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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9221 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis
2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.16125
PMID:39400982
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了MASH纤维化在肝脏中的区域分布特征及其分子机制 | 首次在MASH纤维化中表征了谱系特异性基因表达变化、亚群组成和伪时序分析,并识别了6个与纤维化相关的关键基因 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点 | 健康对照、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏组织 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 伪时序分析 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,包含健康对照、单纯性脂肪变性和MASH患者肝脏切片 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9222 | 2025-10-07 |
GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing
2025-Apr, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001
PMID:39428264
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学分析研究铜死亡相关基因在牙周炎中的作用 | 首次整合单细胞RNA测序与生物信息学方法揭示GLS作为关键铜死亡相关基因在牙周炎免疫细胞中的表达模式 | 基于GSE10334数据集的分析,样本来源和数量可能存在限制 | 阐明铜诱导细胞死亡(铜死亡)与牙周炎之间的关联机制 | 牙周炎患者组织样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, LASSO回归, 逻辑回归分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基于GSE10334数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9223 | 2025-10-07 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
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研究论文 | 提出基于移位窗口注意力的scSwinTNet方法,用于大规模单细胞RNA测序数据的细胞类型自动注释 | 首个使用预训练移位窗口注意力模型进行单细胞RNA测序数据细胞类型注释的方法,无需先验知识即可自动准确注释 | NA | 开发自动细胞类型注释工具以替代耗时且不可重复的人工注释 | 人类和小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于移位窗口的自注意力模型 | 基因表达数据 | 399,760个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9224 | 2025-10-07 |
High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection
2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009
PMID:39419342
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研究论文 | 通过高维免疫分析揭示肾移植排斥反应中异质性T辅助细胞1和B细胞效应器的特征 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘肾移植排斥反应的免疫亚群多样性,发现不同类型排斥反应的特异性T细胞和B细胞克隆扩增模式 | 样本量相对有限(76例),需要在更大队列中验证发现 | 阐明肾移植排斥反应的免疫发病机制 | 肾移植受者的CD4 T细胞和B细胞 | 免疫学 | 肾脏移植排斥 | 单细胞RNA测序,T/B细胞受体测序,细胞因子分析,批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,细胞受体序列数据,血浆细胞因子数据 | 76例肾移植受者 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9225 | 2025-10-07 |
Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma
2025-Apr, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15214
PMID:39639424
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析头颈部横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 首次发现施万细胞通过MIF-CD74和PTN-SDC3受体-配体对促进M2样巨噬细胞极化,并揭示其在轴突导向通路中的富集 | 样本量有限,主要聚焦头颈部横纹肌肉瘤,需要更多验证实验确认机制 | 研究横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 头颈部横纹肌肉瘤样本 | 单细胞转录组学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组测序,流式细胞术,免疫组织化学,bulk RNA测序 | CellChat,CIBERSORT,单样本基因集富集分析 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9226 | 2025-10-07 |
Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity
2025-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0545
PMID:39743888
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研究论文 | 本研究探讨TERT基因改变和HBV整合在年轻男性HBV相关肝癌中的偏好性及其对性别差异的影响 | 首次系统揭示年轻男性HBV相关肝癌患者中TERT启动子突变和HBV-TERT整合的显著偏好性 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 阐明HBV相关肝癌性别差异的分子机制 | 310例HBV相关肝癌组织 | 癌症基因组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 310例HBV相关肝癌组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9227 | 2025-10-07 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-Apr, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
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研究论文 | 开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学中基因型与表型关系的流形结构 | 整合单细胞RNA测序和语言模型,构建了同时分析基因型和表型高维景观的计算框架 | NA | 解析基因表达与表型表现之间的复杂关系 | 人类转录组学数据,以内皮细胞中的von Willebrand因子基因为例 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,语言模型 | 多模态基础模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9228 | 2025-10-07 |
Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants
2025-Apr, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109391
PMID:40121788
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综述 | 探讨臭氧诱导肺损伤和炎症的分子通路及其作为空气污染物相关肺部疾病治疗靶点的潜力 | 通过单细胞转录组数据定位臭氧损伤感应与信号通路基因,识别臭氧反应热点区域 | NA | 阐明臭氧诱导肺损伤的病理机制并探索潜在治疗靶点 | 臭氧暴露导致的呼吸道上皮细胞损伤和炎症反应 | 数字病理学 | 肺损伤/肺部疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9229 | 2025-10-07 |
Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9
2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-024-01410-9
PMID:39592734
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研究论文 | 本研究揭示了FOSL1通过调控MYH9表达在血管紧张素II诱导的心肌损伤中的关键作用机制 | 首次发现FOSL1直接结合MYH9启动子并激活其转录,阐明了FOSL1/MYH9轴在血管功能障碍中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人类临床样本中验证 | 探究血管紧张素II诱导心肌损伤的分子机制 | 小鼠心脏内皮细胞、人脐静脉内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9230 | 2025-10-07 |
Identifying reproducible transcription regulator coexpression patterns with single cell transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012962
PMID:40257984
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研究论文 | 利用大规模单细胞转录组数据识别跨细胞类型可重复的转录调控因子共表达模式 | 整合了120个人类和103个小鼠单细胞RNA-seq数据集,构建跨物种可重复的转录调控因子共表达网络 | 未深入探讨特定生物学背景下的信号保存 | 识别跨生物背景可重复的转录调控因子共表达模式 | 人类和小鼠的转录调控因子及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 超过2800万个细胞,来自223个数据集(120个人类,103个小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9231 | 2025-10-07 |
Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae231
PMID:39437255
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络,揭示了衰老对幼稚T细胞中转录蛋白复合物的不同调控趋势 | 首次将单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质和结构域-结构域相互作用网络整合,预测并比较不同年龄组幼稚T细胞中的转录蛋白复合物 | 研究仅关注幼稚CD4+和CD8+T细胞,未涉及其他T细胞亚型或免疫细胞 | 探究衰老过程中幼稚T细胞转录蛋白复合物的动态变化机制 | 来自3个不同年龄组的人类幼稚CD4+和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 衰老相关免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质相互作用网络分析 | 单细胞转录组数据 | 3个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9232 | 2025-10-07 |
Screening and validating genes associated with cuproptosis in systemic lupus erythematosus by expression profiling combined with machine learning
2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.10996
PMID:39388708
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研究论文 | 通过机器学习结合单细胞RNA测序筛选和验证与系统性红斑狼疮铜死亡相关的基因 | 首次将铜死亡机制与系统性红斑狼疮关联,并采用机器学习方法筛选诊断基因标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,样本来源有限,需要进一步实验验证 | 识别系统性红斑狼疮中与铜死亡相关的关键基因 | 系统性红斑狼疮患者外周血样本 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, qPCR, 微阵列基因表达分析 | LASSO, 支持向量机递归特征消除 | 基因表达数据 | 两个公共数据集(GSE65391和GSE61635)的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
9233 | 2025-10-07 |
scCrab: A Reference-Guided Cancer Cell Identification Method based on Bayesian Neural Networks
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00655-6
PMID:39348073
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研究论文 | 提出一种基于贝叶斯神经网络和参考数据引导的自动癌细胞识别方法scCrab | 首次将贝叶斯神经网络与多头自注意力机制结合,能够整合外部参考数据作为先验信息进行癌细胞识别 | NA | 开发高效的癌细胞识别计算方法 | 癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯神经网络, 线性回归模型, 多头自注意力机制 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9234 | 2025-10-07 |
Identification of novel biomarkers for atherosclerosis using single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-024-10077-w
PMID:39400603
