单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 9361 - 9380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9361 | 2024-08-31 |
Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder
2021, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.73600.2
PMID:35814628
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research paper | 本文介绍了一种基于Bioconductor的快速、灵活且准确的单细胞测序数据双胞体检测方法scDblFinder | scDblFinder在复杂数据集中能准确识别大多数异型双胞体，并已被独立基准测试证明优于其他方法 | NA | 开发一种新的双胞体检测方法以避免单细胞测序数据中的伪发现 | 单细胞RNA和可及性测序数据中的双胞体 | digital pathology | NA | single-cell sequencing | NA | single-cell RNA and accessibility sequencing data | NA |
| 9362 | 2024-08-30 |
Exploring the molecular mechanisms of asthma across multiple datasets
2024-12, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2023.2258926
PMID:38489401
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研究论文 | 本研究通过分析212名个体的基因表达数据，包括哮喘患者和健康对照，识别出267个差异表达基因，并利用多种生物信息学工具探索这些基因在哮喘发病机制中的潜在作用。 | 本研究揭示了哮喘的新遗传方面，并强调了综合生物信息学在解码复杂疾病模式中的力量。 | 这些发现需要进一步验证，C1orf64和C7orf26在哮喘中的确切作用有待进一步研究以验证其治疗潜力。 | 探索哮喘的分子机制，发现新的分子靶点和全面理解其发病机制。 | 哮喘患者和健康对照的基因表达数据。 | NA | 哮喘 | 差异基因表达分析、通路富集、药物靶点预测和单细胞分析 | NA | 基因表达数据 | 212名个体 |
| 9363 | 2024-08-30 |
The Novel-B-Cell-Related Gene Signature Predicts the Prognosis and Immune Status of Patients with Esophageal Carcinoma
2024-Sep, Journal of gastrointestinal cancer
IF:1.6Q4
DOI:10.1007/s12029-024-01083-x
PMID:38963643
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析，开发了一种新的B细胞相关基因签名（BRGrisk），用于预测食管癌患者的预后和免疫状态 | 首次开发了B细胞相关基因签名（BRGrisk），用于食管癌患者的预后分层和个性化治疗策略的指导 | NA | 研究B细胞在食管癌中的预后意义及其在肿瘤微环境中的作用 | 食管癌患者的预后和免疫状态 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组分析 | LASSO回归分析 | 基因数据 | 来自癌症基因组图谱队列的患者被分为训练队列和测试队列 |
| 9364 | 2024-08-30 |
l-Theanine Alleviates Ulcerative Colitis by Regulating Colon Immunity via the Gut Microbiota in an MHC-II-Dependent Manner
2024-Aug-28, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c04379
PMID:39197065
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研究论文 | 本研究探讨了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和肠道免疫来减轻溃疡性结肠炎的机制 | 首次揭示了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和MHC-II依赖的方式影响肠道免疫，从而减轻溃疡性结肠炎 | 研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体试验验证 | 探索l-茶氨酸减轻溃疡性结肠炎的机制 | 溃疡性结肠炎小鼠模型 | NA | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序, 流式细胞术 | NA | 微生物群数据 | 溃疡性结肠炎小鼠 |
| 9365 | 2024-08-30 |
Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51584-3
PMID:39183289
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研究论文 | 介绍了一种名为Isosceles的计算工具包，用于在单细胞、伪批量和批量分辨率级别上提高mRNA异构体的检测灵敏度和定量准确性 | Isosceles在异构体检测灵敏度和定量准确性方面优于其他方法 | NA | 提高单细胞转录组在异构体水平的定量忠实度，并实现灵活的下游分析 | mRNA异构体的准确检测和定量 | 生物信息学 | NA | 纳米孔长读长测序 | NA | 测序数据 | 使用合成和生物学衍生的数据集进行验证 |
| 9366 | 2024-08-30 |
Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications
2024-Aug-24, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01596-9
PMID:39182134
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综述 | 本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用 | 空间多组学技术解决了单细胞测序中空间上下文丢失的问题，提供了细胞内和细胞间分子机制相互作用的深入见解 | NA | 探讨多组学技术的发展及其在人类疾病研究中的应用 | 多组学技术及其在细胞生物学和人类疾病研究中的应用 | NA | NA | 多组学技术 | NA | NA | NA |
| 9367 | 2024-08-30 |
Biomarkers associated with immune-related adverse events induced by immune checkpoint inhibitors
2024-Aug-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i8.1002
PMID:39193157
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综述 | 本文综述了与免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件相关的生物标志物 | 探讨了机器学习、单细胞RNA测序、多组学分析和肠道微生物组分析等创新方法在识别新型生物标志物中的应用 | NA | 旨在寻找能够准确预测或诊断免疫相关不良事件的可靠生物标志物 | 免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件的生物标志物 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | 机器学习 | NA | NA |
| 9368 | 2024-08-30 |
The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401687121
PMID:39133845
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析了人死后皮质组织样本中语言网络核心区域的基因表达，发现特定区域的层特异性基因表达模式与语言网络有关 | 首次揭示了语言网络中特定区域的层特异性基因表达模式，并发现这些模式与个体间结构连接变异及特定脑相关疾病有关 | NA | 探讨人类大脑语言网络的分子和细胞特征 | 人类大脑皮质组织中语言网络核心区域的基因表达 | 神经科学 | 阅读障碍，精神分裂症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 大量死后皮质组织样本 |
| 9369 | 2024-08-30 |
Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma
2024-Aug-19, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2023-220230
PMID:38373824
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研究论文 | 研究哮喘患者气道上皮细胞对RSV感染的转录反应 | 首次详细探讨了哮喘患者气道上皮细胞中杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染的反应差异 | 样本量较小，且未涵盖所有可能的细胞类型 | 探讨哮喘患者气道上皮细胞对RSV感染的转录反应及其分子机制 | 哮喘患者和健康捐赠者的原代支气管上皮细胞 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 哮喘患者8例，健康捐赠者8例 |
| 9370 | 2024-08-30 |
Human enteric nervous system progenitor transplantation improves functional responses in Hirschsprung disease patient-derived tissue
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331532
PMID:38816188
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研究论文 | 本文研究了通过移植人源肠神经系统前体细胞来改善Hirschsprung病患者的肠道功能 | 首次展示了人多能干细胞衍生的肠神经系统前体细胞能够重新填充并增加Hirschsprung病患者结肠组织的功能反应 | NA | 探索Hirschsprung病的替代治疗方案 | 人源肠神经系统前体细胞在Hirschsprung病患者肠道组织中的功能影响 | NA | Hirschsprung病 | 单细胞RNA测序、蛋白质表达分析、钙成像 | NA | 组织样本 | NA |
| 9371 | 2024-08-30 |
Comprehensive single-cell analysis deciphered microenvironmental dynamics and immune regulator olfactomedin 4 in pathogenesis of gallbladder cancer
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331773
PMID:38719336
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胆囊癌的微环境动态和免疫调节因子olfactomedin 4的作用 | 首次揭示了胆囊癌中免疫微环境的改变，并发现了olfactomedin 4在胆囊癌进展中的关键作用 | NA | 阐明胆囊癌及其良性疾病的复杂生态系统和分子特征，以促进癌症预防和优化治疗干预 | 胆囊癌、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺瘤及邻近正常组织 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 230,737个细胞来自15个胆囊癌样本、4个胆囊炎样本、3个胆囊息肉、5个胆囊腺瘤和16个邻近正常组织 |
| 9372 | 2024-08-30 |
A practical guide to spatial transcriptomics
2024-06, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101276
PMID:38776574
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综述 | 本文是一篇关于空间转录组学的实用指南，旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息 | 介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用，特别是已商业化的技术 | 文章主要关注已商业化的技术，可能未涵盖所有新兴技术 | 为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南 | 空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 9373 | 2024-08-30 |
Bulk and single-cell transcriptome reveal the immuno-prognostic subtypes and tumour microenvironment heterogeneity in HCC
2024-04, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15828
PMID:38293784
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研究论文 | 本研究通过分析大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性 | 本研究开发了一种基于相对表达顺序（REO）的免疫相关特征，能够将HCC样本分为两个风险亚组，并验证了其在大量和单细胞转录组数据中的有效性 | NA | 研究目的是识别肝细胞癌中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性 | 肝细胞癌（HCC）样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 907个HCC样本（包括72个内部样本）和两个单细胞转录组数据集 |
| 9374 | 2024-08-30 |
Single-cell transcriptome reveals the heterogeneity of malignant ductal cells and the prognostic value of REG4 and SPINK1 in primary pancreatic ductal adenocarcinoma
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17350
PMID:38827297
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌的异质性，并鉴定了REG4和SPINK1作为潜在的预后标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胰腺导管腺癌中恶性导管细胞的异质性，并发现了REG4和SPINK1在胰腺导管腺癌中的重要作用。 | 研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证REG4和SPINK1作为治疗靶点的有效性。 | 旨在全面描绘胰腺导管腺癌的异质性并识别预后靶点。 | 胰腺导管腺癌的恶性导管细胞及其预后标志物。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了16个原发性胰腺导管腺癌和3个邻近病变中的32,480个细胞。 |
| 9375 | 2024-08-30 |
DNA methylation and gene expression profiling reveal potential association of retinol metabolism related genes with hepatocellular carcinoma development
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17916
PMID:39193514
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研究论文 | 本研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序和RNA测序技术，分析了肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达谱，揭示了视黄醇代谢相关基因在肝细胞癌发展中的潜在关联 | 本研究首次综合分析了DNA甲基化和RNA测序数据，识别出987个甲基化驱动的候选基因，并发现视黄醇代谢途径中的四个基因在肝细胞癌中的表达水平可以对患者进行分层 | 本研究主要依赖于多组学数据分析，未涉及体外或体内实验验证 | 旨在全面研究肝细胞癌中由甲基化驱动的基因表达改变 | 肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS），RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | DNA甲基化数据，RNA表达数据 | 肝细胞癌组织与正常邻近组织样本，具体数量未在摘要中明确 |
| 9376 | 2024-08-30 |
Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels
2022-06-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-13812-y
PMID:35701452
|
研究论文 | 本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响 | 开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用 | 多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量 | 克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应 | 肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 涉及不同解离协议的多种样本 |
| 9377 | 2024-08-30 |
Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data
2022-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-30755-0
PMID:35680885
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研究论文 | 本文系统比较了16种细胞间通信推断资源和7种方法，以及这些方法预测结果的一致性 | 首次全面评估了不同资源和方法对细胞间通信预测结果的影响，并开发了LIANA框架以整合这些资源和方法 | 未提及 | 探讨不同资源和方法对细胞间通信推断的影响 | 单细胞RNA-Seq数据中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本数量 |
| 9378 | 2024-08-30 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm
2022-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-31003-1
PMID:35680954
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术构建了家蚕丝腺的细胞图谱 | 首次构建了家蚕丝腺的单细胞转录组图谱，揭示了丝腺细胞的异质性和基因表达动态 | NA | 揭示家蚕丝腺细胞的异质性和基因表达动态 | 家蚕丝腺及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 14,972个高质量细胞 |
| 9379 | 2024-08-30 |
CONET: copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data
2022-06-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02693-z
PMID:35681161
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研究论文 | 本文提出了一种名为CONET的概率模型，用于联合推断拷贝数事件的进化树和拷贝数调用，适用于单细胞数据 | CONET模型采用高效的正则化MCMC过程搜索可能的模型结构和参数空间，并引入了一系列模型先验和惩罚以实现有效正则化 | NA | 研究肿瘤进化中的拷贝数变化现象 | 拷贝数事件的进化树和拷贝数调用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞全基因组测序 | 概率模型 | 单细胞数据 | 两个乳腺癌样本 |
| 9380 | 2024-08-30 |
Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data
2022-06-08, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjac008
PMID:35102420
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研究论文 | 本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性 | 通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的特征基因选择 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 内在熵（IE）模型 | scRNA-seq数据 | 模拟数据集和真实单细胞数据集 |