单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9341	2024-08-30	Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data 2022-06-08, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjac008 PMID:35102420	研究论文	本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性	通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的特征基因选择	数字病理学	NA	scRNA-seq	内在熵（IE）模型	scRNA-seq数据	模拟数据集和真实单细胞数据集
9342	2024-08-30	Alveolar Basal Cells Differentiate towards Secretory Epithelial- and Aberrant Basaloid-like Cells In Vitro 2022-06-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11111820 PMID:35681516	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析体外培养的肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组变化	NA	探究特发性肺纤维化中肺泡基底细胞的分化过程及其转录组特征	肺泡基底细胞及其在不同培养条件下的转录组	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自外周纤维化肺组织的肺泡基底细胞
9343	2024-08-30	Bronchial epithelium epithelial-mesenchymal plasticity forms aberrant basaloid-like cells in vitro 2022-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00254.2021 PMID:35438006	研究论文	本研究探讨了上皮-间质转化（EMT）在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了EMT诱导的转录变化。	本研究首次揭示了支气管上皮细胞在体外通过EMT形成异常基底样细胞的转录变化，并提供了单细胞RNA-Seq数据的交互式浏览器。	研究未发现EMT诱导后细胞向成纤维细胞/肌成纤维细胞转化的证据，且仅显示部分EMT基因特征。	阐明EMT在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用。	人支气管上皮细胞在不同培养条件下的转录变化。	数字病理学	肺纤维化	RNA测序	NA	RNA	8,247个蛋白质编码基因和1,621个长非编码RNA基因在不同培养条件下的差异表达，以及6,020个蛋白质编码基因和907个长非编码RNA基因在EMT诱导后的转录重编程。
9344	2024-08-30	Astrocytes and oligodendrocytes undergo subtype-specific transcriptional changes in Alzheimer's disease 2022-06-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2022.03.008 PMID:35381189	研究论文	本研究使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非症状对照组大脑中星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组变化	本研究首次利用snRNA-seq技术详细描述了AD患者中星形胶质细胞和少突胶质细胞的亚型特异性转录组变化，并结合空间转录组学资源，揭示了健康和炎症大脑中星形胶质细胞亚型的定位	研究主要集中在星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组分析，未涉及其他类型细胞的贡献	深入理解阿尔茨海默病中胶质细胞的转录组异质性	阿尔茨海默病患者的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	APOE Ɛ2/3人类AD患者和年龄及基因型匹配的非症状（NS）大脑样本
9345	2024-08-30	Male-Specific Activation of Lysine Demethylases 5B and 5C Mediates Alcohol-Induced Liver Injury and Hepatocyte Dedifferentiation 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1895 PMID:35084807	研究论文	本研究探讨了酒精相关肝病（ALD）中性别特异性的生物学途径，特别是在雄性小鼠中酒精诱导的肝细胞去分化和肿瘤发展。	发现了酒精在雄性小鼠中通过激活KDM5B和KDM5C去甲基酶促进肝细胞去分化和肿瘤发展的新机制。	研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的影响未深入探讨。	定义酒精暴露下肝脏的性别特异性途径。	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞。	NA	酒精相关肝病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）	NA	RNA序列数据	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞
9346	2024-08-30	Mapping the cardiac vascular niche in heart failure 2022-05-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30682-0 PMID:35641541	研究论文	本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。	本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。	NA	研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。	心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9347	2024-08-30	Identifying tumor cells at the single-cell level using machine learning 2022-05-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02683-1 PMID:35637521	研究论文	本文提出了一种名为ikarus的机器学习管道，用于在单细胞水平上区分肿瘤细胞和正常细胞	ikarus能够在多个实验环境中实现高灵敏度和特异性	NA	旨在解决单细胞或空间测序实验中肿瘤细胞的识别问题	肿瘤细胞和正常细胞的区分	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习管道	单细胞数据集	多个单细胞数据集
9348	2024-08-30	Modern venomics-Current insights, novel methods, and future perspectives in biological and applied animal venom research 2022-05-18, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac048 PMID:35640874	综述	本文综述了现代毒液学领域的最新进展和新策略，探讨了技术革新和多组学方法如何显著提升对有毒动物毒液的研究	文章介绍了CRISPR和敲降技术在研究基因组及其修饰中的应用，以及质谱成像与空间转录组学、原位杂交技术和现代计算机断层扫描技术在毒液系统空间分布和功能研究中的应用	NA	探讨毒液成分的进化、功能及其在不同发育阶段的生物学意义，以及毒液在农业化学、制药、治疗和诊断等领域的应用	有毒动物的毒液及其成分	生物学	NA	CRISPR, 质谱成像, 空间转录组学, 原位杂交技术, 计算机断层扫描	NA	基因组, 转录组, 蛋白质	NA
9349	2024-08-30	Distinct phenotypic states and spatial distribution of CD8+ T cell clonotypes in human brain metastases 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100620 PMID:35584630	研究论文	本文分析了人脑转移瘤中CD8+ T细胞克隆型的不同表型状态和空间分布	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了增殖和耗竭的CD8 T细胞之间存在显著的克隆重叠，但与其他肿瘤浸润CD8 T细胞和循环中的CD8 T细胞克隆重叠最小	NA	研究脑转移瘤中CD8 T细胞的表型状态和空间分布，以探索针对脑转移瘤的免疫治疗新靶点	人脑转移瘤中的CD8+ T细胞	数字病理学	脑转移瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	NA
9350	2024-08-30	Single-cell transcriptomics reveals age-resistant maintenance of cell identities, stem cell compartments and differentiation trajectories in long-lived naked mole-rats skin 2022-05-04, Aging DOI:10.18632/aging.204054 PMID:35507806	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了裸鼹鼠皮肤在长寿过程中细胞身份、干细胞区室和分化轨迹的年龄抵抗性维持	研究发现裸鼹鼠皮肤在衰老过程中保持了细胞类型和皮肤区室的稳定性，干细胞数量恒定，且表皮基因表达未随年龄变化	NA	探讨裸鼹鼠皮肤在长寿过程中的细胞和遗传特征	裸鼹鼠的皮肤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年裸鼹鼠
9351	2024-08-30	Microfluidic cell sorter sample preparation for genomic assays 2022-May, Biomicrofluidics IF:2.6Q2 DOI:10.1063/5.0092358 PMID:35698630	研究论文	本文探讨了微流控细胞分选技术在基因组测序样本准备中的应用	介绍了NanoCellect Biomedical开发的WOLF Cell Sorter和WOLF G2微流控细胞分选器，这些设备使用温和的分选技术，兼容多种RNA测序平台	传统的液滴式分选器存在操作复杂、可访问性差以及可能对细胞造成压力的问题	研究如何通过微流控分选技术提高单细胞转录组学的样本质量	单细胞RNA测序样本的准备和细胞分选技术	NA	NA	微流控技术，RNA测序	NA	细胞	未具体说明
9352	2024-08-30	Spatial transcriptomic analysis reveals inflammatory foci defined by senescent cells in the white matter, hippocampi and cortical grey matter in the aged mouse brain 2022-04, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-022-00521-7 PMID:35098444	研究论文	本文通过空间转录组学方法分析了老年小鼠大脑中细胞衰老的空间分布及其与神经炎症的关系	首次使用空间转录组学技术，结合组织学信息，精确地定位了老年小鼠大脑中包含衰老细胞的微域，并分析了这些区域的基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能限制了结果的普遍性和可靠性	探讨衰老细胞在大脑中的空间分布及其与年龄相关认知衰退的关系	老年C57BL/6小鼠的大脑组织	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	mRNA表达数据	3个月和28个月大的C57BL/6小鼠各若干只
9353	2024-08-30	Vemurafenib acts as a molecular on-off switch governing systemic inflammation in Langerhans cell histiocytosis 2022-02-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021005442 PMID:34619771	研究论文	本文报道了一名Langerhans细胞组织细胞增生症（LCH）患者在接受vemurafenib和挽救性化疗联合治疗后，实现了持续的临床和分子缓解的全面分析	研究发现vemurafenib能快速、高效但可逆地抑制系统性炎症的临床表现，并且炎症细胞因子的血清水平与vemurafenib的使用完全一致	NA	探讨vemurafenib在LCH治疗中的作用及其对系统性炎症的影响	LCH患者及其细胞类型	NA	Langerhans细胞组织细胞增生症	单细胞转录组分析	NA	血液和骨髓细胞	一名LCH患者
9354	2024-08-30	Glycan Profiling by Sequencing to Uncover Multicellular Communication: Launching Glycobiology in Single Cells and Microbiomes 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.919168 PMID:35712658	研究论文	本文介绍了一种名为scGR-seq的新技术，用于在单细胞水平上同时分析糖类和RNA，并将其应用于异质细胞群和微生物群的表面糖类分析	首次开发了一种能够在单细胞水平上分析糖组的技术，通过使用DNA条形码凝集素将糖信息转化为基因信息，从而实现糖类和RNA的同时分析	NA	探索糖类在细胞间和细胞与微生物间通信中的功能，扩展糖生物学到单细胞和微生物群水平	单细胞和微生物群中的糖类	生物技术	NA	scGR-seq	NA	糖类和RNA	异质细胞群和微生物群中的单个细胞
9355	2024-08-30	Myocardial-Treg Crosstalk: How to Tame a Wolf 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.914033 PMID:35693830	综述	本文综述了心肌梗死（MI）后心肌调节T细胞（Tregs）在组织修复和局部炎症控制中的核心作用	讨论了心肌微环境如何通过塑造肌球蛋白特异性T细胞向调节表型发展，从而控制潜在的自体攻击性局部免疫反应	NA	探讨心肌梗死后免疫系统如何通过Tregs协调组织修复和控制炎症反应	心肌调节T细胞（Tregs）及其在心肌梗死修复中的作用	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学和T细胞受体分析	NA	图像	使用转基因小鼠模型进行研究
9356	2024-08-08	Identifying In Vitro Cultured Human Hepatocytes Markers with Machine Learning Methods Based on Single-Cell RNA-Seq Data 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.916309 PMID:35706505	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，识别体外培养的人肝细胞在不同分化时期的标志物	本研究通过先进的计算分析方法，解决了肝细胞分化过程中的异质性问题，并挖掘了不同分化时期的生物标志物	NA	阐明肝细胞发育的过程和机制，为细胞移植相关的肝病治疗策略提供潜在目标	体外培养的人肝细胞及其分化过程中的标志物	机器学习	NA	单细胞RNA测序	随机森林、k-最近邻、决策树	转录组数据	一批压缩和有效的分类特征
9357	2024-08-29	RNA-binding protein AZGP1 inhibits epithelial cell proliferation by regulating the genes of alternative splicing in COPD 2024-Nov-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148736 PMID:38950687	研究论文	研究探讨了RNA结合蛋白AZGP1通过调控选择性剪接基因在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中抑制上皮细胞增殖的作用	首次揭示了AZGP1在COPD中通过调控选择性剪接事件影响上皮细胞增殖和粘附的新机制	研究主要基于单细胞转录组测序和批量RNA测序数据，未进行体内外实验验证	探究RNA结合蛋白在COPD中的作用及其对上皮细胞增殖的调控机制	RNA结合蛋白AZGP1及其在COPD中的表达和功能	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用了两组数据集：GSE173896（单细胞RNA测序）和GSE124180（批量RNA测序）
9358	2024-08-29	Analysis of single-cell transcriptome data from a mouse model implicates protein synthesis dysfunction in schizophrenia 2024-Sep, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01545-3 PMID:39083157	研究论文	研究使用单细胞RNA测序数据分析了Setd1a±敲除小鼠模型中基因表达的变化，以揭示精神分裂症的发病机制	首次在单细胞水平上分析了Setd1a±敲除小鼠模型中与精神分裂症相关的基因表达变化，并识别了关键的生物学途径，如蛋白质合成和EIF2信号传导途径	研究仅限于Setd1a±敲除小鼠模型，结果的普遍性和临床相关性需要进一步验证	探讨精神分裂症的发病机制，特别是基因表达变化和相关生物学途径	Setd1a±敲除小鼠的前额叶皮质和纹状体中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	前额叶皮质和纹状体中共识别了273个独特的差异表达基因（DEGs）和675个包含差异转录使用的基因峰（DTU）
9359	2024-08-29	Function of unconventional T cells in oral lichen planus revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01912-6 PMID:39073597	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓中非典型T细胞的功能和分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了口腔扁平苔藓中单个细胞的特征，并揭示了非典型T细胞在疾病中的独特应激反应状态	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术探索口腔扁平苔藓中非典型T细胞的分子特征	口腔扁平苔藓患者的颊黏膜样本和健康个体的颊黏膜样本	数字病理学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序	NA	细胞	口腔扁平苔藓患者和健康个体的颊黏膜样本
9360	2024-08-29	Distinct granzyme k expression in immune cells: a single-cell rna-seq meta-analysis 2024-Sep, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01555-1 PMID:39115674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序元分析，探讨了GZMK在不同免疫细胞类型中的表达模式	首次通过单细胞RNA测序元分析揭示了GZMK在不同免疫细胞和组织中的独特表达调控机制	NA	揭示GZMK在不同免疫细胞类型中的表达模式	GZMK在不同免疫细胞类型中的表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及成熟T细胞、NK细胞、B细胞和NKT细胞等多种免疫细胞类型