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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9441 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomic insights into glioma cellular heterogeneity and metabolic adaptations
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561388
PMID:40255400
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综述 | 整合单细胞和空间转录组技术解析胶质母细胞瘤的细胞异质性与代谢重编程 | 首次系统整合单细胞RNA测序与空间转录组技术揭示胶质瘤细胞亚群的空间分布特征及其代谢适应性 | 存在代谢冗余和时空动态变化等未解决挑战 | 解码胶质母细胞瘤代谢景观并探索新型治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞亚群(恶性增殖细胞、干细胞样细胞、间充质样细胞、免疫相关细胞) | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
9442 | 2025-10-07 |
Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S508311
PMID:40255660
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研究论文 | 比较肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的单核细胞和炎症生物标志物的纵向变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示高碳酸血症患者单核细胞表型和细胞因子风暴基因的独特变化模式 | 样本量相对较小(61例患者),研究时间较短(仅7天随访) | 探究高碳酸血症在肺炎败血症诱发ARDS中的免疫学机制 | 肺炎败血症诱发的ARDS患者,包括高碳酸血症和非高碳酸血症两组 | 单细胞组学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,临床数据 | 61例重症肺炎患者(11例非败血症对照,50例ARDS患者,其中26例高碳酸血症) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9443 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622
PMID:40256656
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研究论文 | 通过整合多组学分析揭示乳酸化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义 | 首次系统研究乳酸化相关基因在乳腺癌中的作用,发现PRDX1是关键基因,并构建了基于PRDX1阳性单核细胞的预后预测模型 | 需要进一步整合其他生物标志物以提高个性化医疗的精确度 | 研究乳酸化相关基因在乳腺癌中的调控机制和预后意义 | 乳腺癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 多组学分析,包括GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序 | Cox回归,LASSO回归 | 基因组数据,转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个乳腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
9444 | 2025-10-07 |
Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/5531382
PMID:40256686
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨血浆置换前后ANCA相关性血管炎患者外周血免疫细胞的变化 | 开发了新的单核细胞分类方法,并发现特定单核细胞亚群与AAV疾病活动性的相关性 | 样本量有限,机制研究仍需深入验证 | 阐明血浆置换治疗ANCA相关性血管炎的免疫机制 | ANCA相关性血管炎患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | ANCA相关性血管炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | AAV患者治疗前后配对样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9445 | 2025-10-07 |
Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19241
PMID:40256737
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研究论文 | 系统评估七种解卷积方法在识别血浆游离RNA组织或细胞来源方面的性能 | 首次综合比较多种解卷积方法在cfRNA溯源分析中的表现,并采用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估 | 未明确说明样本规模和具体疾病类型,评估方法可能受限于现有数据集的完整性 | 评估不同解卷积方法在识别血浆游离RNA组织细胞来源方面的准确性和稳健性 | 血浆游离RNA及其组织细胞来源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 解卷积算法 | 七种不同的解卷积方法 | RNA测序数据, 模拟cfRNA数据, 真实血浆cfRNA数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9446 | 2025-10-07 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-05-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c01401
PMID:38751164
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脐带间充质基质细胞来源的细胞外囊泡诱导胎儿样伤口愈合特征 | 首次发现hucMSC-EVs诱导产生造血性成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞,并揭示其通过PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路激活的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值仍需验证 | 探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制 | 小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠伤口组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9447 | 2025-10-07 |
A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging
2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.01.583001
PMID:38496474
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研究论文 | 通过构建包含2000多万个细胞的小鼠单细胞转录组图谱,全面揭示哺乳动物衰老过程中的细胞群体动态变化 | 首次提供了跨器官、生命周期、性别和基因型的全景式细胞群体动态视图,识别了200多个与衰老相关的细胞群体变化 | 研究局限于小鼠模型,人类组织的验证仍需进一步研究 | 阐明哺乳动物全身衰老相关的细胞群体动态变化 | 小鼠多种器官组织在不同生命阶段、性别和基因型的细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 623个小鼠组织样本,超过2000万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9448 | 2025-10-07 |
Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.22.576756
PMID:38405830
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研究论文 | 开发了一种在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异的方法,并实现单细胞水平的分析 | 创建了基于shuffle cassette整合和Cre-loxP重组的SV生成系统,首次实现在单次实验中诱导数千个基因组SV,并能在单细胞RNA测序数据中鉴定SV基因型 | 诱导的SV会随时间从细胞群体中快速耗竭,可能由于Cre介导的毒性和/或重排本身的负向选择 | 系统探索结构变异对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, Cre-loxP位点特异性重组, T7介导的体外转录 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 概念验证实验中诱导了数千个基因组SV | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9449 | 2025-10-07 |
Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2023-12-06, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-023-00588-7
PMID:38057716
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研究论文 | 通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因 | 首次通过整合RNA测序数据和溶酶体相关基因数据库,筛选出与脓毒症预后相关的四个核心基因 | 样本量较小(22例患者和10例正常对照),需要更大规模研究验证 | 筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因,为溶酶体靶向治疗提供方向 | 脓毒症患者和正常对照者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 22例脓毒症患者和10例正常对照 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
9450 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析癌症和溃疡性结肠炎中细胞类型特异性网络的拓扑结构变化 | 首次在个体水平利用单细胞RNA测序数据构建细胞类型特异性网络,分析不同病理状态下网络拓扑特征的变化 | 仅使用四个公开数据集,样本量有限;分析方法依赖于特定的软件包 | 探究不同病理状态下细胞类型特异性网络拓扑特征的变化规律 | 癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络、共表达网络 | 单细胞转录组数据 | 四个公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9451 | 2025-10-07 |
Multiple omics-based machine learning reveals specific macrophage sub-clusters in renal ischemia-reperfusion injury and constructs predictive models for transplant outcomes
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学机器学习方法揭示肾脏缺血再灌注损伤中特定的巨噬细胞亚群,并构建移植结局预测模型 | 创新性地将基因表达矩阵转换为图形像素模块并应用计算机视觉算法构建DGF预测模型,同时使用10种机器学习算法的111种组合开发移植物存活预测特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 分析巨噬细胞在IRI中的发育分化特征,识别IRI分子亚型,建立DGF和移植物存活的预测策略 | 肾脏缺血再灌注损伤患者和小鼠模型 | 机器学习,计算机视觉 | 肾脏疾病 | scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qRT-PCR, WB, IHC | 深度学习算法,随机生存森林,hdWGCNA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,图像数据 | GEO数据库中的scRNA-Seq数据和小鼠IRI模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9452 | 2025-10-07 |
scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data
2025-May, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068
PMID:40158457
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研究论文 | 开发了一种基于孪生网络的scRCA流程,用于使用有噪声的单细胞RNA-seq参考数据准确注释细胞类型 | 首次构建了能够处理参考数据中固有标注错误的计算流程,并开发了解释器评估注释可靠性 | NA | 开发高质量细胞类型注释的计算流程,解决参考数据中噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 孪生网络 | 基因表达数据 | 14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9453 | 2025-10-07 |
Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins
2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00375.2024
PMID:40183687
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研究论文 | 本研究探讨了兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和功能性实验证明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的刺激依赖性作用 | 研究主要基于离体肺切片模型,可能无法完全反映体内生理环境 | 阐明兰尼碱受体在小肺静脉平滑肌细胞收缩机制中的作用 | 人和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞 | 分子生物学 | 肺血管疾病 | 单细胞RNA测序, 离体精准肺切片模型 | NA | 基因表达数据, 功能实验数据 | 人和大鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9454 | 2025-10-07 |
Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B
2025-May, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70360
PMID:40255189
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析慢性乙型肝炎患者外周血免疫细胞的组成和转录差异 | 发现新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞群体在严重CHB患者中富集,揭示了免疫耗竭和免疫逃逸机制 | 样本量相对有限,主要关注外周血免疫细胞而未深入分析肝脏局部免疫环境 | 研究慢性乙型肝炎患者的免疫反应失调机制 | 慢性乙型肝炎患者和健康供体的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者和健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9455 | 2025-10-07 |
Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa
2025-Apr-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600
PMID:39874500
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研究论文 | 通过整合集落形成实验与单细胞RNA测序技术,解析干扰素α治疗真性红细胞增多症的克隆异质性机制 | 首次结合集落形成实验与单细胞RNA测序揭示IFN-α通过靶向核糖体基因诱导特定克隆凋亡的治疗机制 | 样本量有限,未涉及其他MPN亚型,机制研究仍需进一步验证 | 探究IFN-α治疗真性红细胞增多症的分子响应机制和克隆异质性 | 真性红细胞增多症患者来源细胞与健康对照细胞 | 单细胞组学 | 真性红细胞增多症 | 单细胞RNA测序,集落形成实验,基因分型 | NA | 单细胞转录组数据 | PV患者和健康对照的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9456 | 2025-10-07 |
GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data
2025-Apr-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06116-1
PMID:40251476
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研究论文 | 提出一种基于图表示学习的深度学习模型GRLGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 使用图变换器网络从先验基因调控网络中提取隐含链接,结合注意力机制改进特征提取,实现基因调控关系的预测 | 未明确说明模型在处理高度稀疏单细胞数据时的具体限制 | 从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因之间的调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图变换器网络, 注意力机制 | 基因表达谱数据 | 7个细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9457 | 2025-10-07 |
Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v
2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010736
PMID:40250867
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研究论文 | 本文介绍了一种新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201,通过顺式作用机制展示出优于PD1-IL2v的抗肿瘤活性 | 开发了新型顺式作用免疫细胞因子SOT201,通过PD-1靶向递送减毒IL-15,能更有效地重新激活耗竭CD8+ T细胞 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型,临床疗效需进一步验证 | 评估新型PD-1靶向免疫细胞因子SOT201的抗肿瘤疗效和作用机制 | 人类外周血单核细胞、细胞系及小鼠肿瘤模型(MC38、CT26、B16F10、CT26 STK11 KO) | 免疫治疗 | 晚期转移性癌症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种小鼠肿瘤模型及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9458 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells
2025-Apr-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-97804-8
PMID:40240536
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞诱导的关键免疫原性特征 | 首次全面研究寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤的转录组反应,并发现TNF-α信号通路在溶瘤作用中的关键作用 | 分子机制尚未完全阐明,需要进一步实验验证 | 探究溶瘤寨卡病毒感染儿童脑肿瘤细胞的分子机制和免疫反应特征 | 儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎样横纹肌样瘤细胞 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 转录组分析, 49-plex ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析 | NA | NA |
9459 | 2025-10-07 |
JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway
2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010783
PMID:40199606
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研究论文 | 本研究揭示了外周T细胞淋巴瘤中JAK3 A573V和M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导抗PD-1治疗耐药的新机制 | 首次发现JAK3特异性突变(A573V和M511I)通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药,并证明Tofacitinib对JAK3突变患者更有效 | 研究样本量相对有限(109例患者),且为观察性研究,需要更大规模临床试验验证 | 阐明外周T细胞淋巴瘤抗PD-1治疗耐药的分子机制 | 复发/难治性外周T细胞淋巴瘤患者和细胞系模型 | 肿瘤免疫学 | 外周T细胞淋巴瘤 | 靶向二代测序, 单细胞转录组学, 蛋白质印迹, 流式细胞术 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 109例r/r PTCL患者 | NA | 单细胞转录组学, 靶向测序 | NA | NA |
9460 | 2025-10-07 |
Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08656-1
PMID:40011786
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研究论文 | 开发TACIT方法实现小鼠早期胚胎七种组蛋白修饰的单细胞全基因组覆盖分析 | 开发了TACIT方法首次实现单细胞水平七种组蛋白修饰的全基因组覆盖分析,建立了多模态染色质状态注释系统 | 研究仅限于小鼠早期胚胎发育阶段,尚未在其他物种或发育阶段验证 | 探索早期胚胎发育过程中的表观遗传重编程和细胞命运决定机制 | 小鼠早期胚胎(从受精到囊胚形成阶段) | 发育生物学 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析,单细胞RNA测序,CRISPR激活 | 机器学习 | 表观基因组数据,转录组数据 | 小鼠早期胚胎单细胞 | NA | 单细胞组蛋白修饰分析,单细胞RNA-seq | NA | NA |