单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-09-09	A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62709-7 PMID:40796743	研究论文	报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤的克隆性扩增淋巴结T细胞群体	首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学揭示CAR-T后T细胞淋巴瘤的克隆特征和空间分布	单病例报告，样本量有限	探讨CAR-T治疗后继发T细胞恶性肿瘤的分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	基因组测序，单细胞空间转录组学	NA	基因组数据，转录组数据，空间转录组数据	1例患者
922	2025-09-09	Singletrome enhances detection of long noncoding RNAs in single cell transcriptomes 2025-Aug-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13528-9 PMID:40796606	研究论文	介绍Singletrome工具，用于增强单细胞转录组中长链非编码RNA的检测与分析	开发了Singletrome这一Singularity镜像工具，能整合蛋白质编码基因和lncRNA的GTF注释，考虑基因的正反义重叠，生成增强注释并支持下游分析	NA	提升单细胞RNA测序数据中长链非编码RNA的检测和注释准确性	长链非编码RNA（lncRNAs）和单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 机器学习	NA	单细胞RNA测序数据	NA
923	2025-09-09	Multi-omics single-cell data alignment and integration with enhanced contrastive learning and differential attention mechanism 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf443 PMID:40795161	研究论文	提出一种基于增强对比学习和差异注意力机制的单细胞多组学数据对齐与整合方法scECDA	采用独立设计的自编码器自主学习各组学数据特征分布，结合增强对比学习和差异注意力机制有效降低噪声干扰	NA	提高单细胞多组学数据整合的准确性和细胞类型识别精度	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术，包括10X Multiome、CITE-seq和TEA-seq	自编码器、对比学习、注意力机制	单细胞多组学数据	八个配对单细胞多组学数据集
924	2025-09-09	A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils 2025-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202502200 PMID:40395143	研究论文	本研究通过单细胞测序解析急性胰腺炎中中性粒细胞亚群，并开发了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略以调控中性粒细胞极化	首次构建急性胰腺炎中性粒细胞单细胞图谱，并提出基于中性粒细胞'搭便车'的纳米治疗策略，实现原位合成抗氧化剂并同时抑制N1/N2极化	NA	开发针对急性胰腺炎的靶向治疗策略，通过调控中性粒细胞极化减轻炎症	中性粒细胞及其在急性胰腺炎中的亚群	数字病理	急性胰腺炎	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
925	2025-09-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Aug, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的机制，重点探讨空间模式、时间模式和终端选择转录因子的作用	整合单细胞转录组学和全脑连接组学的最新突破，全面解析神经细胞身份编码机制	NA	揭示果蝇神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经干细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学、经典遗传学、标记工具	NA	转录组数据、连接组数据	NA
926	2025-09-09	Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans 2025-Aug, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103056 PMID:40483740	综述	基于秀丽隐杆线虫模型探讨突触发生的原理、形成机制与调控过程	整合基因编辑、显微成像、单细胞转录组与计算分析技术，揭示发育和神经活动中突触组装的体内遗传基础	NA	阐明突触形成、组织与精细化的分子机制和调控原理	秀丽隐杆线虫的神经系统突触	神经科学	NA	基因编辑、显微成像、单细胞转录组分析、计算分析	NA	显微图像、转录组数据	NA
927	2025-09-09	Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096 PMID:40683494	研究论文	通过多组学整合框架鉴定并验证急性肾损伤的五个候选靶点（CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2、SMOX）及其治疗潜力	首次系统性结合遗传学筛选和多组学数据（包括单细胞RNA测序）验证急性肾损伤的候选靶点，并开展计算药物重定位及体内外功能验证	NA	识别和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点	候选基因（CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2、SMOX）及其在肾小管细胞、免疫细胞和内皮细胞中的功能	生物医学	急性肾损伤	多组学整合分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、计算机模拟药物重定位、体内外药理学实验	NA	基因组数据、转录组数据	NA
928	2025-09-09	Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01496-z PMID:40804481	综述	本文全面回顾了用于选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接检测与差异分析的计算方法	总结了单细胞RNA测序专用技术的最新进展，为群体和单细胞水平的基因调控提供新见解	NA	系统识别、量化和分析APA与AS事件在基因调控中的作用	转录组数据（特别是RNA测序数据）	生物信息学	NA	RNA-seq（包括bulk和single-cell）	NA	RNA测序数据	NA
929	2025-09-09	Clonal hematopoiesis is clonally unrelated to multiple myeloma and is associated with specific microenvironmental changes 2025-Jul-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026236 PMID:40112284	研究论文	本研究探讨克隆造血（CHIP）与多发性骨髓瘤（MM）的共存关系及其对肿瘤微环境（TME）的影响	首次证明CHIP与MM克隆起源无关，并通过单细胞RNA测序揭示CHIP阳性TME的特定炎症和免疫抑制特征	样本量有限（106例患者），血红蛋白差异趋势未达统计学显著性	分析CHIP在多发性骨髓瘤微环境中的作用及临床意义	多发性骨髓瘤患者（106例）及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	106例多发性骨髓瘤患者（其中16例进行单细胞RNA测序）
930	2025-09-09	Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients 2025-Jul, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309 PMID:40263002	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植受者中EBV驱动的移植后淋巴增殖性疾病（PTLD）的免疫微环境异常	首次在单细胞分辨率下系统描绘PTLD患者的免疫失调特征，特别是EBV感染对记忆B细胞和浆细胞的靶向作用	样本量有限，且仅关注了外周血单核细胞，未涉及组织微环境	阐明儿童肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫机制	儿童肝移植受者（包括PTLD患者、EBV阳性非PTLD患者、EBV阴性患者）和健康儿童	免疫学	移植后淋巴增殖性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	四组研究对象：PTLD伴EBV感染组、EBV阳性非PTLD组、EBV阴性移植组和健康儿童组
931	2025-09-09	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	本研究探讨黄芪多糖通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻高脂饮食下急性胰腺炎严重程度的机制	首次揭示黄芪多糖通过肠道菌群-胰腺轴调控机制缓解急性胰腺炎，并发现罗伊氏乳杆菌与丙酸盐的协同治疗作用	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	研究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及机制	小鼠模型	消化系统疾病研究	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	动物疾病模型	基因表达数据、微生物组数据	小鼠实验样本
932	2025-09-09	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	研究论文	提出一种基于机器学习的计算方法，用于预测与神经发育障碍相关的显性和隐性遗传基因	整合单细胞RNA测序数据与300种正交特征，在半监督框架中训练遗传模式特异性模型，显著提升基因预测效能	NA	加速神经发育障碍风险基因的识别与发现	人类大脑皮层发育过程中的基因表达模式	机器学习	神经发育障碍	单细胞RNA测序, 机器学习	mantis-ml (半监督机器学习框架)	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 遗传耐受性指标	NA
933	2025-09-09	A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf010 PMID:40795763	综述	本文综述了双聚类和聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能评估	系统比较了5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的表现，并从六个维度量化数据集特性以推荐最佳方法	NA	评估无监督方法在scRNA-seq数据中的细胞亚型识别能力，为未来研究提供方法选择指南	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	双聚类与聚类方法	基因表达数据	10个公开真实数据集
934	2025-09-09	A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf101 PMID:40910795	研究论文	提出并验证了一个用于挖掘激光显微切割组学数据的框架，以揭示胰腺癌异质性的调控因子	开发了优化的LMD-seq方法，在检测低表达基因方面优于单细胞RNA-seq，并能识别罕见肿瘤细胞群体和低表达转录程序	NA	阐明胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性的分子机制和调控网络	胰腺导管腺癌(PDAC)的空间分辨肿瘤区域	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 激光显微切割测序(LMD-seq)	NA	组学数据	多个空间分辨的激光显微切割肿瘤区域
935	2025-09-09	Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291009240219055808 PMID:38485675	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组数据分析活性氧（ROS）对肺腺癌的多重影响，并开发与ROS相关的基因特征用于预后评估	首次在单细胞和批量组织水平系统揭示ROS对肺腺癌的多重影响，并构建ROS相关基因特征	NA	探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制	肺腺癌（LUAD）患者组织样本	生物信息学	肺癌	scRNA-seq, 转录组分析, LASSO回归, 多元回归分析	NA	RNA测序数据	NA
936	2025-09-09	Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework 2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，通过图学习框架提升数据完整性	利用细胞/基因间的copula相关性构建网络，通过变分图自编码器学习数据分布并预测dropout事件	NA	解决单细胞RNA测序中的dropout问题，提高数据完整性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 图学习, 变分自编码器	变分图自编码器 (VGAE)	基因表达矩阵	模拟和真实scRNA-seq数据集
937	2025-09-09	RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737 PMID:40799648	研究论文	本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症	首次发现RORα作为关键调控因子，通过增强线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路，为HIE治疗提供新靶点	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；使用抑制剂3-MA验证通路但可能存在脱靶效应	探究RORα如何通过调控线粒体自噬抑制小胶质细胞炎症反应，寻找HIE治疗新策略	老年小胶质细胞和HIE大鼠模型	神经免疫学	缺氧缺血性脑病	scRNA-seq, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA	NA	基因组数据、行为学数据、分子表达数据	HIE大鼠模型（具体数量未明确说明）和体外细胞模型
938	2025-09-09	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024 PMID:40795862	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了快速估计算法处理大规模数据集，并能量化低维表示中的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中的虚假异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Poisson bilinear model	基因表达计数数据	可扩展至数百万个细胞的数据集
939	2025-09-09	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究全面分析了系统性红斑狼疮患者接种BNT162b2疫苗后的先天和适应性免疫应答，并与健康对照组进行比较	首次在SLE患者中同时评估疫苗诱导的先天免疫和适应性免疫应答，并发现免疫抑制治疗仅影响抗体应答而非T细胞应答	样本量较小（19例SLE患者），且未评估疫苗对临床保护效果的影响	评估SLE患者对BNT162b2疫苗的免疫应答特性	19例系统性红斑狼疮患者和56例健康对照志愿者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），中和抗体检测，T细胞应答分析	NA	基因表达数据，免疫测定数据	19例SLE患者和56例健康对照
940	2025-09-09	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究开发了ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用	首次创建了Son单倍体不足小鼠模型，成功模拟人类ZTTK综合征表型，并通过单细胞转录组分析揭示了造血谱系发育异常的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中进行直接验证	探究SON基因功能缺失在器官发育和造血过程中的作用机制	Son+/-基因敲除小鼠	生物医学研究	ZTTK综合征	基因敲除、表面标志物分析、单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用Son+/-小鼠模型