单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9281	2024-09-11	Potential applications of dual haptoglobin expression in the reclassification and treatment of hepatocellular carcinoma 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.008 PMID:38815898	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	本研究首次提出了基于HP基因表达的Th1反应重新分类基因集，并建立了四种基于HP和C3表达的预测模型，用于肝细胞癌患者的辅助治疗	研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证	探讨肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	肝细胞癌恶性细胞和T细胞中的HP基因表达及其与C3的相互作用	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9282	2024-09-11	6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177 PMID:39179096	研究论文	研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（PGD）在肺腺癌（LUAD）细胞中的作用及其机制	首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白，并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平，从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制	NA	探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制	肺腺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱（IP-MS）	NA	组织微阵列数据	NA
9283	2024-09-11	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	本文介绍了一种名为XgCPred的新方法，结合XGBoost和卷积神经网络（CNN）进行单细胞RNA测序数据的细胞类型分类	XgCPred通过结合XGBoost和CNN，利用基因表达图像的层次结构，提高了细胞类型分类的准确性	NA	开发一种高效且准确的细胞类型分类方法，以应对单细胞RNA测序数据中的复杂性和多样性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost和CNN	基因表达图像	多个单细胞RNA测序数据集，每个数据集具有不同的细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性
9284	2024-09-11	Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer 2024-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155554 PMID:39226803	研究论文	本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制，发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关	实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路	NA	宫颈癌	qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	收集的宫颈癌样本
9285	2024-09-11	Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110649 PMID:39246445	研究论文	研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力	建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生	研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果	探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力	人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA	NA	移植排斥、自身免疫疾病	液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR	NA	RNA	NA
9286	2024-09-11	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	本文开发了TSO-his工具，通过整合单细胞和空间转录组学数据，解析人类胸腺的复杂结构	首次通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了胸腺的空间组织和发育过程，并识别了新的共定位关系	NA	揭示胸腺的空间组织和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	单细胞组学	NA	空间转录组学，单细胞多组学分析	NA	转录组数据	NA
9287	2024-09-11	A new paradigm for generating high-quality cardiac pacemaker cells from mouse pluripotent stem cells 2024-Sep-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01942-w PMID:39237509	研究论文	本文开发了一种新的心脏起搏细胞分化策略，通过采用双起搏细胞标记物并模拟起搏细胞的发育路径，从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞	设计了FSK方法，显著提高了具有典型起搏细胞特征的SHOX2; HCN4细胞的产量，并验证了ZFP503作为心脏起搏细胞分化的关键调控因子	NA	开发一种新的方法从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞，以推动心脏生物起搏技术的发展	心脏起搏细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9288	2024-09-11	DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates 2024-Sep-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03367-8 PMID:39237934	研究论文	提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率	DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法	NA	研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响	单细胞RNA剪接和降解速率	机器学习	NA	scRNA-seq	深度生成模型	RNA-seq数据	包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据
9289	2024-09-11	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	本文提出了一种名为ST-GEARS的空间转录组学地理空间剖面恢复系统，通过分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，以解决现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足	ST-GEARS通过创新的分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，解决了现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足	NA	解决现有空间转录组学方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足，提高下游分析的可靠性	空间转录组学的空间信息恢复和实验诱导失真的校正	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
9290	2024-09-11	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞V(D)J测序，鉴定了急性髓系白血病（AML）中肿瘤反应性T细胞的特征，并发现ADGRG1作为其特异性标记	首次鉴定了ADGRG1作为AML中肿瘤反应性T细胞的特异性标记，并验证了其在CAR-T和靶细胞系统中的作用	研究样本仅限于新诊断的AML患者，且样本量较小	评估AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标记	AML患者的骨髓T细胞	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序	NA	RNA	新诊断的AML患者骨髓T细胞
9291	2024-09-11	Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death 2024-Sep-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01286-5 PMID:39235657	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达，探索潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤，并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis，以寻找新的临床治疗靶点	NA	通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析，揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境，寻找新的治疗靶点	神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自神经母细胞瘤患者的细胞样本
9292	2024-09-11	A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data 2024-Sep-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279126.124 PMID:39237300	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用	DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用，并结合受体-配体复合物的先验知识	NA	研究细胞间通信及其随时间的变化，以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调	细胞间相互作用及其时间动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯框架	时间序列数据	包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据
9293	2024-09-11	Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease 2024-Sep-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51186-z PMID:39237549	研究论文	本文应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示了损伤特异性和空间依赖性的基因表达模式	首次应用单细胞空间转录组学技术解析肾脏再生和疾病中的细胞微环境和分子相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床转化需进一步验证	揭示肾脏损伤和再生过程中的分子途径和细胞相互作用	小鼠肾脏缺血再灌注损伤	数字病理学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本
9294	2024-09-11	Inference of single-cell network using mutual information for scRNA-seq data analysis 2024-Sep-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05895-3 PMID:39237886	研究论文	本文介绍了一种基于互信息的单细胞网络构建方法SINUM，用于分析scRNA-seq数据	SINUM通过估计基因间的互信息来确定基因在特定细胞中的依赖性或独立性，相比现有方法在细胞类型识别上表现更优	NA	构建单细胞网络以揭示生物系统的动态变化和细胞间的异质性	scRNA-seq数据中的基因表达网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	互信息	基因表达数据	涉及不同细胞数量的多个scRNA-seq数据集
9295	2024-09-11	Enhanced osteogenic differentiation in 3D hydrogel scaffold via macrophage mitochondrial transfer 2024-Sep-05, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02757-1 PMID:39237942	研究论文	评估一种新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果	通过巨噬细胞线粒体转移增强3D水凝胶支架的成骨分化能力	NA	评估新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果	3D生物仿生水凝胶支架、巨噬细胞、骨髓间充质干细胞、骨折愈合	生物医学工程	骨折	单细胞转录组测序	NA	细胞	体外实验使用骨髓间充质干细胞，体内实验使用骨折小鼠模型
9296	2024-09-11	Loss of Annexin A1 in macrophages restrains efferocytosis and remodels immune microenvironment in pancreatic cancer by activating the cGAS/STING pathway 2024-Sep-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009318 PMID:39237260	研究论文	研究了 Annexin A1 在胰腺癌中的作用，发现其在巨噬细胞中的缺失通过激活 cGAS/STING 通路抑制了吞噬作用并重塑了免疫微环境	揭示了巨噬细胞中 Annexin A1 在胰腺癌中的新作用，通过调节肿瘤相关巨噬细胞的吞噬作用促进抗肿瘤免疫反应	NA	研究 Annexin A1 在胰腺癌中的作用及其对免疫微环境的影响	胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠	NA	胰腺癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞 RNA 测序、流式细胞术	NA	组织样本、细胞	151 例胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠
9297	2024-09-11	STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.26.600782 PMID:38979296	研究论文	本文介绍了一种名为STAN的计算框架，用于推断空间信息转录因子活性	STAN通过整合转录因子-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和相应的成像数据中的形态特征，预测特定空间位置的转录因子活性	NA	开发一种计算方法，系统地估计控制细胞身份的转录因子活性	转录因子活性及其在不同细胞类型、空间域、病理区域和配体-受体对中的关联	计算生物学	NA	空间转录组学	线性混合效应模型	mRNA表达数据、空间坐标数据、成像数据	淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组数据
9298	2024-09-11	Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607670 PMID:39211069	研究论文	本文介绍了一种名为Amethyst的R包，用于大规模单细胞甲基化测序数据分析，并展示了其在人脑数据中的应用	Amethyst工具能够处理单细胞甲基化数据的批量整合、双峰检测、降维、聚类、细胞类型注释、差异甲基化区域调用和结果解释，揭示了人脑胶质细胞中非经典的甲基化模式	NA	开发和验证一种用于单细胞甲基化数据分析的综合工具	人外周血单核细胞和人脑皮质数据，以及大规模脑数据	数字病理学	NA	单细胞甲基化测序	NA	甲基化数据	涉及人外周血单核细胞、人脑皮质数据和大规模脑数据
9299	2024-09-11	Dissecting viral infections, one cell at a time, by single-cell technologies 2024 Sep-Oct, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2023.105268 PMID:38008398	综述	本文综述了单细胞基因组技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）在病毒感染研究中的应用	探讨了单细胞技术在病毒学中的创新应用，特别是在COVID-19大流行期间的研究	技术限制、挑战及其解决方案	详细介绍单细胞水平研究病毒感染的优势，以及如何利用scRNA-seq技术实现这一目标	病毒与宿主的相互作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
9300	2024-09-11	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-Sep, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	研究探讨了PD-L2在EGFR突变肿瘤中对EGFR-TKIs耐药性的影响及其机制	发现了PD-L2通过抑制CD8 T细胞的增殖和功能，导致肿瘤细胞免疫逃逸，从而驱动EGFR-TKIs耐药性，并鉴定了一种天然小分子抑制剂锌十一烯酸，可逆转这种耐药性	NA	探讨EGFR突变肿瘤中EGFR-TKIs耐药性的机制，并寻找有效的治疗方法	EGFR突变细胞系和同基因肿瘤小鼠模型	NA	肺癌	单细胞测序	NA	细胞	EGFR突变细胞系和同基因肿瘤小鼠模型