单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9401	2024-09-11	Potential regulation and prognostic model of colorectal cancer with extracellular matrix genes 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36164 PMID:39247375	研究论文	研究了结直肠癌中细胞外基质基因的潜在调控作用及其在预后模型中的应用	首次系统分析了结直肠癌中细胞外基质成分的表达模式及其与患者生存的关系，并开发了一个基于细胞外基质基因的预后模型	研究主要基于TCGA-CRC队列数据，样本量有限，可能影响模型的泛化能力	探讨结直肠癌中细胞外基质基因的调控机制及其在预后预测中的潜力	结直肠癌中的细胞外基质成分及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理	结直肠癌	RNA测序	NA	转录组数据	结直肠癌肿瘤及配对正常组织样本
9402	2024-09-11	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于通过单细胞RNA-seq数据中的表达调控特征揭示血管内皮细胞的身份基因	SCIG方法利用基因序列特征和基因表达信息，无需与其他细胞进行比较即可揭示细胞身份基因，并在网络分析中超越了表达值，揭示了调控细胞身份的主转录因子	NA	揭示细胞身份基因，理解细胞分化、发育及细胞身份失调相关疾病	血管内皮细胞的身份基因	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习方法	基因表达数据	NA
9403	2024-09-11	Targeting tumor-associated macrophage-derived CD74 improves efficacy of neoadjuvant chemotherapy in combination with PD-1 blockade for cervical cancer 2024-Aug-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009024 PMID:39107132	研究论文	研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞衍生的CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的作用	首次揭示了CD74在宫颈癌新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗中的关键作用，并验证了CD74阻断可以增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证	探讨新辅助化疗与PD-1阻断联合治疗对宫颈癌微环境的影响，并寻找增强治疗效果的新靶点	宫颈癌细胞、巨噬细胞、T细胞等	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	46,950个细胞，来自9个宫颈癌组织样本
9404	2024-09-11	BACH2 regulates diversification of regulatory and proinflammatory chromatin states in TH17 cells 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01901-1 PMID:39009838	研究论文	研究探讨了BACH2在TH17细胞中调控调节性和促炎染色质状态多样化的机制	首次揭示了BACH2在TH17细胞中促进免疫调节性npT17程序并抑制促炎性T1样程序的作用	NA	研究TH17细胞异质性的调控途径，并探讨BACH2在其中的作用	TH17细胞的染色质景观及其在体内外的差异	NA	多发性硬化症	单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	染色质可及性和RNA表达数据	NA
9405	2024-09-11	Bulk and single-cell transcriptome profiling identify potential cellular targets of the long noncoding RNA Gas5 in renal fibrosis 2024-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167206 PMID:38718848	研究论文	研究探讨了长链非编码RNA Gas5在肾纤维化中的表达谱及其作为潜在生物标志物的作用	揭示了Gas5缺失加剧肾纤维化的机制，并发现了Gas5调控免疫细胞分化和PPAR信号通路关键基因转录的新见解	NA	研究Gas5在慢性肾病进展中的作用及其作为生物标志物的潜力	Gas5在肾纤维化中的表达及其对肾损伤和细胞外基质沉积的影响	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠模型
9406	2024-09-11	Targeting JUNB to modulate M2 macrophage polarization in preeclampsia 2024-08, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167194 PMID:38663490	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了子痫前期中胎盘的细胞景观，并发现转录因子JUNB在调节M2巨噬细胞极化中的关键作用	首次揭示了JUNB在子痫前期中调节巨噬细胞极化的机制，并提出了通过靶向JUNB来调节巨噬细胞极化以治疗子痫前期的潜在疗法	NA	探讨子痫前期的细胞动力学和分子机制，并开发有效的治疗策略	子痫前期患者的胎盘细胞和巨噬细胞	NA	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	子痫前期样本中的11种不同细胞亚群
9407	2024-09-11	Getting to the root of root-microbe interactions 2024 Jul-Sep, Science progress IF:2.6Q2 DOI:10.1177/00368504241278783 PMID:39234658	评论	本文总结了最近关于根系与微生物相互作用的研究成果，并提出了未来研究方向	强调了在解释微生物模式时需要考虑根系生理和形态等微环境变异	NA	探讨根系与微生物相互作用及其对生态系统功能和养分流动的影响	细根（直径小于2毫米）及其与微生物的相互作用	NA	NA	单细胞测序技术	NA	NA	NA
9408	2024-09-11	DRA involvement in linaclotide-stimulated bicarbonate secretion during loss of CFTR function 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172364 PMID:38869953	研究论文	研究了在CFTR功能丧失的情况下，linaclotide对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	发现linaclotide在CFTR功能丧失的情况下仍能刺激十二指肠碳酸氢盐分泌，并揭示了DRA在这一过程中的补偿作用	研究主要基于小鼠和人类十二指肠样本，未涉及更大规模的人体临床试验	探讨linaclotide在CFTR功能丧失时对十二指肠碳酸氢盐分泌的影响及其机制	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类十二指肠样本，包括活体和体外实验
9409	2024-09-11	SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis 2024-Jun-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177937 PMID:38855869	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析血清外泌体，发现肺表面活性物质相关蛋白B（SFTPB）作为渐进性肺纤维化（PPF）的潜在生物标志物	首次发现SFTPB在血清外泌体中作为预测间质性肺病进展的独立预后因子，优于已知的生物标志物KL-6和SP-D	研究仅在两个队列中验证了SFTPB的预测效用，需要更多样本和队列验证其普适性	寻找渐进性肺纤维化的早期检测生物标志物	血清外泌体中的蛋白质，特别是SFTPB及其前体形式	NA	肺纤维化	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序	NA	蛋白质数据	两个队列的样本，包括血清外泌体和血清样本
9410	2024-09-11	Transcriptomic Analysis of the Spatiotemporal Axis of Oogenesis and Fertilization in C. elegans 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597235 PMID:38895354	研究论文	本文对秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞形成过程进行了转录组水平分析	通过单细胞RNA测序技术，深入分析了不同阶段的卵母细胞转录组，揭示了基因表达和剪接事件的详细变化，并提供了卵母细胞形成过程的新见解	NA	研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成和受精过程中的时空轴转录组变化	秀丽隐杆线虫雌雄同体的卵母细胞和受精卵	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个不同阶段的卵母细胞和受精卵
9411	2024-09-11	Spatial analysis of recurrent glioblastoma reveals perivascular niche organization 2024-May-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179853 PMID:38805346	研究论文	研究分析了复发性胶质母细胞瘤的肿瘤微环境组织结构	首次通过成像技术同时评估肿瘤组织的缺氧、血管生成、炎症微环境、细胞外基质组织、TERT启动子突变状态和多种致癌扩增	NA	探讨胶质母细胞瘤中遗传多样性与肿瘤微环境之间的关系	复发性胶质母细胞瘤的肿瘤组织	数字病理学	脑肿瘤	成像技术	NA	图像	匹配的原发和复发性胶质母细胞瘤肿瘤组织样本
9412	2024-09-11	Selective CAR T cell-mediated B cell depletion suppresses IFN signature in SLE 2024-May-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179433 PMID:38722688	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究了CD19 CAR T细胞介导的B细胞耗竭对系统性红斑狼疮（SLE）患者免疫特征的影响	本文首次揭示了CAR T细胞介导的B细胞耗竭与SLE患者中I型干扰素信号减少之间的因果关系	NA	探讨CAR T细胞介导的B细胞耗竭对SLE患者免疫特征的影响及其分子机制	系统性红斑狼疮（SLE）患者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA	SLE患者
9413	2024-09-11	Liver sinusoidal endothelial cells contribute to portal hypertension through collagen type IV-driven sinusoidal remodeling 2024-May-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174775 PMID:38713515	研究论文	研究探讨了肝窦内皮细胞通过胶原蛋白IV驱动的肝窦重塑在门脉高压中的作用	首次揭示了肝窦内皮细胞在肝纤维化和门脉高压中通过胶原蛋白IV沉积促进肝窦重塑的作用	NA	探讨胶原蛋白IV在肝纤维化和门脉高压中的作用及其细胞来源和表达调控机制	肝窦内皮细胞、胶原蛋白IV、肝纤维化、门脉高压	NA	肝病	RNA测序、免疫荧光染色、单细胞RNA测序、CRISPRi-dCas9-KRAB表观基因组编辑	NA	RNA	人类肝硬化肝脏样本、小鼠纤维化肝脏样本、体外培养的肝窦内皮细胞
9414	2024-09-11	CD4 T cell-secreted IFN-γ in Sjögren's syndrome induces salivary gland epithelial cell ferroptosis 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167121 PMID:38471652	研究论文	研究探讨了干燥综合征中CD4 T细胞分泌的IFN-γ如何诱导唾液腺上皮细胞铁死亡	首次揭示了CD4 T细胞在干燥综合征中分泌的IFN-γ诱导唾液腺上皮细胞铁死亡的作用	NA	确定干燥综合征中IFN-γ的来源及其对唾液腺上皮细胞的影响	干燥综合征患者的唾液腺上皮细胞和CD4 T细胞	NA	干燥综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康对照和干燥综合征小鼠的唾液腺单细胞RNA测序数据
9415	2024-09-11	Single cell and bulk RNA sequencing identifies tumor microenvironment subtypes and chemoresistance-related IGF1+ cancer-associated fibroblast in gastric cancer 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167123 PMID:38484940	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，识别了胃癌肿瘤微环境亚型及与化疗耐药相关的IGF1+癌症相关成纤维细胞	首次通过单细胞RNA测序数据识别了胃癌肿瘤微环境的四种亚型，并发现IGF1+癌症相关成纤维细胞与化疗耐药和胃癌复发相关	研究样本量有限，且仅限于胃癌患者，结果的普适性有待进一步验证	揭示胃癌肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响机制	胃癌肿瘤微环境及其亚型，特别是与化疗耐药相关的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR，双免疫荧光染色	非负矩阵分解（NMF）	RNA	50个胃癌样本，1406名胃癌患者
9416	2024-09-11	Fructose overconsumption accelerates renal dysfunction with aberrant glomerular endothelial-mesangial cell interactions in db/db mice 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167074 PMID:38354758	研究论文	研究探讨了过量果糖摄入对db/db小鼠肾脏功能的影响及其机制	建立了由过量果糖摄入引起的新型糖尿病模型，揭示了果糖摄入通过Lrg1介导的肾小球内皮细胞与系膜细胞之间的异常交流加速糖尿病肾病进展	研究仅在db/db小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨过量果糖摄入对糖尿病肾病进展的影响及其机制	db/db小鼠的肾脏功能及细胞间相互作用	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	db/db小鼠模型
9417	2024-09-11	Reprogramming macrophage by targeting VEGF and CD40 potentiates OX40 immunotherapy 2024-02-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149546 PMID:38266314	研究论文	研究通过靶向VEGF和CD40重编程巨噬细胞，增强OX40免疫疗法的抗肿瘤效果	首次分析了抗OX40治疗对巨噬细胞的抗肿瘤作用，并发现VEGF和CD40信号通路的动态变化，提出这些可能是提高抗OX40激动剂疗效的潜在联合靶点	研究仅限于体外实验和细胞水平的分析，尚未进行临床试验验证	探索提高OX40免疫疗法抗肿瘤疗效的机制和策略	肿瘤浸润免疫细胞、巨噬细胞、VEGF和CD40信号通路	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个时间点的肿瘤浸润免疫细胞样本
9418	2024-09-11	Increased Expression of Mevalonate Pathway-Related Enzymes in Angiotensin II-Induced Abdominal Aortic Aneurysms 2024, International heart journal IF:1.2Q3 DOI:10.1536/ihj.23-623 PMID:39085115	研究论文	研究探讨了血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中甲羟戊酸途径相关酶的表达变化	首次揭示了甲羟戊酸途径在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的重要作用	仅限于动物模型研究，未涉及临床数据	探讨甲羟戊酸途径在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的作用	腹主动脉瘤的形成和动脉重塑	心血管疾病	心血管疾病	Western blot和单细胞RNA测序	NA	蛋白质和RNA	包括Ang II 28D、Ang II 5D和Sham组
9419	2024-09-11	Transcriptomic analysis of the spatiotemporal axis of oogenesis and fertilization in C. elegans 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1436975 PMID:39224437	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行了转录组分析，揭示了卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件	本文首次对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行了详细的转录组分析，揭示了卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件，并提供了新的机制见解	本文仅限于对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行分析，未涉及其他物种或性别	研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件	秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个不同阶段的生殖系统组织和受精卵
9420	2024-09-11	Integrating single-cell transcriptomics to reveal the ferroptosis regulators in the tumor microenvironment that contribute to bladder urothelial carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427124 PMID:39238647	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，通过非负矩阵分解（NMF）聚类分析，揭示了膀胱尿路上皮癌肿瘤微环境中铁死亡调控因子及其对癌症进展和免疫治疗的影响	首次通过单细胞转录组数据识别出膀胱癌肿瘤微环境中与铁死亡相关的新型细胞亚型，并发现ACSL4+CAFs和SDC1作为重要的膀胱癌生物标志物	本研究主要基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏体内实验验证	探讨铁死亡在膀胱癌肿瘤微环境中的调控机制及其对癌症进展和免疫治疗的影响	膀胱尿路上皮癌肿瘤微环境中的细胞亚型及其与铁死亡的关系	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	未明确提及具体样本数量