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别动脉粥样硬化的新型生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序、WGCNA和多种机器学习算法(LASSO和SVM-RFE)系统筛选动脉粥样硬化生物标志物 | 研究样本量有限,需在更大规模队列中进一步验证 | 开发可靠的动脉粥样硬化诊断生物标志物 | 动脉粥样硬化患者样本和正常对照样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,差异表达分析,免疫细胞浸润分析,免疫荧光,免疫组化,ELISA | LASSO, SVM-RFE | 基因表达数据 | 256个差异表达基因,使用GSE21545数据集验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9235 | 2025-10-07 |
Sandwich Therapy with Radionuclide Combined with Intralesional Injections Based on Differences in the Spatial Structure Components of Keloids
2025-Mar, Aesthetic plastic surgery
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00266-024-04442-y
PMID:39402198
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研究论文 | 基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异设计放射性核素联合病灶内注射的'三明治'疗法 | 首次通过单细胞测序分析发现瘢痕疙瘩血管壁中两个高表达基因及其富集通路在血管生成和胶原合成中的关键作用,并基于空间结构差异设计改良疗法 | 样本量较小(40例患者41个部位),缺乏长期随访数据 | 开发基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异的改良治疗方法 | 瘢痕疙瘩患者 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕疾病 | 单细胞测序, 超声检查, 组织病理学染色 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 病理图像 | 40例患者41个瘢痕部位 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9236 | 2025-10-07 |
SCG2 Mediates HNSCC Progression With CCL2/TGFβ1high M2 Macrophage Infiltration
2025-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15154
PMID:39404611
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研究论文 | 本研究揭示了SCG2在头颈部鳞状细胞癌中通过调控CCL2/TGFβ1促进M2巨噬细胞极化的机制 | 首次发现SCG2是HNSCC中M2巨噬细胞极化的关键调控因子,并鉴定出与M2巨噬细胞浸润相关的五基因预后标志物 | NA | 阐明头颈部鳞状细胞癌中M2巨噬细胞极化的机制并识别潜在治疗靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞转录组测序、基因敲低、细胞共培养 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的HNSCC批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9237 | 2025-10-07 |
Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition
2025-Mar, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2696-5
PMID:39422812
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了TGF-β信号通路对肌肉内脂肪沉积的特异性抑制作用 | 首次结合空间转录组和单核RNA测序技术揭示TGF-β信号通路在肌肉内脂肪沉积中的空间异质性调控机制 | 研究主要基于猪和小鼠模型,在人类临床应用的转化价值需要进一步验证 | 探究影响肌肉内脂肪沉积的关键调控因子及其分子机制 | 猪的背最长肌组织、猪内皮细胞、肥胖小鼠模型 | 空间转录组学 | 肌肉萎缩 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 体外实验 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 不同IMF含量的猪背最长肌样本 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
9238 | 2025-10-07 |
Unraveling aging from transcriptomics
2025-Mar, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006
PMID:39424502
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综述 | 本文综述了利用转录组学技术研究衰老机制的最新进展 | 系统整合了不同类型转录本(mRNA、lncRNA、tRNA、miRNA)在衰老研究中的最新发现 | NA | 阐明衰老的生物学机制和年龄相关疾病,促进健康长寿 | 衰老相关的转录组变化 | 生物信息学 | 老年疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
9239 | 2025-10-07 |
Bioengineered Extracellular Vesicles Delivering siMDM2 Sensitize Oxaliplatin Therapy Efficacy in Colorectal Cancer
2025-Mar, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202403531
PMID:39440640
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序发现MDM2介导的NDUFB8降解是结直肠癌奥沙利铂耐药早期机制,并开发了递送siMDM2的工程化细胞外囊泡以增强化疗疗效 | 首次结合单细胞测序与动态网络生物标志物方法揭示铂类耐药早期事件,并开发工程化细胞外囊泡靶向MDM2/NDUFB8/ROS信号轴逆转耐药 | 研究主要基于临床前动物模型,尚未进行人体临床试验验证 | 探索结直肠癌奥沙利铂耐药机制并开发新型治疗策略 | 结直肠癌细胞、患者来源异种移植模型、肝肺转移小鼠模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序, 动态网络生物标志物分析, 电穿孔技术 | 动物疾病模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9240 | 2025-10-07 |
Active immunologic participation and metabolic shutdown of kidney structural cells during kidney transplant rejection
2025-Mar, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.015
PMID:39461479
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究肾脏移植排斥中结构细胞的免疫参与和代谢变化 | 首次在单细胞水平揭示肾脏结构细胞在移植排斥中主动参与免疫过程并发生代谢关闭 | 样本量相对有限(18个活检样本来自14名受者) | 研究肾脏移植排斥过程中结构细胞的免疫反应和代谢变化 | 肾脏移植患者的活检组织 | 单细胞组学 | 肾脏移植排斥 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18个肾脏移植活检样本来自14名受者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |