单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-09-07	Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks 2025-Oct, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2025.102387 PMID:40774064	综述	本文讨论比较转录组学领域在技术发展、系统发育覆盖和建模框架三个方向的演变趋势	系统总结了单细胞与空间转录组技术带来的范式转变、更广泛的系统发育覆盖以及机器学习驱动的新建模框架	NA	探讨比较转录组学领域的演进方向和发展趋势	转录组数据与进化生物学研究	生物信息学	NA	RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA
922	2025-09-07	Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation 2025-Sep-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509952 PMID:40913516	研究论文	本研究探讨巨噬细胞ARID3A通过THBS1/CD47信号通路调控中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而影响心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的机制	首次揭示M1巨噬细胞通过THBS1/CD47-p38 MAPK轴促进NETosis的新机制，并发现4-OI可通过特异性抑制ARID3A减轻心肌损伤	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的细胞互作机制并寻找治疗靶点	心肌细胞、中性粒细胞、巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子对接分析、基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据、分子相互作用数据	髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型
923	2025-09-07	Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology" 2025-Sep-06, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01839-5 PMID:40913665	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
924	2025-09-07	Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 2025-Sep-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003312 PMID:39329281	研究论文	本研究系统比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征，包括转录组差异及其对免疫微环境的影响	首次对四种不同诱导方式（UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭诱导）的衰老模型与天然衰老成纤维细胞进行多维度对比分析	D-半乳糖刺激模型未能清晰呈现衰老特征，模型间存在显著差异可能导致适用范围受限	比较人类原代皮肤成纤维细胞在不同衰老模型中的转录组特征	人类皮肤原代成纤维细胞（来自儿童和老年供体）及四种衰老诱导模型	细胞生物学	皮肤疾病	流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、细胞表型数据	儿童和老年供体的皮肤原代成纤维细胞，以及四种诱导衰老模型
925	2025-09-07	What makes the human brain special - from cellular function to clinical translation 2025-Sep-05, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00120.2025 PMID:40912899	综述	本文回顾并强调了人类大脑从分子表达到细胞特性及临床转化挑战与前景的专门化研究	采用多模态方法直接研究人类神经元、胶质细胞和皮质回路与其他物种的显著差异，并推动人类组织样本疾病建模的发展	NA	理解人类大脑从细胞到系统水平的独特差异，并克服从动物研究到患者护理的转化鸿沟	人类神经元、胶质细胞、皮质回路及人类组织样本	神经科学	NA	单细胞和网络记录、单细胞转录组学、形态学分析	NA	组织样本、转录组数据、形态数据	NA
926	2025-09-07	Unraveling cellular dynamic changes in tumor evolution induced by long-term low dose-rate radiation 2025-Sep-05, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03128-9 PMID:40913060	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术探究长期低剂量率辐射诱导肿瘤演化的细胞动态变化与分子机制	首次揭示长期低剂量率辐射通过ANGPTL4-SDC4配体-受体对增强细胞恶性程度，并系统阐明其促进肺癌早期演化的动态过程	研究主要基于BEAS-2B细胞模型，临床相关性及人体适用性需进一步验证	揭示长期低剂量率辐射对肿瘤恶性演化的生物学影响及分子机制	BEAS-2B细胞系及辐射诱导的肺癌肿瘤细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, FACS, 分子对接, 多重免疫组化, qRT-PCR, 免疫共沉淀	细胞轨迹分析模型	单细胞转录组数据, 蛋白互作数据, 基因表达数据	BEAS-2B细胞辐射模型及衍生肿瘤细胞（具体数量未明确说明）
927	2025-09-07	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	开发了一种名为STAMP的可扩展单细胞多模态分析技术，通过成像平台替代测序实现低成本、高通量的细胞转录组和蛋白质组分析	利用成像技术替代传统测序，首次实现同时保留细胞结构和形态的多模态（RNA、蛋白质和H&E）单细胞分析，支持百万级细胞的高效分析	NA	克服单细胞RNA测序的可扩展性限制和高成本问题，开发更经济高效的单细胞分析技术	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	数字病理学	NA	转录组和蛋白质组成像技术	NA	图像、转录组数据、蛋白质组数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
928	2025-09-07	Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023 PMID:40645177	研究论文	本研究探讨了针对HTLV-1c感染的预防和治疗策略，通过人源化小鼠模型验证联合抗逆转录病毒疗法与MCL-1抑制的有效性	首次建立HTLV-1c人源化小鼠模型，发现MCL-1特异性抑制剂（而非其他BCL-2家族抑制剂）可选择性清除感染细胞，并与抗病毒药物协同作用	研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；未探讨长期毒副作用	开发针对HTLV-1c病毒感染的预防和治疗方案	人源化小鼠模型及HTLV-1c感染的细胞	病毒学与免疫治疗	病毒性感染（HTLV-1相关疾病）	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、细胞内流式细胞术、BH3模拟化合物药理抑制	NA	基因表达数据、流式细胞数据	人源化小鼠模型（具体数量未明确说明）
929	2025-09-07	Bone marrow immune remodeling in depression: TNF/NF-κB mediated leukocyte redistribution and construction of an interpretable predictive model 2025-Sep-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115487 PMID:40911995	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习模型，揭示了压力诱导抑郁中骨髓免疫重塑的分子机制并开发了预测模型	发现TNF/NF-κB通路介导的白细胞重新分布机制，并首次构建基于外周血多参数的可解释抑郁症预测模型	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明压力通过神经免疫相互作用导致抑郁的分子机制并开发诊断生物标志物	心理应激小鼠模型和人类外周血参数	机器学习	抑郁症	单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质相互作用网络、SHAP分析	随机森林(RF)	外周血多参数数据、单细胞测序数据	小鼠应激模型及对应外周血参数数据集
930	2025-09-07	The food-derived metabolite trimethylamine and trimethylamine-N-oxide promote colorectal cancer progression via SREBF1 2025-Sep-04, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118996 PMID:40912095	研究论文	研究食物代谢物三甲胺（TMA）和三甲胺-N-氧化物（TMAO）通过SREBF1调控机制促进结直肠癌进展	首次揭示TMA和TMAO通过激活PI3K/AKT信号通路并依赖SREBF1介导促进结直肠癌细胞增殖的机制	机制研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMA和TMAO对结直肠癌进展的影响及其分子机制	结直肠癌细胞系和小鼠皮下肿瘤模型	肿瘤生物学	结直肠癌	实时PCR、Western blotting、细胞活力与迁移实验、凋亡分析、单细胞RNA测序、肿瘤异种移植模型	NA	分子生物学数据、基因表达数据、体内外实验数据	细胞实验和动物模型（具体样本数量未明确说明）
931	2025-09-07	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2灭活疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和巨噬细胞等先天免疫细胞在预防COVID-19中的关键作用	首次阐明灭活COVID-19疫苗训练的特定NK细胞亚群（CD56dimNKG2C+）与M2样巨噬细胞协同保护机制，并发现老年人群体中这些适应性细胞缺陷现象	研究主要基于恒河猴模型，人类数据仍需进一步验证；老年人样本的保护性缺陷机制需要更深入研究	评估SARS-CoV-2疫苗在先天免疫层面的保护效果，为疫苗研发提供新视角	恒河猴模型和人类外周血单个核细胞，重点关注NK细胞、巨噬细胞和T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	恒河猴模型和人类参与者（特别包含老年人群）
932	2025-09-07	CRISPR for cystic fibrosis: Advances and insights from a systematic review 2025-Sep-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.06.021 PMID:40534129	系统综述	本文系统综述了CRISPR基因编辑技术在囊性纤维化治疗中的应用进展，分析了27篇相关研究文章	通过跨研究比较，系统分析了多种CRISPR技术对CFTR基因不同突变的编辑效率、策略设计和功能恢复水平	需要更标准化的编辑效率和功能恢复报告标准，缺乏足够的单细胞RNA测序和体内研究数据	为基于CRISPR的基因编辑方法在囊性纤维化治疗中的进一步探索提供技术见解	囊性纤维化患者CFTR基因的致病突变	基因编辑	囊性纤维化	CRISPR基因编辑技术，包括同源定向修复、碱基编辑和引物编辑	NA	研究文献数据	27篇研究文章，涵盖超过15种CFTR基因突变，其中F508del和W1282X突变研究最为广泛
933	2025-09-07	Recognition of molecular clusters and a novel prognostic signature based on natural killer cell-related genes in skin cutaneous melanoma 2025-Sep-03, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03975-z PMID:40903770	研究论文	基于自然杀伤细胞相关基因识别皮肤黑色素瘤的分子亚型并构建新型预后标志物	首次基于NK细胞相关基因对SKCM进行分子分型，并整合多种机器学习算法构建12基因预后特征	基于公共数据库的回顾性分析，需进一步实验验证	开发皮肤黑色素瘤的预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者样本	生物信息学	皮肤黑色素瘤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, 机器学习算法	Cox回归模型, 多种机器学习算法组合	基因表达数据, 临床预后数据	来自TCGA、GEO等公共数据库的SKCM样本
934	2025-09-07	NUTM2A-AS1 as a potential key regulator in cancer: unraveling its ceRNA networks and impact on tumor biology 2025-Sep-03, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-03019-y PMID:40903777	综述	本文全面综述了长链非编码RNA NUTM2A-AS1在多种癌症中的ceRNA调控机制及其临床意义	系统整合了NUTM2A-AS1在不同癌种中的ceRNA作用网络，揭示了其通过海绵吸附miRNA调控关键致癌通路的新机制	缺乏体内实验和临床试验数据，需要未来研究进一步验证其治疗靶点潜力	阐明NUTM2A-AS1在癌症发生发展中的调控作用及其作为生物标志物的潜力	多种癌症类型（胃癌、肝癌、神经母细胞瘤等）及相关的分子机制	肿瘤生物学	多癌种（包括胃癌、肝癌、肺癌、前列腺癌等）	生物信息学分析、CRISPR、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床数据、生物信息学数据	NA（基于文献系统评价，未报告具体样本量）
935	2025-09-07	Tenascin-C expression in relation to tumor-stroma interaction in ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示肿瘤-间质相互作用通过增强肿瘤源性TN-C表达促进成釉细胞瘤细胞迁移，并发现TN-C在侵袭前沿和恶性转化区域特异性高表达	NA	阐明Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及临床意义	成釉细胞瘤标本、AM-1细胞系和人牙周膜成纤维细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	免疫组化分析、RNA原位杂交、空间转录组学、共培养实验	NA	组织切片图像、基因表达数据	成釉细胞瘤标本（具体数量未注明）和体外细胞系模型
936	2025-09-07	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了一个名为GreenCells的综合性数据库，专门用于在单细胞水平探索植物长链非编码RNA（lncRNA）	首个专门针对植物lncRNA的单细胞分析资源，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因而忽略lncRNA的空白	NA	研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能	八种植物的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	整合了八种植物的scRNA-seq数据，识别了2,177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因
937	2025-09-07	Establishment of Drosophila intestinal cell lines as tools for multiomic screening and deciphering intestinal biology 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17336-z PMID:40897748	研究论文	本研究建立了首个果蝇肠道细胞系，用于多组学筛选和肠道生物学研究	首次成功建立果蝇肠道来源的细胞系，填补了该模型系统长期缺乏肠道细胞系的空白	NA	建立果蝇肠道细胞系工具，用于研究肠道发育、上皮组织和害虫管理	果蝇胚胎肠道细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、3D球体培养	NA	基因表达数据、形态学数据	三个细胞系（包括L15系）
938	2025-09-07	Single cell RNA seq reveals the pro-regenerative phenotype of thrombospondin-2 deficient dermal fibroblasts 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15839-3 PMID:40897801	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示血小板反应蛋白-2缺陷型真皮成纤维细胞具有促再生表型	首次在单细胞水平证明TSP2缺失导致Sox10+多能祖细胞富集并减少纤维化亚群，发现PDGF-β促存活信号增强和BMP4分化信号抑制的新机制	NA	探究血小板反应蛋白-2缺失对真皮成纤维细胞异质性和组织修复能力的影响	野生型和TSP2基因敲除小鼠的皮肤成纤维细胞	单细胞组学	组织修复与再生	scRNA-seq（单细胞RNA测序），免疫染色，计算机模拟分析	NA	单细胞转录组数据，图像数据	野生型和TSP2 KO小鼠的皮肤成纤维细胞样本
939	2025-09-07	Spatial transcriptomics of retinoblastoma: a visual window on intra-patient heterogeneity 2025-Sep-02, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14814-5 PMID:40898088	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析视网膜母细胞瘤的组织异质性，揭示组织学观察与分子分型之间的强相关性	首次在视网膜母细胞瘤中实现相邻分子亚型1和2的空间映射，并挑战了视网膜细胞瘤与高分化亚型1的现有诊断界限	仅基于单个病例的16个感兴趣区域进行分析，样本量有限	探索视网膜母细胞瘤的瘤内异质性及分子分型与组织学特征的关系	视网膜母细胞瘤肿瘤组织及非肿瘤视网膜组织	数字病理学	视网膜母细胞瘤	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，组织学图像	1例原发性眼球摘除病例，16个感兴趣区域
940	2025-09-07	A single-cell transcriptome atlas of pig skin reveals cellular heterogeneity from embryonic development to postnatal aging 2025-Sep-02, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02390-w PMID:40898171	研究论文	构建猪皮肤从胚胎发育到出生后衰老的单细胞转录组图谱，揭示细胞异质性和关键细胞类型的功能动态	首次在猪模型中跨10个发育阶段系统绘制皮肤单细胞图谱，发现新型AUTS2⁺成纤维细胞亚型并解析其神经调节功能	NA	解析哺乳动物皮肤发育和衰老的细胞分子机制	Chenghua猪皮肤组织	单细胞组学	皮肤生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	443,529个细胞，涵盖胚胎56天至出生后7年共10个发育阶段