单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-07-21	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文对九种现有的单细胞多组学数据整合方法进行了基准测试，评估了多组学数据在分析单模态数据中的指导作用以及这些方法从单模态数据中发现峰-基因关联的能力	首次系统地评估了多组学数据在单模态数据整合中的作用，并强调了多组学数据中足够数量的细胞核对于准确细胞类型注释的重要性	研究结果依赖于特定数据集，且未考虑所有可能的单细胞多组学整合方法	评估单细胞RNA测序和ATAC测序数据的联合整合算法，以提高细胞类型和状态注释的准确性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种数据集
922	2025-07-21	The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296700 PMID:37873287	研究论文	本研究探讨了改进的样本处理工作流程对基于深度学习的空间转录组学评估的影响	提出了一种改进的样本处理工作流程，结合Visium CytAssist检测的灵活性，实现了自动H&E染色、高分辨率全玻片成像以及多患者组织切片的多重分析	研究仅基于13例pT3期结直肠癌患者的小样本队列，且深度学习方法在空间转录组学中的应用仍面临高昂成本	提升空间转录组学工作流程的可靠性、分辨率和可扩展性，以更好地理解肿瘤生物学和改善临床结果	结直肠癌患者的组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学、Visium CytAssist检测	Inceptionv3	图像、基因表达数据	13例pT3期结直肠癌患者
923	2025-07-21	Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296701 PMID:37873186	研究论文	本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据，从结肠癌患者的全切片图像中推断空间mRNA表达模式的可行性	开发了一种细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，提高了空间分子分析的分辨率	初步结果需要严格的验证，包括与病理学家合作精确识别不同细胞类型，并使用更复杂的检测方法如Xenium以获得更深层次的亚细胞见解	研究结肠癌肿瘤异质性	pT3期结直肠癌患者的全切片图像	数字病理学	结肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	细胞图神经网络	图像，转录组数据	NA
924	2025-07-21	Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry 2023-07-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39895-3 PMID:37422469	研究论文	提出了一种名为CeLEry的监督深度学习算法，利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置	CeLEry算法通过变分自编码器进行数据增强，提高了方法的鲁棒性，能够克服scRNA-seq数据中的噪声，并能够推断细胞在多个层次上的空间起源	NA	解决单细胞RNA测序中细胞物理关系缺失的问题，恢复细胞的空间位置信息	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	监督深度学习算法, 变分自编码器	基因表达数据, 空间位置数据	多个数据集，包括脑组织和癌症组织
925	2025-07-21	Mapping disease regulatory circuits at cell-type resolution from single-cell multiomics data 2023-Jul, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-023-00476-5 PMID:37974651	研究论文	本文提出了一种名为MAGICAL的层次贝叶斯方法，用于从单细胞多组学数据中解析疾病相关的转录因子、染色质位点和基因调控回路	MAGICAL方法通过同时建模跨细胞和条件的信号变异，实现了高精度的调控回路推断，并能够区分宿主对不同感染的调控回路响应	NA	理解疾病状态下染色质重塑相关的基因表达变化	外周血单核细胞单细胞数据，来自血流感染患者和未感染对照	生物信息学	败血症	单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序	层次贝叶斯模型	单细胞多组学数据	NA
926	2025-07-21	A human liver organoid screening platform for DILI risk prediction 2023-05, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.01.019 PMID:36738840	研究论文	本研究评估了人类肝脏类器官（HLOs）在高通量药物性肝损伤（DILI）风险预测和器官芯片系统中的应用	利用人类肝脏类器官（HLOs）进行高通量DILI风险预测，并在器官芯片系统中验证其功能	研究仅使用了三个iPSC系衍生的HLOs，样本量有限	改进体外模型以预测DILI风险，考虑宿主遗传多样性和其他临床因素	人类肝脏类器官（HLOs）	数字病理学	药物性肝损伤（DILI）	单细胞转录组学、生化检测（白蛋白、ALT、AST）、显微镜形态分析	器官芯片系统	生化数据、显微镜图像、转录组数据	三个iPSC系衍生的HLOs
927	2025-07-21	SpaDecon: cell-type deconvolution in spatial transcriptomics with semi-supervised learning 2023-04-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04761-x PMID:37029267	研究论文	提出了一种名为SpaDecon的半监督学习方法，用于空间转录组学中的细胞类型去卷积	结合基因表达、空间位置和组织学信息进行细胞类型去卷积，性能优于现有方法	NA	提高空间转录组学数据中细胞类型空间分布的推断精度	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	半监督学习	基因表达数据、空间位置数据、组织学图像	四个真实SRT数据集和四个伪SRT数据集
928	2025-07-21	Characterization of Intestinal Mesenchymal Stromal Cells From Patients With Inflammatory Bowel Disease for Autologous Cell Therapy 2023-03-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad003 PMID:36869704	研究论文	本研究评估了炎症性肠病患者自体肠道间充质基质细胞（MSCs）的适应性和功能性，作为细胞治疗的潜在平台	研究发现IBD患者的MSCs具有正常的转录和免疫调节特性，且能够充分扩增，为自体细胞治疗提供了新的可能性	研究样本量较小（克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例），可能影响结果的普遍性	评估自体肠道MSCs在炎症性肠病治疗中的适用性	克罗恩病、溃疡性结肠炎患者及对照组的肠道MSCs	细胞治疗	炎症性肠病	显微镜检查、流式细胞术、bulk和单细胞RNA测序、30-plex Luminex panel	NA	基因表达数据、细胞表型数据	克罗恩病11例，溃疡性结肠炎12例，对照组14例
929	2025-07-21	Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice 2022-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159672 PMID:36519543	研究论文	本研究探讨了淋巴结中纤维网状细胞（FRCs）如何通过抗CD40L促进小鼠心脏移植耐受性	发现FRCs在抗CD40L诱导的移植耐受性中起关键作用，并开发了靶向淋巴结的纳米递送系统以增强抗CD40L效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究淋巴结在移植免疫耐受中的作用机制并开发新型免疫抑制策略	小鼠心脏移植模型和淋巴结微环境	移植免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序、纳米颗粒递送系统	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明数量的小鼠实验样本
930	2025-07-21	MuSiC2: cell-type deconvolution for multi-condition bulk RNA-seq data 2022-11-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac430 PMID:36208175	研究论文	提出了一种名为MuSiC2的迭代估计方法，用于在多临床条件下进行批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析	MuSiC2扩展了MuSiC方法，能够在批量RNA测序数据和单细胞RNA测序参考数据临床条件不同的情况下，更准确地估计细胞类型比例	需要至少一个临床条件与单细胞RNA测序参考数据不同，且依赖于参考数据的质量	提高在不同临床条件下批量RNA测序数据的细胞类型去卷积分析的准确性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	MuSiC2	RNA测序数据	两个批量RNA测序数据集（人类胰岛和人类视网膜）
931	2025-07-21	Tempo: an unsupervised Bayesian algorithm for circadian phase inference in single-cell transcriptomics 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34185-w PMID:36323668	研究论文	介绍了一种名为Tempo的无监督贝叶斯算法，用于从单细胞转录组数据中推断昼夜节律相位	Tempo结合了昼夜节律的领域知识，并量化了相位估计的不确定性，相比现有方法提供了更准确的相位估计	未提及具体的数据集或实验验证范围	解决单细胞RNA测序数据中昼夜节律相位推断的准确性和不确定性量化问题	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯变分推断	转录组数据	NA
932	2025-07-21	A multi-use deep learning method for CITE-seq and single-cell RNA-seq data integration with cell surface protein prediction and imputation 2022-Nov, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-022-00545-w PMID:36873621	研究论文	本文提出了一种名为sciPENN的多用途深度学习方法，用于整合CITE-seq和单细胞RNA-seq数据，预测细胞表面蛋白表达，并进行数据插补	sciPENN方法支持CITE-seq和scRNA-seq数据整合、蛋白表达预测和插补、预测和插补不确定性的量化，以及细胞类型标签从CITE-seq到scRNA-seq的转移	NA	克服CITE-seq和scRNA-seq数据整合中的计算挑战，提高数据利用率以揭示细胞群体异质性	CITE-seq和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	免疫相关疾病、流感和COVID-19	CITE-seq, scRNA-seq	深度学习	RNA和蛋白表达数据	多个数据集
933	2025-07-21	Insight into 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin-induced disruption of zebrafish spermatogenesis via single cell RNA-seq 2022-Jul, PNAS nexus IF:2.2Q1 DOI:10.1093/pnasnexus/pgac060 PMID:35799832	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究2,3,7,8-四氯二苯并-p-二噁英（TCDD）对斑马鱼精子发生的破坏作用	首次利用单细胞RNA测序技术揭示TCDD暴露对斑马鱼睾丸中不同细胞类型的差异影响	研究仅针对斑马鱼模型，结果向人类转化的适用性有待验证	探究环境污染物TCDD导致雄性不育的分子机制	斑马鱼睾丸组织	环境毒理学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 10x Genomics平台	NA	RNA测序数据	发育期暴露TCDD的成年斑马鱼睾丸组织
934	2025-07-21	Single-cell transcriptomic profiling of lung endothelial cells identifies dynamic inflammatory and regenerative subpopulations 2022-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.158079 PMID:35511435	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了肺内皮细胞在炎症刺激下的动态变化，识别了两种主要亚群：免疫反应型内皮细胞（immuneEC）和血管发育型内皮细胞（devEC）	首次在肺微血管内皮中识别出具有不同功能倾向的亚群，并揭示了Sox17在抑制炎症激活中的作用	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探索肺内皮细胞在炎症损伤中的异质性响应机制	肺内皮细胞	单细胞转录组学	肺部炎症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Seurat聚类分析	单细胞转录组数据	35,973个肺内皮细胞（来自LPS诱导的炎症损伤模型、SARS-CoV-2感染的灵长类动物和H1N1流感病毒感染的小鼠）
935	2024-08-07	Integrated single-cell sequencing and histopathological analyses reveal diverse injury and repair responses in a participant with acute kidney injury: a clinical-molecular-pathologic correlation 2022-06, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2022.03.011 PMID:35339536	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
936	2025-07-21	PLCG2 is associated with the inflammatory response and is induced by amyloid plaques in Alzheimer's disease 2022-02-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01022-0 PMID:35180881	研究论文	本研究探讨了PLCG2在阿尔茨海默病(AD)中的表达及其与炎症反应和淀粉样斑块的关系	首次在人类AD患者和5xFAD小鼠模型中系统研究了PLCG2的表达模式及其与淀粉样病理的相关性，并通过单细胞RNA测序揭示了PLCG2参与的炎症相关通路	研究主要基于相关性分析，PLCG2在AD中的具体作用机制仍需进一步功能实验验证	阐明PLCG2在阿尔茨海默病病理生理中的作用及其潜在治疗价值	晚发性阿尔茨海默病患者脑组织(1249例RNA-Seq数据)和5xFAD转基因小鼠模型	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	RNA-Seq(包括bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq)，免疫染色	5xFAD转基因小鼠模型	基因表达数据，组织病理数据	1249例人类脑组织RNA-Seq数据，5xFAD小鼠模型
937	2025-07-21	Deep learning tackles single-cell analysis-a survey of deep learning for scRNA-seq analysis 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab531 PMID:34929734	综述	本文综述了深度学习在单细胞RNA测序分析中的应用，涵盖了25种深度学习算法及其在scRNA-seq处理流程中的适用性	建立了变分自编码器、自编码器、生成对抗网络和监督深度学习模型的统一数学表示，并比较了这些模型的训练策略和损失函数	NA	探讨深度学习在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器、自编码器、生成对抗网络、监督深度学习模型	单细胞RNA测序数据	NA
938	2025-07-21	Single-cell transcriptomics reveals lasting changes in the lung cellular landscape into adulthood after neonatal hyperoxic exposure 2021-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2021.102091 PMID:34417156	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了新生儿高氧暴露对肺细胞景观的长期影响	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了新生儿高氧暴露后肺细胞亚群的长期变化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究新生儿高氧暴露对成年后肺功能的长远影响	新生小鼠和需要机械通气的早产儿	生物医学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过10,000个细胞，45个细胞簇，32种细胞状态
939	2025-07-21	Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0255706 PMID:34780480	研究论文	研究Kdm6a基因缺陷在小鼠造血细胞中导致的年龄和性别依赖性骨髓增生异常综合征样表型	揭示了Kdm6a基因缺陷在造血干细胞和祖细胞中的特异性作用及其与年龄和性别相关的表型	研究未观察到明显的白血病发展或死亡，且表型仅限于雌性小鼠	探讨Kdm6a基因在正常造血过程中的作用及其在急性髓系白血病发病机制中的潜在贡献	雌性Kdm6a基因敲除小鼠	分子生物学	骨髓增生异常综合征	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因组和转录组数据	雌性Kdm6aflox/flox小鼠
940	2025-07-21	The cellular basis of distinct thirst modalities 2020-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2821-8 PMID:33057193	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了不同口渴模态的细胞基础	首次识别了介导渗透性口渴和低血容量性口渴的特定神经元类型组合	研究主要基于动物模型，人类相关机制仍需进一步验证	揭示大脑中不同口渴模态的编码机制	终板器官中的兴奋性和抑制性神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(stimulus-to-cell-type mapping), 光遗传学	NA	基因表达数据	NA