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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9261 | 2025-10-07 |
Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411
PMID:39349248
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示酒精相关肝病中组织驻留细胞毒性CD4+ T淋巴细胞亚群的扩增及其在疾病发病机制中的作用 | 首次在酒精相关肝病中发现以GZMK表达为特征的细胞毒性CD4+ T淋巴细胞亚群显著扩增,并揭示其组织驻留特性和终末效应状态 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证发现 | 探索酒精相关肝病中肝脏免疫细胞的转录组特征和免疫病理机制 | 健康个体、代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者和酒精相关肝病患者的肝脏样本 | 单细胞生物学 | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康个体、MASLD和ALD患者的肝脏样本,包含独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9262 | 2025-10-07 |
Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2025-Jan, Annual review of pathology
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综述 | 通过单细胞转录组学探讨胚胎人脑生发基质出血的发病机制 | 首次系统整合单细胞转录组学数据揭示生发基质中免疫-血管相互作用的调控机制 | 主要基于已有研究数据的整合分析,缺乏原始实验验证 | 阐明早产儿生发基质出血的分子机制 | 胚胎人脑生发基质的神经发生和血管生成过程 | 数字病理学 | 新生儿脑出血 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9263 | 2025-10-07 |
The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420
PMID:39414025
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研究论文 | 本研究鉴定了人乳细胞外囊泡中的一种新型肽CASB135-150,发现其通过靶向肠道巨噬细胞快速调节炎症反应并保护新生儿肠道健康 | 首次在人乳细胞外囊泡中鉴定出β-酪蛋白衍生肽CASB135-150,并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物抑制NF-κB信号通路的分子机制 | 研究主要基于大鼠坏死性小肠结肠炎模型,尚未在人类临床研究中验证 | 探索人乳肽在调节新生儿先天免疫稳态和肠道健康中的作用 | 人乳细胞外囊泡肽、大鼠坏死性小肠结肠炎模型、骨髓源性巨噬细胞、肠道巨噬细胞 | 免疫学 | 坏死性小肠结肠炎 | 单细胞RNA测序,免疫荧光分析,蛋白质相互作用分析,免疫共沉淀,RNA测序 | NA | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,组织图像数据 | 大鼠坏死性小肠结肠炎模型 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
9264 | 2025-10-07 |
Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease
2025-Jan, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01591-x
PMID:39467967
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研究论文 | 通过生物信息学方法鉴定特发性帕金森病的潜在生物标志物SNRPE、COX7C和RPS27 | 首次通过整合全血基因表达、DNA甲基化、microRNA和单细胞RNA测序数据系统筛选帕金森病生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 识别特发性帕金森病的关键基因和分子机制 | 特发性帕金森病患者 | 生物信息学 | 帕金森病 | 基因表达分析,DNA甲基化分析,microRNA分析,单细胞RNA测序 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 基因表达数据,甲基化数据,microRNA数据,单细胞RNA测序数据 | 特发性帕金森病患者全血样本 | NA | 单细胞RNA测序,全血基因表达分析 | NA | NA |
9265 | 2025-10-07 |
Machine learning identification of NK cell immune characteristics in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing and bulk RNA sequencing
2025-Jan, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01581-z
PMID:39433650
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和bulk RNA测序结合机器学习方法,鉴定肝细胞癌中NK细胞的免疫特征标志物CD7 | 首次结合单细胞测序和bulk RNA测序,利用机器学习方法系统鉴定肝细胞癌中NK细胞的免疫特征标志物CD7 | 样本量较小(8例正常肝组织和8例HCC肿瘤组织),需要更大样本验证 | 鉴定肝细胞癌中具有NK细胞免疫特征的分子标志物 | 肝细胞癌组织中的NK细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,RT-qPCR,MTS,流式细胞术 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据 | 8例正常肝组织和8例HCC肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
9266 | 2025-10-07 |
Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics
2025-Jan, Annual review of pathology
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综述 | 探讨高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇 | 首次系统阐述分子显微镜技术在临床样本中的应用潜力及与深度学习整合的前景 | 未提供具体临床验证数据,主要基于技术原理和发展趋势分析 | 推动空间转录组学技术的临床转化和应用 | 常规采集和存档的临床组织样本 | 数字病理 | NA | 空间转录组学,下一代测序 | 深度学习 | 空间基因表达数据,组织切片图像 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞分辨率基因表达分析 | NA | 亚细胞分辨率完整组织切片基因表达数字化技术 |
9267 | 2025-10-07 |
Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization
2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16785
PMID:39477889
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和孟德尔随机化方法识别肝细胞癌的潜在治疗靶点 | 首次整合血浆蛋白质组数据与HCC数据,应用MR方法系统识别10个与HCC风险相关的蛋白质生物标志物 | 研究依赖于公开数据库数据,需要进一步实验验证 | 识别肝细胞癌的潜在治疗靶点和蛋白标志物 | 肝细胞癌患者和蛋白质生物标志物 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学, 孟德尔随机化, 单细胞测序, KEGG通路分析, PPI分析 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质组数据, 基因组数据 | 多个GWAS研究队列(7个已发表GWAS), DeCODE队列, FinnGen队列, UK Biobank | NA | 蛋白质组学, 单细胞测序 | NA | NA |
9268 | 2025-10-07 |
RAC2 as a Tumor-Suppressive Biomarker Associated with T Cell Infiltration in Breast Cancer
2025-Jan, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2024.0142
PMID:39479793
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研究论文 | 本研究探讨RAC2在乳腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 首次系统揭示RAC2作为抑癌生物标志物与T细胞浸润的关联,并验证其诊断和预后价值 | 研究主要基于公共数据库分析,需要进一步实验验证 | 探索RAC2在乳腺癌中的作用机制及其临床价值 | 乳腺癌组织和正常组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组化分析, 基因集富集分析 | ROC曲线分析 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
9269 | 2025-10-07 |
S100A8/A9 high-expression macrophages mediate renal tubular epithelial cell damage in acute kidney injury following acute type A aortic dissection surgery
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1530741
PMID:40270593
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研究论文 | 本研究探讨S100A8/A9高表达巨噬细胞在A型主动脉夹层术后急性肾损伤中对肾小管上皮细胞的损伤机制 | 首次揭示S100A8/A9通过促进巨噬细胞向M1表型转化并激活TNF信号通路导致急性肾损伤的机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床样本中验证 | 阐明S100A8/A9在A型主动脉夹层术后急性肾损伤中的分子机制 | 肾小管上皮细胞(TCMK-1)、巨噬细胞(RAW264.7)、AKI小鼠模型 | 分子生物学 | 急性肾损伤、心血管疾病 | 转录组测序、单细胞测序、分子生物学实验 | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | 细胞系和小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq、RNA-seq | NA | NA |
9270 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: tumor heterogeneity, microenvironment, resistance, and prognostic markers
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1583250
PMID:40270607
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综述 | 本文总结了单细胞RNA测序在弥漫大B细胞淋巴瘤研究中的关键发现,包括肿瘤异质性、微环境相互作用、耐药机制和预后生物标志物 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学和单细胞多组学技术,为DLBCL的精准治疗策略开发提供新见解 | NA | 总结单细胞RNA测序在弥漫大B细胞淋巴瘤研究中的应用和发现 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
9271 | 2025-10-07 |
Mapping Cell Identity from scRNA-seq: A primer on computational methods
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.051
PMID:40270709
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综述 | 本文提供了单细胞RNA测序中细胞身份注释计算方法的简明概述 | 将现有细胞注释工具系统分类为五大类别,并讨论其关键优势、局限性和应用范围 | 主要面向新用户和非计算科学家,可能未涵盖所有高级技术细节 | 为单细胞RNA测序数据中的细胞身份注释计算方法提供入门指南 | 单细胞RNA测序数据和相关的计算方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9272 | 2025-10-07 |
Investigation of the role of GEM in systemic lupus erythematosus through multi-omics joint analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1569605
PMID:40270963
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研究论文 | 通过多组学联合分析探究GEM基因在系统性红斑狼疮中的作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序与功能实验相结合揭示GEM在SLE成纤维细胞亚群中的关键调控作用 | GEM调控成纤维细胞功能的具体分子通路尚未完全阐明 | 阐明GEM基因在系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | 系统性红斑狼疮患者的成纤维细胞 | 生物医学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 功能细胞实验 | NA | 基因表达数据, 细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9273 | 2025-10-07 |
Epithelial and macrophage cell interaction in cervical cancer through single-cell RNA-sequencing and spatial analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1537785
PMID:40270962
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间分析研究宫颈癌中上皮细胞与巨噬细胞的相互作用 | 结合单细胞RNA测序、空间转录组分析和细胞通讯分析,揭示宫颈癌微环境中上皮细胞与巨噬细胞的特异性相互作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏前瞻性验证 | 探索宫颈癌肿瘤微环境的细胞组成和免疫景观 | 宫颈癌患者组织样本 | 数字病理 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 免疫组织化学, 基因集变异分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 生存数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
9274 | 2025-10-07 |
Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer
2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.3233/CBM-230489
PMID:39392600
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研究论文 | 本研究识别RNA结合蛋白RBMS3作为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物 | 首次将RBMS3鉴定为膀胱癌中具有肿瘤微环境重塑功能的关键预后RNA结合蛋白 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 开发基于RNA结合蛋白的预后特征并识别膀胱癌中的关键枢纽RBP | 膀胱癌组织和细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 风险模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 多个生物信息学数据库的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9275 | 2025-10-07 |
Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864
PMID:39412990
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞分析揭示核糖体组装缺陷可延缓急性髓系白血病进展 | 首次证明核糖体组装缺陷可通过改变转录因子景观和增加核糖体生物合成来抑制白血病进展 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果尚需验证 | 探究核糖体组装在白血病细胞功能中的作用及其治疗潜力 | 急性髓系白血病(AML)细胞和小鼠模型 | 癌症生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | 小鼠白血病模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 患者数据集和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9276 | 2025-10-07 |
Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779
PMID:39489938
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠骨髓内皮细胞在辐照预处理后的多克隆再生机制 | 首次结合单细胞RNA测序、体外克隆形成实验和机器学习模型,系统揭示了骨髓内皮细胞再生的多克隆特性 | 研究仅限于小鼠模型,人类骨髓内皮细胞的再生机制可能有所不同 | 阐明辐照预处理后骨髓内皮细胞的再生机制 | 小鼠骨髓内皮细胞 | 单细胞生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 成像技术, 体外克隆形成实验 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9277 | 2025-10-07 |
Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039
PMID:39436235
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研究论文 | 开发了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A,用于快速低成本检测单细胞水平的m6A修饰 | 首次提出基于机器学习的方法实现单细胞水平m6A定量,解决了现有方法难以检测m6A细胞间异质性的问题 | NA | 开发可靠的单细胞m6A定量方法并验证其在不同疾病研究中的应用 | 外周血单个核细胞、CD4+和CD8+T细胞、肺癌组织、COVID-19患者血液样本 | 机器学习 | 肺癌, COVID-19 | 单细胞RNA测序, m6A测序, 磁激活细胞分选 | 机器学习 | 基因表达数据, 序列特征数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, m6A-seq | NA | NA |
9278 | 2025-10-07 |
MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004
PMID:39341794
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研究论文 | 开发了一种基于基因表达数据检测微卫星不稳定性的软件工具MSIsensor-RNA | 首个能够同时处理批量和单细胞基因表达数据的MSI检测方法 | 未在摘要中明确说明 | 开发微卫星不稳定性检测工具 | 批量和单细胞基因表达数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序, 微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
9279 | 2025-10-07 |
SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023
PMID:39341795
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研究论文 | 开发了一个名为SCancerRNA的综合性数据库,用于汇总非编码RNA生物标志物在单细胞水平的表达数据和相互作用网络 | 首个系统整理单细胞水平非编码RNA生物标志物表达数据的在线资源,整合了多种ncRNA类型及其相互作用网络 | 数据库内容依赖于已有的实验支持数据,可能无法覆盖所有相关研究 | 构建一个全面的非编码RNA生物标志物数据库,支持癌症诊断和治疗监测 | 长链非编码RNA、microRNA、PIWI互作RNA、小核仁RNA和环状RNA等非编码RNA生物标志物 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、相互作用网络数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9280 | 2025-10-07 |
DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007
PMID:39215426
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研究论文 | 开发了一个名为DVsc的开源框架,用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染 | 首个专门基于单细胞RNA测序数据高效检测病毒读段的计算框架 | NA | 开发精确定量分析单细胞转录组数据中病毒感染的计算工具 | 临床样本中的病毒感染检测 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约200个不同的临床样本,感染超过10种不同病毒 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 兼容多种单细胞测序平台 |