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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9401 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblasts gene signature: a novel approach to survival prediction and immunotherapy guidance in colon cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1532306
PMID:40264753
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析开发了结肠癌相关成纤维细胞基因特征,用于生存预测和免疫治疗指导 | 首次基于单细胞测序数据构建结肠癌相关成纤维细胞基因特征,并验证其在预后预测和治疗指导中的应用价值 | 需要外部队列验证基因特征的普适性,且细胞实验仅限于HCT116和HT29两种细胞系 | 开发结肠癌相关成纤维细胞基因特征用于生存预测和免疫治疗指导 | 结肠腺癌患者和HCT116、HT29结肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞实验 | 基因特征模型, 列线图 | 基因表达数据 | 结肠癌患者队列和两种结肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9402 | 2025-10-07 |
Expression of innate immunity genes in human hematopoietic stem/progenitor cells - single cell RNA-seq analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1515856
PMID:40264766
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类造血干细胞/祖细胞中先天免疫基因的表达 | 首次在单细胞分辨率下研究造血干细胞/祖细胞中complosome系统的表达 | 仅分析了两种HSPC群体(CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+) | 探究人类造血干细胞/祖细胞中complosome系统和其他免疫相关蛋白的基因表达 | 人类造血干细胞/祖细胞(HSPCs) | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两种HSPC群体:CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+ | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9403 | 2025-10-07 |
Stimulation of regulatory dendritic cells suppresses cytotoxic T cell function and alleviates DEN-induced liver injury, fibrosis and hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565486
PMID:40264769
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研究论文 | 本研究探讨了通过TLR2激活的乳酸菌混合物刺激调节性树突状细胞,从而抑制细胞毒性T细胞功能并缓解DEN诱导的肝损伤、纤维化和肝细胞癌 | 首次证明TLR2激活的乳酸菌可通过诱导调节性树突状细胞积累,重塑肝脏免疫微环境,抑制细胞毒性T细胞功能 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;机制研究主要依赖TLR2敲除模型 | 探索调节性树突状细胞在肝脏免疫调节和肝癌发生中的作用机制 | 野生型和TLR2敲除小鼠的肝组织及免疫细胞 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,基因表达分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,流式细胞数据,组织学图像 | 野生型和TLR2敲除小鼠肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9404 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211
PMID:40264770
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定出抗性MDSCs和应激耐受基因共表达网络作为多种疾病环境中MDSCs的共同特征 | 首次发现炎症信号与细胞应激共同诱导产生具有保留MDSC特征的抗性MDSCs,并鉴定出特异性应激耐受基因模块 | 研究主要基于体外诱导模型,需要更多体内验证 | 鉴定不同组织来源MDSCs的共同分子特征 | 髓源性抑制细胞(MDSCs) | 单细胞转录组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GM-CSF+ IL-6诱导的人MDSCs,血清饥饿处理的PBMCs,以及已发表的批量与单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9405 | 2025-10-07 |
Mapping immunotherapy potential: spatial transcriptomics in the unraveling of tumor-immune microenvironments in head and neck squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1568590
PMID:40264779
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综述 | 探讨空间转录组学技术在解析头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境中的作用及其对免疫治疗的指导意义 | 整合空间与分子信息揭示肿瘤-免疫微环境的复杂空间结构,为个性化免疫治疗提供新视角 | 作为综述文章未涉及原始实验数据验证 | 提升头颈部鳞状细胞癌免疫检查点抑制剂治疗效果 | 头颈部鳞状细胞癌的肿瘤-免疫微环境 | 空间转录组学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9406 | 2025-10-07 |
A Novel Prognostic Signature Integrating Immune and Glycolytic Pathways for Enhanced Prognosis and Immunotherapy Prediction in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S510460
PMID:40264860
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研究论文 | 本研究建立了一个整合免疫和糖酵解相关基因的预后特征模型,用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建了整合免疫和糖酵解通路的预后特征模型,并在单细胞水平验证了其与肿瘤免疫微环境的关联 | NA | 开发肝细胞癌预后预测模型并评估其在免疫治疗中的应用价值 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序,单细胞测序,加权基因共表达网络分析,Cox回归,Kaplan-Meier生存分析,ROC曲线分析 | 多变量Cox回归模型,预后列线图 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | RNA-seq,单细胞测序 | NA | NA |
9407 | 2025-10-07 |
Inflammatory Cell Interactions in the Rotator Cuff Microenvironment: Insights From Single-Cell Sequencing
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6175946
PMID:40265083
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术揭示肩袖损伤微环境中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用机制 | 首次系统整合单细胞测序技术解析肩袖损伤微环境中的细胞互作网络,发现慢性炎症的分子特征 | NA | 探讨肩袖损伤微环境中细胞相互作用对炎症和组织修复的影响 | 肩袖损伤微环境中的巨噬细胞、T细胞、成纤维细胞和肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 运动系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9408 | 2025-10-07 |
Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01487-8
PMID:39164488
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研究论文 | 本研究开发了一种通过视黄酸诱导产生具有后部胚胎样结构的人类类原肠胚模型 | 首次发现早期视黄酸脉冲联合后期Matrigel能诱导人类类原肠胚形成包含神经管、体节分段和多种细胞类型的后部胚胎样结构 | 该模型仍为体外培养系统,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性 | 开发更接近真实人类胚胎发育的体外模型 | 人类类原肠胚 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9409 | 2025-10-07 |
Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01509-5
PMID:39304713
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研究论文 | 本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移瘤中Cdk5过表达,抑制MHC-I表达从而逃避免疫识别的机制 | 首次发现星形胶质细胞诱导的Cdk5过表达通过Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达,促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究乳腺癌脑转移瘤免疫逃逸的分子机制 | 乳腺癌脑转移瘤、星形胶质细胞、T细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、功能研究 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9410 | 2025-10-07 |
Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601034
PMID:38979245
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研究论文 | 开发了一种名为bacterial-MERFISH的空间转录组学方法,用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析 | 将1000倍体积膨胀与MERFISH技术结合,克服了细菌mRNA密度高的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH(结合体积膨胀和MERFISH技术) |
9411 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood
2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae047
PMID:38648751
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴,促进雄性小鼠在成年后期出现促炎症代谢特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示新生儿期BDE-99暴露通过改变肠道微环境持续影响肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯 | 研究仅针对雄性小鼠,未涉及雌性个体;机制研究仍需进一步深入 | 探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其促炎症机制 | 雄性C57BL/6小鼠 | 单细胞转录组学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 雄性C57BL/6小鼠,包括常规和无菌小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9412 | 2025-10-07 |
Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation
2024-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2372-y
PMID:37930473
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研究论文 | 通过遗传谱系追踪技术研究不同糖尿病模型中胰岛β细胞的适应性机制 | 首次在不同年龄启动的糖尿病模型中系统比较β细胞的命运转变机制,发现STZ和HFD模型中β细胞采用不同的再生策略 | 研究仅限于小鼠模型,人类糖尿病中的类似机制需要进一步验证 | 阐明在T1D和T2D发病过程中胰岛β细胞应对胰岛素短缺的适应性机制 | 糖尿病小鼠模型中的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序 | Cre-LoxP系统 | 单细胞转录组数据 | 多种糖尿病小鼠模型(STZ诱导和HFD诱导) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9413 | 2025-10-07 |
Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis
2023-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01240-7
PMID:37798545
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性,并在骨骺区发现了一种独特的毛细血管亚型——S型内皮细胞 | 首次在骨骺区鉴定出具有独特表型特征的S型内皮细胞,发现其通过分泌I型胶原蛋白参与骨强度获得,并形成造血干细胞的特殊储存库 | NA | 探索骨髓内皮细胞的异质性及其在骨形成和造血过程中的功能 | 骨髓内皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9414 | 2025-10-07 |
scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation
2025-Jul, Analytical biochemistry
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.ab.2025.115847
PMID:40154828
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研究论文 | 提出一种跨模态标签转移方法scCorrect,通过域适应技术将scRNA-seq的细胞类型注释转移到scATAC-seq数据 | 开发了包含两个阶段的新型神经网络框架,第一阶段对齐数据集生成初始注释,第二阶段通过校正网络修正错误注释 | 未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求 | 解决scATAC-seq数据中细胞类型注释的挑战,提高注释准确性 | 单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 神经网络, 域适应 | 单细胞测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
9415 | 2025-10-07 |
Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110473
PMID:40089249
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研究论文 | 本研究通过多组学整合和机器学习方法,识别并验证了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中中性粒细胞胞外诱捕网相关基因特征 | 首次将多组学整合与机器学习相结合,识别出CXCR4、CYBB和PTAFR三个核心NETs相关基因,并验证其在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性 | NA | 探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉中中性粒细胞胞外诱捕网的分子特征 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序,差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9416 | 2025-10-07 |
Deciphering aging-associated prognosis and heterogeneity in gastric cancer through a machine learning-driven approach
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112316
PMID:40256325
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法建立衰老相关指数来分层胃癌患者并识别分子亚型 | 首次开发基于机器学习的衰老相关指数(AAI)用于胃癌预后分层,并构建了用户友好的Shiny应用 | NA | 解析胃癌中与衰老相关的预后异质性 | 胃癌患者 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞转录组分析,机器学习 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9417 | 2025-10-07 |
Classic Hodgkin lymphoma: Pathobiological features that impact emerging therapies
2025-May, Blood reviews
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.blre.2025.101271
PMID:39904647
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综述 | 本文综述了经典霍奇金淋巴瘤的病理生物学特征及其对新兴疗法的影响 | 深入探讨HRS细胞的起源、表型和遗传特征,并评估包括检查点抑制剂和抗体-药物偶联物在内的新兴疗法 | 由于cHL的异质性和HRS细胞及其肿瘤微环境的复杂生物学,治疗挑战仍然存在 | 分析经典霍奇金淋巴瘤的病理生物学特征及其对治疗策略的影响 | 经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金 Reed-Sternberg (HRS) 细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 循环肿瘤DNA分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9418 | 2025-10-07 |
Integrating Mendelian Randomization With Single-Cell Sequencing Data Reveals the Causal Effect and Related Mechanisms of Smoking on Parkinson's Disease
2025-Apr-22, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco
IF:3.0Q2
DOI:10.1093/ntr/ntae180
PMID:39030896
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研究论文 | 本研究整合孟德尔随机化与单细胞测序数据,揭示吸烟对帕金森病的因果效应及相关机制 | 首次将孟德尔随机化分析与单细胞测序技术相结合,从遗传学角度验证吸烟与帕金森病的因果关系并探索相关分子机制 | 研究依赖于公开数据库数据,样本来源和数量可能受限,且机制研究仍需进一步实验验证 | 探索吸烟与帕金森病之间的因果关系及相关分子机制 | 帕金森病患者与对照人群的遗传和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,差异表达分析 | NA | 基因组关联研究摘要数据,单细胞测序数据 | 使用GSE7621和GSE184950数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9419 | 2025-10-07 |
Molecular mechanisms and clinical significance of perineural invasion in malignancies: the pivotal role of tumor-associated Schwann cells in cancer progression and metastasis
2025-Apr-22, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02729-x
PMID:40259163
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综述 | 本综述探讨了恶性肿瘤中神经周围侵袭的分子机制和临床意义,特别关注肿瘤相关雪旺细胞在癌症进展和转移中的关键作用 | 系统阐述了肿瘤相关雪旺细胞通过促进上皮间质转化、细胞外基质重塑和免疫调节在神经周围侵袭中的核心作用机制 | 对雪旺细胞在不同恶性肿瘤中分子亚型的异质性理解仍存在显著研究空白 | 阐明神经周围侵袭的分子机制及其临床意义,探索潜在治疗靶点 | 神经周围侵袭过程、肿瘤相关雪旺细胞及其与肿瘤细胞的相互作用 | 肿瘤生物学 | 恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、分子谱分析、成像技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9420 | 2025-10-07 |
Transfer learning of multicellular organization via single-cell and spatial transcriptomics
2025-Apr-21, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012991
PMID:40258090
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研究论文 | 提出一种名为iSORT的迁移学习方法,通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据来解析细胞的空间组织结构 | 开发了能够将基因表达映射到空间位置的神经网络模型,可在单细胞尺度识别空间模式,发现驱动空间组织的基因,并利用SpaRNA速度概念推断伪生长轨迹 | NA | 解析生物组织中复杂的基因表达和多细胞空间模式 | 人类皮层、小鼠胚胎、小鼠大脑、果蝇胚胎、人类发育心脏以及正常和动脉粥样硬化动脉 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 神经网络 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 多个生物系统样本(包括人类和小鼠组织) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |