单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9301	2024-09-13	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	研究揭示了慈鲷鱼中一种信息素受体Or113a在吸引雌性和抑制雄性亲代抚育行为中的作用	发现了一种信息素受体Or113a在慈鲷鱼中的新功能，即促进雄性吸引和交配行为，同时抑制雄性的亲代抚育行为	研究主要集中在慈鲷鱼模型中，结果的普适性需要进一步验证	探讨不同物种间交配和亲代抚育行为的控制机制	慈鲷鱼中的信息素受体Or113a及其在生殖行为中的作用	NA	NA	单细胞转录组学和CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据	NA
9302	2024-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Sep-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01290-9 PMID:39249551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化	揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强	NA	研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化	NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	45,448个单细胞
9303	2024-09-13	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-Sep-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	研究了MerlinS13磷酸化对脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征的调控作用	首次揭示了MerlinS13去磷酸化通过减弱与β-catenin的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤的生长	研究主要基于异种移植模型和患者样本，可能存在样本量和模型适用性的限制	探讨Merlin-intact脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤及其相关信号通路和磁共振成像特征	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱分析、磁共振成像	NA	图像	涉及脑膜瘤异种移植模型和患者样本
9304	2024-09-13	From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-09, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-024-00649-5 PMID:39251909	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型	开发了一种新的预后模型，利用六个生存相关基因来评估和管理肝细胞癌	NA	确定铜死亡相关基因与肝细胞癌预后之间的关系	肝细胞癌患者和正常对照组的铜死亡相关基因	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO	RNA测序数据	NA
9305	2024-09-13	Revealing the crosstalk between LOX+ fibroblast and M2 macrophage in gastric cancer by single-cell sequencing 2024-Sep-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12861-y PMID:39251966	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了胃癌中LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞之间的相互作用	首次构建了胃癌患者的单细胞转录组图谱，并揭示了LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的紧密定位和相互作用	研究仅限于胃癌样本，未来需在更多癌症类型中验证这些发现	揭示胃癌肿瘤微环境中成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点	胃癌患者的肿瘤微环境中的LOX+成纤维细胞和M2巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	150,913个细胞
9306	2024-09-13	Dimension reduction, cell clustering, and cell-cell communication inference for single-cell transcriptomics with DcjComm 2024-Sep-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03385-6 PMID:39252099	研究论文	提出了一种名为DcjComm的方法，用于单细胞转录组学的综合分析，包括降维、细胞聚类和细胞间通信推断	DcjComm通过非负矩阵分解联合学习模型进行降维和聚类，并整合配体-受体对、转录因子和靶基因来推断细胞间通信，性能优于现有方法	NA	改进单细胞转录组学分析中的降维、细胞聚类和细胞间通信推断方法	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	联合学习模型	转录组数据	NA
9307	2024-09-13	Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors 2024-Sep-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.005 PMID:39214095	研究论文	本文回顾了过去十年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肿瘤研究中的应用，并强调了从这些研究中获得的一些重要见解	本文总结了scRNA-seq在定义癌症细胞状态和肿瘤内异质性方面的创新方法和发现	本文讨论了在定义和命名肿瘤内异质性程序时存在的模糊性	回顾和总结scRNA-seq在人类肿瘤研究中的应用，并展望未来在临床中的应用	人类肿瘤中的癌症细胞状态和肿瘤内异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
9308	2024-09-13	SpatialOne: end-to-end analysis of visium data at scale 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae509 PMID:39152991	研究论文	本文介绍了一个名为SpatialOne的端到端分析管道，用于简化10x Visium数据的分析	SpatialOne整合了多种先进的计算方法，简化了空间转录组数据的分析流程	NA	简化空间转录组数据的分析	10x Visium数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
9309	2024-09-13	Identifying cancer cells from calling single-nucleotide variants in scRNA-seq data 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae512 PMID:39163479	研究论文	开发了一种名为CCLONE的工具，用于从scRNA-seq数据中识别癌症细胞并匹配其表达谱	提出了CCLONE工具，能够处理scRNA-seq数据中SNV的不确定性和稀疏性，并联合识别癌症克隆群体及其相关变异	仅在急性髓系白血病和肺腺癌数据集上进行了验证，尚未在其他癌症类型中测试	解决从scRNA-seq数据中识别癌症细胞的挑战	scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及两个急性髓系白血病数据集和一个肺腺癌数据集
9310	2024-09-13	scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model 2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae518 PMID:39171840	研究论文	本文介绍了一种名为scDiffusion的生成模型，结合扩散模型和基础模型，用于生成高质量的单细胞RNA测序数据，并能在控制条件下生成数据	scDiffusion通过设计多个分类器同时指导扩散过程，并提出了一种新的控制策略——梯度插值，使得模型能够生成连续的细胞发育轨迹	NA	开发一种能够生成高质量单细胞RNA测序数据的生成模型，并能在控制条件下生成数据	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	扩散模型	生成模型	单细胞RNA测序数据	NA
9311	2024-09-13	Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities 2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143 PMID:38936517	综述	本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用	本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法	NA	探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用	转座子及其在癌症中的作用	NA	癌症	长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术	NA	基因组数据	NA
9312	2024-09-13	Cathepsin D is essential for the degradomic shift of macrophages required to resolve liver fibrosis 2024-Sep, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101989 PMID:39019115	研究论文	研究探讨了溶酶体蛋白酶Cathepsin D在巨噬细胞介导的肝纤维化逆转中的关键作用	首次描述了Cathepsin D驱动的溶酶体活性在纤维化逆转过程中巨噬细胞修复功能中的核心作用	NA	探讨Cathepsin D在肝纤维化逆转中的作用机制	巨噬细胞和肝细胞中的Cathepsin D表达及其在肝纤维化中的功能	NA	肝纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类肝硬化样本和myeloid-CtsD及hepatocyte-CtsD敲除小鼠
9313	2024-09-13	An Efficient Fluorescence-Activated Protoplast Sorting (FAPS) and Regeneration Protocol for Canola (Brassica napus) 2024-Sep, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70008 PMID:39264225	研究论文	本文介绍了一种高效的荧光激活原生质体分选（FAPS）和再生协议，用于油菜（Brassica napus）的研究	本文首次报道了将FAPS方法应用于油菜原生质体的分选和再生，为功能基因组学和基因编辑应用提供了新的工具	NA	开发一种高效的原生质体分选和再生协议，以支持植物科学中的基础和应用研究	油菜（Brassica napus）的原生质体	植物科学	NA	荧光激活原生质体分选（FAPS）	NA	NA	NA
9314	2024-09-13	The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770 PMID:39253204	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制	揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系	研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持	探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性	胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
9315	2024-09-13	Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation 2024-Aug-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659 PMID:39067446	研究论文	研究使用同基因患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型和脊髓类器官（SCO）系统，揭示脊髓性肌萎缩症（SMA）早期神经发育缺陷	首次使用同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育缺陷，并发现SMN2-to-SMN1转换不能完全逆转这些发育异常	研究仅限于脊髓类器官模型，未涉及其他器官或组织，且未评估所有患者的治疗效果	探讨脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期神经元退化的影响	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官	数字病理学	神经肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官
9316	2024-09-13	Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831 PMID:39111312	研究论文	本文介绍了一种名为Nova-ST的纳米图案化超密集平台，用于空间转录组学	Nova-ST技术基于随机条码的Illumina测序流动池，实现了定制化、低成本、灵活且高分辨率的大组织切片空间分析	NA	开发一种新的空间转录组学技术，以解决现有技术在捕获阵列密度或成本上的限制	小鼠脑切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脑切片
9317	2024-09-13	Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841 PMID:39127046	研究论文	本文提出了一种名为De-spot的方法，用于在空间转录组学中精确检测低比例细胞类型的特异性域	De-spot整合了分割和反卷积技术，能够生成细胞类型模式，检测低比例细胞类型的特异性域，并直观地展示这些域	NA	开发一种新的计算方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型的特异性域	空间转录组学中的细胞类型特异性域	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
9318	2024-09-13	SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae458 PMID:39051702	研究论文	介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制	SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据	NA	开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
9319	2024-09-13	Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038691 PMID:39093774	研究论文	研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响	首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制	研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证	探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响	肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞	NA	肾癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞
9320	2024-09-13	ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae480 PMID:39073888	研究论文	本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐	ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性	NA	开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稳定匹配优化模型	基因表达数据	NA