单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9341	2024-09-11	Technology meets TILs: Deciphering T cell function in the -omics era 2023-01-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.011 PMID:36206755	研究论文	本文讨论了在-omics时代利用新技术解码T细胞功能的机会与挑战	本文结合单细胞RNA测序和高维流式细胞术等多维分析平台，揭示了肿瘤浸润免疫细胞在单个肿瘤、不同肿瘤类型及个体间的显著异质性	本文主要关注高维研究中CD8 T细胞在肿瘤微环境中的解释机会与局限性	探讨利用-omics技术研究复杂肿瘤微环境的机会与挑战	T细胞功能及肿瘤微环境中的CD8 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、高维流式细胞术	NA	基因组数据	NA
9342	2024-09-11	The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1000 PMID:36370105	研究论文	本文介绍了STRING数据库在2023年的更新，重点在于蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析，适用于任何感兴趣的测序基因组	引入了变分自编码器来预测共表达通道中的相互作用，并增加了单细胞RNA-seq和实验蛋白质组数据作为新来源；改进了实验性相互作用的置信度估计	NA	系统地收集和整合蛋白质-蛋白质相互作用信息，并提供功能富集分析工具	蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析	生物信息学	NA	变分自编码器	变分自编码器	蛋白质相互作用数据	NA
9343	2024-09-11	HUSCH: an integrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expression visualization and analyses 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1001 PMID:36318258	研究论文	本文介绍了HUSCH，一个集成的人类组织单细胞转录组图谱数据库，用于基因表达的可视化和分析	HUSCH整合了近300万个细胞的单细胞转录组数据，提供了跨多个来源和平台的基因表达综合可视化和分析功能	NA	研究不同人类细胞类型的基因表达模式，以探索细胞类型分化、疾病发生和进展的机制	人类组织的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	近300万个细胞，来自185个高质量的人类scRNA-seq数据集，涵盖45种不同组织
9344	2024-09-11	SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac930 PMID:36305818	研究论文	本文介绍了一个名为SPEED的新数据库，用于整合和展示来自多种物种和组织的单细胞数据	SPEED数据库整合了来自127个物种的单细胞测序数据，并提供了多种分析模块，包括进化、发育和疾病相关的数据分析	NA	开发一个集成平台，用于整合和分析多物种的单细胞数据，以深入挖掘细胞、组织和物种之间的异质性	单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞全基因组测序（scWGS）	NA	单细胞数据	127个物种的单细胞测序数据
9345	2024-09-11	ImmCluster: an ensemble resource for immunology cell type clustering and annotations in normal and cancerous tissues 2023-01-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac922 PMID:36271790	研究论文	介绍了一个名为ImmCluster的资源，用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在正常和癌变组织中	整合了来自九种健康组织和17种癌症类型的超过100万免疫细胞数据，并开发了一种集成方法以提供比单个方法更一致的细胞聚类	NA	开发一个资源用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在癌症微环境中	免疫细胞的聚类和注释	生物信息学	癌症	单细胞转录组测序	集成方法	基因表达数据	超过100万免疫细胞
9346	2024-09-11	Single-cell multi-omics integration for unpaired data by a siamese network with graph-based contrastive loss 2023-Jan-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-022-05126-7 PMID:36600199	研究论文	本文提出了一种基于孪生网络和图对比损失的单细胞多组学数据整合方法MinNet	MinNet是一种新颖的深度学习框架，用于单细胞多组学测序数据的整合，在基准测试中表现优异，特别适用于整合具有批次和生物变异的数据集	NA	研究目的是开发一种能够有效整合不同模态单细胞组学数据的方法	研究对象包括scRNA-seq、scATAC-seq和抗原数据	机器学习	NA	单细胞多组学测序	孪生网络	单细胞数据	涉及多个基准数据集和COVID-19数据集
9347	2024-09-11	Liver-resident CD8+ T cells in viral hepatitis: not always good guys 2023-01-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI165033 PMID:36594469	研究论文	研究了在慢性HBV感染中，非特异性CD8+ T细胞对肝脏免疫病理的影响	应用肝穿刺活检和单细胞RNA测序技术，定义了一组与肝脏损伤相关的非病毒特异性CD8+ T细胞	非特异性旁观者CD8+ T细胞的确切性质仍未明确	探讨HBV特异性CD8+ T细胞在病毒控制中的作用及其在持续感染中的失败机制	HBV特异性CD8+ T细胞和非特异性旁观者CD8+ T细胞	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9348	2024-09-11	The heterogeneity of cellular senescence: insights at the single-cell level 2023-01, Trends in cell biology IF:13.0Q1 DOI:10.1016/j.tcb.2022.04.011 PMID:35599179	综述	本文综述了细胞衰老的异质性，并强调了在单细胞水平上研究衰老细胞的重要性	本文介绍了通过单细胞RNA测序和单核RNA测序等高通量技术在单细胞水平上研究衰老细胞的新方法	NA	探讨细胞衰老的异质性及其在衰老和病理条件中的作用	衰老细胞及其在不同细胞类型和组织中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单核RNA测序	NA	RNA	NA
9349	2024-09-11	Clustering Deviation Index (CDI): a robust and accurate internal measure for evaluating scRNA-seq data clustering 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02825-5 PMID:36575517	研究论文	本文提出了一种新的聚类偏差指数（CDI），用于评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	CDI能够测量任何聚类标签集与观测到的单细胞数据之间的偏差，并通过模拟和实验验证了其选择最优聚类标签集的能力	NA	开发一种新的内部指标来评估单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据的聚类标签集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9350	2024-09-11	Biology-inspired data-driven quality control for scientific discovery in single-cell transcriptomics 2022-12-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02820-w PMID:36575523	研究论文	本文提出了一种基于生物启发的数据驱动质量控制框架，用于单细胞转录组学中的科学发现	本文提出了一个无监督的自适应质量控制框架，能够在细胞类型层面进行灵活的数据驱动质量控制，同时保留关键的生物学见解和提高下游分析的效力	NA	改进单细胞RNA测序数据分析中的质量控制方法	单细胞RNA测序数据中的细胞质量控制	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织、细胞类型、技术、研究条件和物种的样本
9351	2024-09-11	Diverse monogenic subforms of human spermatogenic failure 2022-12-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35661-z PMID:36572685	研究论文	本研究通过外显子测序分析了1000多例临床诊断为非阻塞性无精子症（NOA）的病例，发现了20%的病例存在可能的隐性孟德尔遗传原因，并进一步支持了21个基因在2072例病例和11,587例生育对照中的2阶段负担测试结果	本研究首次通过外显子测序和单细胞RNA测序数据的整合，揭示了非阻塞性无精子症的分子亚型及其在不同物种中的相似性，为男性不育的复杂遗传学提供了概念框架	本研究主要集中在非阻塞性无精子症的遗传基础分析，未涵盖其他类型的男性不育症	探讨非阻塞性无精子症的遗传基础，并为男性不育症的分类提供理论依据	非阻塞性无精子症病例及其相关基因	遗传学	男性不育症	外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据、RNA数据	1000多例非阻塞性无精子症病例、2072例病例、11,587例生育对照
9352	2024-09-11	Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization 2022-12-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04351-3 PMID:36572749	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和开放染色质区域分析，揭示了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因进化	首次在单细胞水平上分析了金鱼视网膜在全基因组复制后的基因表达模式和遗传分化	NA	研究全基因组复制后金鱼视网膜基因的早期进化	金鱼视网膜的单细胞转录组和开放染色质区域	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	11,444个ohnolog对
9353	2024-09-11	SpatialCorr identifies gene sets with spatially varying correlation structure 2022-12-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2022.100369 PMID:36590683	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialCorr的方法，用于识别具有空间变化相关结构的基因集	SpatialCorr能够检测基因集在组织区域内的空间诱导相关性差异，这是现有方法无法实现的	NA	开发一种新的统计方法，用于识别空间转录组数据中基因集的空间变化相关结构	空间转录组数据中的基因集	生物信息学	皮肤鳞状细胞癌	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
9354	2024-09-11	Do Corticosteroid Receptor mRNA Levels Predict the Expression of Their Target Genes? 2022-Dec-15, Journal of the Endocrine Society IF:3.0Q2 DOI:10.1210/jendso/bvac188 PMID:36578881	研究论文	研究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	探讨了MR和GR mRNA水平与GILZ mRNA表达的相关性，并发现MR mRNA水平在某些情况下可能限制受体作用	研究仅限于小鼠模型，且在单细胞水平上的相关性较弱	探究皮质类固醇受体mRNA水平与其靶基因表达之间的关系	皮质类固醇受体（MR和GR）及其靶基因GILZ的mRNA表达	NA	NA	原位杂交	NA	mRNA	雄性小鼠
9355	2024-09-11	DeepST: identifying spatial domains in spatial transcriptomics by deep learning 2022-12-09, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac901 PMID:36250636	研究论文	本文介绍了一种名为DeepST的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	DeepST在基准数据集上表现优于现有的最先进方法，并能有效整合来自多个批次或不同技术的空间转录组数据	NA	开发一种准确且通用的深度学习框架，用于在空间转录组学中识别空间域	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据	机器学习	乳腺癌	深度学习	深度学习框架	空间转录组数据	涉及人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌的空间转录组数据集
9356	2024-09-11	A dietary change to a high-fat diet initiates a rapid adaptation of the intestine 2022-11-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111641 PMID:36384107	研究论文	研究了高脂饮食对小鼠肠道上皮细胞的快速适应性反应	首次使用生理指标和单细胞转录组学研究高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应	研究仅限于小鼠模型，未探讨其他物种的反应	探讨高脂饮食对肠道上皮细胞的即时反应	小鼠肠道上皮细胞	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
9357	2024-09-11	Podocalyxin-Like Protein 1 Regulates Pluripotency through the Cholesterol Biosynthesis Pathway 2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202205451 PMID:36373710	研究论文	研究了膜蛋白podocalyxin-like蛋白1（PODXL）通过胆固醇生物合成途径调节多能性的机制	首次报道了膜蛋白PODXL调节从头胆固醇生物合成，并发现人类多能干细胞（hPSCs）对胆固醇耗竭比成纤维细胞更敏感	NA	揭示信号机制对扩展多能干细胞（EPSC）状态和原始多能性的关键作用，以理解胚胎发育	膜蛋白PODXL在扩展和原始多能性中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9358	2024-09-11	Increased SARS-CoV-2 Infection, Protease, and Inflammatory Responses in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Primary Bronchial Epithelial Cells Defined with Single-Cell RNA Sequencing 2022-09-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202108-1901OC PMID:35549656	研究论文	研究了慢性阻塞性肺病（COPD）患者的原代支气管上皮细胞在SARS-CoV-2感染后的反应	首次通过单细胞RNA测序揭示了COPD患者的支气管上皮细胞对SARS-CoV-2感染的更高易感性及其背后的机制	研究仅限于COPD患者的原代支气管上皮细胞，未涉及其他类型的细胞或组织	探讨COPD患者对SARS-CoV-2感染的易感性及其背后的分子机制	COPD患者的原代支气管上皮细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康受试者和COPD患者的原代支气管上皮细胞
9359	2024-09-11	Electrical stimulation of the splenic nerve bundle ameliorates dextran sulfate sodium-induced colitis in mice 2022-Jun-17, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-022-02504-z PMID:35715845	研究论文	研究电刺激脾神经束对小鼠DSS诱导的结肠炎的治疗效果	首次探讨了电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗价值	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探讨电刺激脾神经束在炎症性肠病中的治疗效果	小鼠DSS诱导的结肠炎	NA	炎症性肠病	RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类脾细胞样本
9360	2024-09-11	A Dual-Filtration System for Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells and Clusters in HCC 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1900 PMID:35068084	研究论文	本文评估了一种双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性	开发了一种简单的双过滤系统用于分离和测序肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团，并发现这些细胞和细胞团的基因表达与患者的预后相关	样本量较小，仅涉及8名患者	评估双过滤系统在肝细胞癌患者中分离和测序循环肿瘤细胞和细胞团的可行性，并探讨其与患者预后的关系	肝细胞癌患者的循环肿瘤细胞和细胞团	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名肝细胞癌患者，其中6名患者的循环肿瘤细胞或细胞团可识别，共测序38个循环肿瘤细胞和33个细胞团