单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9421	2024-09-05	Practical Considerations for Single-Cell Genomics 2022-Aug, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.498 PMID:35926125	研究论文	本文概述了单细胞基因组学的多种流行技术，并讨论了与研究设计、样本准备、质量控制和测序策略相关的常见问题	介绍了单细胞基因组学领域的新分子生物学技巧，这些技巧允许研究人员探索新的模式或将项目扩展到数百万个细胞	尽管技术迅速发展，但文章主要集中在单细胞RNA测序上，可能忽略了其他单细胞基因组学技术的讨论	帮助用户避免实验工作流程中的陷阱，并利用所选平台的优势	单细胞基因组学技术，包括RNA表达、DNA改变、蛋白质丰度、染色质可及性等的测量	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	数百万个细胞
9422	2024-09-05	Deregulation of ceRNA Networks in Frontal Cortex and Choroid Plexus of Brain during SARS-CoV-2 Infection Aggravates Neurological Manifestations: An Insight from Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analyses 2022-08, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202101310 PMID:35661455	研究论文	本研究通过分析SARS-CoV-2感染大脑前额叶皮质和脉络丛的批量和单细胞转录组数据，揭示了ceRNA网络失调对神经系统表现的影响	首次详细阐述了SARS-CoV-2感染大脑中特定细胞类型调控电路的失调情况，并追踪了可能的治疗性miRNAs	研究主要集中在特定的lncRNA和miRNA的调控作用，可能忽略了其他潜在的调控因子	探讨SARS-CoV-2感染后神经系统表现的潜在机制并开发相应的治疗策略	SARS-CoV-2感染的大脑前额叶皮质和脉络丛中的ceRNA网络	转录组学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	涉及多种细胞类型的前额叶皮质和脉络丛样本
9423	2024-09-05	Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.935749 PMID:36186467	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别与鼻咽癌（NPC）相关的潜在分子标志物PKP1和肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs），并探讨其在NPC治疗中的潜在价值	首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了PKP1与肿瘤浸润B细胞在鼻咽癌发展中的相互作用及其治疗潜力	NA	旨在通过整合批量和单细胞RNA测序数据，识别鼻咽癌中的新型生物标志物	鼻咽癌（NPC）中的分子标志物和免疫细胞	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
9424	2024-09-05	Tumor vessel co-option: The past & the future 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.965277 PMID:36119528	综述	本文综述了肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用，并探讨了利用新一代技术如单细胞RNA测序来研究VCO的可能性	提出利用单细胞RNA测序等新技术来深入研究VCO过程中肿瘤内皮细胞（ECs）和其他细胞类型的生物学特性	目前对VCO的分子机制和共选血管细胞类型的特征了解不足，缺乏抑制VCO的治疗策略	探讨VCO的分子机制，并利用新技术研究VCO过程中的细胞类型，以开发新的治疗策略	肿瘤血管共选（VCO）的分子机制及其在抗血管生成治疗（AAT）中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9425	2024-09-05	TMExplorer: A tumour microenvironment single-cell RNAseq database and search tool 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0272302 PMID:36084081	research paper	本文介绍了TMExplorer，一个用于肿瘤微环境单细胞RNA测序数据的数据库和搜索工具	TMExplorer提供了一个易于访问的界面，用于收集和展示多种癌症类型的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据	NA	构建一个全面的肿瘤微环境单细胞RNA测序数据库，并创建相应的R包TMExplorer以促进对肿瘤微环境的研究	肿瘤微环境中的各种细胞类型，包括间质成纤维细胞、免疫细胞和恶性细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涉及多种癌症类型的数据集
9426	2024-09-05	Coronary blood vessels from distinct origins converge to equivalent states during mouse and human development 2021-12-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.70246 PMID:34910626	研究论文	本文通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类心脏冠状血管在发育过程中的转录状态和功能差异	首次揭示了冠状血管内皮细胞在发育过程中转录异质性的变化，以及这种异质性如何受谱系和位置的影响	研究主要集中在小鼠和人类胚胎及成年心脏的冠状血管，未涉及其他物种或发育阶段	探讨冠状血管内皮细胞在发育过程中的转录状态和功能差异	小鼠和人类心脏冠状血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	胚胎和成年小鼠心脏以及人类发育中的冠状血管样本
9427	2024-09-05	Human and rat skeletal muscle single-nuclei multi-omic integrative analyses nominate causal cell types, regulatory elements, and SNPs for complex traits 2021-Dec, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.268482.120 PMID:34815310	研究论文	本文优化了单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，对人和大鼠的骨骼肌细胞进行了多组学整合分析，识别了与复杂性状相关的细胞类型、调控元件和SNPs	本文首次使用单核ATAC-seq和单核RNA-seq技术，成功捕获了I型和II型肌纤维特征，并进行了跨模态和跨物种的整合分析	NA	研究骨骼肌细胞的细胞特异性染色质可及性和转录组，以及与复杂性状相关的遗传变异	人和大鼠的骨骼肌细胞	数字病理学	糖尿病	单核ATAC-seq, 单核RNA-seq	回归模型	基因表达数据, 染色质可及性数据	33,862个细胞核
9428	2024-09-04	Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature 2024 Nov-Dec, Ophthalmology science IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.xops.2024.100539 PMID:39220810	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了增生性糖尿病视网膜病变（PDR）患者玻璃体中的炎症T细胞特征。	首次在疾病状态下对人类玻璃体进行单细胞转录组学表征，展示了PDR玻璃体主要由T细胞组成，其活性和比例与外周血中的T细胞不同，且玻璃体中几乎没有中性粒细胞。	NA	旨在通过阐明PDR患者玻璃体的单细胞景观，识别可靶向的细胞类型和相应的信号通路。	增生性糖尿病视网膜病变（PDR）患者的玻璃体和外周血。	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	5名成年患者的6只眼睛的玻璃体细胞和外周血单个核细胞（PBMCs）。
9429	2024-09-04	SCG2 mediates blood-brain barrier dysfunction and schizophrenia-like behaviors after traumatic brain injury 2024-Sep-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401117R PMID:39225388	研究论文	研究通过单细胞RNA测序评估创伤性脑损伤后额叶皮层细胞的转录变化，并探讨了SCG2在TBI诱发的精神分裂症中的介导作用及其机制。	首次揭示了SCG2通过CypA-MMP-9信号通路触发血脑屏障破坏，并提供了治疗TBI后精神障碍的新疗法。	NA	探究创伤性脑损伤后神经功能障碍的机制及其与精神分裂症样行为的关系。	创伤性脑损伤后的额叶皮层细胞及SCG2的作用。	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
9430	2024-09-04	Single-cell transcriptomics reveals tumor-infiltrating B cell function after neoadjuvant pembrolizumab and chemotherapy in non-small cell lung cancer 2024-Sep-02, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad138 PMID:37931147	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了12名III期非小细胞肺癌患者的免疫细胞，探讨了新辅助化疗免疫治疗后B细胞亚型及其功能	首次详细探讨了肿瘤浸润B细胞在非小细胞肺癌中的抗肿瘤作用及其与新辅助化疗免疫治疗效果的关系	研究样本量有限，且仅限于III期非小细胞肺癌患者	探讨非小细胞肺癌中新辅助化疗免疫治疗后B细胞亚型及其功能	III期非小细胞肺癌患者的免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12名III期非小细胞肺癌患者
9431	2024-09-04	Characteristics and functions of an atypical inflammation-associated GZMK+GZMB+CD8+ T subset in people living with HIV-1 2024-Sep, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.07.003 PMID:39053388	research paper	本研究通过分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和匹配的T细胞受体序列（TCR）数据，深入探讨了HIV-1感染者中GZMKCD8 T细胞的特征及其与疾病的相关性	发现了HIV-1感染者中GZMKCD8 T细胞的异质性，并进一步细分为GZMKGZMB子集和GZMKGZMB子集，后者在HIV-1感染者中显著富集	NA	探讨HIV-1感染者中GZMKCD8 T细胞的表型和功能特征及其与疾病的相关性	HIV-1感染者中的GZMKCD8 T细胞	免疫学	HIV-1感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
9432	2024-09-04	Unraveling flavivirus pathogenesis: from bulk to single-cell RNA-sequencing strategies 2024-Sep-01, The Korean journal of physiology & pharmacology : official journal of the Korean Physiological Society and the Korean Society of Pharmacology DOI:10.4196/kjpp.2024.28.5.403 PMID:39198221	综述	本文综述了从批量到单细胞RNA测序策略在解析黄病毒发病机制中的应用	介绍了病毒包含的单细胞RNA测序（viscRNA-seq）这一创新技术，解决了非多聚腺苷酸黄病毒基因组带来的挑战	NA	探讨RNA测序技术在细胞系实验和黄病毒感染患者研究中的应用，加速有效诊断和治疗的发展	黄病毒及其与宿主的相互作用	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	NA
9433	2024-09-04	Hydatidiform mole identification using non-invasive single-cell sequencing of fetal circulating extravillous trophoblasts isolated from maternal blood 2024-Sep, Ultrasound in obstetrics & gynecology : the official journal of the International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology IF:6.1Q1 DOI:10.1002/uog.27615 PMID:38354218	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9434	2024-09-04	Exploring the potential mechanisms of Rehmannia glutinosa in treating sepsis based on network pharmacology 2024-Aug-31, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-024-09796-x PMID:39217296	研究论文	本研究利用网络药理学方法探索地黄在治疗脓毒症中的潜在作用机制	通过RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、分子对接和分子动力学模拟等技术，全面分析了地黄的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	NA	探索地黄在治疗脓毒症中的作用机制	地黄的活性成分及其在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	药物学	脓毒症	RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA序列数据	23名脓毒症患者和10名健康个体的外周血样本
9435	2024-09-04	Microglia LILRB4 upregulation reduces brain damage after acute ischemic stroke by limiting CD8+ T cell recruitment 2024-Aug-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03206-4 PMID:39217343	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞中LILRB4上调通过限制CD8+ T细胞招募减少急性缺血性卒中后脑损伤的作用及其机制	首次揭示了LILRB4在微胶质细胞中通过调节CD8+ T细胞浸润和激活在卒中后免疫反应中的关键作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	研究LILRB4在急性缺血性卒中后调节免疫反应及其对脑损伤的保护作用	微胶质细胞中的LILRB4及其对CD8+ T细胞招募的影响	神经科学	卒中	空间转录组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	转录组数据	使用LILRB4条件性敲除(LILRB4-KO)和过表达转基因(LILRB4-TG)小鼠进行研究
9436	2024-09-04	Single-cell sequencing reveals glial cell involvement in development of neuropathic pain via myelin sheath lesion formation in the spinal cord 2024-Aug-31, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03207-3 PMID:39217340	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了脊髓中的少突胶质细胞在神经病理性疼痛发展中的作用及其与髓鞘损伤的关系	首次详细描述了少突胶质细胞在神经病理性疼痛发展中的作用及其与其他胶质细胞的相互作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究仅在 mice 模型上进行，结果的普遍性和临床应用尚需进一步验证	探索神经病理性疼痛发展中少突胶质细胞的功能及其与其他胶质细胞的相互作用	少突胶质细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞在神经病理性疼痛中的作用	数字病理学	神经病理性疼痛	单细胞测序	NA	细胞	使用慢性束缚损伤（CCI）模型的小鼠脊髓组织
9437	2024-09-04	V1bR enhances glucose-stimulated insulin secretion by paracrine production of glucagon which activates GLP-1 receptor 2024-Aug-31, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01288-4 PMID:39217353	研究论文	本研究探讨了精氨酸加压素（AVP）及其受体V1bR对胰岛素分泌和血糖稳态的调节机制	发现AVP通过V1bR激活α细胞分泌胰高血糖素，进而通过旁分泌方式激活β细胞上的GLP-1R，促进葡萄糖依赖的胰岛素分泌	研究未详细说明AVP对胰岛素分泌的具体分子机制	揭示AVP/V1bR与胰高血糖素/GLP-1R之间的相互作用，为开发新的血糖控制疗法提供机制基础	精氨酸加压素（AVP）、V1bR受体、α细胞和β细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
9438	2024-09-04	Dynamic upregulation of retinoic acid signal in the early postnatal murine heart promotes cardiomyocyte cell cycle exit and maturation 2024-08-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-70918-1 PMID:39215116	研究论文	本文研究了新生小鼠心脏中视黄酸信号的动态上调如何促进心肌细胞退出细胞周期并成熟	首次揭示了新生期心脏中心肌细胞成熟过程中视黄酸信号的作用	NA	探讨视黄酸信号在新生期心脏发育中对心肌细胞增殖和成熟的影响	新生小鼠心脏中的心肌细胞和心脏成纤维细胞	NA	NA	单细胞转录组分析、免疫组织化学、RNA测序	NA	mRNA表达数据	新生小鼠和新生大鼠的心肌细胞及人类心肌细胞
9439	2024-09-04	Novel insights into vancomycin-loaded calcium sulfate and negative pressure wound therapy in preventing infections in open fractures 2024-Aug-29, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-024-04931-5 PMID:39198853	研究论文	本研究探讨了万古霉素负载硫酸钙（VLCS）和负压伤口疗法（NPWT）在开放性骨折中预防感染的作用，并评估了它们对巨噬细胞行为的影响。	研究发现VLCS和NPWT能够促进巨噬细胞向M2极化，增强感染抵抗力和愈合效果，尤其是在联合使用时效果更佳。	NA	研究VLCS和NPWT在开放性骨折中预防感染的效果及其对巨噬细胞行为的影响。	开放性骨折患者的巨噬细胞行为及其在VLCS和NPWT治疗下的变化。	数字病理学	创伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	开放性骨折患者的巨噬细胞样本
9440	2024-09-04	Single-cell transcriptome sequencing reveals altered peripheral blood immune cells in patients with severe tuberculosis 2024-Aug-29, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01991-5 PMID:39198909	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了严重结核病患者外周血免疫细胞的变化	首次详细描述了不同阶段结核感染中循环细胞亚群的特征和功能，特别是严重结核病患者中CD8+ T细胞的高交互强度	研究仅限于外周血免疫细胞的分析，未涉及其他组织或器官的免疫细胞变化	探讨结核病患者外周血免疫细胞的变化及其对疾病严重程度的影响	健康捐赠者、轻度结核病患者和严重结核病患者的外周血免疫细胞	数字病理学	结核病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	包括健康捐赠者、轻度结核病患者和严重结核病患者的外周血免疫细胞样本