单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 38530 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2026-04-09 |
Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development
2025-01-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67491
PMID:39895643
|
研究论文 | 本文开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型，用于研究早期神经免疫相互作用 | 通过将iPSC分化的高度纯化造血祖细胞整合到胚胎体中，成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官，克服了现有方法在细胞数量和质量上的不一致问题 | 未明确说明类器官中微胶质细胞与神经元相互作用的长期稳定性及模型在模拟特定神经疾病方面的验证程度 | 建立包含微胶质细胞的人类大脑类器官模型，以研究早期神经免疫相互作用及神经炎症疾病 | 人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的造血祖细胞和大脑类器官 | 数字病理学 | 神经炎症疾病 | 单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）、免疫染色 | 3D类器官模型 | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 922 | 2026-04-09 |
Integrative Protocol for Generation of iPSC-Derived 3D Human Hepatic Organoids
2024-12-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67070
PMID:39714036
|
研究论文 | 本文描述了一种利用人诱导多能干细胞生成三维人源肝类器官的优化方案 | 提出了一种从hiPSC到三维肝类器官的简化、标准化流程，并整合了适用于单细胞RNA测序的优化解离策略 | 方案耗时较长（46-50天），且未在多种疾病模型或大规模药物筛选中验证其普适性 | 建立稳定的人源肝细胞三维培养体系，用于肝脏发育研究、疾病建模、药物开发和移植潜力探索 | 人诱导多能干细胞衍生的三维肝类器官 | 干细胞与类器官技术 | 肝脏疾病 | 免疫荧光、定量RT-PCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 923 | 2026-04-09 |
PRDM16 determines specification of ventricular cardiomyocytes by suppressing alternative cell fates
2024-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402719
PMID:39304345
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子PRDM16在心脏发育中通过抑制替代细胞命运来指定心室心肌细胞身份的关键作用 | 首次揭示PRDM16通过抑制心室传导系统和心房命运的主调控因子活性，促进心室工作心肌细胞身份，并利用单细胞RNA+ATAC测序技术验证其在二元细胞命运决定中的功能 | 研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中直接验证；PRDM16表达在出生后下降，其长期影响需进一步探究 | 探究PRDM16在心脏发育中对心室心肌细胞身份决定的作用机制 | 小鼠心脏发育过程中的心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 924 | 2026-04-09 |
Dysfunctional β-cell longevity in diabetes relies on energy conservation and positive epistasis
2024-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402743
PMID:39313296
|
研究论文 | 本文探讨了PFKFB3表达β细胞在2型糖尿病中的功能失调与长寿机制，揭示了其通过能量节约和正上位性相互作用来维持生存的机制 | 首次将PFKFB3表达β细胞与“失败者”细胞特征联系起来，并揭示了PFKFB3通过正上位性相互作用促进功能失调β细胞在糖尿病中长寿的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，人类样本数量可能不足，且机制验证主要在动物模型中进行 | 研究PFKFB3如何掩盖功能失调β细胞的竞争特性，并探索其在2型糖尿病中的作用机制 | 人类和小鼠的PFKFB3阳性β细胞，特别是2型糖尿病中的“失败者”β细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据，空间转录组数据 | 来自nPOD的2型糖尿病胰腺样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 925 | 2026-04-09 |
Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics
2024-Nov-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279640.124
PMID:39567235
|
综述 | 本文综述了结合长读长测序与单细胞及空间转录组学技术来理解RNA异构体表达的方法 | 将长读长测序与单细胞和空间转录组学技术结合，以克服短读长测序在测量异构体表达方面的限制 | 技术实施和数据解释存在挑战，且对RNA异构体生物学角色的理解仍有限 | 探讨RNA异构体表达在发育和病理中的作用 | RNA异构体，包括通过可变剪接和转录起始/多聚腺苷酸化位点选择产生的转录本 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序，单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 长读长测序 | NA | NA |
| 926 | 2026-04-09 |
Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq
2024-11-12, Aging
DOI:10.18632/aging.206151
PMID:39537209
|
研究论文 | 本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析，构建了一个基于多个关键基因的肝细胞癌预后预测模型 | 结合三种R包进行差异分析以提高稳健性，并利用单细胞测序揭示关键基因在免疫细胞中的表达模式 | 研究依赖于公共数据库数据，缺乏外部验证队列，且未进行功能实验验证基因机制 | 构建肝细胞癌的预后预测模型并探索关键基因与免疫浸润的关系 | 肝细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肝癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归, Cox分析 | RNA表达数据, 临床数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 927 | 2026-04-09 |
Single-cell sequencing technology to characterize stem T-cell subpopulations in acute T-lymphoblastic leukemia and the role of stem T-cells in the disease process
2024-10-17, Aging
DOI:10.18632/aging.206123
PMID:39422621
|
研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析前体T细胞急性淋巴细胞白血病中的干细胞T细胞亚群及其在疾病过程中的作用 | 通过单细胞测序识别Pre-T ALL中的关键免疫细胞亚群，特别是干细胞T细胞，并揭示其通过转录因子KLF2和FOS以及配体-受体对参与疾病发展的机制 | 数据来源于公共数据库，可能受样本来源和测序质量的限制，且未进行实验验证 | 探究Pre-T ALL中干细胞T细胞亚群的特征及其在疾病进展中的角色 | 前体T细胞急性淋巴细胞白血病患者的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | AUCell, Monocle, inferCNV, CellphoneDB | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 928 | 2026-04-09 |
Revealing a cancer-associated fibroblast-based risk signature for pancreatic adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA-seq analysis
2024-09-26, Aging
DOI:10.18632/aging.206043
PMID:39332020
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA-seq分析，揭示了胰腺腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）的风险特征，并构建了一个七基因风险特征用于预测预后和免疫治疗反应 | 首次探索了基于CAF的风险特征在胰腺腺癌中的预后意义，并构建了一个结合年龄和CAF特征的列线图模型，用于准确预测患者预后和免疫治疗反应 | 研究依赖于公开数据库数据，可能受样本异质性和数据质量限制，且风险特征在临床验证前需进一步外部验证 | 探索癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺腺癌中的预后价值，并构建预测模型 | 胰腺腺癌（PAAD）患者样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），微阵列分析 | LASSO回归，Cox回归，列线图模型 | RNA-seq数据，微阵列数据 | 来自GSE155698（单细胞数据）、TCGA-PAAD队列和GEO数据库的样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 929 | 2026-04-09 |
The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies
2024-09-09, Aging
DOI:10.18632/aging.206105
PMID:39264584
|
研究论文 | 本研究开发了一个名为SINGULAR的细胞年轻化图谱，通过单细胞RNA-seq和网络生物学方法，系统分析了多种年轻化策略在多个器官中的分子机制 | 首次构建了统一的细胞年轻化图谱，利用网络生物学在单细胞分辨率下比较不同年轻化策略，并识别出调控年轻化反应的关键主调节因子 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能涉及数据覆盖范围或实验验证的局限性 | 旨在揭示年轻化策略的分子机制，以设计更全面的细胞年轻化干预措施 | 多种年轻化策略（如热量限制和部分重编程）在多个器官中的细胞 | 网络生物学 | 老年疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 930 | 2026-04-09 |
A broken network of susceptibility genes in the monocytes of Crohn's disease patients
2024-09, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302394
PMID:38925865
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学分析和两个独立的单细胞转录组数据集，探索了克罗恩病患者和健康对照中232个易感基因的表达网络 | 揭示了易感基因在人类肠道单核细胞中特异性严格表达，并首次在单细胞水平上展示了健康对照中易感基因网络的完整性及其在克罗恩病患者中的破坏 | 研究依赖于两个独立数据集，样本量可能有限，且未详细探讨环境因素如何具体影响基因网络 | 研究克罗恩病中大量易感基因的表达机制及其网络状态 | 克罗恩病患者和健康对照的肠道单核细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 两个独立数据集，具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 931 | 2026-04-09 |
Exploration of bacterial lipopolysaccharide-related genes signature based on T cells for predicting prognosis in colorectal cancer
2024-08-06, Aging
DOI:10.18632/aging.206041
PMID:39115879
|
研究论文 | 本研究基于T细胞相关的细菌脂多糖基因特征，构建并验证了一个用于预测结直肠癌预后和免疫治疗反应的生物标志物模型 | 首次整合单细胞RNA测序数据和毒理基因组数据库，筛选出与T细胞相关的细菌脂多糖基因，并构建了一个新的预后风险特征模型，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证，且样本量有限，可能影响模型的泛化能力 | 探索细菌脂多糖相关基因与T细胞的关系，以开发新的生物标志物来预测结直肠癌的预后和免疫治疗反应 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | 预后风险特征模型 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA-COAD队列和GSE39582队列的结直肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 932 | 2026-04-09 |
Integrating single-cell RNA-seq to identify fibroblast-based molecular subtypes for predicting prognosis and therapeutic response in bladder cancer
2024-07-18, Aging
DOI:10.18632/aging.206021
PMID:39033778
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，识别基于成纤维细胞的分子亚型，以预测膀胱癌患者的预后和治疗反应 | 建立了一个基于成纤维细胞标记基因的新型预后特征，用于预测膀胱癌患者的生存和免疫治疗反应 | NA | 预测膀胱癌患者的预后和治疗反应 | 膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 933 | 2026-04-09 |
Inflammatory risk contributes to post-COVID endothelial dysfunction through anti-ACKR1 autoantibody
2024-07, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402598
PMID:38740432
|
研究论文 | 本研究探讨了COVID-19康复者体内抗ACKR1自身抗体与血管功能障碍的关联及其机制 | 首次揭示了COVID-19后抗ACKR1自身抗体与内皮功能障碍的关联，并发现其通过抗体依赖性细胞毒性机制而非直接细胞毒性作用，同时识别了ACKR1的N端胞外域关键表位 | 研究主要基于观察性队列和体外实验，需要进一步在体实验验证；样本来源和规模可能限制普遍性结论 | 探究COVID-19后持续炎症状态下自身抗体导致血管功能障碍的机制 | COVID-19康复者、小鼠组织内皮细胞、人静脉内皮细胞、患者外周血单个核细胞 | NA | COVID-19后遗症、血管疾病 | 单细胞转录组测序、抗体纯化、细胞毒性实验、蛋白质重组技术 | NA | 转录组数据、临床数据、体外实验数据 | 健康COVID-19康复者队列（具体数量未明确）、独立随访队列（中位随访6.7年）、小鼠多种组织内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 934 | 2026-04-09 |
Frataxin deficiency shifts metabolism to promote reactive microglia via glucose catabolism
2024-07, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402609
PMID:38631900
|
研究论文 | 本研究探讨了弗里德赖希共济失调（FRDA）中frataxin（FXN）缺乏如何通过葡萄糖分解代谢促进反应性小胶质细胞，并揭示了丁酸盐通过调节免疫代谢途径改善神经功能的潜力 | 首次在单细胞水平上揭示了FXN缺乏导致小胶质细胞稳态丧失并转向糖酵解和衣康酸生成，并发现丁酸盐通过衣康酸-Nrf2-GSH通路和Hcar2介导恢复小胶质细胞稳态 | 研究基于小鼠模型，结果在人类FRDA患者中的适用性需进一步验证 | 探究FRDA中FXN缺乏对小胶质细胞免疫代谢的影响及丁酸盐的治疗潜力 | FRDA小鼠模型的小脑组织和小胶质细胞 | 免疫代谢学 | 弗里德赖希共济失调 | 单细胞RNA测序，代谢组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，代谢组学数据 | FRDA小鼠模型的小脑组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 935 | 2026-04-09 |
Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC
2024-06-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205974
PMID:38944814
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞多组学和空间组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中功能异质性癌细胞的分类、空间分布及其临床意义 | 首次结合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组测序，从多组学和空间维度系统解析ccRCC的肿瘤内异质性，并识别出调控功能异质性癌细胞的关键转录因子 | 未明确说明样本数量及具体测序平台细节，可能限制了结果的普适性和技术可重复性 | 阐明透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤内异质性的分子机制及其在癌症转移、复发和治疗抵抗中的作用 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤组织 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq），空间转录组测序（stRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq） | 一致性非负矩阵分解（cNMF）算法 | 单细胞转录组数据，染色质可及性数据，空间转录组数据，批量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，空间转录组学，批量RNA-seq | NA | NA |
| 936 | 2026-04-09 |
A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations
2024-May-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47945-7
PMID:38702304
|
研究论文 | 本研究利用人类胚胎干细胞分化模型，结合单细胞转录组和表观组分析，探索了神经母细胞瘤中染色体17q/1q增益对神经嵴细胞发育的影响 | 首次建立了人类神经嵴模型，系统评估了神经母细胞瘤相关染色体畸变在发育过程中的作用，揭示了拷贝数变异与MYCN过表达协同促进肿瘤发生的机制 | 模型基于体外分化系统，可能无法完全模拟体内肿瘤发生的复杂微环境 | 探究胚胎肿瘤中拷贝数变异如何影响发育过程并驱动肿瘤发生 | 人类胚胎干细胞分化的神经嵴细胞及其交感肾上腺衍生物 | 发育生物学与肿瘤学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组测序，单细胞表观组分析 | 人类胚胎干细胞分化模型 | 单细胞转录组数据，表观组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞表观组学 | NA | NA |
| 937 | 2026-04-09 |
Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis
2024-Apr, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01689-8
PMID:38514783
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SCARlink的单细胞多组学回归模型，用于预测基因表达并识别功能性和疾病相关的增强子 | 开发了基于正则化泊松回归的基因级调控模型，避免了传统基因-峰相关性分析的局限性，并支持染色质潜力分析 | 未明确提及具体样本量或实验验证的局限性 | 构建单细胞多组学回归模型以识别增强子与靶基因的关联并分析染色质潜力 | 单细胞多组学测序数据（scRNA-seq和scATAC-seq） | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 正则化泊松回归模型 | 单细胞多组学测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 938 | 2026-04-09 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data identifies the characteristics of ferroptosis in lumbar disc herniation
2023-Sep-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01216-8
PMID:37653201
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，识别了腰椎间盘突出症中铁死亡的特征，并发现MYB基因可能是一个潜在的治疗靶点 | 首次将单细胞RNA测序与bulk RNA测序数据整合分析，用于研究腰椎间盘突出症中的铁死亡特征，并揭示了MYB基因在疾病中的关键作用及与免疫细胞的关联 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅通过RT-qPCR确认了标志基因的功能，缺乏更深入的体内外功能实验验证 | 阐明铁死亡在腰椎间盘突出症发病机制中的具体作用，并寻找潜在的治疗靶点 | 腰椎间盘突出症患者的转录组数据集和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 腰椎间盘突出症 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RT-qPCR, 生物信息学分析 | LASSO, SVM-RFE, CIBERSORT, AUCell | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 939 | 2026-04-09 |
Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02238-2
PMID:36879130
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了脑蛛网膜囊肿的发病机制，揭示了其与神经发育程序的关联 | 首次整合患者-父母外显子组、单细胞RNA测序转录组和医疗记录自然语言处理数据，系统性分析脑蛛网膜囊肿的遗传基础和临床亚型 | 研究样本量相对有限，且主要基于外显子组数据，可能遗漏非编码区域的变异 | 阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制及其与神经发育障碍的关联 | 脑蛛网膜囊肿患者及其父母、人类和小鼠的脑及脑膜单细胞转录组数据 | 自然语言处理 | 脑蛛网膜囊肿 | 外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理 | NA | 基因组数据、转录组数据、文本数据 | 617个患者-父母三重外显子组、152,898个人类和小鼠脑及脑膜单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 940 | 2026-04-09 |
Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment
2022-12-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019
PMID:36516855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了健康衰老和认知障碍期间脑脊液免疫系统的变化 | 首次在单细胞水平上揭示了脑脊液免疫系统随年龄和认知障碍的动态变化，并发现了CXCL16-CXCR6信号通路在T细胞进入大脑中的潜在作用 | 样本量相对较小（共59例），且为横断面研究，无法确定因果关系 | 探究健康大脑衰老和认知障碍期间脑脊液免疫系统的变化 | 人类脑脊液样本 | 单细胞组学 | 认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 59例受试者（45例认知正常，14例认知障碍） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |