C57BL/6J小鼠的休止期皮肤样本 |
| 9462 | 2024-09-04 |
De novo identification of CD4+ T cell epitopes
2024-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02255-0
PMID:38658646
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研究论文 | 本文介绍了使用SABR-IIs平台进行CD4 T细胞抗原发现的方法，该平台能够展示共价连接的肽段并诱导信号传导 | 开发了一种新的SABR-IIs平台，用于快速、灵活、可扩展和多功能的CD4 T细胞配体从头鉴定 | NA | 探索和鉴定CD4 T细胞的抗原特异性 | CD4 T细胞及其抗原识别 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 9463 | 2024-09-04 |
CHAI: Consensus Clustering Through Similarity Matrix Integration for Cell-Type Identification
2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585758
PMID:38562750
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研究论文 | 本文介绍了CHAI方法，通过集成相似矩阵的共识聚类来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型 | CHAI采用了一种众包方法，结合了七种最先进的聚类方法的结果，提供了改进的性能，并支持多组学数据的集成 | NA | 解决在单细胞RNA测序数据分析中选择最佳聚类方法的挑战 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | 多种基准数据集 |
| 9464 | 2024-09-04 |
Reclassify High-Grade Serous Ovarian Cancer Patients Into Different Molecular Subtypes With Discrepancy Prognoses and Therapeutic Responses Based on Cancer-Associated Fibroblast-Enriched Prognostic Genes
2024, Biomedical engineering and computational biology
IF:2.3Q3
DOI:10.1177/11795972241274024
PMID:39221174
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研究论文 | 本研究基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，将高级别浆液性卵巢癌患者重新分类为具有不同预后和治疗反应的分子亚型 | 首次基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因对高级别浆液性卵巢癌患者进行重新分类，并发现这些亚型对传统化疗和免疫治疗的反应存在差异 | 研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚 | 旨在通过癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，筛选出预后不良和治疗反应不佳的高级别浆液性卵巢癌患者 | 高级别浆液性卵巢癌患者及其治疗反应 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 肿瘤组织样本来自TCGA和GEO数据库 |
| 9465 | 2024-09-04 |
Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology
2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572084
PMID:38187541
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研究论文 | 本文提出了一种名为STIE的EM算法，通过将空间转录组数据与基于组织学图像的核形态对齐，实现了单细胞水平的空间转录组解卷积、卷积和聚类。 | STIE算法通过核形态相似性和邻域信息，填补了高达70%的间隙区域，实现了真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积/卷积和聚类。 | NA | 实现单细胞水平的空间转录组分析，提高空间转录组数据的分辨率和准确性。 | 空间转录组数据与组织学图像的核形态对齐，以及单细胞水平的解卷积、卷积和聚类。 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | EM算法 | 空间转录组数据 | NA |
| 9466 | 2024-09-04 |
Convergent alterations in the tumor microenvironment of MYC-driven human and murine prostate cancer
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.07.553268
PMID:37905029
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和分子病理学方法，探讨了MYC驱动的肿瘤微环境在人类和小鼠前列腺癌中的变化 | 首次在MYC驱动的肿瘤微环境中，通过单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠前列腺癌中细胞状态的保守性 | 研究主要依赖于基因工程小鼠模型，可能与人类前列腺癌的实际情况存在差异 | 探究MYC信号激活在前列腺癌肿瘤微环境变化中的作用 | 人类和小鼠的前列腺癌细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | RNA | 涉及人类和小鼠的前列腺癌组织样本 |
| 9467 | 2024-09-04 |
Single-cell RNA sequencing deciphers the mechanism of sepsis-induced liver injury and the therapeutic effects of artesunate
2023-Sep, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-023-01065-y
PMID:37041228
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了脓毒症诱导的肝脏损伤机制及青蒿琥酯的治疗效果 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了脓毒症对肝脏细胞的具体影响，并评估了青蒿琥酯的肝保护作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证 | 探讨脓毒症对肝脏的影响及青蒿琥酯的肝保护机制 | 小鼠肝脏在脓毒症感染后的细胞反应及青蒿琥酯的治疗效果 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 9468 | 2024-09-04 |
miRSCAPE - inferring miRNA expression from scRNA-seq data
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104962
PMID:36060076
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研究论文 | 介绍了一种名为miRSCAPE的新工具，用于从scRNA-seq数据中推断miRNA表达 | miRSCAPE能够准确推断细胞类型特异性的miRNA活性，并在多个肿瘤和正常队列中展示了其优于其他方法的准确性 | NA | 旨在解决标准scRNA-seq协议无法捕获miRNA的问题，并推断miRNA表达 | miRNA在细胞分辨率下的活性 | 生物信息学 | 胰腺癌, 肺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 10个肿瘤和正常队列，两个独立的scRNA-seq数据集，56种人类细胞景观中的细胞类型 |
| 9469 | 2024-09-04 |
Integrative analysis of spatial transcriptome with single-cell transcriptome and single-cell epigenome in mouse lungs after immunization
2022-Sep-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104900
PMID:36039299
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研究论文 | 本研究利用10x Genomics Chromium和Visium平台，对免疫后小鼠肺细胞进行空间转录组与单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的整合分析 | 构建了优化的解卷积流程，准确解析了特定细胞类型的解剖位置组成，发现结合scATAC-seq和scRNA-seq数据能更稳健地识别细胞类型，特别是谱系特异性辅助T细胞 | 本研究为初步研究，样本量较小，未来需在大规模样本中验证结果 | 揭示肺部免疫的空间和细胞类型依赖机制 | 免疫后小鼠肺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 转录组数据 | 免疫后小鼠肺细胞 |
| 9470 | 2024-09-04 |
Identifying potential signatures for atherosclerosis in the context of predictive, preventive, and personalized medicine using integrative bioinformatics approaches and machine-learning strategies
2022-Sep, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-022-00289-y
PMID:36061826
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研究论文 | 本研究利用综合生物信息学方法和机器学习策略，在预测、预防和个性化医学背景下，识别动脉粥样硬化的潜在遗传标志物 | 首次报道DHRS9在动脉粥样硬化形成中的作用，并通过免疫机制揭示其致动脉粥样硬化的效应 | NA | 旨在识别动脉粥样硬化的关键遗传标志物，并探索其潜在的分子免疫机制 | 动脉粥样硬化的遗传标志物及其免疫细胞相关性 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达综合数据库(GEO)、细胞类型识别(CIBERSORT)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习 | 基因表达数据 | 611个差异表达基因，包括361个上调基因和250个下调基因，以及人类和小鼠实验验证 |
| 9471 | 2024-09-04 |
Vesalius: high-resolution in silico anatomization of spatial transcriptomic data using image analysis
2022-09, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202211080
PMID:36065846
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research paper | 本文开发了Vesalius工具，通过应用图像处理技术从空间转录组数据中解析组织解剖结构 | Vesalius能够独特地检测由多种细胞类型组成的区域，并成功恢复了高分辨率空间转录组数据中的组织结构 | NA | 旨在通过空间转录组数据解析组织解剖结构，以深入理解细胞通信、发育和疾病 | 主要研究对象包括小鼠的大脑、胚胎、肝脏和结肠组织 | digital pathology | NA | image processing technology | NA | spatial transcriptomics data | 涉及小鼠大脑、胚胎、肝脏和结肠的高分辨率空间转录组数据 |
| 9472 | 2024-09-04 |
Single cell RNA-seq analysis reveals temporally-regulated and quiescence-regulated gene expression in Drosophila larval neuroblasts
2022-08-24, Neural development
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s13064-022-00163-7
PMID:36002894
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了果蝇幼虫神经母细胞在发育关键时间点的基因表达调控特征 | 发现了多种前体细胞亚型在幼虫发育过程中的基因表达变化，并报道了每类前体细胞的新候选标记物 | NA | 探究神经多样性在发育过程中的生成机制 | 果蝇幼虫中枢神经系统的神经母细胞及其基因表达调控 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个发育关键时间点的果蝇幼虫中枢神经系统样本 |
| 9473 | 2024-09-04 |
Macrophage-Specific, Mafb-Deficient Mice Showed Delayed Skin Wound Healing
2022-Aug-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms23169346
PMID:36012611
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研究论文 | 研究了巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠的皮肤伤口愈合过程 | 首次揭示了MAFB在巨噬细胞中的表达对伤口愈合过程的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨MAFB在巨噬细胞中的作用及其对伤口愈合的影响 | 巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠和对照小鼠的皮肤伤口愈合 | NA | NA | 流式细胞术，免疫组织化学染色，蛋白质组分析，RT-qPCR | NA | 细胞 | 巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠和对照小鼠 |
| 9474 | 2024-09-04 |
Integrated Analysis of Cortex Single-Cell Transcriptome and Serum Proteome Reveals the Novel Biomarkers in Alzheimer's Disease
2022-Aug-01, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci12081022
PMID:36009085
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研究论文 | 本研究通过整合阿尔茨海默病（AD）中的单核RNA测序和血清蛋白质组数据，识别出与AD相关的新型细胞类型特异性生物标志物 | 本研究首次通过整合多组学数据，从大脑和血清中识别出与AD相关的新型细胞类型特异性生物标志物，并通过ELISA验证 | NA | 旨在通过整合多组学方法，探索阿尔茨海默病的新型潜在生物标志物 | 阿尔茨海默病中的神经细胞和血清蛋白质 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、血清蛋白质组学 | NA | RNA、蛋白质 | 30个人类大脑皮质样本和11个血清样本 |
| 9475 | 2024-09-04 |
Ordered and deterministic cancer genome evolution after p53 loss
2022-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-022-05082-5
PMID:35978189
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研究论文 | 本文通过小鼠模型研究了p53失活后的癌症基因组进化模式 | 发现p53失活后的癌症基因组进化具有可预测的顺序性和确定性 | NA | 探究p53失活后的癌症基因组进化模式及其对肿瘤发生的影响 | 小鼠胰腺导管腺癌模型中的单细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 9476 | 2024-09-04 |
Define and visualize pathological architectures of human tissues from spatially resolved transcriptomics using deep learning
2022, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2022.08.029
PMID:36090815
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESEPT的深度学习框架，用于从空间转录组学数据中表征和可视化组织结构 | RESEPT能够通过空间保留的图神经网络学习三维嵌入，并将嵌入映射到RGB图像中进行可视化，从而准确地推断和可视化组织结构 | NA | 开发一种新的计算框架，以从空间转录组学数据中揭示复杂人类疾病的病理结构和功能分区 | 人类和鼠类皮质组织的空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络，卷积神经网络 | 基因表达数据 | 基于10x Genomics Visium空间转录组学数据集的多个样本，包括人类和鼠类皮质组织以及自家的阿尔茨海默病样本和胶质母细胞瘤样本 |
| 9477 | 2024-09-04 |
Bioinformatics analysis identified apolipoprotein E as a hub gene regulating neuroinflammation in macrophages and microglia following spinal cord injury
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964138
PMID:36091018
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析单细胞RNA测序数据集GSE159638，鉴定了载脂蛋白E（APOE）作为调节脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的关键基因 | 首次通过单细胞分析揭示了APOE在脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中的中心作用，并验证了其在小鼠模型中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在更多种类的模型中验证APOE的作用 | 探讨脊髓损伤后巨噬细胞和微胶质细胞中神经炎症的调节机制 | 巨噬细胞和微胶质细胞在脊髓损伤后的神经炎症反应 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数据集GSE159638中的单细胞RNA测序数据 |
| 9478 | 2024-09-04 |
Deciphering colorectal cancer immune microenvironment transcriptional landscape on single cell resolution - A role for immunotherapy
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.959705
PMID:36032085
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结直肠癌（CRC）免疫微环境研究中的应用，探讨其在精准免疫治疗发展中的潜力 | 介绍了scRNA-seq技术在揭示复杂生物系统如癌症和免疫系统中细胞异质性的重要性，以及其在个性化药物开发中的应用 | NA | 探讨scRNA-seq在结直肠癌精准免疫治疗中的应用潜力 | 结直肠癌的免疫微环境和治疗抵抗机制 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 9479 | 2024-09-04 |
Sampling and ranking spatial transcriptomics data embeddings to identify tissue architecture
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.912813
PMID:36035139
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研究论文 | 本文开发了一种名为MP-MIM的嵌入评估方法，结合基于消息传递的嵌入转换和空间自相关分析，用于选择有效的嵌入以推断组织架构 | 提出了一种新的嵌入评估方法MP-MIM，该方法结合了消息传递和空间自相关分析，以提高空间转录组数据分析的准确性 | NA | 开发一种新的方法来选择新的测试数据的有效嵌入，并提高深度学习工具在空间转录组分析中的可用性 | 空间转录组数据嵌入的选择和排名 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络 | 基因表达数据 | 16个来自人类大脑的空间转录组样本 |
| 9480 | 2024-09-04 |
SETD2 regulates gene transcription patterns and is associated with radiosensitivity in lung adenocarcinoma
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.935601
PMID:36035179
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研究论文 | 研究探讨了SETD2在肺腺癌中的作用及其与放射敏感性的关联 | 首次揭示SETD2作为放射敏感性标志物，并通过多组学分析展示了SETD2增强染色质可及性和基因转录的模式 | 研究主要集中在细胞和分子层面，临床验证和实际应用效果需进一步研究 | 识别与肺腺癌放射敏感性相关的表观遗传生物标志物，以促进精准医学 | 肺腺癌及其放射敏感性 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及肺腺癌的批量RNA测序和单细胞RNA测序 |