单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-04-17	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了多种技术（如光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果可能不适用于其他类型的免疫排斥性癌症	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据	未明确提及样本数量，但涉及TIL生成（TIL+）和非生成（TIL-）肿瘤的比较分析
922	2025-04-17	Single cell transcriptome sequencing indicates the cellular heterogeneity of small intestine tissue in celiac disease 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90300-z PMID:40216823	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了乳糜泻患者小肠组织的细胞异质性，并鉴定了与疾病相关的特定基因和标记物	首次构建了乳糜泻小肠组织的单细胞表达谱，发现了新的疾病特异性生物标志物和潜在治疗靶点	样本量较小（3例患者和3例对照），且仅针对中国人群	探索乳糜泻的发病机制，发现疾病相关基因和标记物	乳糜泻患者和健康对照者的小肠组织	单细胞转录组学	乳糜泻	scRNA-seq, IHC, qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	3例乳糜泻患者和3例健康对照的小肠活检样本
923	2025-04-17	Single-cell RNA sequencing reveals important role of monocytes and macrophages during mucopolysaccharidosis treatment 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97330-7 PMID:40210734	研究论文	通过单细胞RNA测序研究单核细胞和巨噬细胞在粘多糖贮积症治疗中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了MPS-II患者在不同疾病阶段和治疗过程中单核细胞和巨噬细胞的动态变化及其独特功能	研究仅基于一名10岁MPS-II患者的数据，样本量较小	探究MPS-II疾病进程中免疫细胞的变化及其对酶替代治疗(ERT)的响应机制	MPS-II患者的单核细胞和巨噬细胞	基因组学	粘多糖贮积症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	1名10岁MPS-II患者不同疾病阶段的外周血单个核细胞(PBMCs)
924	2025-04-17	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	介绍了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	提出了一种新的贝叶斯融合建模框架，能够在局部和全局水平上估计分子共表达，从而更精细地理解细胞间通讯	NA	解决在空间组学数据中检测分子对之间空间变化共表达的统计方法不足的问题	空间组学数据集中的分子共表达模式	空间组学	癌症	空间转录组学、质谱成像	贝叶斯融合模型	空间组学数据	NA
925	2025-04-17	Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone 2025-Apr-09, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627 PMID:40216224	研究论文	研究揭示了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新机制	发现了成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新来源，并揭示了醛固酮通过MR/CSF1信号通路介导这一转变	研究主要基于大鼠模型和体外培养的细胞，临床样本验证有限	验证成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变作为参与肾脏炎症损伤的巨噬细胞新来源	Wistar大鼠和体外培养的大鼠肾间质成纤维细胞(RKF)	肾脏病学	慢性肾脏病(CKD)	流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）和细胞模型	基因表达数据、细胞表型数据	Wistar大鼠分组实验（Sham组、ALD组、ESA组）和体外培养的RKF细胞
926	2025-04-17	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-Apr-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的差异和局限性	首次构建了猕猴免疫单细胞多组织图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	在T细胞和自然杀伤（NK）细胞中，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记基因，且共享的表达程序（如细胞毒性）导致无监督聚类时出现系统性混杂	准确解释单细胞RNA测序数据在免疫细胞表型和功能分类中的应用	猕猴免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	猕猴多组织样本
927	2025-04-17	Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin 2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646438 PMID:40236062	research paper	研究表皮驻留记忆T细胞（T_）的适应性如何依赖于皮肤中的抗原接触	揭示了抗原接触如何通过TGFβ信号通路增强T_细胞的持久性和增殖能力	未明确说明实验样本的具体数量或来源	探究表皮驻留记忆T细胞的适应性和持久性机制	表皮驻留记忆T细胞（T_）	免疫学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
928	2025-04-17	Single-cell RNA Sequencing Analysis of Sputum Cell Transcriptomes Reveals Pathways and Communication Networks That Contribute to the Pathogenesis of Asthma 2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646405 PMID:40236103	研究论文	通过单细胞RNA测序分析哮喘患者痰液细胞的转录组，揭示了参与哮喘发病机制的细胞通路和通讯网络	首次在哮喘患者痰液样本中应用单细胞RNA测序技术，详细描绘了细胞表型和动态通讯模式，揭示了哮喘患者与非哮喘患者之间的差异	样本量相对较小（16名哮喘患者和8名非哮喘对照），可能限制结果的普遍性	研究哮喘发病机制中的细胞转录组和细胞间通讯网络	哮喘患者和非哮喘对照者的痰液细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	16名哮喘患者和8名非哮喘对照者的痰液细胞，共37,565个细胞转录组
929	2025-04-17	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	介绍了一种名为LLOKI的新框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	LLOKI框架无需共享基因面板即可整合不同平台的空间转录组数据，通过特征对齐和批次对齐任务解决数据整合问题	未提及具体局限性	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	小鼠脑样本和卵巢癌数据集	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学	scGPT	空间转录组数据	小鼠脑样本（五种不同技术）和五个卵巢癌数据集
930	2025-04-17	Chromosomal Instability and Clonal Heterogeneity in Breast Cancer: From Mechanisms to Clinical Applications 2025-Apr-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17071222 PMID:40227811	review	本文综述了乳腺癌中染色体不稳定性（CIN）和克隆异质性（CH）的生物学机制及其临床意义	整合了最新的检测方法如单细胞测序，探讨了CIN和CH对治疗反应及肿瘤免疫微环境的影响	综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现	提高对乳腺癌中CIN和CH机制的理解，以改善诊断、预后和治疗策略	乳腺癌中的染色体不稳定性（CIN）和克隆异质性（CH）	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序及其他高分辨率技术	NA	NA	NA
931	2025-04-17	Mapping the spatial architecture of glioblastoma from core to edge delineates niche-specific tumor cell states and intercellular interactions 2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647096 PMID:40235981	研究论文	利用空间转录组学绘制胶质母细胞瘤生态系统的空间结构，揭示肿瘤细胞状态和细胞间相互作用	通过空间转录组学揭示了胶质母细胞瘤中由基因表达和空间定位共同定义的肿瘤细胞状态，以及沿肿瘤核心-边缘轴变化的细胞生态位组成	NA	解析胶质母细胞瘤的空间异质性及其微环境	胶质母细胞瘤的肿瘤细胞状态和细胞间相互作用	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
932	2025-04-17	Spatial transcriptomics AI agent charts hPSC-pancreas maturation in vivo 2025-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646731 PMID:40236029	研究论文	介绍了一种名为STAgent的空间转录组学AI代理，用于自动化分析hPSC-胰腺在体内的成熟过程	STAgent结合了多模态大型语言模型和专用计算工具，将数周的分析任务转化为几分钟的自动化处理，并能适应新数据、执行多步骤分析并生成有生物学意义的见解	NA	降低空间转录组学数据分析的专业门槛并缩短分析时间，加速生物和生物医学发现	人类干细胞衍生的胰腺细胞（SC-pancreas）在免疫缺陷小鼠中的成熟过程	空间转录组学	NA	空间转录组学	多模态大型语言模型（LLMs）	单细胞空间转录组数据	多个发育时间点的数据
933	2025-04-17	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	research paper	研究揭示了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌（LUSC）中促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制的作用	首次发现TMPRSS11B通过促进乳酸输出和酸性微环境，增强M2样巨噬细胞的富集，从而促进免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌肿瘤微环境和免疫调节中的作用	肺鳞状细胞癌（LUSC）细胞和小鼠模型	肿瘤生物学	肺癌	RNA FISH分析、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像和代谢物分析	同基因小鼠模型和SNL模型	基因表达数据、代谢物数据和成像数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和LUSC肿瘤样本
934	2025-04-17	Defining effective strategies to integrate multi-sample single-nucleus ATAC-seq datasets via a multimodal-guided approach 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646871 PMID:40236024	研究论文	本文提出了一种多模态引导的方法，用于整合多样本单核ATAC-seq数据集，并评估了58种整合管道的性能	利用单核多模态数据集同时分析ATAC和RNA，通过比较独立整合的snRNA-seq金标准嵌入和注释，评估snATAC-seq整合方法的性能	scRNA-seq整合方法在snATAC-seq数据集上表现不一致，可能是由于数据的稀疏性和基因组特征差异	开发稳健的计算流程以整合单核ATAC-seq数据集，并纠正技术效应，同时保留潜在的生物细胞状态	单核ATAC-seq数据集	生物信息学	NA	单核ATAC-seq, 单核RNA-seq	SnapATAC2, PeakVI, ArchR's iterative LSI, Harmony	基因组数据	5个多模态数据集
935	2025-04-17	Rare Subset of T Cells Form Heterotypic Clusters with Circulating Tumor Cells to Foster Cancer Metastasis 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646421 PMID:40236049	研究论文	本文研究了外周血中免疫细胞与循环肿瘤细胞(CTCs)的相互作用，揭示了罕见的CD4和CD8双阳性T(DPT)细胞在促进癌症转移中的关键作用	发现罕见的DPT细胞在CTC-WBC异型簇中显著富集，并揭示了其通过VLA4-VCAM1相互作用促进癌症转移的机制	研究主要基于乳腺癌患者样本，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索免疫细胞与循环肿瘤细胞的相互作用机制及其在癌症转移中的作用	晚期乳腺癌患者的血液样本和其中的循环肿瘤细胞(CTCs)与白细胞(WBCs)	癌症生物学	乳腺癌	流式细胞术、ImageStream分析、单细胞RNA测序	NA	血液样本、单细胞RNA测序数据	1,529份乳腺癌患者血液样本
936	2025-04-17	EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646515 PMID:40236070	research paper	该研究揭示了染色体外DNA（ecDNA）扩增通过结构变异产生致癌基因融合转录本的机制，特别是PVT1基因的5'端作为致癌基因mRNA稳定剂的作用	首次发现ecDNA通过结构变异产生lncRNA-mRNA嵌合融合，并阐明PVT1外显子1通过SRSF1蛋白相互作用稳定致癌基因mRNA的分子机制	研究主要关注PVT1-MYC融合，其他ecDNA介导的融合事件需要进一步验证	探究ecDNA结构变异如何通过基因融合驱动肿瘤发生	染色体外DNA（ecDNA）及其产生的致癌基因融合转录本	癌症基因组学	癌症	单细胞RNA测序、遗传拯救实验	MYC成瘾性癌症模型	基因组数据、RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用癌症基因组数据和肿瘤模型
937	2025-04-17	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞疗法中对实体瘤耐药性的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种耐药性	通过单细胞RNA测序技术识别了SPP1+巨噬细胞在CAR T疗法耐药性中的关键作用，并验证了抗SPP1抗体在克服耐药性中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤类型中的普适性尚待验证	探索CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的耐药机制并寻找克服策略	胶质瘤患者和小鼠模型	digital pathology	glioma	scRNA-seq	syngeneic mouse model	RNA sequencing data	41名胶质瘤患者和小鼠模型
938	2025-04-17	A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.03.646654 PMID:40236139	研究论文	本文提出了一种统计框架，用于从胚胎尺度的单细胞测序实验中推断基因需求	开发了两个软件工具'Hooke'和'Platt'，利用单细胞数据集中的丰富统计模式来表征实验扰动的直接分子和细胞后果	NA	推断基因和细胞类型在遗传、化学或环境扰动下的直接影响	斑马鱼胚胎的单细胞图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	统计框架	单细胞测序数据	数千个斑马鱼胚胎的数百万个细胞
939	2025-04-17	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646444 PMID:40236172	研究论文	研究阿片受体如何调节前扣带回皮层（ACC）与屏状核（CLA）之间的谷氨酸能信号传递	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的不同调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探索阿片受体对CLA-ACC神经环路中谷氨酸能信号传递的调节机制	小鼠的CLA-ACC神经环路	神经科学	疼痛感知与意识障碍	空间转录组学、切片电生理学、光遗传学、药理学方法	NA	电生理数据	小鼠样本（具体数量未提及）
940	2025-04-17	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	research paper	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的脱靶探针结合问题，并开发了一个软件工具OPT来识别脱靶结合	开发了Off-target Probe Tracker (OPT)工具来识别探针脱靶结合，并通过正交空间和单细胞转录组数据验证了预测结果	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板，结果可能不适用于其他基因面板或技术	评估空间转录组技术中探针脱靶结合对基因表达谱准确性的影响	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的280个基因	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组技术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	使用先前发表的Xenium乳腺癌数据集，并与来自同一肿瘤块的Visium CytAssist和3'单细胞RNA-seq数据进行比较