本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
9441 | 2025-10-07 |
Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2023_502
PMID:37930627
|
研究论文 | 本文描述了利用单细胞RNA测序技术研究角膜缘上皮干细胞群及自噬对其功能影响的实验方案 | 开发了角膜/角膜缘组织活细胞单细胞悬液分离方案,并应用于自噬缺陷模型研究 | NA | 研究自噬对角膜缘上皮干细胞功能的贡献 | 小鼠角膜缘上皮干细胞 | 单细胞测序 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9442 | 2025-10-07 |
Identification and Characterization of Prognostic Macrophage Subpopulations for Human Esophageal Carcinoma
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析食管癌组织中巨噬细胞的异质性、分化轨迹和细胞间通讯,并鉴定出一个与预后相关的巨噬细胞亚型 | 首次在单细胞水平系统分析食管癌中巨噬细胞的多样性,鉴定出HSPA6+巨噬细胞这一预后相关亚型,并揭示其与肥大细胞和单核细胞的通讯增强 | 研究基于公共数据库的scRNA-seq数据,样本量有限,需要进一步实验验证 | 分析食管癌中巨噬细胞的多样性、分化轨迹和细胞间通讯及其预后意义 | 食管癌组织和癌旁组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle2, Cell Chat | 单细胞RNA测序数据 | GSE154763数据集中的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9443 | 2025-10-07 |
Comprehensive multiomics analysis identifies PYCARD as a key pyroptosis-related gene in osteoarthritis synovial macrophages
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1558139
PMID:40196125
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析确定了PYCARD是骨关节炎滑膜巨噬细胞中关键的焦亡相关基因 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,系统识别了骨关节炎中巨噬细胞焦亡的核心基因PYCARD | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证PYCARD在骨关节炎发病机制中的具体作用 | 探索焦亡在骨关节炎发病机制中的作用,并识别关键治疗靶点 | 骨关节炎患者的滑膜组织和滑膜巨噬细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归, 蛋白互作网络分析, 富集分析 | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
9444 | 2025-10-07 |
Two chemotherapeutic agents expand stem-like CD62L+CD8+ T cells in antitumor immune responses
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1533857
PMID:40236705
|
研究论文 | 本研究揭示两种化疗药物地西他滨和5-氟尿嘧啶能够通过扩增干细胞样CD8+T细胞增强抗肿瘤免疫反应 | 首次阐明化疗药物通过促进干细胞样CD8+T细胞分化扩增来增强抗肿瘤免疫的新机制,并发现转录因子Eomes在此过程中的特异性调控作用 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型,人类临床相关性需进一步验证;Eomes敲除仅部分影响地西他滨的作用机制 | 探究化疗药物对干细胞样CD8+T细胞亚群在抗肿瘤免疫应答中的调控作用 | 结直肠癌患者样本、野生型和Eomes条件性敲除小鼠的CT26和B16肿瘤模型 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞测序、流式细胞术 | NA | 单细胞测序数据、流式细胞数据 | 人类结直肠肿瘤样本、小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9445 | 2025-10-07 |
Repertoire-based mapping and time-tracking of T helper cell subsets in scRNA-Seq
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1536302
PMID:40255395
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用免疫受体库数据将表型分选的T辅助细胞亚群映射到单细胞RNA测序谱的方法 | 开发了TCR-Track方法,利用免疫受体库数据精确映射T辅助细胞亚群,优于基于CITE-Seq的映射方法 | 研究样本数量有限,仅包含122名供体 | 解析单细胞RNA测序聚类与传统表征的T辅助细胞亚群之间的关系 | CD4+ T辅助细胞亚群 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,CITE-Seq,免疫受体库分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫受体库数据 | 122名供体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9446 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatial transcriptomic insights into glioma cellular heterogeneity and metabolic adaptations
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1561388
PMID:40255400
|
综述 | 整合单细胞和空间转录组技术解析胶质母细胞瘤的细胞异质性与代谢重编程 | 首次系统整合单细胞RNA测序与空间转录组技术揭示胶质瘤细胞亚群的空间分布特征及其代谢适应性 | 存在代谢冗余和时空动态变化等未解决挑战 | 解码胶质母细胞瘤代谢景观并探索新型治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞亚群(恶性增殖细胞、干细胞样细胞、间充质样细胞、免疫相关细胞) | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
9447 | 2025-10-07 |
Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S508311
PMID:40255660
|
研究论文 | 比较肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的单核细胞和炎症生物标志物的纵向变化 | 首次通过单细胞RNA测序揭示高碳酸血症患者单核细胞表型和细胞因子风暴基因的独特变化模式 | 样本量相对较小(61例患者),研究时间较短(仅7天随访) | 探究高碳酸血症在肺炎败血症诱发ARDS中的免疫学机制 | 肺炎败血症诱发的ARDS患者,包括高碳酸血症和非高碳酸血症两组 | 单细胞组学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,临床数据 | 61例重症肺炎患者(11例非败血症对照,50例ARDS患者,其中26例高碳酸血症) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9448 | 2025-10-07 |
Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622
PMID:40256656
|
研究论文 | 通过整合多组学分析揭示乳酸化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义 | 首次系统研究乳酸化相关基因在乳腺癌中的作用,发现PRDX1是关键基因,并构建了基于PRDX1阳性单核细胞的预后预测模型 | 需要进一步整合其他生物标志物以提高个性化医疗的精确度 | 研究乳酸化相关基因在乳腺癌中的调控机制和预后意义 | 乳腺癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 多组学分析,包括GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序 | Cox回归,LASSO回归 | 基因组数据,转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个乳腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
9449 | 2025-10-07 |
Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/5531382
PMID:40256686
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析探讨血浆置换前后ANCA相关性血管炎患者外周血免疫细胞的变化 | 开发了新的单核细胞分类方法,并发现特定单核细胞亚群与AAV疾病活动性的相关性 | 样本量有限,机制研究仍需深入验证 | 阐明血浆置换治疗ANCA相关性血管炎的免疫机制 | ANCA相关性血管炎患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | ANCA相关性血管炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | AAV患者治疗前后配对样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9450 | 2025-10-07 |
Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19241
PMID:40256737
|
研究论文 | 系统评估七种解卷积方法在识别血浆游离RNA组织或细胞来源方面的性能 | 首次综合比较多种解卷积方法在cfRNA溯源分析中的表现,并采用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估 | 未明确说明样本规模和具体疾病类型,评估方法可能受限于现有数据集的完整性 | 评估不同解卷积方法在识别血浆游离RNA组织细胞来源方面的准确性和稳健性 | 血浆游离RNA及其组织细胞来源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 解卷积算法 | 七种不同的解卷积方法 | RNA测序数据, 模拟cfRNA数据, 真实血浆cfRNA数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9451 | 2025-10-07 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-05-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c01401
PMID:38751164
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脐带间充质基质细胞来源的细胞外囊泡诱导胎儿样伤口愈合特征 | 首次发现hucMSC-EVs诱导产生造血性成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞,并揭示其通过PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路激活的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值仍需验证 | 探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制 | 小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠伤口组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9452 | 2025-10-07 |
A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging
2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.01.583001
PMID:38496474
|
研究论文 | 通过构建包含2000多万个细胞的小鼠单细胞转录组图谱,全面揭示哺乳动物衰老过程中的细胞群体动态变化 | 首次提供了跨器官、生命周期、性别和基因型的全景式细胞群体动态视图,识别了200多个与衰老相关的细胞群体变化 | 研究局限于小鼠模型,人类组织的验证仍需进一步研究 | 阐明哺乳动物全身衰老相关的细胞群体动态变化 | 小鼠多种器官组织在不同生命阶段、性别和基因型的细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 623个小鼠组织样本,超过2000万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9453 | 2025-10-07 |
Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.22.576756
PMID:38405830
|
研究论文 | 开发了一种在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异的方法,并实现单细胞水平的分析 | 创建了基于shuffle cassette整合和Cre-loxP重组的SV生成系统,首次实现在单次实验中诱导数千个基因组SV,并能在单细胞RNA测序数据中鉴定SV基因型 | 诱导的SV会随时间从细胞群体中快速耗竭,可能由于Cre介导的毒性和/或重排本身的负向选择 | 系统探索结构变异对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, Cre-loxP位点特异性重组, T7介导的体外转录 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 概念验证实验中诱导了数千个基因组SV | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9454 | 2025-10-07 |
Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2023-12-06, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-023-00588-7
PMID:38057716
|
研究论文 | 通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因 | 首次通过整合RNA测序数据和溶酶体相关基因数据库,筛选出与脓毒症预后相关的四个核心基因 | 样本量较小(22例患者和10例正常对照),需要更大规模研究验证 | 筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因,为溶酶体靶向治疗提供方向 | 脓毒症患者和正常对照者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 22例脓毒症患者和10例正常对照 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
9455 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析癌症和溃疡性结肠炎中细胞类型特异性网络的拓扑结构变化 | 首次在个体水平利用单细胞RNA测序数据构建细胞类型特异性网络,分析不同病理状态下网络拓扑特征的变化 | 仅使用四个公开数据集,样本量有限;分析方法依赖于特定的软件包 | 探究不同病理状态下细胞类型特异性网络拓扑特征的变化规律 | 癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络、共表达网络 | 单细胞转录组数据 | 四个公开scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9456 | 2025-10-07 |
Multiple omics-based machine learning reveals specific macrophage sub-clusters in renal ischemia-reperfusion injury and constructs predictive models for transplant outcomes
2025-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过多组学机器学习方法揭示肾脏缺血再灌注损伤中特定的巨噬细胞亚群,并构建移植结局预测模型 | 创新性地将基因表达矩阵转换为图形像素模块并应用计算机视觉算法构建DGF预测模型,同时使用10种机器学习算法的111种组合开发移植物存活预测特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 分析巨噬细胞在IRI中的发育分化特征,识别IRI分子亚型,建立DGF和移植物存活的预测策略 | 肾脏缺血再灌注损伤患者和小鼠模型 | 机器学习,计算机视觉 | 肾脏疾病 | scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qRT-PCR, WB, IHC | 深度学习算法,随机生存森林,hdWGCNA | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,图像数据 | GEO数据库中的scRNA-Seq数据和小鼠IRI模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9457 | 2025-10-07 |
scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data
2025-May, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068
PMID:40158457
|
研究论文 | 开发了一种基于孪生网络的scRCA流程,用于使用有噪声的单细胞RNA-seq参考数据准确注释细胞类型 | 首次构建了能够处理参考数据中固有标注错误的计算流程,并开发了解释器评估注释可靠性 | NA | 开发高质量细胞类型注释的计算流程,解决参考数据中噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 孪生网络 | 基因表达数据 | 14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9458 | 2025-10-07 |
Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins
2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00375.2024
PMID:40183687
|
研究论文 | 本研究探讨了兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和功能性实验证明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的刺激依赖性作用 | 研究主要基于离体肺切片模型,可能无法完全反映体内生理环境 | 阐明兰尼碱受体在小肺静脉平滑肌细胞收缩机制中的作用 | 人和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞 | 分子生物学 | 肺血管疾病 | 单细胞RNA测序, 离体精准肺切片模型 | NA | 基因表达数据, 功能实验数据 | 人和大鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9459 | 2025-10-07 |
Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B
2025-May, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70360
PMID:40255189
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析慢性乙型肝炎患者外周血免疫细胞的组成和转录差异 | 发现新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞群体在严重CHB患者中富集,揭示了免疫耗竭和免疫逃逸机制 | 样本量相对有限,主要关注外周血免疫细胞而未深入分析肝脏局部免疫环境 | 研究慢性乙型肝炎患者的免疫反应失调机制 | 慢性乙型肝炎患者和健康供体的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性乙型肝炎患者和健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9460 | 2025-10-07 |
Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa
2025-Apr-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600
PMID:39874500
|
研究论文 | 通过整合集落形成实验与单细胞RNA测序技术,解析干扰素α治疗真性红细胞增多症的克隆异质性机制 | 首次结合集落形成实验与单细胞RNA测序揭示IFN-α通过靶向核糖体基因诱导特定克隆凋亡的治疗机制 | 样本量有限,未涉及其他MPN亚型,机制研究仍需进一步验证 | 探究IFN-α治疗真性红细胞增多症的分子响应机制和克隆异质性 | 真性红细胞增多症患者来源细胞与健康对照细胞 | 单细胞组学 | 真性红细胞增多症 | 单细胞RNA测序,集落形成实验,基因分型 | NA | 单细胞转录组数据 | PV患者和健康对照的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |