单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27897 篇文献，本页显示第 9261 - 9280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9261 | 2024-09-13 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.12.523826
PMID:36712056
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研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 首次提出NeuronChat方法，结合手动整理的神经信号分子相互作用数据库，用于推断和分析神经元间的通信网络 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 |
| 9262 | 2024-09-13 |
Analysis of donor pancreata defines the transcriptomic signature and microenvironment of early pre-neoplastic pancreatic lesions
2023-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523300
PMID:36712058
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研究论文 | 本文通过分析脑死亡供体的胰腺组织，首次描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 首次使用多重免疫组化、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面描述了成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的独特微环境 | 样本量较小，仅包括30名供体，且所有供体均无已知的胰腺疾病 | 研究成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变的转录组特征和微环境 | 成人健康胰腺和早期前肿瘤性胰腺病变 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多重免疫组化、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 组织样本 | 30名脑死亡供体的胰腺组织 |
| 9263 | 2024-09-13 |
TGFB1 Induces Fetal Reprogramming and Enhances Intestinal Regeneration
2023-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523825
PMID:36711781
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研究论文 | 研究探讨了TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制 | 首次揭示了TGFB1在肠道再生过程中诱导胎儿重编程的作用，并提出了YAP-SOX9转录回路在TGFB1介导的再生中的机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类类器官模型，尚未在临床上验证其应用效果 | 探究TGFB1信号在肠道再生中的作用及其机制，为细胞疗法提供理论基础 | 小鼠和人类肠道组织，特别是肠道隐窝的再生过程 | 生物医学 | NA | 高通量测序（如ATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类样本 |
| 9264 | 2024-08-08 |
High-throughput and high-sensitivity full-length single-cell RNA-seq analysis on third-generation sequencing platform
2023-Jan-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-022-00500-4
PMID:36631434
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9265 | 2024-09-13 |
Spatiotemporal immune atlas of the first clinical-grade, gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant
2023-Jan-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2382345/v1
PMID:36711785
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研究论文 | 研究了基因编辑猪肾异种移植到脑死亡人类受体后的免疫反应 | 首次使用空间转录组学和单细胞RNA测序研究了猪肾异种移植后的免疫反应 | 研究仅限于脑死亡人类受体，未涉及活体受体 | 探讨猪肾异种移植后人类免疫反应的有效免疫调节方案 | 基因编辑猪肾和脑死亡人类受体 | NA | NA | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一个基因编辑猪肾和一个脑死亡人类受体 |
| 9266 | 2024-09-13 |
Secretion encoded single-cell sequencing (SEC-seq) uncovers gene expression signatures associated with high VEGF-A secretion in mesenchymal stromal cells
2023-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.07.523110
PMID:36711480
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法，通过捕获单个细胞及其分泌物，同时测量血管内皮生长因子A（VEGF-A）的分泌和转录组，揭示了与高VEGF-A分泌相关的基因表达特征 | 首次开发了SEC-seq方法，能够同时测量单个细胞的分泌物和转录组，揭示了与VEGF-A分泌相关的特定基因表达特征 | 尚未探讨SEC-seq方法在其他细胞类型或疾病中的应用 | 开发一种新方法来关联单个细胞的分泌物与其转录状态，并识别与特定分泌物相关的基因表达特征 | 间充质基质细胞（MSCs）及其VEGF-A分泌 | 基因表达 | NA | SEC-seq | NA | 转录组数据 | 数千个间充质基质细胞 |
| 9267 | 2024-09-13 |
Identification and Analysis of Hub Genes and Immune Cells Associated with the Formation of Acute Aortic Dissection
2023, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2023/8072369
PMID:36818541
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研究论文 | 本研究旨在识别与急性主动脉夹层形成相关的关键基因和免疫细胞 | 首次通过基因表达数据分析和单细胞RNA测序验证了DNA损伤和修复相关基因在急性主动脉夹层中的作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差 | 揭示急性主动脉夹层的发病机制 | 急性主动脉夹层相关的关键基因和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用来自Gene Expression Omnibus（GEO）的数据集和单细胞RNA测序数据进行分析 |
| 9268 | 2024-09-13 |
Dysregulation of CD177+ neutrophils on intraepithelial lymphocytes exacerbates gut inflammation via decreasing microbiota-derived DMF
2023 Jan-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2023.2172668
PMID:36729914
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研究论文 | 研究探讨了中性粒细胞（尤其是CD177亚群）通过调节肠道内皮内淋巴细胞（IELs）和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症的机制 | 首次揭示了中性粒细胞通过促进微生物群衍生的DMF来调节TCRγδCD8αα IELs的激活，从而抑制肠道炎症 | 研究主要在动物模型中进行，需要进一步在人体中验证 | 探讨中性粒细胞如何通过调节肠道内皮内淋巴细胞和微生物群衍生的DMF来抑制肠道炎症 | 中性粒细胞、肠道内皮内淋巴细胞（IELs）、微生物群衍生的DMF | 免疫学 | 肠道炎症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 9269 | 2024-09-13 |
scAEGAN: Unification of single-cell genomics data by adversarial learning of latent space correspondences
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0281315
PMID:36735690
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scAEGAN的方法，通过对抗学习统一单细胞基因组数据 | scAEGAN结合了自编码器和循环生成对抗网络，能够处理不同库、样本和数据模态的整合与预测问题 | NA | 开发一种统一的方法来整合和预测不同单细胞基因组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 自编码器，生成对抗网络 | 基因组数据 | 使用了模拟数据和真实单细胞RNA测序数据，包括Fluidigm C1、CelSeq、CelSeq2、SmartSeq等多种库准备方法 |
| 9270 | 2024-09-13 |
Transcriptome Analysis Reveals a Two-Gene Signature Links to Motor Progression and Alterations of Immune Cells in Parkinson's Disease
2023, Journal of Parkinson's disease
DOI:10.3233/JPD-223454
PMID:36591658
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了与帕金森病运动进展和免疫细胞变化相关的双基因标志物 | 本研究首次通过转录组分析识别出与帕金森病运动进展相关的双基因标志物，并探讨了其与免疫细胞变化的关系 | 本研究仅基于两个队列的血液转录组数据，样本量有限，且未涉及其他组织或细胞类型的分析 | 揭示转录组在帕金森病患者运动障碍进展中的潜在作用 | 帕金森病患者的运动进展和免疫细胞变化 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 两个队列的帕金森病患者和健康对照组 |
| 9271 | 2024-09-13 |
Epididymis cell atlas in a patient with a sex development disorder and a novel NR5A1 gene mutation
2023 Jan-Feb, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202226
PMID:35546286
|
研究论文 | 研究描述了一名患有性发育障碍（DSD）的46,XY患者中，由于NR5A1基因的新型杂合突变导致的附睾细胞图谱变化 | 首次报道了NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化，并揭示了上皮-间质转化（EMT）过程与附睾上皮细胞丢失和成纤维细胞增多的关联 | 研究仅基于单一病例，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在描述一名46,XY DSD患者中由于NR5A1基因突变导致的附睾细胞图谱变化 | 附睾细胞图谱、NR5A1基因突变、上皮-间质转化（EMT）过程 | 基因组学 | 性发育障碍 | 下一代测序（NGS）、微流控单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1名46,XY DSD患者 |
| 9272 | 2024-09-13 |
CXCL12 defines lung endothelial heterogeneity and promotes distal vascular growth
2022-11-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200909
PMID:36239312
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研究论文 | 研究揭示了CXCL12在肺血管内皮细胞异质性中的作用，并促进了远端血管的生长 | 首次通过单细胞RNA测序和基因本体分析，揭示了CXCL12在肺动脉内皮细胞中的表达及其在血管发育中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 探讨胚胎发育过程中肺血管形成的分子和细胞机制 | 肺血管内皮细胞及其在胚胎发育中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了表达Cxcl12的转基因小鼠模型 |
| 9273 | 2024-09-13 |
CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells
2022-10-31, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac599
PMID:36063454
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CCPLS的统计框架，用于基于空间转录组数据识别细胞间通信对高变异基因表达变异性的影响 | CCPLS通过偏最小二乘回归模型量化了多个相邻细胞类型对高变异基因表达变异性的影响，并提供了生物学可解释的见解 | 现有的计算方法在量化和解释性方面存在局限，未关注高变异基因或考虑多个相邻细胞类型的影响 | 揭示细胞间通信对单细胞转录组空间依赖性的影响 | 高变异基因的细胞间表达变异性 | 生物信息学 | NA | 空间转录组 | 偏最小二乘回归 | 转录组数据 | NA |
| 9274 | 2024-09-13 |
ZIP1+ fibroblasts protect lung cancer against chemotherapy via connexin-43 mediated intercellular Zn2+ transfer
2022-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-33521-4
PMID:36207295
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研究论文 | 研究揭示了ZIP1阳性成纤维细胞通过连接蛋白-43介导的细胞间Zn2+转移，保护肺癌细胞免受化疗的影响 | 首次发现ZIP1阳性成纤维细胞在化疗后富集，并通过连接蛋白-43增强间隙连接形成，导致肺癌细胞的化疗耐药性 | NA | 探讨肿瘤基质细胞相互作用对癌症进展和治疗反应的影响 | ZIP1阳性肿瘤相关成纤维细胞与肺癌细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 9275 | 2024-09-13 |
Functional inference of gene regulation using single-cell multi-omics
2022-Sep-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100166
PMID:36204155
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研究论文 | 本文通过应用scATAC-seq和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，研究了静息和刺激状态下的人类血液细胞的基因调控功能 | 开发了功能性基因调控推断框架（FigR），用于整合多组学数据，推断基因调控网络（GRN）并识别候选转录因子（TF）调控因子 | NA | 研究细胞在环境刺激下基因表达的协调控制 | 静息和刺激状态下的人类血液细胞 | 基因组学 | NA | scATAC-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 功能性基因调控推断框架（FigR） | 单细胞多组学数据 | 约91,000个单细胞 |
| 9276 | 2024-09-13 |
Single-cell analysis of endometriosis reveals a coordinated transcriptional programme driving immunotolerance and angiogenesis across eutopic and ectopic tissues
2022-08, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-022-00961-5
PMID:35864314
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研究论文 | 研究分析了子宫内膜异位症中单细胞转录组，揭示了驱动免疫耐受和血管生成的协调转录程序 | 首次在单细胞转录组水平上全面分析了子宫内膜异位症的微环境，识别了新的细胞亚群和功能 | 研究样本仅限于接受激素治疗的个体，可能限制了结果的普适性 | 揭示子宫内膜异位症的病理生理机制，为早期诊断和治疗提供新线索 | 子宫内膜异位症的腹膜和卵巢病变及其与正常子宫内膜的比较 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14名个体，共122,000个细胞 |
| 9277 | 2024-09-13 |
The eternal quest for self-improvement of somatic cells
2022-Feb-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2022.100094
PMID:36778659
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研究论文 | 本文研究了体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程 | 结合类器官技术、前瞻性条形码标记和单细胞测序来研究体细胞克隆的进化 | 体细胞突变驱动癌细胞转化的序列事件理解不足 | 研究体细胞突变驱动癌细胞转化的进化过程 | 体细胞克隆的进化 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 9278 | 2024-09-13 |
The co-chaperone Fkbp5 shapes the acute stress response in the paraventricular nucleus of the hypothalamus of male mice
2021-07, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-021-01044-x
PMID:33649453
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研究论文 | 研究探讨了FKBP5在雄性小鼠下丘脑室旁核中对急性应激反应的调节作用 | 首次揭示了Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴活性的细胞类型特异性影响 | 研究仅限于雄性小鼠，未探讨雌性小鼠的情况 | 阐明Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴和急性应激反应的调节机制 | 雄性小鼠的下丘脑室旁核中的Fkbp5表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雄性小鼠样本 |
| 9279 | 2024-09-11 |
SLC2A1 boosts the resistance of non-small cell lung cancer to taxanes by stimulating the formation of EPCAM+ cancer stem-like cells via glycolysis
2024-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102082
PMID:39126936
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研究论文 | 研究SLC2A1通过激活糖酵解促进EPCAM+癌症干细胞样细胞的形成，从而增强非小细胞肺癌对紫杉烷类药物的耐药性 | 揭示了SLC2A1在非小细胞肺癌中通过激活糖酵解促进癌症干细胞样细胞形成的新机制 | 研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨SLC2A1在非小细胞肺癌对紫杉烷类药物耐药性中的作用机制 | 非小细胞肺癌细胞、SLC2A1表达、癌症干细胞样细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、代谢组学、单细胞测序、细胞通讯分析 | NA | 细胞 | 涉及多个数据集和内部收集的样本 |
| 9280 | 2024-09-11 |
GTF2H5 Identified as a crucial synthetic lethal target to counteract chemoresistance in colorectal cancer
2024-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102097
PMID:39173480
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研究论文 | 本文研究了合成致死基因GTF2H5在结直肠癌化疗耐药中的作用，并探讨了其在克服化疗耐药中的潜在治疗靶点 | 首次识别GTF2H5为结直肠癌化疗耐药的关键合成致死靶点 | 实验验证仅初步，需进一步深入研究GTF2H5在化疗耐药中的具体机制 | 探讨合成致死基因在结直肠癌化疗耐药中的作用，寻找新的治疗靶点 | 结直肠癌患者及其化疗耐药相关基因 | 癌症研究 | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自UCSC和GEO数据库的结直肠癌患者数据，以及来自Tumor Immunology Single Cell Center数据库的单细胞RNA测序数据 |