本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
9401 | 2025-10-07 |
Artificial intelligence-based multi-modal multi-tasks analysis reveals tumor molecular heterogeneity, predicts preoperative lymph node metastasis and prognosis in papillary thyroid carcinoma: a retrospective study
2025-Jan-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001875
PMID:38990290
|
研究论文 | 本研究通过人工智能多模态多任务分析揭示甲状腺乳头状癌的分子异质性,并预测术前淋巴结转移和预后 | 开发了基于深度学习的多模态模型,整合组织病理学图像、基因组、转录组和免疫细胞数据预测淋巴结转移和疾病无进展生存期 | 回顾性研究设计,样本来源有限(单中心加TCGA数据库) | 探索甲状腺乳头状癌分子异质性,预测淋巴结转移和预后 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理 | 甲状腺癌 | DNA二代测序, 单细胞RNA测序, 深度学习 | 深度学习多模态模型, GradCAM | 组织病理学图像, 基因组数据, 转录组数据, 免疫细胞数据 | 1011例PTC患者(256例来自队列1,275例来自队列2,499例来自TCGA) | NA | 单细胞RNA测序, 二代测序 | NA | NA |
9402 | 2025-10-07 |
Prediction of tumor-reactive T cell receptors from scRNA-seq data for personalized T cell therapy
2025-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02161-y
PMID:38454173
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序数据的机器学习方法,用于预测肿瘤反应性T细胞受体,以加速个性化T细胞疗法 | 首次结合高通量TCR克隆和反应性验证训练机器学习分类器,以抗原无关的方式识别肿瘤反应性TILs | 未明确说明样本来源的癌症类型多样性及模型验证的广泛性 | 开发快速识别肿瘤反应性TCR的方法以加速个性化T细胞疗法 | 肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)及其T细胞受体(TCRs) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,高通量TCR克隆,机器学习 | 机器学习分类器 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9403 | 2025-10-07 |
Glucose deprivation and identification of TXNIP as an immunometabolic modulator of T cell activation in cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1548509
PMID:40260243
|
研究论文 | 本研究探讨葡萄糖缺乏条件下TXNIP作为T细胞活化免疫代谢调节剂的作用机制 | 首次将TXNIP鉴定为连接免疫代谢与T细胞活化的关键调节因子,并证明其缺失可增强抗肿瘤免疫反应 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探索葡萄糖限制条件下T细胞免疫反应的调节机制 | 人类T细胞和肿瘤浸润T细胞 | 免疫代谢 | 癌症 | 混合淋巴细胞反应、多参数流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质分泌数据、细胞功能数据 | 癌症患者的肿瘤浸润T细胞和原代人类T细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9404 | 2025-10-07 |
Combination of anlotinib with immunotherapy enhanced both anti-angiogenesis and immune response in high-grade serous ovarian cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1539616
PMID:40260248
|
研究论文 | 本研究探讨安罗替尼联合免疫疗法在高级别浆液性卵巢癌中的抗血管生成和免疫调节作用 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中系统评估安罗替尼联合免疫治疗的协同作用机制,通过单细胞RNA测序揭示肿瘤微环境变化 | 样本量较小(36例患者),为回顾性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 评估安罗替尼联合免疫疗法对高级别浆液性卵巢癌的治疗效果和作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者和PBMC-PDX模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,患者来源异种移植模型 | PBMC-PDX模型 | 临床数据,单细胞转录组数据 | 36例高级别浆液性卵巢癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9405 | 2025-10-07 |
Type I IFN receptor blockade alleviates liver fibrosis through macrophage-derived STAT3 signaling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1528382
PMID:40260261
|
研究论文 | 本研究通过阻断I型干扰素受体揭示其通过调节巨噬细胞STAT3信号通路缓解肝纤维化的机制 | 首次证明IFNAR-1阻断通过改变巨噬细胞P-STAT3/P-STAT1比例促进M2型分化,从而缓解肝纤维化 | 研究仅使用CCl4诱导的小鼠模型,未验证其他肝纤维化模型 | 探究I型干扰素信号在肝纤维化中的作用机制 | CCl4处理的肝纤维化小鼠模型 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
9406 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblasts gene signature: a novel approach to survival prediction and immunotherapy guidance in colon cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1532306
PMID:40264753
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析开发了结肠癌相关成纤维细胞基因特征,用于生存预测和免疫治疗指导 | 首次基于单细胞测序数据构建结肠癌相关成纤维细胞基因特征,并验证其在预后预测和治疗指导中的应用价值 | 需要外部队列验证基因特征的普适性,且细胞实验仅限于HCT116和HT29两种细胞系 | 开发结肠癌相关成纤维细胞基因特征用于生存预测和免疫治疗指导 | 结肠腺癌患者和HCT116、HT29结肠癌细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 细胞实验 | 基因特征模型, 列线图 | 基因表达数据 | 结肠癌患者队列和两种结肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9407 | 2025-10-07 |
Expression of innate immunity genes in human hematopoietic stem/progenitor cells - single cell RNA-seq analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1515856
PMID:40264766
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类造血干细胞/祖细胞中先天免疫基因的表达 | 首次在单细胞分辨率下研究造血干细胞/祖细胞中complosome系统的表达 | 仅分析了两种HSPC群体(CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+) | 探究人类造血干细胞/祖细胞中complosome系统和其他免疫相关蛋白的基因表达 | 人类造血干细胞/祖细胞(HSPCs) | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两种HSPC群体:CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+ | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9408 | 2025-10-07 |
Stimulation of regulatory dendritic cells suppresses cytotoxic T cell function and alleviates DEN-induced liver injury, fibrosis and hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565486
PMID:40264769
|
研究论文 | 本研究探讨了通过TLR2激活的乳酸菌混合物刺激调节性树突状细胞,从而抑制细胞毒性T细胞功能并缓解DEN诱导的肝损伤、纤维化和肝细胞癌 | 首次证明TLR2激活的乳酸菌可通过诱导调节性树突状细胞积累,重塑肝脏免疫微环境,抑制细胞毒性T细胞功能 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;机制研究主要依赖TLR2敲除模型 | 探索调节性树突状细胞在肝脏免疫调节和肝癌发生中的作用机制 | 野生型和TLR2敲除小鼠的肝组织及免疫细胞 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,基因表达分析 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据,流式细胞数据,组织学图像 | 野生型和TLR2敲除小鼠肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9409 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211
PMID:40264770
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定出抗性MDSCs和应激耐受基因共表达网络作为多种疾病环境中MDSCs的共同特征 | 首次发现炎症信号与细胞应激共同诱导产生具有保留MDSC特征的抗性MDSCs,并鉴定出特异性应激耐受基因模块 | 研究主要基于体外诱导模型,需要更多体内验证 | 鉴定不同组织来源MDSCs的共同分子特征 | 髓源性抑制细胞(MDSCs) | 单细胞转录组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GM-CSF+ IL-6诱导的人MDSCs,血清饥饿处理的PBMCs,以及已发表的批量与单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9410 | 2025-10-07 |
Mapping immunotherapy potential: spatial transcriptomics in the unraveling of tumor-immune microenvironments in head and neck squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1568590
PMID:40264779
|
综述 | 探讨空间转录组学技术在解析头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境中的作用及其对免疫治疗的指导意义 | 整合空间与分子信息揭示肿瘤-免疫微环境的复杂空间结构,为个性化免疫治疗提供新视角 | 作为综述文章未涉及原始实验数据验证 | 提升头颈部鳞状细胞癌免疫检查点抑制剂治疗效果 | 头颈部鳞状细胞癌的肿瘤-免疫微环境 | 空间转录组学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9411 | 2025-10-07 |
A Novel Prognostic Signature Integrating Immune and Glycolytic Pathways for Enhanced Prognosis and Immunotherapy Prediction in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S510460
PMID:40264860
|
研究论文 | 本研究建立了一个整合免疫和糖酵解相关基因的预后特征模型,用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建了整合免疫和糖酵解通路的预后特征模型,并在单细胞水平验证了其与肿瘤免疫微环境的关联 | NA | 开发肝细胞癌预后预测模型并评估其在免疫治疗中的应用价值 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA测序,单细胞测序,加权基因共表达网络分析,Cox回归,Kaplan-Meier生存分析,ROC曲线分析 | 多变量Cox回归模型,预后列线图 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | RNA-seq,单细胞测序 | NA | NA |
9412 | 2025-10-07 |
Inflammatory Cell Interactions in the Rotator Cuff Microenvironment: Insights From Single-Cell Sequencing
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/6175946
PMID:40265083
|
综述 | 通过单细胞RNA测序技术揭示肩袖损伤微环境中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用机制 | 首次系统整合单细胞测序技术解析肩袖损伤微环境中的细胞互作网络,发现慢性炎症的分子特征 | NA | 探讨肩袖损伤微环境中细胞相互作用对炎症和组织修复的影响 | 肩袖损伤微环境中的巨噬细胞、T细胞、成纤维细胞和肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 运动系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9413 | 2025-10-07 |
Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01487-8
PMID:39164488
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过视黄酸诱导产生具有后部胚胎样结构的人类类原肠胚模型 | 首次发现早期视黄酸脉冲联合后期Matrigel能诱导人类类原肠胚形成包含神经管、体节分段和多种细胞类型的后部胚胎样结构 | 该模型仍为体外培养系统,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性 | 开发更接近真实人类胚胎发育的体外模型 | 人类类原肠胚 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9414 | 2025-10-07 |
Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01509-5
PMID:39304713
|
研究论文 | 本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移瘤中Cdk5过表达,抑制MHC-I表达从而逃避免疫识别的机制 | 首次发现星形胶质细胞诱导的Cdk5过表达通过Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达,促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究乳腺癌脑转移瘤免疫逃逸的分子机制 | 乳腺癌脑转移瘤、星形胶质细胞、T细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、功能研究 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9415 | 2025-10-07 |
Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601034
PMID:38979245
|
研究论文 | 开发了一种名为bacterial-MERFISH的空间转录组学方法,用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析 | 将1000倍体积膨胀与MERFISH技术结合,克服了细菌mRNA密度高的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH(结合体积膨胀和MERFISH技术) |
9416 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood
2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfae047
PMID:38648751
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴,促进雄性小鼠在成年后期出现促炎症代谢特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示新生儿期BDE-99暴露通过改变肠道微环境持续影响肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯 | 研究仅针对雄性小鼠,未涉及雌性个体;机制研究仍需进一步深入 | 探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其促炎症机制 | 雄性C57BL/6小鼠 | 单细胞转录组学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 雄性C57BL/6小鼠,包括常规和无菌小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9417 | 2025-10-07 |
Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation
2024-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2372-y
PMID:37930473
|
研究论文 | 通过遗传谱系追踪技术研究不同糖尿病模型中胰岛β细胞的适应性机制 | 首次在不同年龄启动的糖尿病模型中系统比较β细胞的命运转变机制,发现STZ和HFD模型中β细胞采用不同的再生策略 | 研究仅限于小鼠模型,人类糖尿病中的类似机制需要进一步验证 | 阐明在T1D和T2D发病过程中胰岛β细胞应对胰岛素短缺的适应性机制 | 糖尿病小鼠模型中的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序 | Cre-LoxP系统 | 单细胞转录组数据 | 多种糖尿病小鼠模型(STZ诱导和HFD诱导) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9418 | 2025-10-07 |
Spatial heterogeneity of bone marrow endothelial cells unveils a distinct subtype in the epiphysis
2023-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01240-7
PMID:37798545
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了骨髓内皮细胞的空间异质性,并在骨骺区发现了一种独特的毛细血管亚型——S型内皮细胞 | 首次在骨骺区鉴定出具有独特表型特征的S型内皮细胞,发现其通过分泌I型胶原蛋白参与骨强度获得,并形成造血干细胞的特殊储存库 | NA | 探索骨髓内皮细胞的异质性及其在骨形成和造血过程中的功能 | 骨髓内皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9419 | 2025-10-07 |
scCorrect: Cross-modality label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq using domain adaptation
2025-Jul, Analytical biochemistry
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.ab.2025.115847
PMID:40154828
|
研究论文 | 提出一种跨模态标签转移方法scCorrect,通过域适应技术将scRNA-seq的细胞类型注释转移到scATAC-seq数据 | 开发了包含两个阶段的新型神经网络框架,第一阶段对齐数据集生成初始注释,第二阶段通过校正网络修正错误注释 | 未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求 | 解决scATAC-seq数据中细胞类型注释的挑战,提高注释准确性 | 单细胞染色质可及性测序(scATAC-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 神经网络, 域适应 | 单细胞测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
9420 | 2025-10-07 |
Multi-omics integration and machine learning identify and validate neutrophil extracellular trap-associated gene signatures in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2025-Jun, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110473
PMID:40089249
|
研究论文 | 本研究通过多组学整合和机器学习方法,识别并验证了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中中性粒细胞胞外诱捕网相关基因特征 | 首次将多组学整合与机器学习相结合,识别出CXCR4、CYBB和PTAFR三个核心NETs相关基因,并验证其在CRSwNP中的诊断价值和临床相关性 | NA | 探索慢性鼻窦炎伴鼻息肉中中性粒细胞胞外诱捕网的分子特征 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序,差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |