单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-06-05	Deciphering the temporal transcriptional landscape of human fetal leptomeninges 2025-Jun-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae397 PMID:39657259	研究论文	该研究通过单核RNA测序技术，揭示了人类胚胎发育过程中软脑膜的细胞异质性和转录组动态	首次全面描绘了人类胎儿软脑膜的转录组景观，识别了特定发育阶段的细胞亚群和分子标记，并比较了人类与小鼠的保守性	样本量较小（仅8个人类胚胎），且未涵盖胚胎发育的完整时期	探索人类胚胎软脑膜的发育和成熟过程	人类胚胎软脑膜组织	生物信息学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、免疫染色	NA	RNA测序数据	8个人类胚胎的软脑膜组织
922	2025-06-05	Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction 2025-Jun-03, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf101 PMID:40460294	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，揭示了心肌梗死后心脏组织中GATA5/ISL1+成纤维细胞在心脏修复中的关键作用	首次在单细胞水平上鉴定了心肌梗死后心脏组织中的两种新型成纤维细胞亚群，并阐明了GATA5/ISL1+成纤维细胞通过调控Wnt信号通路促进心脏修复的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明心肌梗死后心脏修复的分子机制	心肌梗死后小鼠和人类心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, RNA测序, 蛋白质组学分析	小鼠心肌梗死模型	单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质组数据	心肌梗死后1、3、7和14天的小鼠心脏组织及人类心肌梗死患者的瘢痕组织
923	2025-06-05	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jun-03, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	本研究探讨了Setd8下调对小鼠海马神经干细胞衰老的表观遗传调控机制	通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了海马神经干细胞及其子代细胞从新生儿到成熟成年阶段的染色质和转录组变化，并发现Setd8表达下降是导致年龄相关变化的关键因素	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究表观遗传重塑与转录调控在海马神经干细胞衰老早期阶段的关系	小鼠海马神经干细胞及其新生成的神经元	表观遗传学	老年疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	小鼠模型	单细胞测序数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
924	2025-06-05	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注急性感染期间CD8 T细胞的分化机制，可能不适用于其他免疫环境	探究CD8 T细胞在急性感染期间分化为效应和记忆细胞的机制	CD8 T细胞、单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
925	2025-06-05	The Application of Omics Technologies in Type II Diabetes Mellitus Research 2025-Jun-03, Current diabetes reviews IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0115733998362669250424162654 PMID:40464182	综述	本文探讨了组学技术在2型糖尿病研究中的应用及其最新进展	介绍了单细胞测序和基于LC-MS的蛋白质组学与代谢组学在揭示2型糖尿病分子机制中的创新应用	多组学数据整合仍面临挑战	探索组学技术对2型糖尿病研究的推动作用	2型糖尿病及其分子机制	生物医学	2型糖尿病	单细胞测序、LC-MS、蛋白质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
926	2025-06-05	A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study 2025-Jun-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673401081250523061057 PMID:40464186	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了线粒体功能障碍相关基因对糖尿病肾病的影响，并确定了与糖尿病肾病相关的基因，特别是那些具有显著遗传因果效应的基因	发现了7个与糖尿病肾病具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因，并深入研究了ACTN1作为治疗靶点的潜力	NA	探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	线粒体功能障碍相关基因及其在糖尿病肾病中的作用	多组学研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、SMR和MR分析、共定位分析、分子动力学分析、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
927	2025-06-05	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	研究论文	本文介绍了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合	TFcomb通过将重编程转录因子及其组合的识别建模为逆问题，并利用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计图注意力网络增强基因调控网络	NA	开发一种计算方法，识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合	转录因子及其组合	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集
928	2025-06-05	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及其信号反馈环路	stMLnet方法首次整合空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的工具，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及其信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
929	2025-06-05	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	研究论文	本文提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合不同空间转录组学工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based, average-based, hypergraph-based, wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和来自不同实验平台的真实数据
930	2025-06-05	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Jun-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文综述了显微分辨率空间转录组学（μST）的最新进展、面临的挑战及未来发展方向	介绍了显微分辨率空间转录组学（μST）这一新兴领域，并探讨了其在细胞和亚细胞尺度上的应用潜力	面临每个亚微米（或微米）大小空间单元的转录本发现稀疏以及跨平台数据碎片化等问题，阻碍了数据整合和分析	探讨显微分辨率空间转录组学（μST）的机遇与挑战，并展望其未来发展	空间转录组学技术及其在显微分辨率下的应用	空间转录组学	NA	测序和成像技术	AI驱动的空间分析	转录组数据	NA
931	2025-06-05	Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis 2025-Jun, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70056 PMID:40126044	研究论文	研究探讨了血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其在肿瘤微环境中通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制	首次发现血浆外泌体PKM2可作为早期胃癌诊断标志物，并阐明其通过SCAP/SREBP1通路调控巨噬细胞脂质合成促进胃癌发展的新机制	样本量相对有限（216例），且机制研究主要基于体外实验	探索外泌体PKM2在胃癌诊断和发病机制中的作用	胃癌患者和健康供体的血浆样本及肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	血液样本数据、单细胞测序数据	216份血液样本（来自胃癌患者和健康供体）
932	2025-06-05	Targeting INF2 with DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide: a new stratagem for colorectal cancer therapy 2025-Jun-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14357-9 PMID:40452021	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，识别INF2作为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为INF2抑制剂具有潜在的治疗价值	首次将INF2识别为结直肠癌的特异性生物标志物，并发现天然化合物DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide作为其抑制剂	未提及样本量大小，且研究结果需进一步临床验证	开发针对结直肠癌的靶向治疗策略	结直肠癌组织和细胞	生物医学	结直肠癌	单细胞RNA测序、机器学习、免疫组织化学、细胞生物学实验、计算对接	NA	RNA测序数据、图像数据	NA
933	2025-06-05	Novel roles for CREG1 in hematopoiesis revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jun-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01407-9 PMID:40452027	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示CREG1在造血过程中的新作用	首次利用单细胞RNA测序技术研究CREG1在成年斑马鱼造血发育中的功能，揭示了CREG1在调节B细胞、T/NK细胞和红细胞发育中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，人类造血系统中CREG1的作用仍需进一步验证	探究CREG1在造血过程中的功能及其分子机制	成年斑马鱼的肾脏骨髓细胞	生物医学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用creg1缺陷型斑马鱼作为研究对象
934	2025-06-05	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调控中的作用机制	肥胖雄性小鼠(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和HFD-fed小鼠)
935	2025-06-05	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫调节作用	研究使用了一种新型的siRNA（LNP-CTNNB1）靶向CTNNB1，并在多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，同时揭示了β-catenin抑制对免疫调节转录因子和免疫信号通路的激活作用	研究主要基于动物模型和有限的临床数据，尚未在广泛人群中验证其效果	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型和患者样本	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型及IMbrave150 III期试验患者队列
936	2025-06-05	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	研究发现BPD+PH患者中存在独特的异常毛细血管细胞状态，并揭示了semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行验证	识别人类BPD的潜在细胞和分子驱动因素	早产儿肺部组织（BPD和BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早产儿和足月婴儿的肺部组织样本（具体数量未提及）
937	2025-06-05	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-May-29, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	本研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因（LMGs）相关的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的生存结果	首次构建了基于脂质代谢相关基因的预后特征，并验证其在SKCM中的独立预后价值，同时通过实验验证了关键基因CCNA2的功能	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅针对一个关键基因	探讨脂质代谢相关基因在SKCM中的功能作用及预后意义	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序、NMF算法、WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析	预后风险模型	基因表达数据、临床随访数据	来自TCGA和GEO数据库的SKCM患者数据，外部验证队列包括GSE65904和GSE54467
938	2025-06-05	[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology] 2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology DOI:10.12200/j.issn.1003-0034.20240352 PMID:40461119	综述	本文综述了单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞异质性研究中的进展	利用单细胞测序技术揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联	目前所有发现仍需更多基础研究和充分的临床试验验证	探索单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用	脊髓损伤后的星形胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序技术	NA	转录组数据	NA
939	2025-06-05	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	研究论文	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中ICOS+CD4+ T细胞的作用	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗引起的肺毒性中的关键作用，并提出了ICOS-ICOSL相互作用的干预策略	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制	老年小鼠模型和癌症患者的CD4+ T细胞	免疫治疗	肺癌	单细胞转录组学，过继性T细胞转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠模型，部分癌症患者样本
940	2025-06-05	Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185618 PMID:40232859	research paper	该研究鉴定了系统性硬化症（SSc）皮肤中一种致病性的非迁移性成纤维细胞群体	发现了一种未被传统外植体培养方法分离的非迁移性成纤维细胞群体，并揭示了其在系统性硬化症不同阶段的致病作用	研究主要基于体外实验和基因表达分析，需要进一步体内实验验证	探究系统性硬化症皮肤中不同成纤维细胞群体的致病机制	系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞	digital pathology	systemic sclerosis	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, multichannel immunofluorescence	NA	gene expression data, immunofluorescence images	系统性硬化症患者的皮肤活检样本