单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9441	2024-08-24	scX: a user-friendly tool for scRNAseq exploration 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae062 PMID:38779177	research paper	本文介绍了一个名为scX的R包，该包基于Shiny框架，旨在简化单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的分析、探索和可视化	scX提供了一个交互式图形界面，简化了scRNAseq分析的复杂性，并能与常用的单细胞数据对象Seurat和SingleCellExperiment无缝集成	NA	开发一个用户友好的工具，用于简化单细胞RNA测序数据的探索和分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNAseq	NA	基因表达数据	NA
9442	2024-08-24	Constructing immune and prognostic features associated with ADCP in hepatocellular carcinoma and pan-cancer based on scRNA-seq and bulk RNA-seq 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1397541 PMID:38774870	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选与肝细胞癌（LIHC）中抗体依赖性细胞吞噬作用（ADCP）相关的免疫调节因子和预后基因，构建基于ADCP的LIHC风险评分模型。	本研究首次在肝细胞癌中识别出与ADCP相关的关键基因GYPA、CLDN18和IRX5，并验证了这些基因与免疫浸润细胞和免疫治疗效果的相关性。	研究主要基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，未涉及临床试验验证，未来需进一步的临床研究来验证这些发现。	开发基于ADCP的肝细胞癌风险分层系统和筛选相关靶点。	肝细胞癌（LIHC）及其相关免疫治疗靶点。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA测序数据	涉及肝细胞癌组织和细胞样本，具体数量未详细说明。
9443	2024-08-24	Hub genes identification and validation of ferroptosis in SARS-CoV-2 induced ARDS: perspective from transcriptome analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1407924 PMID:39170609	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了SARS-CoV-2诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中铁死亡相关枢纽基因的鉴定与验证	本研究首次鉴定了与SARS-CoV-2诱导的ARDS中铁死亡相关的枢纽基因MTF1、SAT1和TXN，并提供了免疫治疗和靶向治疗的潜在目标	需要进一步的实验验证来巩固这些发现并探索针对COVID-19背景下ARDS的治疗干预措施	理解COVID-19患者中ARDS的潜在机制，为临床治疗提供有效策略	SARS-CoV-2诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异基因表达分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	916个差异表达基因，15个枢纽基因，BEAS-2B细胞体外模型
9444	2024-08-24	EMT-related gene classifications predict the prognosis, immune infiltration, and therapeutic response of osteosarcoma 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1419040 PMID:39170698	研究论文	本研究通过整合上皮-间质转化相关基因（EMT-RGs）来预测骨肉瘤（OS）患者的预后、免疫浸润和治疗反应	开发了一种新的上皮-间质转化相关风险特征，可作为骨肉瘤的独立预测因子	NA	旨在通过整合上皮-间质转化相关基因来预测骨肉瘤患者的预后、免疫浸润和治疗反应	骨肉瘤患者	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	53个与预后相关的上皮-间质转化相关基因
9445	2024-08-24	Integrated multi-omics analyses identify key anti-viral host factors and pathways controlling SARS-CoV-2 infection 2022-Aug-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-1910932/v1 PMID:36032971	研究论文	本研究通过全基因组CRISPR敲除筛选和多组学数据的综合分析，揭示了控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和途径	本研究发现了先前研究中遗漏的多个宿主因子，包括V-ATP酶、ESCRT和N-糖基化途径的成分，以及作为新型抗病毒途径的凝聚体复合物	NA	揭示控制SARS-CoV-2感染的关键抗病毒宿主因子和途径	SARS-CoV-2感染的抗病毒宿主因子和途径	基因组学	COVID-19	CRISPR, 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 宿主-病毒蛋白质或蛋白质/RNA相互作用组	NA	多组学数据	NA
9446	2024-08-24	Organizing your space: The potential for integrating spatial transcriptomics and 3D imaging data in plants 2022-02-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiab508 PMID:34726737	综述	本文综述了空间转录组学和三维成像技术在植物学中的集成应用	探讨了将空间转录组学与三维成像技术结合，以提供高分辨率、空间有序的植物组织转录图谱的可能性	NA	旨在探讨如何通过集成空间转录组学和三维成像技术，全面理解植物基因在组织和器官层面的调控	植物细胞间的信息交流及其对发育和外部压力响应的调控机制	数字病理学	NA	空间转录组学, 三维成像技术	NA	基因表达数据, 细胞形态数据	NA
9447	2024-08-24	Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development 2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-021-00590-w PMID:34045724	研究论文	本研究利用2细胞样细胞（2CLCs）进行小分子筛选，以识别调控2细胞阶段程序的新途径，并发现视黄酸（RA）信号传导途径在胚胎中全能细胞调控电路中的关键作用	首次识别视黄酸作为2CLCs的强效诱导剂，并揭示了其在调控胚胎全能细胞中的关键作用	NA	开发模拟全能细胞特征的细胞模型，并探索调控早期胚胎发育的途径	2细胞样细胞（2CLCs）和视黄酸信号传导途径	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
9448	2024-08-23	Comparison among different preclinical models derived from the same patient with a non-functional pancreatic neuroendocrine tumor 2024-Sep, Human cell IF:3.4Q3 DOI:10.1007/s13577-024-01107-5 PMID:39078546	research paper	本文比较了从同一非功能性胰腺神经内分泌肿瘤患者中衍生出的不同临床前模型	成功构建了患者来源的类器官和患者来源的异种移植模型，并提供了新的肿瘤建模平台	NA	深入研究胰腺神经内分泌肿瘤的分子生物学机制	胰腺神经内分泌肿瘤的临床前模型	digital pathology	胰腺肿瘤	免疫组织化学、全外显子测序、单细胞转录组测序	NA	组织	来自同一患者的多个模型
9449	2024-08-23	Integrative analysis of long isoform sequencing and functional data identifies distinct cortical layer neuronal subtypes derived from human iPSCs 2024-Sep-01, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00045.2024 PMID:38988287	研究论文	本文比较了两种不同培养基中人诱导多能干细胞（iPSCs）向神经元分化的效率，并使用长读单细胞RNA测序验证了不同皮质层神经元亚型的存在	提出了一种时间效率高且稳健的神经元分化方法，能够在较短时间内高效生成功能性皮质层神经元	低分化效率是现有协议的主要缺点	研究iPSCs向神经元分化的效率，并验证生成的神经元的功能性	人诱导多能干细胞（iPSCs）及其向神经元分化的过程	再生医学	NA	长读单细胞RNA测序	NA	RNA	30天和35天的神经元培养物
9450	2024-08-23	Multicellular 3D bioprinted human gallbladder carcinoma forin vitromimicry of tumor microenvironment and intratumoral heterogeneity 2024-Aug-22, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/ad6d8c PMID:39121870	研究论文	本研究利用三维生物打印技术构建了多细胞的人类胆囊癌模型，以模拟肿瘤微环境和肿瘤内异质性	采用三维生物打印技术构建了高吞吐量和高保真的多细胞胆囊癌模型，能够更真实地重现肿瘤微环境	NA	研究胆囊癌的肿瘤微环境和肿瘤内异质性	胆囊癌的多细胞模型	数字病理学	胆囊癌	三维生物打印	NA	细胞	包含胆囊癌细胞、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞的多细胞模型
9451	2024-08-23	Microglia-specific IL-10 gene delivery inhibits neuroinflammation and neurodegeneration in a mouse model of Parkinson's disease 2024-Aug-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm8563 PMID:39167665	研究论文	本研究探讨了通过微胶质细胞特异性IL-10基因传递抑制帕金森病小鼠模型中的神经炎症和神经退行性变	验证了一种病毒疗法，通过微胶质细胞特异性表达白细胞介素10（IL-10）来选择性减轻过度的炎症反应	NA	研究如何有效恢复正常免疫反应，以减轻帕金森病中的神经炎症和神经退行性变	帕金森病小鼠模型中的神经炎症和多巴胺能神经元损失	NA	帕金森病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个常用的帕金森病小鼠模型
9452	2024-08-23	Single-cell RNA sequencing of OSCC primary tumors and lymph nodes reveals distinct origin and phenotype of fibroblasts 2024-Aug-20, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217180 PMID:39154702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了口腔鳞状细胞癌（OSCC）原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	首次系统地研究了OSCC中淋巴结转移灶内成纤维细胞的表型和功能异质性，并揭示了两种不同亚型的癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）的起源	研究样本仅限于三名OSCC患者，可能影响结果的普遍性	探究OSCC中原发肿瘤和淋巴结中成纤维细胞的表型、功能和起源差异	口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的成纤维细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	44,052个成纤维细胞
9453	2024-08-23	Targeting treatment resistance: unveiling the potential of RNA methylation regulators and TG-101,209 in pan-cancer neoadjuvant therapy 2024-Aug-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03111-x PMID:39160604	研究论文	本研究探讨了RNA甲基化调控因子（RMRs）和TG-101,209在泛癌新辅助治疗中的潜在作用	揭示了RMRs在泛癌新辅助治疗中的预测作用，并验证了JAK抑制剂TG-101,209对高RMR表达肿瘤的免疫微环境的影响	需要进一步的验证研究以全面理解RNA甲基化调控因子在临床应用中的效用及其对患者预后的影响	研究RMRs在泛癌新辅助治疗中的作用，并探索TG-101,209作为辅助治疗策略的效果	泛癌患者的新辅助化疗和免疫治疗效果	数字病理学	NA	单细胞转录组学、全基因组测序、RNA测序、蛋白质组学、机器学习	机器学习算法	单细胞测序数据、多组学数据	泛癌队列
