单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-04-12	Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S505752 PMID:40206734	研究论文	本研究通过深度学习等方法识别了FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关肝细胞癌的新生物标志物	首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选出FDFT1和PGRMC1作为NASH相关HCC的新型生物标志物	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探索NASH相关肝细胞癌的新型生物标志物	非酒精性脂肪肝(NAFLD)和NASH相关肝细胞癌	数字病理学	肝细胞癌	深度学习、WGCNA、PPI网络分析、实时定量PCR	深度学习神经网络	基因组数据	NAFLD小鼠模型
922	2025-04-12	Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503144 PMID:40206809	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）滑膜中中性粒细胞的存在与疾病活动性和炎症状态的关系	揭示了中性粒细胞在RA滑膜炎中的特定作用，尤其是在疾病活动性和治疗反应方面的关联	样本量较小（55例患者），且为回顾性研究	研究中性粒细胞在RA滑膜炎中的病理作用及其与临床表型的关系	55例RA患者的滑膜组织和临床数据	风湿病学	类风湿性关节炎	H&E染色和单细胞RNA测序	NA	组织病理学数据和临床数据	55例RA患者
923	2025-04-12	Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976 PMID:40207217	研究论文	本研究通过整合多种数据集和生物信息学工具，探讨了二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的意义，并建立了一个8基因的预后特征	首次在胰腺导管腺癌中研究二硫键凋亡的意义，并建立了一个新的预后特征模型，能够预测免疫检查点阻断的敏感性	研究样本量相对较小（20对PDAC样本），需要更大规模的验证	阐明二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的预后和免疫治疗潜力	胰腺导管腺癌(PDAC)	数字病理学	胰腺癌	RNA测序、单细胞转录组分析、空间转录组分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	20对PDAC样本及邻近正常组织
924	2025-04-12	Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544 PMID:40207230	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学分析，揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关免疫基因，并进行了功能验证	首次整合机器学习和多组学分析，识别出CFL1、HMCES和GIMAP1作为缺血性卒中的潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据库的基因表达数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关基因及其在疾病机制中的作用，以开发新的诊断和治疗策略	缺血性卒中患者的基因表达数据和核苷酸代谢相关基因	机器学习	缺血性卒中	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、LASSO回归、SVM-RFE、随机森林算法、CIBERSORT、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接	LASSO、SVM-RFE、Random Forest	基因表达数据	NA
925	2025-04-12	Understanding the heterogeneity of natural killer cells at the maternal-fetal interface: implications for pregnancy health and disease 2024-Nov-14, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae040 PMID:39570646	综述	本文综述了子宫自然杀伤（NK）细胞亚群的分类及其在妊娠健康和疾病中的作用	总结了基于表面标记、功能分子和发育阶段的经典分类方法，以及单细胞RNA测序为基础的聚类方法，并比较了不同妊娠相关疾病中NK细胞亚群的变化	NA	理解母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其对妊娠健康和疾病的影响	子宫自然杀伤（NK）细胞亚群	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
926	2025-04-12	Expansion effect of romiplostim on hematopoietic stem and progenitor cells versus thrombopoietin and eltrombopag 2024-Nov, International journal of hematology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s12185-024-03853-6 PMID:39302624	research paper	该研究比较了romiplostim、重组人TPO和eltrombopag对人类CD34+造血干细胞和祖细胞的体外扩增效果，并通过单细胞RNA-seq分析了romiplostim在分子水平上的影响	首次通过单细胞RNA-seq揭示了romiplostim在原始HSPC亚群中诱导的RHOA信号通路相关分子变化，以及与eltrombopag的差异	研究仅进行了体外实验，未验证体内效果	比较不同TPO受体激动剂对造血干细胞和祖细胞的作用机制差异	人类CD34+造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液学	再生障碍性贫血,特发性血小板减少性紫癜	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	人类CD34+细胞样本
927	2025-04-12	Gene expansions contributing to human brain evolution 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.26.615256 PMID:39386494	研究论文	该研究通过分析完整的人类基因组序列，识别出与人类大脑进化相关的复制基因家族，并通过斑马鱼模型验证这些基因在脑发育中的作用	首次利用完整的人类基因组序列（T2T-CHM13）识别人类特异性复制基因家族，并通过斑马鱼CRISPR敲除模型验证这些基因在脑发育中的潜在作用	研究主要基于基因组和转录组数据，功能验证仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	探索人类大脑进化的基因组驱动因素	人类基因组中的复制基因家族及其在脑发育中的作用	基因组学	NA	长读长DNA测序、CRISPR敲除、单细胞RNA-seq	斑马鱼模型	基因组序列、转录组数据	200个不同祖先背景的现代人类基因组
928	2025-04-12	A multi-platform analysis of human gingival crevicular fluid reveals ferroptosis as a relevant regulated cell death mechanism during the clinical progression of periodontitis 2024-05-27, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00306-y PMID:38802345	研究论文	该研究通过多平台分析揭示了铁死亡在牙周炎临床进展中的相关调控细胞死亡机制	首次在牙周炎患者中发现与铁死亡相关的蛋白质和过程，为进行性牙周疾病的分子机制提供了新见解	样本量较小（16名患者），且研究时间较短（12周）	探究铁死亡在牙周炎进展中的参与和意义	牙周炎患者及其龈沟液（GCF）样本	生物医学研究	牙周炎	蛋白质组学分析、生物信息学工具、Western blot验证、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	16名牙周炎诊断患者
929	2025-04-12	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	通过单细胞转录组测序和批量RNA-seq研究蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别相关关键基因以改进诊断和治疗策略	首次识别SAH相关巨噬细胞亚群，构建基于10个关键基因的诊断模型，并发现CD14、GPNMB、SPP1和PRDX5作为潜在治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证这些发现并探索靶点在SAH治疗中的临床意义	改进蛛网膜下腔出血的诊断和治疗策略	SAH大鼠模型中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序, 批量RNA-seq	CNN, 机器学习算法	RNA-seq数据	SAH大鼠模型的脑组织样本
930	2025-04-12	Characterizing Neutrophil Subtypes in Cancer Using scRNA Sequencing Demonstrates the Importance of IL1β/CXCR2 Axis in Generation of Metastasis-specific Neutrophils 2024-02-29, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0319 PMID:38358352	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录亚型及其发育谱系	首次全面比较健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录状态，并发现IL1β/CXCR2轴在转移特异性中性粒细胞生成中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究中性粒细胞在癌症中的异质性及其在转移过程中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌	scRNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据集和独立生成的人类和小鼠数据集
931	2025-04-12	Recent insights into the pathogenesis and therapeutic targets of chronic liver diseases 2023-Oct, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2023-100020 PMID:38074919	评论	本文综述了慢性肝病的发病机制及治疗靶点的最新研究进展	重点讨论了非编码RNA、自噬、肝外信号传导、巨噬细胞等在肝病中的作用，以及单细胞RNA测序在肝病研究中的应用	未提及具体研究数据或实验验证	探讨慢性肝病的发病机制及潜在治疗靶点	病毒性肝炎、酒精性肝病(ALD)、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)及肝癌	肝病学	慢性肝病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
932	2025-04-12	The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans 2022-05-13, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abl4896 PMID:35549404	research paper	该研究创建了一个包含来自24个不同组织和器官的近50万个细胞的人类参考图谱，用于分子表征细胞类型及其在组织间的分布	利用同一供体的多个组织，鉴定了T细胞在组织间的克隆分布、B细胞的组织特异性突变率，并分析了共享细胞类型在组织间的细胞周期状态和增殖潜力	NA	创建人类单细胞转录组图谱，以促进对细胞生物学和人体器官生理学的新理解	人类24个不同组织和器官的近50万个细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	近50万个细胞，来自24个不同组织和器官，许多来自同一供体
933	2025-04-11	Integrated bioinformatics analysis to develop diagnostic models for malignant transformation of chronic proliferative diseases 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000226 PMID:40201199	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，开发了用于慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型	整合PV和AML的公共数据集，识别差异表达基因并构建加权相关网络，开发诊断模型，并通过临床样本验证基因表达	慢性疾病转化的长期性使得PV患者AML转化前后的纵向高通量测序研究复杂化	开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型，解决早期检测和干预的挑战	PV和AML患者	生物信息学	白血病	RNA-seq, scRNA-seq, cMAP, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	NA
934	2025-04-11	Single-Cell Transcriptomics Identifies a Prominent Role for the MIF-CD74 Axis in Myasthenia Gravis Thymus 2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200384 PMID:40117520	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了MIF-CD74轴在重症肌无力胸腺中的重要作用	首次构建了EOMG患者胸腺淋巴细胞的单细胞转录谱，并发现MIF-CD74轴在B细胞存活信号传导中的主导作用	样本量较小（仅11例未接受免疫治疗的EOMG患者）	探究早发型AChR抗体阳性重症肌无力的胸腺增生机制	11例未接受免疫治疗的EOMG患者的胸腺淋巴细胞	单细胞转录组学	重症肌无力	单细胞转录组测序、多重组织学染色、ELISA	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	11例EOMG患者的胸腺样本
935	2025-04-11	Spatial transcriptomics delineates potential differences in intestinal phenotypes of cardiac and classical necrotizing enterocolitis 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112166 PMID:40201118	research paper	该研究通过空间转录组学比较了心脏性和经典坏死性小肠结肠炎（NEC）患者的回肠组织，揭示了两种亚型在细胞类型组成和功能上的差异	首次使用空间转录组学技术对心脏性和经典NEC的肠道表型进行系统比较，揭示了两种亚型在代谢和免疫细胞激活方面的功能差异	样本量有限，且仅分析了回肠组织，未涉及其他肠道部位	探究心脏性和经典坏死性小肠结肠炎在分子和细胞水平上的差异	坏死性小肠结肠炎患者的回肠组织	digital pathology	necrotizing enterocolitis	spatial transcriptomics	NA	transcriptomic data	未明确说明样本数量（NEC患者回肠组织）
936	2025-04-11	Regulatory T Cell Infiltration-Driven Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies SAP18 as a Prognostic Marker for Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-10, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01174-3 PMID:40208395	研究论文	通过整合GEO来源的批量RNA测序数据和单细胞转录组数据，开发了一个预后模型，并验证了SAP18作为食管鳞状细胞癌预后标志物的潜力	首次通过单细胞转录组分析揭示了Tregs在食管鳞状细胞癌免疫抑制微环境中的关键作用，并鉴定了SAP18作为新的预后标志物和治疗靶点	研究样本量可能有限，且需要在更大规模的临床队列中进一步验证模型的预测能力	探索Tregs在食管鳞状细胞癌免疫微环境中的作用，并开发预后预测模型	食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	RNA测序、单细胞转录组分析、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、CCK8、Transwell侵袭实验、划痕实验、集落形成实验、免疫荧光	预后预测模型	转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GEO数据库数据和临床标本
937	2025-04-11	IL-34 promotes the inflammatory role of the IL-1β-producing myeloid cells in pemphigus lesions 2025-Apr-09, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf130 PMID:40203120	research paper	本研究探讨了髓系细胞在天疱疮病变中形成异位淋巴样结构(ELSs)的作用，并发现IL-34通过促进IL-1β产生的髓系细胞在炎症和趋化途径中起关键作用	首次揭示了IL-34通过协同TNF-α增强IL1B_Macro分化，并证实角质形成细胞是天疱疮病变中IL-34升高的主要来源	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究天疱疮病变中髓系细胞在ELSs形成中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	天疱疮患者的皮肤病变组织	免疫学	天疱疮	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、体外培养实验	NA	RNA测序数据、免疫组化图像、流式细胞数据	未明确说明样本数量（天疱疮患者皮肤组织）
938	2025-04-11	Transcriptomic profiling of individual bacteria by MATQ-seq 2025-Apr-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01157-5 PMID:40204970	研究论文	本文介绍了一种基于MATQ-seq的细菌单细胞转录组测序方法，该方法具有高细胞保留率和适用于小样本量的特点	该方法整合了索引分选、随机引物和rRNA去除技术，显著提高了细胞保留率（95%），并能在每个细胞中检测到300-600个基因	NA	开发一种高效率和可靠的细菌单细胞转录组测序方法	细菌单细胞转录组	微生物组学	NA	MATQ-seq, scRNA-seq, FACS, rRNA去除	NA	转录组数据	使用Salmonella enterica等模式生物进行验证
939	2025-04-11	A robust diagnostic model for high-risk MASH: integrating clinical parameters and circulating biomarkers through a multi-omics approach 2025-Apr-09, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10792-9 PMID:40205303	研究论文	本研究旨在通过多组学方法开发一个稳健的高风险MASH诊断模型	整合循环生物标志物和临床参数，开发了ABD-LTyG预测模型，并验证其在诊断高风险MASH中的优越性	样本量相对较小，需要进一步扩大验证队列以确认模型的普适性	开发一个用于诊断高风险MASH的稳健模型	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）患者	数字病理学	肝病	蛋白质组学分析、转录组分析、scRNA-seq、免疫荧光双标记、LASSO回归	ABD-LTyG预测模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据、临床参数	发现队列144人，验证队列171人
940	2025-04-11	Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments 2025-Apr-09, Current Alzheimer research IF:1.8Q4 DOI:10.2174/0115672050376534250310061951 PMID:40207815	研究论文	本研究通过生物信息学分析和分子生物学实验，探讨了少突胶质细胞中NLRP3与阿尔茨海默病（AD）的潜在关联	结合生物信息学与分子生物学实验验证NLRP3在AD中的高表达及其与疾病的密切关系，并构建基于五个关键基因的诊断模型	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证	探索NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联，并构建AD诊断模型	阿尔茨海默病患者和健康对照的基因表达数据及少突胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	生物信息学分析、RT-PCR、免疫荧光、Western blot	LASSO回归、随机森林、SVM	基因表达数据	公共数据集中的AD患者和健康对照样本