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当前共找到 33678 篇文献，本页显示第 921 - 940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 921 | 2025-11-26 |
The ANTsX ecosystem for mapping the mouse brain
2025-Nov-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66741-5
PMID:41274934
|
研究论文 | 本文介绍了ANTsX生态系统用于将多种小鼠脑数据集映射到共享坐标框架的工具和方法 | 提出了两种新方法：基于速度场的发育时间点连续插值方法和使用最小标注数据的深度学习自动脑分区框架 | NA | 开发将不同成像和处理方法获得的小鼠脑数据映射到共享坐标框架的标准化工具 | 小鼠大脑 | 空间转录组学 | NA | MERFISH空间转录组学、fMOST形态学、发育MRI、LSFM | 深度学习 | 空间转录组数据、形态学数据、MRI数据 | NA | NA | 空间转录组学,形态学成像,MRI,光片荧光显微镜 | NA | NA |
| 922 | 2025-11-26 |
Selective AMPKβ1 activation induces fetal hemoglobin in human erythroid cells and sickle cell mice via the noncanonical NRF2 pathway
2025-Nov-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx1144
PMID:41259521
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研究论文 | 本研究通过选择性激活AMPKβ1诱导镰状细胞病中的胎儿血红蛋白表达 | 首次发现AMPKβ1亚型在红细胞谱系中占主导地位，并通过非经典NRF2通路诱导胎儿血红蛋白 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型，尚未进行人体临床试验 | 开发通过AMPKβ1激活诱导胎儿血红蛋白的新型治疗方法 | 镰状细胞病患者来源的红细胞和Townes镰状细胞病小鼠模型 | 分子生物学 | 镰状细胞病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 镰状细胞病患者来源的红细胞和Townes小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 923 | 2025-11-26 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Nov-21, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0645
PMID:41269209
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研究论文 | 本研究通过分析头颈部鳞状细胞癌中HPV整合事件，揭示了与不良临床结局相关的下游剪接事件和基因表达比率 | 首次基于RNA特征而非DNA特征对HPV整合阳性患者进行风险分层，发现剪接融合转录本和HPV基因表达比率可作为预后生物标志物 | 研究样本量相对有限，且来自多个队列可能存在批次效应 | 探究HPV整合在头颈部癌症中的致癌机制及其与临床结局的关系 | 261例HPV相关头颈部鳞状细胞癌样本 | 癌症基因组学 | 头颈部癌症 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据 | 261例HPV相关HNSCC样本（包括62例新密歇根大学队列） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 924 | 2025-11-26 |
Spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Nov-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198074
PMID:41269758
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研究论文 | 通过空间转录组学揭示幼年特发性关节炎患者滑膜中免疫细胞与基质细胞的空间互作网络 | 开发了新的空间共定位分析流程，首次在亚细胞分辨率下解析JIA滑膜微环境，发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作和CXCL9-CXCR3信号轴等新型微解剖结构 | 样本仅来自活动期JIA患者，未包含疾病不同阶段或治疗后的对照样本 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子结构 | 幼年特发性关节炎患者的滑膜组织 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 活动期JIA患者滑膜组织（具体样本数未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 925 | 2025-11-26 |
Single-cell sequencing reveals a senescent immune landscape in bone marrow lesions inducing articular cartilage damage in osteoarthritis
2025-Nov-21, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00467-4
PMID:41272390
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示骨关节炎中骨髓病变区域存在衰老免疫景观，并通过细胞间通讯促进关节软骨损伤 | 首次在单细胞水平揭示骨髓病变区域的免疫细胞衰老特征及其通过TNF信号介导的骨髓-软骨串扰机制 | 研究样本量有限，机制验证主要在OA小鼠模型中进行 | 探索骨关节炎中骨髓病变诱导关节软骨损伤的细胞分子机制 | 骨髓组织和关节软骨组织 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非BML区域和BML区域的骨髓组织，完整和损伤区域的关节软骨组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 926 | 2025-11-26 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2025-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64990-y
PMID:41266321
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研究论文 | 对三种商业成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术性能进行系统性基准测试 | 首次在包含17种肿瘤和16种正常组织的组织芯片上对三种主流iST平台进行综合性能比较 | 研究基于组织芯片样本，可能无法完全代表完整组织切片的情况 | 评估成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术性能 | FFPE组织样本，包含17种肿瘤和16种正常组织类型 | 空间转录组学 | 多种肿瘤类型 | 成像空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | 组织芯片包含33种组织类型（17种肿瘤+16种正常） | 10X Genomics, Vizgen, Nanostring | 成像空间转录组学 | 10X Xenium, Vizgen MERSCOPE, Nanostring CosMx | 三种商业成像空间转录组平台在FFPE组织上的应用 |
| 927 | 2025-11-26 |
Piscis: A loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Nov-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101448
PMID:41265398
|
研究论文 | 提出一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测 | 开发了SmoothF1损失函数，可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微分性用于深度学习训练 | NA | 开发自动化的斑点检测算法以改进空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 928 | 2025-11-26 |
Genital herpes shedding episodes associate with altered spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Nov-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197491
PMID:41252205
|
研究论文 | 本研究探讨了HSV-2感染期间生殖器疱疹脱落对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学和免疫细胞定位分析揭示活动性HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的动态变化 | 研究样本量有限，且主要关注黏膜局部免疫反应 | 研究HSV-2对宫颈阴道道免疫系统的影响机制 | 232名HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 空间转录组学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术,免疫荧光成像,可溶性免疫因子分析,空间转录组学 | NA | 组织样本,血液样本,基因表达数据,图像数据 | 232名参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 929 | 2025-11-26 |
Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation in humans
2025-Nov-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198590
PMID:41252210
|
研究论文 | 本研究通过单细胞水平分析探讨了在稳定状态下联合他克莫司治疗时，大麻二酚对人类免疫细胞的调节作用 | 首次在CBD稳态联合他克莫司治疗条件下，在单细胞水平系统评估CBD对人类免疫细胞的调节作用 | 样本量较小（23名参与者），且为体外研究，临床意义需进一步验证 | 明确大麻二酚在人类免疫系统中的调节作用机制 | 23名接受口服CBD治疗参与者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测,质谱分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞计数数据 | 23名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 930 | 2025-11-26 |
Bronchial Epithelial Transcriptome Reveals Dysregulated Interferon and InflammatoryResponses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Nov-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197711
PMID:41217821
|
研究论文 | 本研究通过支气管上皮转录组分析揭示了易急性发作儿科哮喘患者对鼻病毒的干扰素和炎症反应失调机制 | 首次在器官型支气管上皮培养模型中结合bulk和单细胞转录组学，揭示了易急性发作哮喘儿童存在基线干扰素水平低下和鼻病毒感染后过度反应的因果关系 | 研究样本量有限，且为体外器官型培养模型，需要在更大队列和体内环境中进一步验证 | 阐明易急性发作儿科哮喘患者对鼻病毒易感性的宿主因素和分子机制 | 哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮细胞培养物 | 单细胞转录组学 | 哮喘 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白数据 | 特征明确的哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 931 | 2025-11-26 |
Quantum Generative Modeling of Single-Cell Transcriptomics: Capturing Gene-Gene and Cell-Cell Interactions
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41281198
|
研究论文 | 提出了一种基于量子计算的单细胞转录组数据模拟器qSimCells，能够联合建模基因-基因和细胞-细胞相互作用 | 首次使用量子纠缠建模细胞内和细胞间相互作用，通过参数化量子电路和CNOT门编码复杂的非线性基因调控网络和细胞通讯拓扑结构 | 标准基于相关性的分析方法无法恢复编程的因果路径，反而报告由高基线基因表达概率驱动的虚假关联 | 开发能够捕获单细胞转录组数据中非线性依赖关系的量子生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 932 | 2025-11-26 |
[Neural regulation mechanism in bone regeneration]
2025-Nov-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
综述 | 本文系统阐述了神经系统在骨再生过程中的调控机制，重点关注神经肽在骨组织中的核心作用 | 提出'神经-骨骼'调控轴概念，系统梳理交感与副交感神经系统在骨再生中的相反调控作用 | 神经肽之间的相互作用网络尚未完全阐明，需要更先进的模型和技术进行深入研究 | 探讨骨再生过程中的神经调控机制 | 骨骼系统与神经系统的相互作用，特别是神经肽在骨再生中的功能 | 骨再生医学 | 退行性骨病，创伤性骨损伤 | 单细胞测序，三维生物打印骨模型，类器官技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 933 | 2025-11-26 |
Depletion of microenvironmental syndecan-2 impairs hematopoietic stem cell self-renewal and cytokine responses
2025-Nov-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687077
PMID:41279398
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研究论文 | 本研究探讨骨髓微环境中syndecan-2对造血干细胞自我更新能力的调控作用 | 首次揭示间充质基质细胞表达的syndecan-2通过细胞外在机制支持造血干细胞自我更新 | 研究主要聚焦小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明骨髓微环境表达的syndecan-2在造血和造血干细胞自我更新中的功能 | 小鼠骨髓造血干细胞、间充质基质细胞和内皮细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、竞争性移植实验、共培养实验 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、转录组数据 | 转基因小鼠模型和细胞系共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 934 | 2025-11-26 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体与配体相互作用的原子水平机制如何指导记忆T细胞分化 | 首次在原子水平上揭示了TCR-pMHC相互作用的力学特性如何通过不同的信号极性调控记忆T细胞分化命运 | 研究仅限于小鼠模型和特定的流感病毒表位，尚未在人类或其他病原体系统中验证 | 阐明初始CD8⁺ T细胞如何分化为不同类型记忆T细胞的分子机制 | 242个小鼠CD8⁺ TCRαβ克隆型，特异性识别流感A病毒表位NP | 免疫学 | 传染病 | 单细胞转录组测序, TCR测序, 生物物理测量, 结构分析 | NA | 转录组数据, 序列数据, 生物物理数据, 结构数据 | 242个TCR克隆型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 935 | 2025-11-26 |
Monod : model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.06.11.495771
PMID:41279317
|
研究论文 | 提出一种基于物理模型的方法，通过拟合随机转录动力学来分析单细胞测序数据 | 利用单细胞数据中的新生和成熟RNA计数，在生物物理转录模型下进行有意义的整合分析 | NA | 揭示基础调控过程并区分单细胞数据的生物学和技术层面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机转录动力学模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 936 | 2025-11-26 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE | 通过功能主成分分析建模基因表达与伪时间的关系，有效捕捉共享的基因表达变异结构，解决了现有方法在零膨胀数据中假阳性率高的问题 | 未明确提及方法的具体计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 开发稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的时间差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，功能数据分析，功能主成分分析 | 功能数据分析模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 937 | 2025-11-26 |
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2025-Nov-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001590
PMID:41190981
|
研究论文 | 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过JMJD1C维持的表观遗传调控在肝脏免疫稳态中的关键作用 | 首次发现JMJD1C通过调控Foxo1启动子区H3K9二甲基化抑制其转录，从而破坏局部免疫稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用机制 | 人类肝脏样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和血吸虫病肝病小鼠模型 | 分子生物学 | 肝脏炎症疾病 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag分析、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多种肝脏疾病患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 938 | 2025-11-26 |
A New Model of Gastric Pre-neoplasia Induced by Aberrant ADAR1-mediated Double-stranded RNA Signaling
2025-Nov-04, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101673
PMID:41197768
|
研究论文 | 本研究通过构建胃壁细胞特异性敲除ADAR1的小鼠模型，揭示了异常双链RNA信号在胃前瘤形成中的关键作用 | 首次建立了由ADAR1介导的双链RNA信号异常驱动的胃前瘤形成遗传模型，并发现线粒体双链RNA在此过程中的富集现象 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 明确双链RNA信号在胃上皮细胞中的失调如何影响胃前瘤形成 | ADAR1基因敲除小鼠胃壁细胞及相关的信号通路 | 分子病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫电子显微镜,dsRNA免疫沉淀 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,组织学图像,免疫学数据 | Adar1ΔPC小鼠及多种基因型对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 939 | 2025-11-26 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
|
研究论文 | 提出了一种基于Transformer的基础模型Atacformer，用于分析和解释ATAC-seq数据 | 首个基于Transformer的scATAC-seq基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA推算 | 未明确说明模型在特定细胞类型或疾病条件下的适用性限制 | 开发能够处理大规模scATAC-seq数据集的基础模型，解决聚类、细胞类型注释和参考映射等任务 | 单细胞ATAC-seq数据，包括染色质可及性数据和相关的基因组调控区域 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组序列数据，原始片段文件，BED文件 | 基于包含近10,000个scATAC-seq实验的大型图谱进行预训练 | NA | 单细胞ATAC-seq, RNA-seq | NA | NA |
| 940 | 2025-11-26 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 开发了一个名为CeDNe的多尺度计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的结构-功能数据 | 首次提供了一个统一的开源计算框架，能够整合解剖学、分子和成像数据集，并在单一计算环境中实现跨组学层分析 | NA | 建立神经系统结构-功能关系的计算模型 | 秀丽隐杆线虫神经系统 | 计算神经科学 | NA | 图论分析、神经网络动力学模拟、多模态数据分析 | 图网络模型、神经网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、神经活动成像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |