单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9321	2024-09-11	Fructose overconsumption accelerates renal dysfunction with aberrant glomerular endothelial-mesangial cell interactions in db/db mice 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167074 PMID:38354758	研究论文	研究探讨了过量果糖摄入对db/db小鼠肾脏功能的影响及其机制	建立了由过量果糖摄入引起的新型糖尿病模型，揭示了果糖摄入通过Lrg1介导的肾小球内皮细胞与系膜细胞之间的异常交流加速糖尿病肾病进展	研究仅在db/db小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨过量果糖摄入对糖尿病肾病进展的影响及其机制	db/db小鼠的肾脏功能及细胞间相互作用	NA	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	db/db小鼠模型
9322	2024-09-11	Reprogramming macrophage by targeting VEGF and CD40 potentiates OX40 immunotherapy 2024-02-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149546 PMID:38266314	研究论文	研究通过靶向VEGF和CD40重编程巨噬细胞，增强OX40免疫疗法的抗肿瘤效果	首次分析了抗OX40治疗对巨噬细胞的抗肿瘤作用，并发现VEGF和CD40信号通路的动态变化，提出这些可能是提高抗OX40激动剂疗效的潜在联合靶点	研究仅限于体外实验和细胞水平的分析，尚未进行临床试验验证	探索提高OX40免疫疗法抗肿瘤疗效的机制和策略	肿瘤浸润免疫细胞、巨噬细胞、VEGF和CD40信号通路	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个时间点的肿瘤浸润免疫细胞样本
9323	2024-09-11	Increased Expression of Mevalonate Pathway-Related Enzymes in Angiotensin II-Induced Abdominal Aortic Aneurysms 2024, International heart journal IF:1.2Q3 DOI:10.1536/ihj.23-623 PMID:39085115	研究论文	研究探讨了血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中甲羟戊酸途径相关酶的表达变化	首次揭示了甲羟戊酸途径在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的重要作用	仅限于动物模型研究，未涉及临床数据	探讨甲羟戊酸途径在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中的作用	腹主动脉瘤的形成和动脉重塑	心血管疾病	心血管疾病	Western blot和单细胞RNA测序	NA	蛋白质和RNA	包括Ang II 28D、Ang II 5D和Sham组
9324	2024-09-11	Transcriptomic analysis of the spatiotemporal axis of oogenesis and fertilization in C. elegans 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1436975 PMID:39224437	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行了转录组分析，揭示了卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件	本文首次对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行了详细的转录组分析，揭示了卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件，并提供了新的机制见解	本文仅限于对秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统进行分析，未涉及其他物种或性别	研究秀丽隐杆线虫卵母细胞形成过程中的基因表达和剪接事件	秀丽隐杆线虫的雌雄同体生殖系统	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个不同阶段的生殖系统组织和受精卵
9325	2024-09-11	Integrating single-cell transcriptomics to reveal the ferroptosis regulators in the tumor microenvironment that contribute to bladder urothelial carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1427124 PMID:39238647	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，通过非负矩阵分解（NMF）聚类分析，揭示了膀胱尿路上皮癌肿瘤微环境中铁死亡调控因子及其对癌症进展和免疫治疗的影响	首次通过单细胞转录组数据识别出膀胱癌肿瘤微环境中与铁死亡相关的新型细胞亚型，并发现ACSL4+CAFs和SDC1作为重要的膀胱癌生物标志物	本研究主要基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏体内实验验证	探讨铁死亡在膀胱癌肿瘤微环境中的调控机制及其对癌症进展和免疫治疗的影响	膀胱尿路上皮癌肿瘤微环境中的细胞亚型及其与铁死亡的关系	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	转录组数据	未明确提及具体样本数量
9326	2024-09-11	The landscape of miRNA-mRNA regulatory network and cellular sources in inflammatory bowel diseases: insights from text mining and single cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454532 PMID:39238649	研究论文	本研究通过文本挖掘和单细胞RNA测序分析，构建了炎症性肠病中的miRNA-mRNA调控网络，并确定了关键miRNA的细胞来源及其在疾病发病机制中的作用	本研究通过整合多个数据库的预测和实验验证结果，构建了全面的miRNA-mRNA调控网络，并结合大规模单细胞RNA测序数据，确定了miRNA的细胞来源及其与临床状态和功能变化的关联	研究主要依赖于已发表的文献和现有数据库，可能存在样本多样性、平台变异性和批次效应等限制	构建全面的miRNA-mRNA调控网络，确定关键miRNA在炎症性肠病发病机制中的细胞来源和功能	炎症性肠病（包括溃疡性结肠炎和克罗恩病）中的miRNA-mRNA调控网络及其细胞来源	基因组学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	文本数据和基因表达数据	两个大规模单细胞RNA测序数据集
9327	2024-09-11	Obtention of viable cell suspensions from breast cancer tumor biopsies for 3D chromatin conformation and single-cell transcriptome analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1420308 PMID:39239354	研究论文	本文介绍了一种从乳腺癌肿瘤活检中获取高存活率细胞悬液的优化方案，并利用这些细胞悬液进行了3D染色质构象和单细胞转录组分析	提出了一种成本效益高的优化方案，能够从乳腺癌肿瘤活检中简单高效地获取高存活率细胞悬液	样本处理仍然是主要挑战，包括样本采集前的治疗、组织获取量、运输以及无法处理新鲜样本等问题	开发一种优化方案，从乳腺癌肿瘤活检中获取高存活率细胞悬液，以进行个性化肿瘤分子特征分析	乳腺癌肿瘤活检样本	NA	乳腺癌	Hi-C, 单细胞RNA测序	NA	细胞悬液	NA
9328	2024-09-11	Single cell RNA-sequencing delineates CD8+ tissue resident memory T cells maintaining rejection in liver transplantation 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96928 PMID:39239518	研究论文	本研究通过多组学方法分析了人（n=17）和鼠（n=16）肝移植样本，揭示了肝移植中CD8+组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的作用	本研究首次全面揭示了肝移植中CD8+组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的表达特征和功能作用	样本量相对较小，且仅限于人和鼠的肝移植样本	探讨肝移植中组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的免疫机制	人（n=17）和鼠（n=16）的肝移植样本	免疫学	肝移植	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫学技术	NA	RNA	人（n=17）和鼠（n=16）的肝移植样本，共235,116个细胞
9329	2024-09-11	MS4A1-PTGS2 axis induces taurine metabolic reprogramming to exacerbate abdominal aortic aneurysm progression 2024, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.99659 PMID:39239552	研究论文	本研究揭示了牛磺酸代谢重编程在腹主动脉瘤（AAA）发展和进展中的关键作用	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和加权基因共表达网络分析（WGCNA），首次将代谢变化与细胞外基质（ECM）和血管平滑肌细胞（SMCs）的功能联系起来，并引入了创新的代谢谱分析技术，识别出AAA中的差异代谢物，为非手术干预提供了潜在的生物标志物和治疗靶点	NA	研究腹主动脉瘤（AAA）的发展和进展机制	腹主动脉瘤（AAA）的细胞和分子机制	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	RNA，代谢物	使用小鼠模型（GSE152583数据集）和人类AAA组织样本进行分析
9330	2024-09-11	HMGB2 drives tumor progression and shapes the immunosuppressive microenvironment in hepatocellular carcinoma: insights from multi-omics analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1415435 PMID:39247201	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了HMGB2在肝细胞癌中的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次揭示了HMGB2在肝细胞癌进展和免疫抑制微环境中的关键作用	NA	优化肝细胞癌管理策略并提高患者预后	HMGB2在肝细胞癌中的表达及其对免疫抑制微环境的影响	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	RNA	多个肝细胞癌患者队列
9331	2024-09-11	Identification and Validation of Cytotoxicity-Related Features to Predict Prognostic and Immunotherapy Response in Patients with Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2024, Genetics research IF:1.4Q4 DOI:10.1155/2024/3468209 PMID:39247556	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别并验证了与细胞毒性相关的特征，以预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	本研究首次基于细胞毒性相关特征构建了透明细胞肾细胞癌的生存预测模型，并评估了其对免疫治疗反应的预测能力	本研究仅基于GSE224630数据集进行分析，未来需要更多数据集验证模型的普适性	开发一种基于细胞毒性相关特征的透明细胞肾细胞癌生存预测模型，并评估其对免疫治疗反应的预测能力	透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	风险模型	基因表达数据	11个透明细胞肾细胞癌亚群
9332	2024-09-11	Tuberculosis to lung cancer: application of tuberculosis signatures in identification of lung adenocarcinoma subtypes and marker screening 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.97898 PMID:39247607	研究论文	研究探讨了肺结核与肺腺癌之间的关联，并利用肺结核特征识别肺腺癌亚型和筛选标记物	首次全面利用肺结核特征进行生物信息学分析，识别肺腺癌亚型，并预测预后和潜在标记物	NA	阐明肺结核在肺腺癌发展中的作用，并识别肺腺癌亚型和潜在标记物	肺结核和肺腺癌的差异表达基因，以及肺腺癌的分子亚型和预后模型	数字病理学	肺腺癌	共识聚类分析，RT-qPCR	NA	转录组数据	六个队列的数据
9333	2024-09-11	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals MMP mediated expression patterns by distinct tumor microenvironment immune profiles in cervical cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.96429 PMID:39247608	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了宫颈癌中MMP介导的表达模式与肿瘤微环境免疫特征的关系	首次综合分析了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了MMP在宫颈癌中的表达模式与肿瘤微环境免疫特征的关联	NA	阐明宫颈癌中MMP表达的景观和评分，并探讨其与肿瘤微环境免疫特征的关系	宫颈癌中的MMP表达模式及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、qRT-PCR	NA	RNA	NA
9334	2024-09-11	IL-6 signaling accelerates iron overload by upregulating DMT1 in endothelial cells to promote aortic dissection 2024, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.99511 PMID:39247821	研究论文	研究IL-6信号通路如何通过上调内皮细胞中的DMT1来加速铁过载，从而促进主动脉夹层	首次揭示了IL-6信号通路通过上调DMT1表达来加速铁过载，从而促进主动脉夹层的机制	NA	探讨IL-6信号通路在主动脉夹层形成中的作用机制	内皮细胞中的铁离子运输和主动脉夹层	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9335	2024-09-11	A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells 2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2318710120 PMID:38109523	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，鉴定了一种表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群，具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞的双重特征	首次在人类中发现了一种具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞双重特征的RORγt细胞亚群，并命名为RORγt DC-like细胞	本文主要集中在体外实验，尚未深入探讨这些细胞在体内的功能和影响	鉴定和描述一种新型的人类细胞亚群，并探讨其在免疫稳态、炎症和自身免疫中的潜在作用	表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序	NA	细胞	NA
9336	2024-09-11	Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568217 PMID:38045285	研究论文	研究应用单细胞空间转录组学技术分析小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示了损伤特异性和空间依赖的基因表达模式	首次应用单细胞空间转录组学技术解析小鼠肾脏损伤后的细胞微环境及其分子相互作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	揭示肾脏损伤后的分子途径和细胞相互作用，以增强对损伤、修复和疾病的理解	小鼠肾脏缺血再灌注损伤后的细胞微环境和分子相互作用	数字病理学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本
9337	2024-09-11	Massively parallel base editing to map variant effects in human hematopoiesis 2023-05-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.03.035 PMID:37137305	研究论文	本文介绍了在人类造血干细胞和祖细胞中进行大规模并行碱基编辑筛选的方法	开发了适用于血液和免疫细胞等原代细胞的大规模并行碱基编辑筛选方法	NA	系统评估遗传变异对人类生理和疾病的影响	人类造血干细胞和祖细胞	基因工程	血液疾病	碱基编辑	NA	单细胞RNA测序	NA
9338	2024-09-11	Subclonal evolution and expansion of spatially distinct THY1-positive cells is associated with recurrence in glioblastoma 2023-02, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2022.100872 PMID:36621024	研究论文	研究揭示了胶质母细胞瘤复发与THY1阳性细胞的亚克隆进化和空间扩展之间的关系	首次揭示了THY1阳性细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用，并提出了通过抑制TGFBRI活性来恢复对治疗的敏感性的新策略	研究主要基于小鼠模型和临床数据库分析，需要进一步的临床试验验证	探讨胶质母细胞瘤复发相关的分子机制，寻找新的治疗机会	胶质母细胞瘤患者样本和复发模型	数字病理学	脑肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	多个患者样本和复发模型
9339	2024-09-11	Alternative normalization and analysis pipeline to address systematic bias in NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling data 2023-Jan-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105760 PMID:36590163	研究论文	本文评估了NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出了替代的归一化和分析流程以解决系统性偏差	提出了基于分位数归一化的替代方法，有效解决了NanoString GeoMx DSP数据中的技术问题	NanoString DSP数据与批量RNA测序相比，动态范围有限，低估了条件间的差异	评估NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出改进的归一化和分析方法	72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，以及8个样本的重复实验和5个外部数据集	数字病理	脑肿瘤	NanoString GeoMx数字空间分析	NA	RNA表达数据	72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，8个样本的重复实验，5个外部数据集
9340	2024-09-11	Deciphering postnatal limb development at single-cell resolution 2023-Jan-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105808 PMID:36619982	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠后肢在四个产后阶段的发育图谱	首次系统性地描绘了产后肢体发育的单细胞图谱，并发现了关节软骨和附着点中的候选前体亚群	研究仅限于小鼠后肢，且样本量相对有限	揭示产后肢体发育的细胞异质性和关键调控机制	小鼠后肢的单细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	19,952个单细胞