9454	2024-08-23	Deciphering cell-cell communication at single-cell resolution for spatial transcriptomics with subgraph-based graph attention network 2024-Aug-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51329-2 PMID:39155292	研究论文	本文介绍了一种名为DeepTalk的方法，通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据，利用基于子图的图注意力网络（GAT）来推断空间细胞间通信（CCC）	DeepTalk通过基于子图的GAT在多个层次上捕捉细胞间的连接，实现了在单细胞分辨率下的空间CCC推断	NA	开发一种方法以准确推断生物系统中复杂细胞动态和调控机制的空间细胞间通信	空间细胞间通信的推断	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	图注意力网络（GAT）	RNA测序数据	多个跨平台数据集
9455	2024-08-23	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了IDH分类的胶质瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与肿瘤的独特相互作用	首次全面比较了IDH定义的胶质瘤类别中肿瘤与TAMs的相互作用，并提出了SLAMF9受体作为潜在的治疗靶点	研究主要集中在IDH-WT的胶质母细胞瘤（GBM），其他类型的胶质瘤可能需要进一步研究	探讨IDH分类的胶质瘤微环境中TAMs的表型异质性及其与肿瘤的相互作用	IDH分类的胶质瘤及其微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中明确
9456	2024-08-23	Reorganization of H3K9me heterochromatin leads to neuronal impairment via the cascading destruction of the KDM3B-centered epigenomic network 2024-Aug-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110380 PMID:39165843	研究论文	研究探讨了年龄依赖的转录组分析在终末分化的小鼠视网膜中识别异染色质重组相关的表观遗传调控因子	揭示了KDM3B中心表观遗传网络在调节老化过程中锥体感光细胞稳态的重要性	NA	研究组织特异性基因如何在分化细胞中逃脱异染色质的影响	小鼠视网膜中的锥体感光细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个月大的小鼠视网膜样本
9457	2024-08-23	SARS-CoV2 infection in whole lung primarily targets macrophages that display subset-specific responses 2024-Aug-15, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05322-z PMID:39147987	研究论文	本研究开发了一种创新的体外人肺感染SARS-CoV-2模型，通过单细胞RNA测序揭示了肺泡和单核细胞来源的巨噬细胞是病毒的初始目标	首次使用体外人肺感染模型研究SARS-CoV-2的初始感染步骤，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了不同巨噬细胞亚群的反应	研究主要集中在体外模型，可能与人体内的实际情况存在差异	解析SARS-CoV-2感染的初始步骤及其对COVID-19结果的影响	SARS-CoV-2病毒在人肺中的初始感染目标及其对不同巨噬细胞亚群的影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肺泡巨噬细胞、单核细胞来源的巨噬细胞、经典单核细胞和非经典单核细胞等多种细胞亚群
9458	2024-08-23	Comprehensive pan-cancer analysis of ACSS3 as a biomarker for prognosis and immunotherapy response 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35231 PMID:39165934	研究论文	本文通过综合泛癌分析，探讨了ACSS3作为预后和免疫治疗反应生物标志物的潜力	ACSS3被发现是一个新的生物标志物，能够预测不同人类癌症的预后，并通过调节免疫微环境影响生物学过程	NA	研究ACSS3在多种肿瘤中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	ACSS3在不同肿瘤类型中的表达及其与临床特征、预后和免疫微环境的关系	数字病理学	泛癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及TCGA数据库中的26种癌症类型
9459	2024-08-23	Comprehensive analysis of shared risk genes and immunity-metabolisms between non-alcoholic fatty liver disease and atherosclerosis via bulk and single-cell transcriptome analyses 2024-Aug-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35453 PMID:39165965	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）之间的病理关系，并利用批量和单细胞转录组分析揭示了两者共享的风险基因及免疫代谢机制	本研究首次综合分析了NAFLD与AS之间的共享风险基因，并通过单细胞转录组分析揭示了不同免疫细胞中这些基因的异常表达模式	研究主要基于生物信息学分析，未来需要更多的实验验证	探讨NAFLD与AS之间的病理关系，并寻找可能的干预策略	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）与动脉粥样硬化（AS）	生物信息学	非酒精性脂肪肝病，动脉粥样硬化	WGCNA分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	4851名参与者
9460	2024-08-23	Heterogeneity effects of bisphenol A and its substitute, fluorene-9-bisphenol, on intestinal homeostasis 2024-Aug-13, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108948 PMID:39167857	研究论文	本研究结合肠道类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道细胞组成、分化和功能的影响	首次详细研究了双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的细胞类型特异性影响，并通过构建小鼠模型进一步验证了其对肠道形态的影响	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，对人类的具体影响还需进一步研究	探讨双酚A及其替代品氟硼酸对肠道稳态的影响	双酚A及其替代品氟硼酸对肠道上皮细胞的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型