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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9361 | 2025-10-07 |
The Predictive Value of Neutrophil Extracellular Trap-Related Risk Score in Prognosis and Immune Microenvironment of Colorectal Cancer Patients
2025-Apr, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-024-01135-4
PMID:38580851
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研究论文 | 本研究开发了一种基于中性粒细胞胞外诱捕网相关基因的结直肠癌预后风险评分模型 | 首次构建了结直肠癌中NET相关风险评分模型,并验证其预后预测价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 评估NET相关风险评分在结直肠癌预后和免疫微环境中的预测价值 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9362 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Revealed Functional Conjunctival Keratinocytes Loss via TGF-β-Wnt/β-Catenin Signaling in Sjögren's Syndrome Related Dry Eye
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.43
PMID:40238113
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示干燥综合征相关干眼病中结膜功能角质形成细胞通过TGF-β-Wnt/β-catenin信号通路丢失的机制 | 首次在单细胞水平揭示TGF-β-Wnt/β-catenin轴调控功能角质形成细胞丢失的新机制 | 研究仅基于小鼠模型,需要人类样本验证 | 阐明干燥综合征相关干眼病中结膜上皮细胞的功能变化机制 | 干燥综合征小鼠模型的结膜组织 | 单细胞测序 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序, TCR测序, Western blot, 免疫荧光, 多重免疫组化, 流式细胞术, qRT-PCR | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质数据, 图像数据 | 干燥综合征小鼠模型结膜组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
9363 | 2025-10-07 |
Exploring Multi-Target Therapeutic Strategies for Glioblastoma via Endogenous Network Modeling
2025-Apr-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073283
PMID:40244148
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研究论文 | 本研究通过内源性网络建模探索胶质母细胞瘤的多靶点治疗策略 | 基于系统生物学视角,利用动态分析和单细胞RNA测序数据验证,识别有效的多靶点组合治疗方案 | 未明确说明模型验证的具体临床样本量和实验设计细节 | 探索胶质母细胞瘤的多靶点治疗策略 | 胶质母细胞瘤 | 系统生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,动态网络分析 | 内源性网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9364 | 2025-10-07 |
Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma
2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70558
PMID:40259204
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研究论文 | 本研究通过分析溶瘤病毒感染后的RNA-seq数据,发现KAT8在胶质瘤中的表达特征及其与预后的关联 | 首次揭示溶瘤病毒感染通过调节乳酸化酶影响胶质瘤的机制,并确定KAT8作为关键调控因子 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探究溶瘤病毒感染对胶质瘤中乳酸化酶的调控作用及KAT8的临床意义 | 胶质瘤细胞和组织 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Cox回归模型, Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据, 临床病理数据 | TCGA和GTEx数据库中的胶质瘤组织和正常脑组织样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9365 | 2025-10-07 |
Indoleamine 2,3-dioxygenase 1-mediated immune suppressive status is positively associated with brain metastasis in patients with non-small cell lung cancer
2025-Apr, Journal of the National Cancer Center
IF:7.6Q1
DOI:10.1016/j.jncc.2024.12.004
PMID:40265090
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研究论文 | 本研究探讨了IDO1活性与非小细胞肺癌脑转移患者免疫抑制状态及总生存期的关联 | 首次通过单细胞分析验证IDO1在脑转移病灶中的高表达,并发现其与调节性T细胞比例及患者生存期显著相关 | 样本量有限(195例),且为单中心研究 | 研究IDO1活性对非小细胞肺癌脑转移患者免疫调节功能及预后的影响 | 非小细胞肺癌患者(含脑转移患者) | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | scRNA-seq, 非靶向代谢组学分析, 免疫细胞分型 | NA | 血液样本, 组织样本, 代谢组数据, 单细胞测序数据 | 195例患者 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
9366 | 2025-10-07 |
The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma
2025-Apr, Journal of the National Cancer Center
IF:7.6Q1
DOI:10.1016/j.jncc.2025.02.001
PMID:40265092
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫景观特征 | 首次在单细胞水平系统描绘HIV相关淋巴瘤的肿瘤细胞特征和免疫微环境,发现恶性B细胞MHC-I表达缺失和特殊代谢特征 | 样本量较小(仅14例),缺乏功能性实验验证 | 阐明HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的基因组和免疫特征 | HIV感染者中的侵袭性B细胞淋巴瘤(6例DLBCL和5例Burkitt淋巴瘤)及3例非HIV相关DLBCL对照 | 单细胞组学 | B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 14例淋巴瘤样本(11例HIV相关,3例非HIV相关) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9367 | 2025-10-07 |
Molecular Mechanisms of Propofol-Induced Cognitive Impairment: Suppression of Critical Hippocampal Pathways
2025-Apr, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70070
PMID:40265596
