单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-09-06	Integrating single-cell RNA sequencing and artificial intelligence for multitargeted drug design for combating resistance in liver cancer 2025-Sep-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00952-3 PMID:40897921	研究论文	整合单细胞RNA测序与人工智能技术，设计多靶点药物以克服肝癌耐药性	首次结合单细胞RNA测序与图神经网络(GNN)预测肝癌药物-基因相互作用，并识别关键预后生物标志物和药物重利用机会	研究基于生物信息学分析，需实验验证预测的药物靶点和候选药物有效性	探索肝癌转录异质性、免疫逃逸机制并开发多靶点药物治疗策略	肝细胞癌(HCC)肿瘤样本的单细胞转录组数据	计算生物学与药物发现	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PCA, UMAP, t-SNE, GSEA, 生存分析	图神经网络(GNN)	单细胞转录组数据	识别1178个差异表达基因(DEGs)，具体样本数量未明确说明
922	2025-09-06	SLC16A3 as an immunosuppressive Kupffer cell marker predicts poor prognosis in HBV-positive hepatocellular carcinoma 2025-Sep-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06861-0 PMID:40898206	研究论文	本研究探讨SLC16A3作为免疫抑制性库普弗细胞标志物在HBV阳性肝细胞癌中的预后预测价值	首次发现SLC16A3表达与HBV状态相关，并揭示其通过调控库普弗细胞免疫微环境影响肝癌预重的机制	NA	识别影响HBV阳性肝细胞癌患者的潜在分子靶点	HBV阳性和阴性肝细胞癌患者及细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化染色	NA	测序数据、临床样本数据、细胞实验数据	多个外部验证数据集和验证队列，以及临床队列样本
923	2025-09-06	BACH1 recruits STAT3 to enhance leukemia inhibitory factor receptor activity and augments the self-renewal capacity of mouse embryonic stem cells 2025-Sep-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04578-x PMID:40898328	研究论文	本研究揭示转录因子BACH1通过招募STAT3增强白血病抑制因子受体（Lifr）增强子活性，从而促进小鼠胚胎干细胞的自我更新能力	首次发现BACH1通过招募STAT3至Lifr增强子区域协同激活LIFR-STAT3信号通路的新机制	研究仅限于小鼠胚胎干细胞模型，人类干细胞中的保守性尚未验证	探究BACH1在调控Lifr增强子及维持胚胎干细胞多能性中的作用机制	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	发育生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP, co-IP, 荧光素酶报告基因分析	NA	基因组数据、转录组数据	小鼠胚胎干细胞系及内细胞团（ICM）细胞
924	2025-09-06	Evaluating the causal effect of circulating proteome on the risk of Juvenile idiopathic arthritis: an omics pipeline study 2025-Sep-02, Pediatric rheumatology online journal DOI:10.1186/s12969-025-01140-0 PMID:40898345	研究论文	本研究通过整合多组学方法评估循环蛋白质组对幼年特发性关节炎风险的因果效应，并鉴定ERAP2作为关键候选蛋白	首次采用整合基因组学、转录组学和蛋白质组学管道揭示ERAP2在JIA中的因果作用，并发现其特异性在单核细胞中高表达	研究依赖遗传关联分析，需进一步实验验证ERAP2的具体功能机制	解析幼年特发性关节炎的蛋白质介导疾病机制并探索治疗靶点	幼年特发性关节炎（JIA）患者，特别是全身型JIA（sJIA）患者	生物信息学	幼年特发性关节炎	全基因组测序（WGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	重庆医科大学附属儿童医院独立队列的JIA患者样本（具体数量未明确说明）
925	2025-09-06	The transcriptional regulation of NUPR1 expression by MYC is implicated in the regulation of ferroptosis in human spermatogonial stem cells 2025-Sep-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05818-2 PMID:40892246	研究论文	本研究探讨NUPR1和MYC在人类精原干细胞铁死亡调控中的作用及其作为非梗阻性无精子症治疗靶点的潜力	首次揭示MYC通过直接结合NUPR1启动子调控其表达，从而影响精原干细胞铁死亡过程	研究主要基于体外细胞实验和测序数据分析，缺乏体内动物模型验证	阐明非梗阻性无精子症中铁死亡的分子调控机制	人类精原干细胞和非梗阻性无精子症患者睾丸组织	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质免疫沉淀(ChIP)、免疫荧光分析、环己酰亚胺追踪实验	NA	单细胞转录组数据、微阵列数据、基因表达数据	非梗阻性无精子症和梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本
926	2025-09-06	Skin Explorer: an interactive single-cell RNA-seq resource for healthy human skin 2025-Sep-02, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.025 PMID:40907604	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
927	2025-09-06	A single-cell atlas of transcriptome changes in the intestinal epithelium at the suckling-to-weaning transition in male rabbits 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628 PMID:40907661	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄性兔子肠道上皮在哺乳到断奶过渡期的细胞类型特异性转录变化	首次提供了兔子肠道上皮的单细胞图谱，并发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（该细胞在小鼠中缺失）	研究仅针对雄性兔子，未包含雌性样本；研究聚焦于过渡期起始阶段，未涵盖完整过渡过程	识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化	雄性兔子肠道上皮细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	同龄同窝哺乳雄性兔子（摄入与未摄入固体食物组）
928	2025-09-06	IL-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3D Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用3D肝脏切片模型探究IL-4在肝细胞重编程中的作用及其促再生潜力	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的3D培养模型中通过纵向单细胞转录组学揭示IL-4的促再生机制	研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用及治疗潜力	小鼠精密肝切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	再生医学	肝坏死/肝纤维化	单核RNA测序，免疫组化染色，ATP检测	3D组织培养系统	转录组数据，蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间5天
929	2025-09-06	Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma 2025-Sep, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01280-w PMID:39264525	研究论文	本研究通过多组学和单细胞测序分析，揭示了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的预后预测价值及免疫浸润特征	首次报道线粒体自噬在骨肉瘤中的作用，并开发了基于MPRG评分的预后预测系统	样本量有限（来自TARGET和GEO数据库），需进一步实验验证	探索线粒体自噬相关基因对骨肉瘤预后的预测能力及免疫微环境影响	骨肉瘤患者样本和细胞系	生物信息学	骨肉瘤	单细胞测序、多组学分析、LASSO-多变量Cox回归	Cox回归模型	基因组数据、表达数据	来自TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本（具体数量未明确说明）
930	2025-09-06	Cancer-associated fibroblasts are associated with neo-adjuvant treatment response in oesophageal adenocarcinoma 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03080-8 PMID:40640495	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管腺癌新辅助治疗反应中的作用	首次系统描述食管腺癌新辅助治疗过程中肿瘤微环境的细胞表型变化，并鉴定出与治疗反应相关的特异性成纤维细胞变化和两基因纤维化特征	体外共培养实验仅能部分重现观察到的CAF表型，样本量相对有限（26例患者）	研究肿瘤微环境成分特别是CAF对新辅助治疗反应的贡献机制	食管腺癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管癌	组织病理学分析、单细胞RNA测序、转录组分析、体外共培养模型	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织病理学数据	26例食管腺癌患者，按新辅助治疗病理反应分层
931	2025-09-06	Methyl-CpG-binding domain as a protein interaction partner in promoter regulation and neurodevelopment through evolutionary expanded entanglement 2025-Sep-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024 PMID:40712661	研究论文	探讨甲基结合域（MBD）作为蛋白质相互作用基序在启动子调控和神经发育中的进化保守作用	揭示MBD独立于甲基化DNA结合的蛋白质相互作用功能及其在脊椎动物中的进化扩展	NA	研究MBD结构域在基因调控和神经发育中的进化保守机制	MBD蛋白家族、NuRD复合物、启动子调控机制	表观遗传学	神经发育障碍	ChIP-Seq、单细胞RNA-seq	NA	基因组学数据、表达谱数据	超过1.15亿个单细胞RNA-seq数据及数千个批量组织样本
932	2025-09-06	A spatial transcriptomics dataset of pancreas sections in normal glucose tolerance and type 2 diabetic donors 2025-Sep-01, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05450-6 PMID:40890166	研究论文	本研究提供了一个包含正常葡萄糖耐量和2型糖尿病供体的胰腺切片空间转录组数据集，并开发了计算校正方法解决基因转录渗漏问题	首次报道胰腺空间转录组数据，并开发概率模型计算校正高丰度基因的转录渗漏现象	样本量较小（仅6个供体），可能存在技术偏差	研究正常和2型糖尿病状态下胰腺基因表达的空间分布规律	人类胰腺组织样本	空间转录组学	2型糖尿病	空间转录组测序	概率模型	空间基因表达数据	6个供体（3个T2D患者，3个正常葡萄糖耐量者）
933	2025-09-06	Identification of severity related mutation hotspots in SARS-CoV-2 using a density-based clustering approach 2025-Sep-01, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-025-00476-3 PMID:40890768	研究论文	使用密度聚类方法识别SARS-CoV-2基因组中与疾病严重程度相关的突变热点	开发Mutclust算法分析突变密度与多样性，首次发现28个严重程度相关突变热点并揭示其与NK细胞功能的关联	样本量相对有限（387例患者），结果需在更大队列中验证	鉴定SARS-CoV-2基因组中与COVID-19患者严重程度相关的突变区域	SARS-CoV-2病毒基因组和387例COVID-19患者	生物信息学	COVID-19	密度聚类算法(Mutclust)，网络传播分析，单细胞RNA-seq	NA	基因组序列数据，多组学数据（细胞因子谱和单细胞转录组）	387例感染患者（分为中度和重度组）
934	2025-09-06	Crosstalk between heterogeneous cancer-associated fibroblast subpopulations and the immune system in breast cancer: key players and promising therapeutic targets 2025-Sep-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03527-z PMID:40890855	综述	本文综述了乳腺癌中异质性癌症相关成纤维细胞亚群与免疫系统的相互作用及其治疗策略	聚焦CAF亚群异质性及其与免疫系统的双向串扰，系统总结基于CAF的乳腺癌治疗新策略	NA	探讨CAF亚群与免疫系统的相互作用机制及治疗应用	乳腺癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因组和转录组数据	NA
935	2025-09-06	Integrated Single-Cell RNA-Seq Reveals Immunosuppressive Mechanisms of Treg Cell Differentiation and Tumor Microenvironment Interactions in Colorectal Cancer 2025-Sep, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71202 PMID:40891683	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据揭示结直肠癌中Treg细胞分化与肿瘤微环境相互作用的免疫抑制机制	首次系统鉴定TGFβ1+ Treg细胞在低分化结直肠腺癌中的扩增现象及其通过特定配体-受体对介导CD8+ T细胞功能衰竭的新机制	研究基于公共数据库的回顾性数据，需进一步实验验证机制	探索结直肠癌微环境特征并发现潜在治疗靶点	结直肠癌患者肿瘤组织中的免疫细胞（Treg细胞和CD8+ T细胞）	单细胞组学	结直肠癌	scRNA-seq, 多重免疫荧光	细胞聚类分析, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析	单细胞转录组数据, 组织影像数据	整合GEO数据库三个数据集（GSE164522, GSE132465, GSE144735）的患者样本
936	2025-09-06	Dual probe ligation in situ hybridization with rolling-circle amplification for high-plex spatial transcriptomics 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102207 PMID:40893776	研究论文	开发一种基于双探针连接和滚环扩增的高通量空间转录组学技术LISH-LnR，用于FFPE组织样本中mRNA亚型的空间定位分析	在原有连接原位杂交技术基础上引入滚环扩增，实现对降解程度不一的FFPE样本中特定mRNA亚型的高精度空间定位和高通量检测	NA	开发适用于FFPE临床样本的高通量空间转录组学检测方法	包涵体肌炎患者和儿童横纹肌肉瘤患者的固定组织标本	空间转录组学	肌肉疾病（包涵体肌炎和横纹肌肉瘤）	连接原位杂交（LISH）、滚环扩增（RCA）、迭代荧光探针杂交成像	NA	空间转录组数据、荧光成像数据	NA（提及包涵体肌炎和儿童横纹肌肉瘤患者样本，但未明确数量）
937	2025-09-06	ST-deconv: an accurate deconvolution approach for spatial transcriptome data utilizing self-encoding and contrastive learning 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf109 PMID:40896262	研究论文	提出一种基于深度学习的空间转录组数据反卷积方法ST-deconv，整合空间信息以提升细胞类型解析精度	结合自编码器和对比学习增强相邻点空间表征，采用域对抗网络提升跨数据集泛化能力	NA	解决空间转录组数据缺乏单细胞分辨率的问题，实现高精度细胞类型反卷积	空间转录组数据（ST data）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq）	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	自编码器，对比学习，域对抗网络	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据	小鼠嗅球（MOB）和人类胰腺导管腺癌（PDAC）组织样本
938	2025-09-06	Pan-cancer analysis implicates novel insights of cholesterol biosynthesis into immunotherapy response prediction and survival prognostication 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110859 PMID:40816003	研究论文	通过泛癌分析揭示胆固醇生物合成与免疫治疗反应预测及生存预后的新关联	首次构建并验证了胆固醇生物合成相关特征（CB.SIG），并发现TNFRSF10B作为预测免疫治疗反应的泛癌生物标志物	基于公开数据集的分析，需进一步实验验证	探究胆固醇生物合成与免疫检查点抑制剂反应性的关系并开发预测模型	泛癌患者样本（包括非小细胞肺癌和乳腺癌细胞系）	计算生物学	泛癌（多种癌症类型）	scRNA-seq, CRISPR筛选, 空间转录组学, 免疫组化	机器学习模型	转录组数据	40个scRNA-seq数据集、30个TCGA泛癌队列、9个ICI转录组队列、17个CRISPR数据集
939	2025-09-06	SynchDP: A correlation based sequence alignment algorithm for synchronizing longitudinal clinical data 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110853 PMID:40825256	研究论文	提出一种基于相关性的动态规划算法SynchDP，用于对齐和同步不规则采样的临床时间序列数据	开发了能够处理不同长度和采样率的临床时间序列的新型对齐算法，并能从头组装代表性模式	NA	解决临床时间序列数据的对齐问题，以量化疾病进展相似性并发现生物标志物	COVID-19患者的纵向严重程度数据	生物信息学	COVID-19	动态规划算法，单细胞转录组分析	动态规划	临床时间序列数据，基因表达数据	NA
940	2025-09-06	Applications and prospects of spatial transcriptomics in prostate cancer research: A narrative review 2025-Sep, Current urology IF:0.9Q4 DOI:10.1097/CU9.0000000000000288 PMID:40894285	综述	本文综述了空间转录组学在前列腺癌研究中的应用与前景，重点探讨其在肿瘤微环境、异质性和临床意义方面的价值	系统总结了空间转录组学在前列腺癌这一相对研究较少领域的应用潜力，并提出了未来研究方向	现有研究仍较为有限，需要更多实证数据支持	概述空间转录组学技术原理及其在前列腺癌研究中的应用现状和发展前景	前列腺癌肿瘤组织	数字病理	前列腺癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA