单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9401	2024-09-07	Establishment of inclusive single-cell transcriptome atlases from mouse and human tooth as powerful resource for dental research 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.1021459 PMID:36299483	研究论文	本文通过整合人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，为牙科研究提供了强大的资源	本文首次整合了人和小鼠牙齿组织的单细胞转录组数据，建立了全面的单细胞转录组图谱，并发现了小鼠牙釉质细胞谱系的新候选转录调控因子以及人类牙齿特定上皮区室之间的发育联系	NA	建立全面的单细胞转录组图谱，以促进对牙齿生物学、发育和疾病的创新研究	人和小鼠的牙齿组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	不同类型的牙齿组织（健康和疾病）的人和小鼠样本
9402	2024-09-07	Analysis on heterogeneity of hepatocellular carcinoma immune cells and a molecular risk model by integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1012303 PMID:36311759	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性，并构建了一个分子风险模型	本研究首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了HCC免疫细胞的异质性，并构建了一个基于异质性的八基因预后分层签名	本研究仅使用了Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的数据，可能存在数据来源的局限性	研究HCC免疫细胞的异质性，并构建一个分子风险模型以精确评估预后风险	肝细胞癌（HCC）免疫细胞的异质性及分子风险模型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	基因表达数据	使用了GSE149614、HCCDB18、GSA14520和GSE76427数据集中的样本
9403	2024-09-07	Recent advances in deciphering oligodendrocyte heterogeneity with single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.1025012 PMID:36313617	综述	本文综述了单细胞转录组学在解析少突胶质细胞异质性方面的最新进展	引入单细胞和单核RNA测序技术揭示了健康中枢神经系统和多种疾病中少突胶质细胞的广泛异质性	NA	总结当前对哺乳动物中枢神经系统中少突胶质细胞异质性的理解	少突胶质细胞的异质性及其在健康和疾病中的功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	RNA	NA
9404	2024-09-07	Spatial transcriptomics technology in cancer research 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.1019111 PMID:36313703	综述	本文综述了空间转录组学技术在癌症研究中的最新进展和应用前景，并探讨了其面临的挑战	空间转录组学技术能够构建空间组织图谱，并表征癌症的时空异质性，有助于识别和理解肿瘤界面和三级淋巴结构等特殊空间区域	本文未具体提及空间转录组学技术的局限性	探讨空间转录组学技术在癌症研究中的应用及其前景	空间转录组学技术在多种癌症类型中的空间异质性分析	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
9405	2024-09-07	From multitude to singularity: An up-to-date overview of scRNA-seq data generation and analysis 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.994069 PMID:36263428	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成和分析的最新进展	介绍了从批量RNA测序到当前能够生成数十万细胞的单细胞技术的演变，以及计算工作流程的改进	未提及具体的技术或计算方法的局限性	探讨scRNA-seq技术在生物医学研究中的应用及其发展	单细胞RNA测序技术及其数据分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	数十万细胞
9406	2024-09-07	Lymph nodes are innervated by a unique population of sensory neurons with immunomodulatory potential 2021-01-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.028 PMID:33333021	研究论文	研究揭示了淋巴结中存在一种独特的具有免疫调节潜力的感觉神经元群体，并探讨了其功能和机制	首次发现并验证了淋巴结中存在一种独特的感觉神经元群体，这些神经元能够响应淋巴中的炎症信号，并通过神经-免疫回路调节淋巴结功能	研究主要集中在体外实验和单细胞转录组分析，缺乏体内功能验证和长期效应的研究	探讨感觉神经元在淋巴结功能调节中的机制和重要性	淋巴结中的感觉神经元及其与免疫细胞的相互作用	NA	NA	高分辨率成像、病毒示踪、单细胞转录组学、光遗传学	NA	单细胞转录组数据	多个感觉神经元亚群和淋巴结中的多种细胞类型
9407	2024-09-07	Intracellular and Intercellular Gene Regulatory Network Inference From Time-Course Individual RNA-Seq 2021, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2021.777299 PMID:36303726	研究论文	本文研究了从时间序列单个RNA-Seq数据中推断细胞内和细胞间基因调控网络的方法	本文提出了一种基于时间序列批量RNA-Seq数据推断基因调控网络的方法，能够揭示多细胞生物中的细胞间调控关系	本文仅使用了小鼠早期发育阶段的RNA-Seq数据，未来研究可以扩展到其他物种和发育阶段	研究多细胞生物中细胞内和细胞间基因调控网络的推断方法	小鼠早期发育阶段的基因调控网络	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	多个小鼠胚胎