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示丙泊酚通过抑制海马HTR1A/GRIA2/PIK3R1信号通路导致认知功能障碍的分子机制 | 首次采用单细胞RNA测序技术系统阐明丙泊酚抑制海马关键信号通路导致认知障碍的具体分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究丙泊酚引起术后认知功能障碍的分子机制 | 小鼠海马区神经元 | 神经科学 | 术后认知功能障碍 | 单细胞RNA测序,高通量转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9368 | 2025-10-07 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Heterogeneity of Hepatic Natural Killer Cells and Identifies the Cytotoxic Natural Killer Subset in Schistosomiasis Mice
2025-Mar-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26073211
PMID:40244063
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示血吸虫病小鼠肝内自然杀伤细胞的异质性,并鉴定出具有细胞毒性的Thy1NK亚群 | 首次在血吸虫病模型中系统描绘肝NK细胞的异质性,并发现Thy1NK亚群在抗肝纤维化中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究血吸虫病肝纤维化过程中肝NK细胞的异质性及其功能 | 血吸虫病感染小鼠的肝自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞测序, RT-qPCR, 细胞功能检测 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未感染小鼠及感染4周和6周小鼠的肝NK细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9369 | 2025-10-07 |
Identification of a Cancer Stem Cell-Related Gene Signature in Hepatocellular Carcinoma Based on Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Analysis
2025-Mar-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26072933
PMID:40243557
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,开发了一个基于癌症干细胞相关基因的肝细胞癌预后风险模型 | 结合单细胞和批量RNA测序数据开发了包含9个癌症干细胞生物标志物的预后风险模型,揭示了与免疫逃避相关的肝癌进展机制 | 需要进一步的实验验证来确认这些癌症干细胞在疾病进展中的具体作用 | 探索癌症干细胞生物标志物在肝细胞癌中的预后意义 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA和ICGC临床数据集,GEO的GSE156625单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9370 | 2025-10-07 |
IL-24 promotes atopic dermatitis-like inflammation through driving MRSA-induced allergic responses
2025-Mar-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae030
PMID:38752989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现IL-24在MRSA诱导的特应性皮炎样炎症中起关键作用 | 首次揭示MRSA通过诱导角质形成细胞产生IL-24驱动特应性皮炎发展的分子机制 | 动物模型研究结果需在人类患者中进一步验证 | 探究MRSA在特应性皮炎发病机制中的作用 | 角质形成细胞、动物模型 | 单细胞组学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9371 | 2025-10-07 |
Discrete placental gene expression signatures accompany diabetic disease classifications during pregnancy
2025-Mar, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2024.05.014
PMID:38763341
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研究论文 | 本研究通过整合多种转录组技术揭示了不同类型糖尿病妊娠中胎盘的独特基因表达特征 | 首次结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学技术,系统比较了GDMA1、GDMA2和T2DM妊娠胎盘的基因表达差异 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 探究不同类型糖尿病妊娠中胎盘基因表达特征的差异及其与疾病分类的关系 | 妊娠期糖尿病亚型A1、亚型A2和2型糖尿病患者的胎盘组织 | 生物信息学 | 妊娠期糖尿病 | RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, RT-qPCR | 机器学习模型 | 基因表达数据 | bulk RNA-seq队列54例,验证队列122例 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
9372 | 2025-10-07 |
Deciphering programmed cell death mechanisms in osteosarcoma for prognostic modeling
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24269
PMID:38622876
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法探索程序性细胞死亡基因在骨肉瘤中的作用并建立预后模型 | 首次结合单细胞测序和批量测序数据系统分析骨肉瘤中程序性细胞死亡机制,并开发基于五个关键基因的预后模型 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 解析程序性细胞死亡在骨肉瘤中的机制并建立预后预测模型 | 骨肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序, 批量测序, 生物信息学分析 | LASSO算法, Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据 | 来自GEO和TARGET数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9373 | 2025-10-07 |
Bidirectional epigenetic editing reveals hierarchies in gene regulation
2025-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02213-3
PMID:38760566
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研究论文 | 开发了双向表观遗传编辑系统CRISPRai,用于同时研究两个基因位点的激活和抑制效应 | 首次实现同一细胞内两个位点的同时激活和抑制扰动,结合单细胞RNA测序技术 | 未明确说明技术应用的细胞类型限制和实验规模限制 | 研究基因调控层次结构和非编码元件的功能 | 造血谱系转录因子SPI1和GATA1,IL2基因在Jurkat T细胞、原代T细胞和CAR-T细胞中的调控 | 基因编辑与功能基因组学 | NA | CRISPRa/CRISPRi双向表观遗传编辑,单细胞RNA测序 | CRISPRai系统 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | CRISPRai Perturb-seq(结合双扰动gRNA检测与单细胞RNA测序) |
9374 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of the bladder cancer from a cell cycle NCAM1 perspective at both single cell and bulk resolution
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24260
PMID:38581187
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量测序数据,从细胞周期角度分析膀胱癌,识别关键基因并验证NCAM1的抑癌作用 | 首次从细胞周期NCAM1视角整合单细胞和批量测序分析膀胱癌,发现NCAM1作为新型细胞增殖抑制因子 | 临床预后评估有限,需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞周期相关基因作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 膀胱癌患者转录组数据、单细胞测序数据和膀胱癌细胞系 | 生物信息学 | 膀胱癌 | scRNA-seq, 转录组分析, RT-qPCR, CCK-8细胞活力检测, 分子对接 | 列线图预测模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA-BLCA队列和GSE190888队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
9375 | 2025-10-07 |
Kurarinone regulates Th17/Treg balance and ameliorates autoimmune uveitis via Rac1 inhibition
2025-Mar, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.03.013
PMID:38522752
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研究论文 | 本研究探讨苦参酮通过抑制Rac1调节Th17/Treg平衡改善自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 首次利用单细胞RNA测序构建苦参酮治疗实验性自身免疫性葡萄膜炎的高分辨率免疫调控图谱,揭示其通过Rac1和Id2/Pim1轴调节Th17/Treg平衡的新机制 | 研究主要基于动物模型,人体验证仅使用外周血单个核细胞,缺乏更广泛的人体临床试验数据 | 研究苦参酮对自身免疫性葡萄膜炎的治疗效果及其免疫调节机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型和葡萄膜炎患者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序, siRNA干扰, 选择性抑制剂 | 动物疾病模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | EAU小鼠模型和葡萄膜炎患者PBMCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9376 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma
2025-Mar, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12399
PMID:38477441
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序比较了三种髓母细胞瘤模型的再现能力 | 首次在单细胞水平系统比较髓母细胞瘤实验模型的差异 | 样本量有限(仅6例患者),仅分析了SHH和G3亚型 | 比较不同髓母细胞瘤模型在单细胞水平对原始肿瘤的再现能力 | 髓母细胞瘤患者样本、皮下和颅内人源肿瘤异种移植模型、基因工程小鼠模型 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq反卷积分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例患者样本,各建立2个sPDX和iPDX模型,3个GEMM模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9377 | 2025-10-07 |
Instrumental variable estimation for compositional treatments
2025-02-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-89204-9
PMID:39934389
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研究论文 | 本文在工具变量设置下为成分数据提供因果视角,并开发考虑成分样本空间特殊结构的多元方法 | 首次在工具变量框架下系统分析成分数据的因果推断问题,提出考虑成分数据特殊结构的统计变换和回归技术 | 在合成和真实微生物组数据上的比较分析显示了所提方法的优势和局限性 | 为成分数据提供有效的因果效应估计框架和指导 | 成分数据,包括生态学中的物种丰度、单细胞测序数据中的细胞类型组成和微生物组研究中的扩增子丰度数据 | 机器学习 | NA | 统计数据变换,回归技术 | 工具变量模型 | 成分数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9378 | 2025-10-07 |
Bioinformatics analysis of coronary microvascular dysfunction in rats based on single-cell RNA sequencing
2025-02-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85318-2
PMID:39934189
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析大鼠冠状动脉微血管功能障碍的单细胞基因表达谱 | 首次在大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型中系统分析单细胞水平的基因表达特征,特别是内皮细胞的表型分类 | 研究仅基于大鼠模型,样本量相对有限,未进行临床验证 | 探索冠状动脉微血管功能障碍的发病机制和潜在治疗靶点 | 大鼠冠状动脉微血管功能障碍模型的心脏组织细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 55,419个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9379 | 2025-10-07 |
Identification of metabolism-related subtypes and feature genes of pre-eclampsia
2025-02-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-89140-8
PMID:39930027
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研究论文 | 本研究通过代谢相关基因识别了先兆子痫的三种亚型,并确定了五个与疾病进展密切相关的特征基因 | 首次基于代谢特征对先兆子痫进行亚型分类,并利用机器学习算法筛选出五个关键特征基因 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索先兆子痫的代谢相关亚型及其特征基因 | 先兆子痫患者基因表达数据 | 生物信息学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序,定量逆转录PCR,加权基因共表达网络分析 | 共识聚类,机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的先兆子痫数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
9380 | 2025-10-07 |
SCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell RNA-sequencing data
2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf057
PMID:39985442
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研究论文 | 提出一种可扩展且内存高效的单细胞RNA测序数据整合方法SCEMENT | 将ComBat中的线性回归模型扩展至无监督稀疏矩阵设置,实现大规模单细胞数据的高效整合 | 仅支持Linux平台,未提及对其他操作系统的兼容性 | 开发能够处理大规模单细胞RNA测序数据的高效整合算法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性回归模型 | 基因表达数据 | 数百万个细胞,数十至数百个真实单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |