单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9361	2024-09-13	Secretion encoded single-cell sequencing (SEC-seq) uncovers gene expression signatures associated with high VEGF-A secretion in mesenchymal stromal cells 2023-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.07.523110 PMID:36711480	研究论文	开发了一种名为SEC-seq的新方法，通过捕获单个细胞及其分泌物，同时测量血管内皮生长因子A（VEGF-A）的分泌和转录组，揭示了与高VEGF-A分泌相关的基因表达特征	首次开发了SEC-seq方法，能够同时测量单个细胞的分泌物和转录组，揭示了与VEGF-A分泌相关的特定基因表达特征	尚未探讨SEC-seq方法在其他细胞类型或疾病中的应用	开发一种新方法来关联单个细胞的分泌物与其转录状态，并识别与特定分泌物相关的基因表达特征	间充质基质细胞（MSCs）及其VEGF-A分泌	基因表达	NA	SEC-seq	NA	转录组数据	数千个间充质基质细胞
9362	2024-09-13	Identification and Analysis of Hub Genes and Immune Cells Associated with the Formation of Acute Aortic Dissection 2023, Computational and mathematical methods in medicine DOI:10.1155/2023/8072369 PMID:36818541	研究论文	本研究旨在识别与急性主动脉夹层形成相关的关键基因和免疫细胞	首次通过基因表达数据分析和单细胞RNA测序验证了DNA损伤和修复相关基因在急性主动脉夹层中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差	揭示急性主动脉夹层的发病机制	急性主动脉夹层相关的关键基因和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用来自Gene Expression Omnibus（GEO）的数据集和单细胞RNA测序数据进行分析
9363	2024-09-13	Dysregulation of CD177+ neutrophils on intraepithelial lymphocytes exacerbates gut inflammation via decreasing microbiota-derived DMF 2023 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2023.2172668 PMID:36729914	研究论文	研究探讨了中性粒细胞（尤其是CD177亚群）通过调节肠道内皮内淋巴细胞（IELs）和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症的机制	首次揭示了中性粒细胞通过促进微生物群衍生的DMF来调节TCRγδCD8αα IELs的激活，从而抑制肠道炎症	研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证	探讨中性粒细胞如何通过调节肠道内皮内淋巴细胞和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症	中性粒细胞、肠道内皮内淋巴细胞（IELs）、微生物群衍生的DMF	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
9364	2024-09-13	scAEGAN: Unification of single-cell genomics data by adversarial learning of latent space correspondences 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0281315 PMID:36735690	研究论文	本文提出了一种名为scAEGAN的方法，通过对抗学习统一单细胞基因组数据	scAEGAN结合了自编码器和循环生成对抗网络，能够处理不同库、样本和数据模态的整合与预测问题	NA	开发一种统一的方法来整合和预测不同单细胞基因组数据	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	自编码器，生成对抗网络	基因组数据	使用了模拟数据和真实单细胞RNA测序数据，包括Fluidigm C1、CelSeq、CelSeq2、SmartSeq等多种库准备方法
9365	2024-09-13	Transcriptome Analysis Reveals a Two-Gene Signature Links to Motor Progression and Alterations of Immune Cells in Parkinson's Disease 2023, Journal of Parkinson's disease DOI:10.3233/JPD-223454 PMID:36591658	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了与帕金森病运动进展和免疫细胞变化相关的双基因标志物	本研究首次通过转录组分析识别出与帕金森病运动进展相关的双基因标志物，并探讨了其与免疫细胞变化的关系	本研究仅基于两个队列的血液转录组数据，样本量有限，且未涉及其他组织或细胞类型的分析	揭示转录组在帕金森病患者运动障碍进展中的潜在作用	帕金森病患者的运动进展和免疫细胞变化	数字病理学	神经退行性疾病	转录组分析	NA	转录组数据	两个队列的帕金森病患者和健康对照组
9366	2024-09-13	Epididymis cell atlas in a patient with a sex development disorder and a novel NR5A1 gene mutation 2023 Jan-Feb, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202226 PMID:35546286	研究论文	研究描述了一名患有性发育障碍（DSD）的46,XY患者中，由于NR5A1基因的新型杂合突变导致的附睾细胞图谱变化	首次报道了NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化，并揭示了上皮-间质转化（EMT）过程与附睾上皮细胞丢失和成纤维细胞增多的关联	研究仅基于单一病例，样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在描述一名46,XY DSD患者中由于NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化	附睾细胞图谱、NR5A1基因突变、上皮-间质转化（EMT）过程	基因组学	性发育障碍	下一代测序（NGS）、微流控单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	1名46,XY DSD患者
9367	2024-09-13	CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth 2022-11-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200909 PMID:36239312	研究论文	研究揭示了CXCL12在肺血管内皮细胞异质性中的作用，并促进了远端血管的生长	首次通过单细胞RNA测序和基因本体分析，揭示了CXCL12在肺动脉内皮细胞中的表达及其在血管发育中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探讨胚胎发育过程中肺血管形成的分子和细胞机制	肺血管内皮细胞及其在胚胎发育中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了表达Cxcl12的转基因小鼠模型
9368	2024-09-13	CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells 2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac599 PMID:36063454	研究论文	本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响	CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解	现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响	揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响	高变异基因的细胞间表达变异性	生物信息学	NA	空间转录组	偏最小二乘回归	转录组数据	NA
9369	2024-09-13	ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer 2022-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33521-4 PMID:36207295	研究论文	研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响	首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性	NA	探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响	ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9370	2024-09-13	Functional inference of gene regulation using single-cell multi-omics 2022-Sep-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100166 PMID:36204155	研究论文	本文通过应用scATAC-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，研究了静息和刺激状态下的人类血液细胞的基因调控功能	开发了功能性基因调控推断框架（FigR），用于整合多组学数据，推断基因调控网络（GRN）并识别候选转录因子（TF）调控因子	NA	研究细胞在环境刺激下基因表达的协调控制	静息和刺激状态下的人类血液细胞	基因组学	NA	scATAC-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	功能性基因调控推断框架（FigR）	单细胞多组学数据	约91,000个单细胞
9371	2024-09-13	Single-cell analysis of endometriosis reveals a coordinated transcriptional programme driving immunotolerance and angiogenesis across eutopic and ectopic tissues 2022-08, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-022-00961-5 PMID:35864314	研究论文	研究分析了子宫内膜异位症中单细胞转录组，揭示了驱动免疫耐受和血管生成的协调转录程序	首次在单细胞转录组水平上全面分析了子宫内膜异位症的微环境，识别了新的细胞亚群和功能	研究样本仅限于接受激素治疗的个体，可能限制了结果的普适性	揭示子宫内膜异位症的病理生理机制，为早期诊断和治疗提供新线索	子宫内膜异位症的腹膜和卵巢病变及其与正常子宫内膜的比较	数字病理学	妇科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	14名个体，共122,000个细胞
9372	2024-09-13	The eternal quest for self-improvement of somatic cells 2022-Feb-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2022.100094 PMID:36778659	研究论文	本文研究了体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程	结合类器官技术、前瞻性条形码标记和单细胞测序来研究体细胞克隆的进化	体细胞突变驱动癌细胞转化的序列事件理解不足	研究体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程	体细胞克隆的进化	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
9373	2024-09-13	The co-chaperone Fkbp5 shapes the acute stress response in the paraventricular nucleus of the hypothalamus of male mice 2021-07, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01044-x PMID:33649453	研究论文	研究探讨了FKBP5在雄性小鼠下丘脑室旁核中对急性应激反应的调节作用	首次揭示了Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴活性的细胞类型特异性影响	研究仅限于雄性小鼠，未探讨雌性小鼠的情况	阐明Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴和急性应激反应的调节机制	雄性小鼠的下丘脑室旁核中的Fkbp5表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雄性小鼠样本
9374	2024-09-11	SLC2A1 boosts the resistance of non-small cell lung cancer to taxanes by stimulating the formation of EPCAM+ cancer stem-like cells via glycolysis 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102082 PMID:39126936	研究论文	研究SLC2A1通过激活糖酵解促进EPCAM+癌症干细胞样细胞的形成，从而增强非小细胞肺癌对紫杉烷类药物的耐药性	揭示了SLC2A1在非小细胞肺癌中通过激活糖酵解促进癌症干细胞样细胞形成的新机制	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨SLC2A1在非小细胞肺癌对紫杉烷类药物耐药性中的作用机制	非小细胞肺癌细胞、SLC2A1表达、癌症干细胞样细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、代谢组学、单细胞测序、细胞通讯分析	NA	细胞	涉及多个数据集和内部收集的样本
9375	2024-09-11	GTF2H5 Identified as a crucial synthetic lethal target to counteract chemoresistance in colorectal cancer 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102097 PMID:39173480	研究论文	本文研究了合成致死基因GTF2H5在结直肠癌化疗耐药中的作用，并探讨了其在克服化疗耐药中的潜在治疗靶点	首次识别GTF2H5为结直肠癌化疗耐药的关键合成致死靶点	实验验证仅初步，需进一步深入研究GTF2H5在化疗耐药中的具体机制	探讨合成致死基因在结直肠癌化疗耐药中的作用，寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者及其化疗耐药相关基因	癌症研究	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	来自UCSC和GEO数据库的结直肠癌患者数据，以及来自Tumor Immunology Single Cell Center数据库的单细胞RNA测序数据
9376	2024-09-11	Potential applications of dual haptoglobin expression in the reclassification and treatment of hepatocellular carcinoma 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.008 PMID:38815898	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	本研究首次提出了基于HP基因表达的Th1反应重新分类基因集，并建立了四种基于HP和C3表达的预测模型，用于肝细胞癌患者的辅助治疗	研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证	探讨肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	肝细胞癌恶性细胞和T细胞中的HP基因表达及其与C3的相互作用	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9377	2024-09-11	6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177 PMID:39179096	研究论文	研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（PGD）在肺腺癌（LUAD）细胞中的作用及其机制	首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白，并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平，从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制	NA	探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制	肺腺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱（IP-MS）	NA	组织微阵列数据	NA
9378	2024-09-11	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	本文介绍了一种名为XgCPred的新方法，结合XGBoost和卷积神经网络（CNN）进行单细胞RNA测序数据的细胞类型分类	XgCPred通过结合XGBoost和CNN，利用基因表达图像的层次结构，提高了细胞类型分类的准确性	NA	开发一种高效且准确的细胞类型分类方法，以应对单细胞RNA测序数据中的复杂性和多样性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost和CNN	基因表达图像	多个单细胞RNA测序数据集，每个数据集具有不同的细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性
9379	2024-09-11	Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer 2024-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155554 PMID:39226803	研究论文	本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制，发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关	实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路	NA	宫颈癌	qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	收集的宫颈癌样本
9380	2024-09-11	Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110649 PMID:39246445	研究论文	研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力	建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生	研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果	探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力	人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA	NA	移植排斥、自身免疫疾病	液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR	NA	RNA	NA