9408	2024-09-07	Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony 2019-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0619-0 PMID:31740819	研究论文	本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于快速、灵敏且准确地整合单细胞RNA测序数据	Harmony算法能够将细胞投影到一个共享嵌入空间中，使得细胞按细胞类型分组而非数据集特定的条件，同时考虑了多个实验和生物因素	NA	开发一种高效的方法来整合不同技术测量的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据，包括外周血单核细胞、胰腺胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Harmony算法	RNA测序数据	约10个细胞
9409	2024-09-06	Time-resolved scRNA-seq reveals transcription dynamics of polarized macrophages with influenza A virus infection and antigen presentation to T cells 2024-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2024.2387450 PMID:39129565	研究论文	本研究利用时间分辨单细胞测序技术结合代谢RNA标记，揭示了流感A病毒感染后骨髓来源巨噬细胞在不同极化状态下的转录动态变化	本研究首次采用时间分辨单细胞测序技术，捕捉了传统scRNA-seq方法所缺乏的转录活动的时间维度，并揭示了M2极化巨噬细胞是支持流感A病毒成功复制的唯一状态	NA	研究流感A病毒感染后骨髓来源巨噬细胞在不同极化状态下的转录动态变化及其对T细胞抗原呈递能力的影响	骨髓来源巨噬细胞在流感A病毒感染后的转录动态变化及其对CD4和CD8 T细胞的抗原呈递能力	数字病理学	流感	时间分辨单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序数据	NA
9410	2024-09-06	Comprehensive scRNA-seq analysis to identify new markers of M2 macrophages for predicting the prognosis of prostate cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2398195 PMID:39221762	研究论文	通过单细胞RNA测序分析识别M2巨噬细胞的新标记物，用于预测前列腺癌的预后	首次通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析（WGCNA）整合M2巨噬细胞的标记基因和枢纽基因，筛选出前列腺癌的预后基因签名	研究主要基于公共数据库的数据，缺乏体内实验验证	探讨M2巨噬细胞在前列腺癌中的预后价值	M2巨噬细胞及其相关基因在前列腺癌中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	基因表达数据	2431个M2巨噬细胞标记基因和650个枢纽基因
9411	2024-09-06	Enhanced desmosome assembly driven by acquired high-level desmoglein-2 promotes phenotypic plasticity and endocrine resistance in ER+ breast cancer 2024-Sep-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217179 PMID:39154704	研究论文	本研究探讨了desmoglein-2在ER+乳腺癌内分泌治疗耐药性和细胞可塑性中的作用	首次揭示了DSG2在ER+乳腺癌内分泌耐药中的关键作用，并提出了DSG2标志物可能用于治疗干预	研究主要基于体外和异种移植模型，需要进一步的临床验证	探讨DSG2在ER+乳腺癌内分泌耐药中的作用机制	ER+乳腺癌细胞和异种移植模型	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了fulvestrant耐药的ER+乳腺癌模型
9412	2024-09-06	A novel in vitro tubular model to recapitulate features of distal airways: The bronchioid 2024-Sep-04, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00562-2024 PMID:39231631	研究论文	本文介绍了一种新型体外管状模型，用于再现远端气道的特征	开发了一种名为bronchioid的模型，通过封装人支气管成体干细胞在海藻酸盐凝胶管状支架中，成功模拟了小气道的结构和功能	需要精细控制收缩水平以建立具有生理相关形状和大小的bronchiole模型	旨在克服当前体外培养系统的局限性，建立一种能够再现小气道结构和功能的模型	人支气管成体干细胞和小气道的结构与功能	数字病理学	NA	3D成像、基因表达分析和单细胞RNA测序	NA	细胞	从临床样本中提取的人支气管成体干细胞
9413	2024-09-06	Identification of Therapy-Induced Clonal Evolution and Resistance Pathways in Minimal Residual Clones in Multiple Myeloma through Single-Cell Sequencing 2024-Sep-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0545 PMID:38900040	研究论文	通过单细胞RNA测序研究多发性骨髓瘤中治疗诱导的克隆进化和耐药途径	首次应用单细胞RNA测序技术分析多发性骨髓瘤患者治疗前后的骨髓样本，揭示了治疗后转录组进化的三种主要轨迹，并发现了遗传和非遗传因素在驱动克隆进化中的显著相关性	样本量相对较小，且仅限于骨髓样本，可能无法全面反映所有患者的治疗反应	深入理解多发性骨髓瘤中治疗诱导的克隆进化分子机制	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	38个骨髓样本，包括1个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、19个诊断时的多发性骨髓瘤患者、17个治疗后的多发性骨髓瘤患者和1个健康供体
9414	2024-09-06	RAB13 regulates macrophage polarization in sepsis 2024-09-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71771-y PMID:39223234	研究论文	研究RAB13在脓毒症患者外周血中的核心靶点作用及其分子功能和可能的机制	首次揭示RAB13在脓毒症中的潜在核心靶点作用，并通过单细胞测序和细胞实验验证了其促进巨噬细胞向M2表型分化的功能	研究样本量较小，且仅限于脓毒症患者和健康对照组，未来需扩大样本量并纳入更多疾病状态以验证结果的普适性	探讨RAB13在脓毒症中的分子功能及其可能的机制	脓毒症患者的外周血和单核细胞	NA	脓毒症	RNA-seq, 10×单细胞测序	NA	RNA	脓毒症患者21例，健康个体9例
9415	2024-09-06	Combined deletion of Mct8 and Dio2 impairs SVZ neurogliogenesis and olfactory function in adult mice 2024-Sep, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106572 PMID:38901782	研究论文	研究了Mct8和Dio2基因缺失对成年小鼠SVZ神经胶质发生和嗅觉功能的影响	首次探讨了MCT8和DIO2在成年小鼠SVZ神经胶质发生中的作用，并揭示了其在神经退行性和脱髓鞘疾病中的潜在治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨MCT8和DIO2在成年小鼠SVZ神经胶质发生中的作用	成年小鼠的SVZ神经干细胞和嗅觉功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Mct8/Dio2敲除小鼠和野生型小鼠
9416	2024-09-06	Hematopoiesis after anti-CD117 monoclonal antibody treatment in the settings of wild-type and Fanconi anemia mice 2024-Sep-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.284275 PMID:38572555	研究论文	研究抗CD117单克隆抗体在野生型和范可尼贫血小鼠中的造血作用	发现抗CD117单克隆抗体ACK2在治疗后不会引起短期DNA损伤，并且在范可尼贫血小鼠中增加了集落形成，表明其对造血干细胞的潜在靶向作用	未完全探索这些治疗的短期和长期效应	评估抗CD117单克隆抗体ACK2在野生型和范可尼贫血小鼠中的造血效应	野生型和范可尼贫血小鼠	NA	范可尼贫血	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和范可尼贫血小鼠
9417	2024-09-06	Robust identification of perturbed cell types in single-cell RNA-seq data 2024-Sep-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51649-3 PMID:39218971	研究论文	本文提出了一种名为scDist的计算工具，基于混合效应模型，用于在单细胞RNA测序数据中识别受扰动的细胞类型	scDist通过混合效应模型提供了一种统计上严谨且计算高效的检测转录组差异的方法，显著优于现有方法	NA	开发一种新的计算工具，以准确识别单细胞RNA测序数据中的受扰动细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型变化	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	混合效应模型	转录组数据	有限样本量
9418	2024-09-06	The immune microenvironment of steatotic hepatocellular carcinoma: Current findings and future prospects 2024-Sep-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000516 PMID:39225682	研究论文	本文综述了非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌（MASH-HCC）的免疫微环境，并探讨了利用单细胞RNA测序、空间转录组学和质谱成像等前沿技术解析其复杂性	本文介绍了利用代谢抑制剂、表观遗传抑制剂和免疫调节剂等新型治疗手段，以改善MASH-HCC对PD-1抑制剂的反应	本文主要基于临床前模型讨论治疗创新，尚未涉及临床试验数据	探讨MASH-HCC的免疫微环境及其对免疫检查点抑制剂的反应，并提出个性化治疗策略	非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌（MASH-HCC）及其免疫微环境	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、质谱成像	NA	RNA	NA
9419	2024-09-06	NKG2C/KLRC2 tumor cell expression enhances immunotherapeutic efficacy against glioblastoma 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009210 PMID:39214651	研究论文	研究探讨了NKG2C/KLRC2在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达及其对免疫治疗效果的影响	发现NKG2C/KLRC2在肿瘤细胞中的高表达与PD-1单克隆抗体治疗效果的增强相关，提示其可能作为免疫检查点抑制剂治疗的预测生物标志物	研究结果需要在未来的前瞻性试验中进一步验证	探讨NKG2C/KLRC2在GBM中的表达及其对免疫微环境的影响	胶质母细胞瘤（GBM）及其免疫微环境	免疫学	神经系统肿瘤	RNA测序	NA	RNA	包括大量和单细胞RNA测序的GBM数据集，以及来自两个临床试验的样本
9420	2024-09-06	scParser: sparse representation learning for scalable single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Aug-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03345-0 PMID:39152499	研究论文	提出了一种名为scParser的稀疏表示学习方法，用于可扩展的单细胞RNA测序数据分析	scParser模型能够揭示基因表达如何影响表型的关键机制，并能识别出对疾病发病机制有贡献的细胞亚群中的生物过程	NA	开发一种可扩展的方法，用于整合分析单细胞RNA测序数据，并理解不同细胞群体中生物条件的异质性效应	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	稀疏表示学习	scParser	RNA测序数据	NA