单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9301	2024-08-28	scTenifoldKnk: An efficient virtual knockout tool for gene function predictions via single-cell gene regulatory network perturbation 2022-Mar-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2022.100434 PMID:35510185	research paper	本文介绍了一种名为scTenifoldKnk的高效虚拟基因敲除工具，用于通过单细胞RNA测序数据进行基因功能预测	scTenifoldKnk工具通过构建基因调控网络并虚拟删除目标基因，利用流形对齐技术识别差异调控基因，从而推断目标基因功能	NA	开发一种高效的虚拟基因敲除工具，以系统性地研究基因功能	基因功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	NA
9302	2024-08-28	Schizophrenia is defined by cell-specific neuropathology and multiple neurodevelopmental mechanisms in patient-derived cerebral organoids 2022-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01316-6 PMID:34789849	研究论文	本研究利用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成三维大脑类器官，模拟精神分裂症（Scz）的神经病理学特征，并揭示了Scz类器官中神经发生和细胞类型多样性的改变	首次通过患者来源的大脑类器官模型揭示了精神分裂症的细胞特异性神经病理学和多重神经发育机制	研究仅限于体外类器官模型，未涉及临床患者的实际大脑组织	探索精神分裂症的早期神经发育和细胞特异性标志	精神分裂症患者来源的大脑类器官	数字病理学	精神疾病	单细胞测序	NA	细胞	未具体说明样本数量
9303	2024-08-28	Network inference with Granger causality ensembles on single-cell transcriptomics 2022-02-08, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110333 PMID:35139376	研究论文	本文介绍了一种名为SINGE的算法，用于从有序的单细胞基因表达数据中推断基因调控网络	SINGE算法使用基于核的Granger因果回归来平滑不规则的伪时间点和缺失的表达值，并通过集成回归分析的预测来编译转录调控因子和目标基因之间的候选交互列表	在详细检查中，发现个别调控因子的性能较差和无信息的伪时间点	开发一种新的算法用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	单细胞基因表达数据和基因调控网络	生物信息学	NA	Granger因果分析	回归分析	基因表达数据	两个小鼠胚胎干细胞分化数据集
9304	2024-08-28	Extrinsic KRAS Signaling Shapes the Pancreatic Microenvironment Through Fibroblast Reprogramming 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.02.016 PMID:35245687	研究论文	研究了致癌KRAS信号如何通过重编程胰腺成纤维细胞来塑造胰腺肿瘤微环境	揭示了非细胞自主的致癌KRAS信号如何重编程胰腺成纤维细胞，激活炎症基因表达程序，从而影响肿瘤微环境	NA	探讨致癌KRAS在胰腺肿瘤微环境中的作用机制	胰腺肿瘤微环境和成纤维细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用遗传工程小鼠模型
9305	2024-08-28	An Optimized Tissue Dissociation Protocol for Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Fresh and Cultured Human Skin Biopsies 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.872688 PMID:35573685	研究论文	本文介绍了一种优化的组织解离协议，用于从新鲜和培养的人类皮肤活检中制备高质量的皮肤细胞悬浮液，以便进行深入的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。	该协议能够从新鲜解离的小型皮肤活检中持续分离出大量高存活率的皮肤细胞，并成功识别了罕见的细胞群，如肥大细胞。	NA	旨在开发一种高效的组织解离协议，以促进对人类皮肤病理和皮肤移植实验的单细胞RNA测序发现。	新鲜和培养的人类皮肤活检。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	小型新鲜解离的皮肤活检和培养的皮肤活检碎片
9306	2024-08-28	The Comprehensive Analysis Identified an Autophagy Signature for the Prognosis and the Immunotherapy Efficiency Prediction in Lung Adenocarcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.749241 PMID:35529878	研究论文	本研究通过综合分析鉴定出一种自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	本研究首次发现并验证了一种基于自噬相关基因的特征，能够预测肺腺癌患者的预后和免疫检查点治疗的效率	NA	鉴定一种新的自噬相关基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	肺腺癌患者的预后和免疫治疗效率	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	肿瘤样本2181个，正常样本419个，独立验证队列70个肺腺癌患者
9307	2024-08-28	Foam Cells in Atherosclerosis: Novel Insights Into Its Origins, Consequences, and Molecular Mechanisms 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.845942 PMID:35498045	综述	本文综述了泡沫细胞在动脉粥样硬化中的起源、后果及分子机制的新见解	采用谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等新技术，揭示了来自单核细胞和血管平滑肌细胞（VSMC）的泡沫细胞亚型，并发现了核受体、非编码RNA和肠道微生物群等新机制	单核细胞的异质性和非编码RNA的复杂性为靶向泡沫细胞带来了挑战	总结泡沫细胞在动脉粥样硬化斑块中的起源、后果和分子机制的新见解	泡沫细胞及其在动脉粥样硬化中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
9308	2024-08-28	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Inter-Tumor Heterogeneity in Bilateral Papillary Thyroid Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.840811 PMID:35515000	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了双侧乳头状甲状腺癌中的肿瘤间异质性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境，揭示了其细胞组成和表型特征	研究样本量相对较小，且仅限于特定的甲状腺癌类型	探究双侧乳头状甲状腺癌肿瘤微环境中的细胞组成和表型特征	双侧乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	29,561个细胞来自3对双侧乳头状甲状腺癌和1个非肿瘤甲状腺样本
9309	2024-08-28	Integration of Single-Cell RNA- and CAGE-seq Reveals Tooth-Enriched Genes 2021-Nov-20, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345211049785 PMID:34806461	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和帽分析基因表达测序（CAGE-seq）技术，揭示了牙齿特异性基因的表达情况	本研究首次将scRNA-seq和CAGE-seq技术结合，用于识别牙齿发育中的关键功能基因，并发现了新的牙齿特异性及牙细胞类型特异性标记基因	NA	旨在通过生物信息学分析，识别参与牙齿发育的重要基因	小鼠牙齿胚芽中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），帽分析基因表达测序（CAGE-seq）	NA	基因表达数据	12,212个细胞来自出生后1天的小鼠臼齿，以及来自相同时间点的臼齿的CAGE-seq数据集
9310	2024-08-28	Embryo-scale, single-cell spatial transcriptomics 2021-07-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb9536 PMID:34210887	研究论文	本文介绍了sci-Space技术，该技术能够在保留单细胞分辨率的同时，解析更大尺度上的空间异质性	sci-Space技术能够在不平均局部环境的情况下，同时解析大尺度的空间异质性	NA	研究基因表达的空间模式，并利用空间信息注释细胞亚型	发育中的小鼠胚胎	单细胞测序	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	约120,000个细胞核
9311	2024-08-27	Exploring the Influence of T Cell Marker Gene Expression on the Pathobiology and Clinical Prognostic Outcomes in Intestinal-Type Gastric Carcinoma 2024-Sep, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-024-01104-9 PMID:39136893	研究论文	本研究探讨了T细胞标记基因表达在肠型胃癌病理生物学和临床预后中的作用	开发了一种基于T细胞标记基因的风险评分，用于胃癌患者的生存预测	NA	阐明免疫系统，特别是T细胞及其亚型在肠型胃癌发病和进展中的作用，并评估基于T细胞标记基因的风险评分对总体生存的预测效用	肠型胃癌患者的T细胞标记基因表达及其对生存预后的影响	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自癌症基因组图谱(TCGA)和GSE15459数据集的数据
9312	2024-08-27	Connectivity Network Feature Sharing in Single-Cell RNA Sequencing Data Identifies Rare Cells 2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c00796 PMID:39096508	研究论文	本文介绍了一种名为SCLCNF的新方法，通过分析单细胞RNA测序数据中的局部连接网络特征共享来识别稀有细胞	SCLCNF通过创建细胞连接网络并利用稀有性评分来识别稀有细胞，相较于现有技术在检测稀有细胞方面表现更优	NA	开发一种新方法以克服传统方法在检测稀有细胞时的不足	稀有细胞的识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人类胚胎数据集和脓毒症数据集
9313	2024-08-27	scSwinFormer: A Transformer-Based Cell-Type Annotation Method for scRNA-Seq Data Using Smooth Gene Embedding and Global Features 2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c00616 PMID:39101690	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习方法scSwinFormer，用于大规模scRNA-seq数据的细胞类型注释	scSwinFormer通过平滑基因嵌入模块和自注意力模块捕获基因间的潜在依赖关系，并利用Cell Token整合scRNA-seq数据中的全局信息，提高了细胞类型注释的准确性	NA	开发一种新的细胞类型注释方法，以提高scRNA-seq数据分析的准确性	scRNA-seq数据中的细胞类型	自然语言处理	NA	scRNA-seq	Transformer	文本	多个真实数据集
9314	2024-08-27	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals that the IRF7 gene in M1 macrophages inhibits the occurrence of pancreatic cancer by regulating lipid metabolism-related mechanisms 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1799 PMID:39118300	研究论文	本研究通过单细胞测序结合空间转录组学技术，揭示了M1巨噬细胞中的IRF7基因通过调控脂质代谢相关机制抑制胰腺癌的发生	首次揭示了IRF7在M1巨噬细胞中通过抑制RPS18的转录和转移，进而影响胰腺癌细胞中ILF3的表达，从而抑制脂质代谢和细胞增殖等过程	研究主要基于数据库中的scRNA-seq和ST数据，未涉及临床样本的直接验证	探索IRF7在M1巨噬细胞中调控RPS18转录的分子机制，以及IRF7通过外泌体传递RPS18至胰腺癌细胞并调控ILF3表达的过程	M1巨噬细胞中的IRF7基因、RPS18基因、ILF3表达及胰腺癌细胞的脂质代谢	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、流式细胞术、CRISPR/Cas9编辑技术、代谢组学分析	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的scRNA-seq和ST数据，具体样本数量未详细说明
9315	2024-08-27	Dual inhibition of glycolysis and glutaminolysis for synergistic therapy of rheumatoid arthritis 2023-09-20, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03161-0 PMID:37730663	研究论文	研究通过双重抑制糖酵解和谷氨酰胺分解途径，探讨其在类风湿性关节炎治疗中的协同作用	提出通过双重抑制糖酵解和谷氨酰胺分解途径作为治疗类风湿性关节炎的新方法	NA	探讨双重抑制糖酵解和谷氨酰胺分解途径在类风湿性关节炎治疗中的潜在协同作用	类风湿性关节炎中的滑膜成纤维细胞	NA	类风湿性关节炎	scRNA-seq, H1-核磁共振波谱	NA	细胞类型, 基因表达	涉及人类滑膜细胞和关节炎小鼠模型
9316	2024-08-27	CTLA-4 tail fusion enhances CAR-T antitumor immunity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01571-5 PMID:37500885	研究论文	本文通过将细胞毒性T淋巴细胞相关抗原-4（CTLA-4）的细胞质尾部融合到嵌合抗原受体（CAR）的C端，重新编程CAR功能，显著增强了CAR-T细胞的体内疗效	通过融合CTLA-4的细胞质尾部到CAR的C端，实现了CAR-T细胞功能的重新编程，从而提高了其抗肿瘤免疫效果	NA	研究如何通过融合CTLA-4的细胞质尾部到CAR的C端来增强CAR-T细胞的抗肿瘤免疫效果	嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）及其在抗肿瘤免疫中的应用	免疫学	白血病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	NA
9317	2024-08-27	Profiling Transcriptional Heterogeneity with Seq-Well S3: A Low-Cost, Portable, High-Fidelity Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA-Seq 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2756-3_3 PMID:36495445	研究论文	本文介绍了Seq-Well S3平台，这是一种低成本、便携式、高保真的单细胞RNA测序技术，能够同时分析数千个细胞的转录组	Seq-Well S3通过引入第二链合成步骤，增强了从单个细胞捕获的信息量，提高了通常在原始Seq-Well协议中遗漏的细胞转录本的检测	NA	旨在改进Seq-Well技术，提高单细胞RNA测序的信息捕获能力	单细胞RNA测序技术Seq-Well S3及其应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个细胞
9318	2024-08-27	Spatial transcriptomics and the kidney 2022-05-01, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000781 PMID:35125393	综述	本文综述了空间转录组技术在肾脏组织研究中的应用及其在肾脏疾病中的最新进展	空间转录组技术能够定位整个转录组mRNA表达，将mRNA与组织学相关联，测量肾脏中随时间变化的表达变化，甚至定位亚细胞水平的转录本	需要进一步努力将整个转录组和亚细胞表达特征整合到个体化评估人类肾脏疾病中	探讨空间转录组技术在肾脏疾病研究中的应用及其潜力	肾脏组织及其细胞类型和结构	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
9319	2024-08-27	TNF is a potential therapeutic target to suppress prostatic inflammation and hyperplasia in autoimmune disease 2022-04-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-29719-1 PMID:35440548	研究论文	本研究通过分析医疗记录数据、患者样本和体内模型，评估了炎症对前列腺组织的影响，并探讨了通过靶向炎症来限制前列腺炎症和增生的可能性	首次揭示了自身免疫疾病患者中良性前列腺增生（BPH）的高发性，并证明了肿瘤坏死因子（TNF）拮抗剂治疗可以显著降低BPH的发生	研究主要基于医疗记录数据和实验室模型，可能需要更多的临床试验来验证结果	探讨自身免疫疾病中前列腺炎症和增生的治疗靶点	自身免疫疾病患者的前列腺组织	NA	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	医疗记录数据、组织样本	112,152份医疗记录，人类和小鼠组织样本
9320	2024-08-27	High-resolution Slide-seqV2 spatial transcriptomics enables discovery of disease-specific cell neighborhoods and pathways 2022-Apr-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104097 PMID:35372810	研究论文	本文利用高分辨率的Slide-seqV2空间转录组技术，在健康和疾病状态下的小鼠和人肾脏组织中进行研究，揭示了疾病特异性的细胞邻域和通路	首次应用Slide-seqV2技术于疾病过程和治疗相关通路的阐明	NA	探索高分辨率空间转录组技术在疾病过程中的应用	小鼠和人的肾脏组织，包括健康和疾病状态	数字病理学	肾脏疾病	Slide-seqV2	NA	转录组数据	九个不同的人类肾脏组织样本和多个小鼠模型