单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27707 篇文献，本页显示第 9401 - 9420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9401 | 2024-09-05 |
Oncogenic Cell Tagging and Single-Cell Transcriptomics Reveal Cell Type-Specific and Time-Resolved Responses to Vhl Inactivation in the Kidney
2024-Jun-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3248
PMID:38502859
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研究论文 | 本研究通过肿瘤细胞标记和单细胞转录组学技术，纵向研究了von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞类型特异性及时间解析反应的影响。 | 本研究采用了一种实验策略，即在细胞自然环境中生成携带遗传改变的细胞，进行标记并随时间分析，以理解致癌过程。 | NA | 旨在定义肿瘤发生初期的细胞反应，以理解癌症的起始。 | von Hippel Lindau (VHL)肿瘤抑制基因失活对肾脏细胞的影响。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 9402 | 2024-09-05 |
Identification and functional activity of Nik related kinase (NRK) in benign hyperplastic prostate
2024-03-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05048-3
PMID:38459501
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研究论文 | 本研究旨在识别良性增生前列腺中的差异表达基因（DEGs），并探讨Nik相关激酶（NRK）在良性前列腺增生（BPH）中的作用 | 首次发现NRK在良性增生前列腺中显著上调，并与前列腺基质细胞的增殖、凋亡、细胞周期、迁移、纤维化和上皮-间质转化（EMT）过程相关 | NA | 识别良性增生前列腺中的差异表达基因，并探讨NRK在BPH中的作用 | 良性前列腺增生（BPH）中的差异表达基因和Nik相关激酶（NRK）的功能 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、western-blot、免疫组化染色、流式细胞术、伤口愈合实验、Transwell实验、CCK-8实验 | NA | RNA | 四个数据集，包括三个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序数据集 |
| 9403 | 2024-09-05 |
ROCK1 is a multifunctional factor maintaining the primordial follicle reserve and follicular development in mice
2024-01-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00019.2023
PMID:37661919
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研究论文 | 研究揭示了ROCK1在维持小鼠原始卵泡储备和卵泡发育中的重要作用 | 发现ROCK1通过HIPPO信号通路调节原始卵泡储备和卵泡发育，为维持女性生殖生理提供了新的见解 | NA | 探讨ROCK1在原始卵泡发育和维持中的作用 | 小鼠的原始卵泡和卵泡发育 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 9404 | 2024-09-05 |
Advances in cellular and tissue-based imaging techniques for sarcoid granulomas
2024-01-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00507.2023
PMID:37955119
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综述 | 本文综述了用于观察和表征结节病肉芽肿的细胞和组织成像技术的进展 | 介绍了最新的空间转录组学和基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-MSI）等前沿技术 | NA | 旨在揭示结节病研究的发展方向 | 结节病肉芽肿的成像和表征 | 数字病理学 | 结节病 | 空间转录组学，基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-MSI） | NA | 图像 | NA |
| 9405 | 2024-09-05 |
Comprehensive Analysis of Ligand-receptor Interactions in Colon Adenocarcinoma to Identify of Tumor Microenvironment Oxidative Stress and Prognosis Model
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了结肠腺癌中的配体-受体相互作用，并基于此开发了一个预后模型 | 首次基于配体-受体对开发了结肠腺癌的预后模型，并揭示了不同分子亚型的临床和分子特征 | NA | 探讨配体-受体相互作用在结肠腺癌中的功能，并开发基于此的预后模型 | 结肠腺癌中的配体-受体相互作用及其对预后的影响 | 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | 涉及结肠腺癌的单细胞RNA测序数据 |
| 9406 | 2024-09-05 |
A novel missense variant in PNLDC1 associated with nonobstructive azoospermia
2024, Journal of genetics
IF:1.4Q4
PMID:39223739
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研究论文 | 本文通过家系外显子测序研究了一个近亲结婚家庭中的非阻塞性无精症（NOA），旨在确定导致特发性NOA的遗传变异，以辅助未来的临床遗传诊断和治疗策略 | 发现了一个与NOA相关的新型错义变异PNLDC1 Gly237Asp，该变异位于CAF1域的保守区域，可能导致局部结构不稳定和蛋白质磷酸化位点的改变 | NA | 确定导致特发性非阻塞性无精症的遗传变异 | 一个近亲结婚家庭中的非阻塞性无精症患者 | NA | 男性不育症 | 外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因序列数据 | 一个家庭中的三名NOA患者 |
| 9407 | 2024-09-05 |
Elucidating the role of tumor-associated ALOX5+ mast cells with transformative function in cervical cancer progression via single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1434450
PMID:39224598
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肿瘤相关ALOX5+肥大细胞在宫颈癌进展中的作用及其机制。 | 首次鉴定了宫颈癌中具有转化功能的肿瘤相关肥大细胞亚群C2 ALOX5+ MCs，并揭示了其在肿瘤分化关键阶段的作用。 | 研究仅基于十份宫颈癌肿瘤样本的数据，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。 | 探索肥大细胞与宫颈癌肿瘤微环境相互作用的机制，为宫颈癌的预防、诊断和治疗提供科学依据。 | 宫颈癌细胞及其微环境中的肥大细胞亚群。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 93,524个高质量细胞 |
| 9408 | 2024-09-05 |
Mast-Cell Expressed Membrane Protein-1 (MCEMP1) is expressed in classical monocytes and alveolar macrophages in Idiopathic Pulmonary Fibrosis and regulates cell chemotaxis, adhesion, and migration in a TGFβ dependent manner
2023-Oct-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.07.561349
PMID:37873485
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研究论文 | 本文研究了MCEMP1在特发性肺纤维化中的表达及其对细胞趋化、粘附和迁移的调控作用 | 首次揭示了MCEMP1在特发性肺纤维化中通过TGFβ依赖的方式调控单核细胞的趋化、粘附和迁移 | NA | 探究MCEMP1在特发性肺纤维化中的机制作用 | MCEMP1在特发性肺纤维化患者中的表达及其功能 | NA | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫沉淀、邻近连接分析、RNA干扰、慢病毒转导、批量RNA测序、活性RHO下拉实验 | NA | RNA | 来自特发性肺纤维化患者和对照组的PBMC和肺组织样本，以及THP-1细胞 |
| 9409 | 2024-09-05 |
ER stress mediates Angiotensin II-augmented innate immunity memory and facilitates distinct susceptibilities of thoracic from abdominal aorta to aneurysm development
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1268916
PMID:37731512
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研究论文 | 研究通过转录组分析探讨了内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤模型中的作用，发现Ang II在腹部主动脉（AA）中诱导更强的炎症反应和基因上调，以及ER应激在不同主动脉中的不同作用。 | 首次聚焦于内质网应激的转录组分析，揭示了内质网作为感知多种DAMPs并启动ER应激的免疫细胞器的作用，以及其在Ang II加速训练免疫和不同主动脉对疾病易感性差异中的作用。 | NA | 确定内质网（ER）应激和训练免疫在Ang II诱导的动脉瘤发展中的作用 | 胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 胸主动脉（TA）和腹主动脉（AA）样本 |
| 9410 | 2024-09-05 |
Intratumor heterogeneity and T cell exhaustion in primary CNS lymphoma
2022-Sep-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-022-01110-1
PMID:36153593
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研究论文 | 研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和B细胞受体测序，以及空间转录组学分析，探讨原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中的肿瘤内异质性和T细胞耗竭现象。 | 首次详细描述了PCNSL中恶性B细胞的转录和空间异质性，以及T细胞耗竭与恶性细胞的共定位现象。 | 研究受限于从中枢神经系统活检中获得的材料有限。 | 深入了解PCNSL的肿瘤内异质性和T细胞耗竭机制。 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤的细胞和分子特征。 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、B细胞受体测序、空间转录组学 | NA | 细胞、RNA | 活检材料、血液和脑脊液中的PCNSL细胞 |
| 9411 | 2024-09-05 |
Evaluation of classification in single cell atac-seq data with machine learning methods
2022-Sep-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-04774-z
PMID:36131234
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研究论文 | 本研究评估了六种著名机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 首次系统评估了多种机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能，并比较了其在不同数据集间的稳定性 | 整体性能不如在scRNA-seq分析中的表现 | 评估机器学习方法在单细胞ATAC-seq数据中的分类性能 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型分类 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | SVM, NMC | scATAC-seq数据 | 4个公共scATAC-seq数据集，涉及不同组织、大小和技术 |
| 9412 | 2024-09-05 |
Identification of spatially variable genes with graph cuts
2022-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33182-3
PMID:36123336
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图割优化隐马尔可夫随机场的方法scGCO，用于识别空间变异基因 | scGCO方法在降低假阳性率和提高特异性方面表现更优，且在噪声存在时更稳健，运行时间和内存需求远低于现有方法 | NA | 开发一种高效的方法来分析具有位置信息的单细胞基因表达数据 | 空间变异基因 | 生物信息学 | NA | 图割优化隐马尔可夫随机场 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA |
| 9413 | 2024-09-05 |
Purkinje Cell Patterning-Insights from Single-Cell Sequencing
2022-09-18, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11182918
PMID:36139493
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，深入研究了小脑浦肯野细胞在发育和成熟过程中的分子多样性 | 利用单细胞RNA测序技术，提供了对小脑浦肯野细胞转录组的高分辨率分析，增进了对浦肯野细胞发育和功能的理解 | NA | 探讨浦肯野细胞在发育过程中的分子多样性及其对功能的影响 | 小脑浦肯野细胞的分子表型、生理特性及其在发育中的变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类的小脑样本 |
| 9414 | 2024-09-05 |
Single-cell analysis of menstrual endometrial tissues defines phenotypes associated with endometriosis
2022-09-15, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-022-02500-3
PMID:36104692
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了月经期子宫内膜组织，定义了与子宫内膜异位症相关的表型 | 首次使用单细胞RNA测序技术比较了子宫内膜异位症患者和对照组的子宫内膜组织，发现了与子宫内膜异位症相关的独特细胞亚群 | NA | 旨在通过分析月经期子宫内膜组织，提供一种有效的子宫内膜异位症筛查工具 | 月经期子宫内膜组织，包括子宫内膜异位症患者和对照组 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 33名受试者，包括确诊的子宫内膜异位症患者、对照组和有慢性症状但未确诊的受试者 |
| 9415 | 2024-09-05 |
Binary organization of epidermal basal domains highlights robustness to environmental exposure
2022-09-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110488
PMID:35949182
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研究论文 | 本文通过标记表达和单细胞转录组学研究了小鼠和人类皮肤中表皮基底层的分子和细胞状态，揭示了两种基底细胞分化路径，并发现了Sox6作为UV诱导的转录因子在表皮基底层的生理作用。 | 本文首次揭示了小鼠尾部和人体皮肤中表皮基底层的空间域组织与环境适应性的关系，并发现了Sox6在UV暴露下的新作用。 | NA | 阐明表皮基底层的分子和细胞状态，以及其在环境暴露下的适应性和鲁棒性。 | 小鼠和人类皮肤的表皮基底层。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类皮肤样本 |
| 9416 | 2024-09-05 |
omicsGAT: Graph Attention Network for Cancer Subtype Analyses
2022-Sep-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms231810220
PMID:36142140
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研究论文 | 本文介绍了一种名为omicsGAT的图注意力网络模型，用于整合基于图的学习和注意力机制，以分析RNA-seq数据，特别是在癌症亚型分析中的应用 | omicsGAT模型通过多头部注意力机制，能够为特定样本的邻居分配不同的注意力系数，从而更有效地获取样本信息 | NA | 提高疾病表型预测、癌症患者分层和细胞聚类的准确性 | 乳腺癌和膀胱癌的RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 | 生物信息学 | 癌症 | RNA-seq | 图注意力网络（GAT） | RNA-seq数据 | 涉及TCGA乳腺癌和膀胱癌的bulk RNA-seq数据以及两个单细胞RNA-seq数据集 |
| 9417 | 2024-09-05 |
Single-Cell Profiling of the Immune Atlas of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Endometrial Carcinoma
2022-Sep-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14174311
PMID:36077846
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术分析，对子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）进行了免疫图谱绘制 | 首次鉴定出三种转录上不同的NK细胞亚群，并发现了CD103+ CD8+ T细胞的内在异质性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序等技术绘制I型子宫内膜癌中TILs的免疫图谱 | 子宫内膜癌中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、流式细胞术 | NA | 细胞 | 未具体说明样本数量 |
| 9418 | 2024-09-05 |
Production and characterization of virus-free, CRISPR-CAR T cells capable of inducing solid tumor regression
2022-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-004446
PMID:36382633
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研究论文 | 本研究利用CRISPR/Cas9技术生产并表征了无病毒的CRISPR-CAR T细胞，这些细胞能够诱导实体瘤消退 | 本研究首次展示了利用无病毒的CRISPR/Cas9技术生产的CAR T细胞，这些细胞具有TRAC基因特异性整合CAR转基因、增强的转录和蛋白质特征以及低基础信号传导等特点 | 目前尚不清楚这种策略是否能影响实体瘤的治疗效果 | 研究旨在开发一种无病毒的CAR T细胞生产方法，以改善包括实体瘤在内的癌症治疗 | 研究对象为抗GD2 CAR T细胞及其在实体瘤治疗中的应用 | 生物技术 | 实体瘤 | CRISPR/Cas9 | CAR T细胞 | 基因组、转录组、蛋白质组和分泌组数据 | NA |
| 9419 | 2024-09-05 |
Recent Advances in Monitoring Stem Cell Status and Differentiation Using Nano-Biosensing Technologies
2022-Aug-25, Nanomaterials (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/nano12172934
PMID:36079970
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综述 | 本文回顾了再生医学中使用各种干细胞的细胞疗法，并介绍了监测干细胞分化过程的最新技术进展 | 介绍了单细胞RNA测序和拉曼光谱等新技术，用于分析干细胞异质性和监测分化过程中的生化变化 | 单细胞RNA测序方法具有破坏性和扭曲性，且无法连续跟踪特定细胞的分化过程 | 综述干细胞工程中使用的分析方法，并展望纳米生物传感技术在原位监测干细胞状态和分化中的未来应用 | 干细胞及其分化过程 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序、拉曼光谱 | NA | 基因表达数据 | 单细胞级别 |
| 9420 | 2024-09-05 |
A New Model Organism to Investigate Extraocular Photoreception: Opsin and Retinal Gene Expression in the Sea Urchin Paracentrotus lividus
2022-08-24, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11172636
PMID:36078045
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研究论文 | 本研究探讨了海胆发育阶段中的额外眼外光感受器细胞系统，并使用单细胞转录组学分析了成熟原基阶段的细胞类型家族，特别是光感受器细胞的复杂性。 | 首次在海胆中发现并详细描述了多种光感受器细胞类型及其基因表达模式，揭示了海胆作为研究额外眼外光感受的新模型生物的潜力。 | NA | 研究海胆中的额外眼外光感受器细胞系统，探索其在进化上的保守性和功能。 | 海胆发育阶段中的光感受器细胞及其基因表达。 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学, qPCR, 原位杂交, 免疫组织化学分析 | NA | 基因表达数据 | NA |