单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-06-24	NDRG1-Driven Lactate Accumulation Promotes Lung Adenocarcinoma Progression Through the Induction of an Immunosuppressive Microenvironment 2025-Jun-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501238 PMID:40539245	研究论文	研究揭示了NDRG1通过促进乳酸积累诱导免疫抑制微环境，从而推动肺腺癌进展的机制	首次发现NDRG1通过稳定LDHA促进乳酸积累，进而诱导免疫抑制微环境，并证实其可作为免疫治疗的新靶点	研究主要基于临床前模型和回顾性临床数据，需要进一步的前瞻性临床试验验证	探究NDRG1在肺腺癌进展中的作用机制及其作为免疫治疗靶点的潜力	肺腺癌患者的肿瘤组织、免疫细胞和临床数据	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组关联研究(GWAS)	NA	基因表达数据、临床数据	30例LUAD样本的scRNA-seq数据、29,863例患者和55,586例对照的GWAS数据、220例LUAD患者的临床数据
922	2025-06-24	A Nano-Electro-Platform Enabling Evolutionary Screening and Remodeling of Tumor Cells for Metastasis Inhibition 2025-Jun-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507684 PMID:40539389	研究论文	介绍了一种纳米电平台，用于筛选和重塑肿瘤细胞以抑制转移	开发了一种非侵入性筛选高侵袭性肿瘤细胞亚群的方法，并利用纳米孔聚焦电场对细胞进行基因重塑，生成具有增强靶向和治疗能力的细胞外囊泡	研究仅在肺癌转移模型中进行验证，未涉及其他癌症类型	开发一种有效抑制肿瘤转移的策略	高侵袭性肿瘤细胞亚群	纳米技术	肺癌	单细胞测序、纳米孔聚焦电场	NA	NA	NA
923	2025-06-24	SGCD: High-Resolution Spatial Domain Characterization via Data Interpolation and Cell-Type Deconvolution 2025-Jun-20, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506176 PMID:40539696	研究论文	提出了一种基于数据插值和细胞类型反卷积的新方法SGCD，用于高分辨率组织空间域的表征	SGCD通过插值技术估计细胞间基因表达数据，并利用反卷积提取细胞类型信息，结合基因表达、细胞类型和空间位置数据，通过图对比学习精确划分复杂空间域	NA	解决传统空间域识别方法在低分辨率空间转录组数据中忽略关键信息的问题，提高空间域识别的准确性和细节	组织空间域	空间转录组学	胰腺导管腺癌, 乳腺癌	数据插值, 细胞类型反卷积, 图对比学习	SGCD	基因表达数据, 细胞类型数据, 空间位置数据	多个公开数据集（包括人类背外侧前额叶皮层、小鼠大脑、胰腺导管腺癌和乳腺癌）
924	2025-06-24	High glucose burden disrupts the glucose responsiveness of human pancreatic beta cells encapsulated in alginate fibers during Long-Term culture 2025-Jun-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149639 PMID:40544971	research paper	研究高葡萄糖负荷下人类胰腺β细胞在藻酸盐纤维中长期培养时葡萄糖响应性的破坏机制	使用藻酸盐封装技术长期培养人类胰岛细胞，并通过RNA测序和单细胞RNA测序鉴定与β细胞功能障碍相关的候选基因	研究仅基于体外培养模型，可能无法完全反映体内情况	探究高葡萄糖负荷对人类胰腺β细胞葡萄糖响应性的影响及其分子机制	人类胰岛细胞	细胞生物学	糖尿病	RNA测序, 单细胞RNA测序	体外培养模型	基因表达数据	两个不同批次的人类胰岛细胞培养样本
925	2025-06-24	Hepatocyte ApoJ accelerates injury-induced liver fibrosis by activation STAT3 through Ranbp2 mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	research paper	研究探讨了肝细胞ApoJ通过激活STAT3信号通路加速肝纤维化的机制	揭示了ApoJ通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3，进而促进肝纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的转化需进一步验证	探究肝细胞ApoJ如何调控STAT3通路以激活肝星状细胞（HSCs）的旁分泌信号	肝细胞、肝星状细胞（HSCs）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型	小鼠模型	基因表达数据	肝纤维化小鼠模型和肝硬化患者的单细胞RNA测序数据
926	2025-06-24	Insights into tissue- and cell type-specific effects of Grb10 on pig skeletal muscle growth by multi-omics analysis 2025-Jun-20, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2910-7 PMID:40545505	研究论文	通过多组学分析揭示Grb10在猪骨骼肌生长中的组织和细胞类型特异性效应	结合基因组学、转录组学、表观基因组学和单细胞转录组学，首次在肥胖和瘦肉型猪中鉴定出GRB10的特异性及其转录因子KLF15的肌肉特异性启动子	研究主要聚焦于猪模型，人类中的保守性验证尚不充分	探究GRB10在肌肉生长调控中的关键作用及其在肥胖和瘦肉型猪中的差异	肥胖和瘦肉型猪的骨骼肌组织及细胞	基因组学与生物信息学	肥胖	基因组学、转录组学、表观基因组学、单细胞转录组学、双荧光素酶报告实验、染色质免疫沉淀（ChIP）	NA	基因组数据、转录组数据、表观基因组数据、单细胞RNA测序数据	肥胖和瘦肉型猪的骨骼肌组织及细胞样本
927	2025-06-24	Lineage-resolved analysis of embryonic gene expression evolution in C. elegans and C. briggsae 2025-Jun-19, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adu8249 PMID:40536976	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，比较了秀丽隐杆线虫和布里格斯线虫在胚胎发育过程中基因表达模式的进化约束	利用两种线虫的保守不变胚胎谱系，系统性地比较了跨物种细胞类型基因表达的进化差异	研究仅针对两种线虫，可能无法完全代表其他物种的基因表达进化模式	探究胚胎发育过程中基因表达模式进化的约束机制	秀丽隐杆线虫(C. elegans)和布里格斯线虫(C. briggsae)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	两种线虫的胚胎细胞
928	2025-06-24	Gap junction protein beta 5 interacts with Gαi3 to promote Akt activation and cervical cancer cell growth 2025-Jun-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07768-w PMID:40537499	研究论文	本研究探讨了间隙连接蛋白β5（GJB5）在宫颈癌中的表达及其功能意义，揭示了其通过Gαi3促进Akt激活和癌细胞生长的机制	首次发现GJB5与Gαi3的相互作用，并阐明其在Akt-mTOR信号通路激活中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床转化仍需进一步验证	寻找宫颈癌的新治疗靶点	宫颈癌细胞和肿瘤组织	癌症生物学	宫颈癌	shRNA、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据、蛋白质相互作用数据	TCGA数据库中的宫颈癌组织样本、原代人类宫颈癌细胞、异种移植模型
929	2025-06-24	scExtract: leveraging large language models for fully automated single-cell RNA-seq data annotation and prior-informed multi-dataset integration 2025-Jun-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03639-x PMID:40537825	研究论文	介绍了一个名为scExtract的框架，利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据的分析，包括预处理、注释和整合	利用大型语言模型自动化单细胞RNA测序数据分析，并引入了scanorama-prior和cellhint-prior方法，整合先验注释信息以改进批次校正	NA	自动化单细胞RNA测序数据的分析，提高数据注释和整合的效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	大型语言模型	单细胞RNA测序数据	14个数据集，共440,000个细胞
930	2025-06-24	Single-Cell Sequencing Screening of Biomarkers Associated with Lipophagy in the MPTP Model Mice of Parkinson's Disease 2025-Jun-19, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05014-0 PMID:40537664	研究论文	通过单细胞测序技术筛选与帕金森病模型中脂噬作用相关的生物标志物	首次在帕金森病模型中利用单细胞测序技术筛选与脂噬作用相关的生物标志物，并发现Ubb、Gapdh、Cox4i1和Hsp90aa1作为潜在生物标志物	样本量较小（PD组和对照组各3只小鼠），可能影响结果的普遍性	探索脂噬作用在帕金森病发病机制中的具体作用机制	MPTP诱导的帕金森病模型小鼠脑组织	数字病理学	帕金森病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	单细胞转录组数据	6只小鼠（PD组3只，对照组3只）
931	2025-06-24	Single-Cell Transcriptome Patterns of Transposable Elements in Alzheimer's Disease 2025-Jun-19, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05140-9 PMID:40537665	研究论文	本研究通过单细胞核RNA测序技术分析了阿尔茨海默病患者前额叶皮层样本中可转座元件的转录模式	首次报道了阿尔茨海默病不同脑细胞类型中可转座元件转录的特异性模式	研究仅基于前额叶皮层样本，未涵盖其他脑区	探究可转座元件转录在阿尔茨海默病发病机制中的作用	阿尔茨海默病患者前额叶皮层细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞核RNA测序(sc/snRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	143,951个细胞
932	2025-06-24	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jun-19, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	探讨防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示其与疾病发病机制的关系	首次通过单细胞RNA测序技术分析非梗阻性无精子症中免疫相关基因的表达模式，并发现多个关键基因的异常表达	研究主要基于基因表达数据，缺乏功能实验验证这些基因在疾病中的具体作用机制	研究非梗阻性无精子症的发病机制，特别是免疫失调在其中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集的分析，具体样本数量未明确说明
933	2025-06-24	Sequence Diversity and Encoded Enzymatic Differences of Monocistronic L1 ORF2 mRNA Variants in the Aged Normal and Alzheimer's Disease Brain 2025-Jun-18, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025 PMID:40368603	research paper	该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31例阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑皮层样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性	研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA序列变异，其编码的RT和EN活性范围广泛，支持了这些变异在人类大脑中的内源性功能能力	研究样本量相对较小（31例），且主要关注大脑皮层，可能无法全面反映其他脑区的状况	探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中单顺反子L1 ORF2 mRNA变异的序列多样性及其编码的酶活性差异	31例阿尔茨海默病和非疾病人类大脑皮层样本	分子生物学	阿尔茨海默病	PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学、酶功能测定	NA	RNA序列数据、酶活性数据	31例人类大脑样本（包括AD和ND）
934	2025-06-24	In mice, discrete odors can selectively promote the neurogenesis of sensory neuron subtypes that they stimulate 2025-Jun-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96152 PMID:40531183	研究论文	研究发现特定气味能选择性促进小鼠嗅觉感觉神经元亚型的神经发生	揭示了特定气味体验能选择性‘放大’特定嗅觉感觉神经元亚型，表明持续的神经元发生部分具有适应性功能	研究仅在小鼠中进行，未涉及其他哺乳动物	探究嗅觉刺激如何及为何加速某些嗅觉感觉神经元亚型的神经发生速率	小鼠的嗅觉感觉神经元（OSNs）	神经科学	NA	scRNA-seq和亚型特异性OSN出生日期测定	NA	基因表达数据	小鼠样本
935	2025-06-24	Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657944 PMID:40501930	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了母体暴露于环境相关Fox River多氯联苯混合物对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露如何通过内质网应激介导的途径，特异性影响雌性后代肝脏中不同细胞类型的转录组重编程	研究仅关注了雌性后代且仅在出生后第28天进行观察，未探讨性别差异和更长期的影响	探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响机制	围产期暴露于PCB的雌性小鼠的肝脏组织	毒理学	代谢紊乱	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	出生后第28天的雌性小鼠肝脏组织
936	2025-06-24	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	research paper	该研究通过整合新的固定细胞数据集与已发表的活细胞数据，更新了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱，揭示了细胞类型和发育过程的新见解	发现了新的假定免疫细胞群体、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个茎部特异性细胞类型，以及完整的刺细胞发育轨迹	之前的图谱在细胞数量和转录组深度上有限，且细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的喂养多足体和茎部组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞
937	2025-06-24	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	research paper	利用基于成像的空间转录组学分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	首次创建了人类婴儿肺发育和损伤的空间转录组图谱，揭示了组织结构和分子空间关系在发育过程中的协调及疾病中的破坏	样本量相对有限（17例），且主要关注急性新生儿肺损伤	阐明肺器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制	17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像基空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17例人类婴儿肺组织，约120万个细胞
938	2025-06-24	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现两种成纤维细胞亚群在纤维化过程中的不同作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定瘢痕疙瘩中POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞的差异及其在纤维化中的相反作用	样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模的研究验证	探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新型抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织	单细胞多组学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
939	2025-06-24	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-06, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫系统多层次异质性中的应用	利用scRNA-seq和ST技术系统性地研究了皮肤免疫功能的分子和细胞特征，揭示了细胞类型在维持稳态和疾病中的相互作用	NA	探讨皮肤免疫系统的多层次异质性及其在疾病中的作用	皮肤免疫细胞及其空间组织	生物医学	皮肤疾病	scRNA-seq, ST	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
940	2025-06-24	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	该研究探讨了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的新策略	发现SRC激酶作为成纤维细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同抑制纤维化	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用的可行性尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新方法	心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集