单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-04-26	Comprehensive analysis of breast cancer oxidative stress related gene signature: a combination of bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Apr-24, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10130-2 PMID:40274661	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，用于评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	结合大量和单细胞RNA测序分析，开发了氧化应激相关评分模型，并识别了转录因子TFAP2B作为高OSRS细胞的关键调控因子	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	开发一个基于氧化应激相关基因的预后基因特征，评估乳腺癌患者的预后和免疫状态	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	Lasso回归, 多变量Cox回归	RNA-seq数据, 临床信息	NA
922	2025-04-26	Nuclear IL-1α Triggers Pyroptosis in Porcine Intramuscular Preadipocytes 2025-Apr-24, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00112 PMID:40275457	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序发现猪肌内脂肪中的脂肪祖细胞在成脂分化过程中高表达炎症基因IL-1α，并揭示了核IL-1α通过IRF2-NOCT-ROS途径促进猪肌内脂肪细胞焦亡的新机制	首次揭示了核IL-1α在焦亡调控中的新功能及其通过IRF2-NOCT-ROS信号通路的作用机制	研究仅针对猪肌内脂肪细胞，未在其他物种或组织类型中验证该机制	探究核IL-1α在猪肌内脂肪细胞中的功能及其调控机制	猪肌内脂肪前体细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量（猪肌内脂肪组织）
923	2025-04-26	Single-cell RNA sequencing revealed the immunophenotypic features of macrophages in cardiac transplants and uncovered Lgals9 promoted their polarization toward the M2b subtype 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf009 PMID:39835675	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了心脏移植中巨噬细胞的免疫表型特征，并发现Lgals9促进其向M2b亚型极化	发现了一种新的巨噬细胞亚群'Myoz2+ MAC'，并揭示了Lgals9在巨噬细胞极化中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索心脏移植中巨噬细胞的基因组特征及其在移植排斥反应中的作用	小鼠心脏移植模型中的巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blotting, 流式细胞术, ELISA	小鼠心脏移植模型	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，使用小鼠心脏移植模型
924	2025-04-26	Histone HIST1 genes and tumor-infiltrating lymphocytes in a child with γδ T cell acute lymphoblastic leukemia by single-cell sequencing 2025-Apr-23, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf022 PMID:39973604	研究论文	通过单细胞测序技术研究了一名儿童γδ T细胞急性淋巴细胞白血病（γδ T-ALL）患者中组蛋白HIST1基因与肿瘤浸润淋巴细胞的关系	首次揭示了组蛋白HIST1基因与γδ T-ALL之间的联系，并识别了γδ T细胞在对抗这种白血病中的潜在效应功能	研究仅基于单个病例，样本量有限	探索γδ T-ALL的生物学特征及潜在治疗策略	一名接受诱导化疗、强化治疗及单倍体相合造血干细胞移植的γδ T-ALL儿童患者	单细胞测序	急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1名患者
925	2025-04-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Apr-23, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的协议	解决了植物组织在空间转录组学应用中因组织制备问题而面临的挑战	NA	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
926	2025-04-26	Resolving the spatial organization of fetal liver hematopoiesis by SeekSpace 2025-Apr-22, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00234-0 PMID:40261503	研究论文	本研究利用SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台，绘制了胚胎13.5天胎儿肝脏中造血干细胞和多能祖细胞（HSC/MPPs）及其下游受限祖细胞（RPs）的空间分布图	首次构建了胎儿肝脏造血的单细胞空间转录组图谱，揭示了HSC/MPPs和RPs在胎儿肝脏中的活跃扩张过程及其与成人骨髓中的行为差异	研究仅针对胚胎13.5天的胎儿肝脏，未涵盖其他发育阶段	解析胎儿肝脏造血过程中不同造血祖细胞群体的空间组织	胎儿肝脏中的造血干细胞、多能祖细胞及其下游受限祖细胞	空间转录组学	NA	SeekSpace高分辨率单核空间转录组平台	NA	空间转录组数据	胚胎13.5天的胎儿肝脏样本
927	2025-04-26	Mutual Regulation of Cardiovascular and Hematopoietic Development 2025-Apr-22, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-025-02236-5 PMID:40261519	综述	探讨心血管和造血系统在发育过程中的相互调控关系，特别是心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和巨噬细胞形成中的重要性	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示心内膜细胞具有独立于已知造血器官的内在造血程序，并阐明这些心源性巨噬细胞对心脏形态发生的独特贡献	NA	阐明心内膜造血作用的进化保守性及其在心脏发育和稳态中的关键作用	心血管系统和造血系统的发育调控机制	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
928	2025-04-26	Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes 2025-Apr-22, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02614-y PMID:40263451	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守的RdRP蛋白的方法，用于在批量及单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码追踪保持单细胞分辨率	病毒多样性监测及病毒与疾病相关性研究	恒河猴外周血单核细胞数据中的埃博拉病毒病相关病毒	生物信息学	埃博拉病毒病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据
929	2025-04-26	Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system 2025-Apr-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96683-3 PMID:40263498	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习算法构建了一种新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统	结合多组学数据和机器学习算法，首次构建了NEP100模型，能够有效诊断和分型神经内分泌前列腺癌，并揭示了四种具有独特生物学特征的亚型	样本量相对有限，特别是空间转录组学数据仅包含1个样本	开发准确的神经内分泌前列腺癌诊断和分型工具	神经内分泌前列腺癌(NEPC)	数字病理学	前列腺癌	多组学分析(包括批量转录组学、单细胞转录组学、空间转录组学)	随机森林(RF)	转录组数据	70个样本(包含196,309个细胞)，其中9%被鉴定为神经内分泌细胞
930	2025-04-26	Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats 2025-Apr-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08091-y PMID:40263515	研究论文	本研究探讨了睡眠剥夺如何通过影响附睾的免疫微环境导致大鼠精子质量下降	首次揭示了睡眠剥夺通过改变附睾的转录组和免疫微环境影响精子质量的机制	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制	10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠	生殖医学	男性不育症	孟德尔随机化分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	动物模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确说明大鼠数量，但涉及对照组和实验组
931	2025-04-26	Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics 2025-Apr-22, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13947-x PMID:40264064	研究论文	探讨批量RNA测序在骨髓增生性肿瘤(MPN)常规临床中的潜在应用	提出批量RNA测序作为单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的高成本替代方案，用于评估MPN患者的基因突变和免疫状态	未提及样本量是否足够大以支持广泛临床应用	评估批量RNA测序在MPN临床诊断和治疗决策中的实用价值	未经治疗的真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)和原发性骨髓纤维化(PMF)患者的外周血和骨髓样本	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	RNA测序(RNA-Seq), 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量，但包括来自GSE26049和GSE2191数据集的数据
932	2025-04-26	Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis 2025-Apr-22, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03775-1 PMID:40264164	研究论文	本研究通过机器学习和多组学分析，识别了PSIP1作为骨肉瘤中R-loop的关键调控因子	首次构建了R-loop基因预后评分模型（RGPSM），并通过实验验证了PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用	研究主要基于RNA-seq和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的R-loop调控机制	探究R-loop在骨肉瘤（OS）发展中的作用及其与肿瘤免疫微环境（TME）的关系	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	机器学习	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq	RGPSM	基因表达数据	多个骨肉瘤患者队列的RNA-seq和scRNA-seq数据集
933	2025-04-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612 PMID:40272982	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学揭示了慢性肉芽肿病(CGD)在自然模型中的发病机制	建立了通过环境控制形成的自然CGD模型，阐明了肉芽肿形成的机制，并开发了有效的治疗干预措施	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	揭示慢性肉芽肿病的发病机制并开发治疗干预措施	Ncf2基因缺陷小鼠模型	数字病理学	慢性肉芽肿病	单细胞转录组学, 空间转录组学	小鼠疾病模型	转录组数据	Ncf2基因缺陷小鼠
934	2025-04-26	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-Apr-21, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	研究论文	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现并验证了四个关键CRGs和三个关键转录因子在SCI后的上调作用，并展示了NT3负载壳聚糖通过抑制CRGs表达促进功能恢复的治疗潜力	需要在更大的队列中验证这些发现，并进一步探索NT3负载壳聚糖调控CRG表达的详细机制	研究SCI中铜死亡相关基因的调控机制及潜在治疗方法	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 分子对接分析	动物模型	RNA测序数据	不同时间点的小鼠脊髓组织样本
935	2025-04-26	Alternative splicing in autism spectrum disorder: Recent insights from mechanisms to therapy 2025-Apr-14, Asian journal of psychiatry IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.ajp.2025.104501 PMID:40273800	综述	本文综述了自闭症谱系障碍(ASD)中可变剪接(AS)的最新研究进展，从机制到治疗	强调了新兴技术如长读长测序、单细胞测序、空间转录组学和CRISPR-Cas系统在揭示AS在ASD中的作用和机制方面的新见解，并评估了基于RNA剪接的治疗策略	NA	揭示ASD的分子基础并促进治疗策略的开发	自闭症谱系障碍(ASD)中的可变剪接(AS)机制	分子生物学	自闭症谱系障碍	长读长测序、单细胞测序、空间转录组学、CRISPR-Cas系统	NA	RNA数据	NA
936	2025-04-26	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的小鼠成红细胞	生物医学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和体外细胞实验
937	2025-04-26	Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554 PMID:39442086	research paper	该研究基于氨基酸代谢相关基因，识别了神经母细胞瘤的三种亚型，并探讨了它们与预后和治疗脆弱性的关联	首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤的预后和治疗脆弱性联系起来，并识别了三种具有不同特征的亚型	研究未涉及具体的临床试验验证，仅基于生物信息学分析	探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响	神经母细胞瘤患者及其相关基因表达数据	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
938	2025-04-26	Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate 2025-Apr-04, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010 PMID:40274437	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了与肥胖相关抑郁症（OD）发展相关的肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢物谷氨酸的作用机制	揭示了Anaerotruncus colihominis通过谷氨酸代谢影响肠道屏障功能和海马神经元亚型间细胞通讯的新机制	研究主要基于动物模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	探究肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制	肥胖相关抑郁症患者和健康个体的微生物及转录组特征，高脂饮食小鼠模型	微生物组学	肥胖相关抑郁症	粪便微生物移植（FMT），单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	微生物组数据，转录组数据	临床患者样本和HFD小鼠模型
939	2025-04-26	FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity 2025-Apr, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029 PMID:39357545	研究论文	本研究揭示了FABP5+脂质负载的肿瘤相关巨噬细胞通过FABP5-PPARγ信号通路增强免疫抑制性肿瘤微环境的机制	发现FABP5介导的不饱和脂肪酸代谢在TAMs中对调节抗肿瘤T细胞免疫及免疫治疗效果的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类HCC肿瘤样本，临床转化需进一步验证	探究脂质代谢如何增强TAMs的促肿瘤作用及其机制	小鼠和人类HCC肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HCC肿瘤样本
940	2025-04-26	Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis 2025-Apr-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285598 PMID:39385733	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了前纤维化和明显原发性骨髓纤维化（PMF）的骨髓抽吸物，揭示了不同细胞类型在PMF进展中的炎症、纤维化和免疫特征差异	首次在单细胞水平上揭示了PMF进展中造血干细胞和祖细胞（HSPC）、巨核细胞和单核细胞亚群的炎症/纤维化特征变化，并发现EMT富集的巨核细胞亚群在明显PMF中显著增加	未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群	阐明原发性骨髓纤维化（PMF）从前纤维化阶段进展到明显阶段的细胞和分子机制	前纤维化PMF（pre-PMF）、明显PMF和其他骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的骨髓抽吸物	单细胞组学	骨髓纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括pre-PMF、明显PMF和其他MPN患者的骨髓样本