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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9221 | 2025-10-07 |
Detection of viral sequences at single-cell resolution identifies novel viruses associated with host gene expression changes
2025-Apr-22, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02614-y
PMID:40263451
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研究论文 | 开发了一种基于RdRP蛋白在单细胞分辨率下检测病毒序列的新方法 | 基于高度保守的RdRP蛋白开发了可在单细胞水平检测病毒序列的方法,突破了传统方法依赖参考基因组和无法保持单细胞分辨率的限制 | NA | 开发能够在单细胞分辨率下检测病毒序列并研究病毒与宿主基因表达关系的新方法 | 恒河猴外周血单个核细胞中的病毒序列 | 生物信息学 | 埃博拉病毒病 | 单细胞转录组测序,高通量测序 | NA | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9222 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system
2025-Apr-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-96683-3
PMID:40263498
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研究论文 | 本研究通过多组学分析结合机器学习构建了新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统 | 开发了NEP100模型作为首个基于多组学数据的神经内分泌前列腺癌分类器,并识别出四种具有独特生物学特征的NEPC亚型 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建稳健的神经内分泌前列腺癌分类器并解决肿瘤内异质性问题 | 前列腺癌样本中的神经内分泌细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学分析,机器学习算法 | 随机森林 | 转录组数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 70个样本,包含196,309个细胞(其中9%为神经内分泌细胞) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
9223 | 2025-10-07 |
Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats
2025-Apr-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08091-y
PMID:40263515
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研究论文 | 本研究揭示睡眠剥夺通过破坏附睾免疫微环境导致精子质量下降的机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序技术,系统阐明睡眠剥夺通过改变附睾免疫微环境影响精子质量的分子机制 | 研究仅使用大鼠模型,尚未在人类中进行直接验证;观察时间较短(5天睡眠剥夺) | 探究睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制 | 10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠 | 生殖医学 | 男性不育症 | 孟德尔随机化分析, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 组织学分析 | 动物模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 生理指标 | 大鼠实验组与对照组 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
9224 | 2025-10-07 |
Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics
2025-Apr-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13947-x
PMID:40264064
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研究论文 | 本研究探讨了批量RNA测序在骨髓增殖性肿瘤常规临床诊疗中的潜在应用价值 | 首次系统评估批量RNA测序在MPN临床实践中识别基因突变和免疫特征的应用潜力 | 研究样本量有限,且包含来自公共数据库的回顾性数据 | 评估批量RNA测序在MPN临床诊疗中的应用价值 | 初诊MPN患者(包括真性红细胞增多症、原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化)的外周血和骨髓样本 | 生物信息学 | 骨髓增殖性肿瘤 | RNA测序, 微阵列 | 生物信息学分析方法 | 基因表达数据 | 初诊MPN患者样本及公共数据集[GSE26049, GSE2191] | NA | 批量RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
9225 | 2025-10-07 |
Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis
2025-Apr-22, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03775-1
PMID:40264164
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研究论文 | 本研究通过机器学习和多组学分析识别PSIP1作为骨肉瘤中关键的R-loop调控因子 | 首次构建R-loop基因预后评分模型(RGPSM),并通过单细胞RNA测序结合实验验证PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用 | NA | 探索R-loop在骨肉瘤发生发展中的作用机制 | 骨肉瘤患者样本和细胞系 | 机器学习 | 骨肉瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个骨肉瘤队列数据集 | NA | RNA-seq,scRNA-seq | NA | NA |
9226 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome
2025-Apr-08, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03768-0
PMID:40200265
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制 | 首次在单细胞水平研究雄黄及其活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响,揭示其调控红细胞分化的转录组机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制 | 小鼠成红细胞和骨髓细胞 | 单细胞测序 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9227 | 2025-10-07 |
Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554
PMID:39442086
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研究论文 | 基于氨基酸代谢相关基因鉴定神经母细胞瘤的三种预后和治疗敏感性不同的亚型 | 首次在神经母细胞瘤中基于氨基酸代谢相关基因建立预后分型系统,并发现不同亚型对免疫治疗和化疗的敏感性差异 | NA | 探究氨基酸代谢与神经母细胞瘤预后的关联并建立分型系统 | 神经母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因表达分析 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9228 | 2025-10-07 |
FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity
2025-Apr, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029
PMID:39357545
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研究论文 | 本研究揭示了FABP5+脂质负载巨噬细胞通过处理肿瘤来源的不饱和脂肪酸信号抑制T细胞抗肿瘤免疫的机制 | 首次发现肿瘤细胞释放的长链不饱和脂肪酸通过FABP5-PPARγ信号通路激活巨噬细胞的免疫抑制功能 | 研究主要聚焦于肝细胞癌,该机制在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证 | 探究脂质代谢如何增强肿瘤相关巨噬细胞的促肿瘤作用 | 小鼠和人类肝细胞癌肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类HCC肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9229 | 2025-10-07 |
Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis
2025-Apr-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2024.285598
PMID:39385733
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析原发性骨髓纤维化不同阶段的骨髓细胞特征 | 首次在单细胞水平揭示前纤维化期和显性期原发性骨髓纤维化的炎症、纤维化和免疫特征差异 | 未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群 | 探究原发性骨髓纤维化进展过程中的细胞分子机制 | 骨髓穿刺样本中的造血细胞 | 单细胞组学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 前纤维化PMF、显性PMF及其他MPN患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9230 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis
2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.16125
PMID:39400982
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了MASH纤维化在肝脏中的区域分布特征及其分子机制 | 首次在MASH纤维化中表征了谱系特异性基因表达变化、亚群组成和伪时序分析,并识别了6个与纤维化相关的关键基因 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点 | 健康对照、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏组织 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 伪时序分析 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,包含健康对照、单纯性脂肪变性和MASH患者肝脏切片 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9231 | 2025-10-07 |
GLS as a Key Cuproptosis-Related Gene in Periodontitis: Insights from Single-Cell RNA Sequencing
2025-Apr, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2024.10.001
PMID:39428264
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和生物信息学分析研究铜死亡相关基因在牙周炎中的作用 | 首次整合单细胞RNA测序与生物信息学方法揭示GLS作为关键铜死亡相关基因在牙周炎免疫细胞中的表达模式 | 基于GSE10334数据集的分析,样本来源和数量可能存在限制 | 阐明铜诱导细胞死亡(铜死亡)与牙周炎之间的关联机制 | 牙周炎患者组织样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, LASSO回归, 逻辑回归分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基于GSE10334数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9232 | 2025-10-07 |
scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention
2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174
PMID:39466872
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研究论文 | 提出基于移位窗口注意力的scSwinTNet方法,用于大规模单细胞RNA测序数据的细胞类型自动注释 | 首个使用预训练移位窗口注意力模型进行单细胞RNA测序数据细胞类型注释的方法,无需先验知识即可自动准确注释 | NA | 开发自动细胞类型注释工具以替代耗时且不可重复的人工注释 | 人类和小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于移位窗口的自注意力模型 | 基因表达数据 | 399,760个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9233 | 2025-10-07 |
High-dimensional profiling of immune responses to kidney transplant reveals heterogeneous T helper 1 and B cell effectors associated with rejection
2025-Apr, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.009
PMID:39419342
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研究论文 | 通过高维免疫分析揭示肾移植排斥反应中异质性T辅助细胞1和B细胞效应器的特征 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘肾移植排斥反应的免疫亚群多样性,发现不同类型排斥反应的特异性T细胞和B细胞克隆扩增模式 | 样本量相对有限(76例),需要在更大队列中验证发现 | 阐明肾移植排斥反应的免疫发病机制 | 肾移植受者的CD4 T细胞和B细胞 | 免疫学 | 肾脏移植排斥 | 单细胞RNA测序,T/B细胞受体测序,细胞因子分析,批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,细胞受体序列数据,血浆细胞因子数据 | 76例肾移植受者 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
9234 | 2025-10-07 |
Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma
2025-Apr, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15214
PMID:39639424
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析头颈部横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 首次发现施万细胞通过MIF-CD74和PTN-SDC3受体-配体对促进M2样巨噬细胞极化,并揭示其在轴突导向通路中的富集 | 样本量有限,主要聚焦头颈部横纹肌肉瘤,需要更多验证实验确认机制 | 研究横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 头颈部横纹肌肉瘤样本 | 单细胞转录组学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组测序,流式细胞术,免疫组织化学,bulk RNA测序 | CellChat,CIBERSORT,单样本基因集富集分析 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9235 | 2025-10-07 |
Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity
2025-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0545
PMID:39743888
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研究论文 | 本研究探讨TERT基因改变和HBV整合在年轻男性HBV相关肝癌中的偏好性及其对性别差异的影响 | 首次系统揭示年轻男性HBV相关肝癌患者中TERT启动子突变和HBV-TERT整合的显著偏好性 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 阐明HBV相关肝癌性别差异的分子机制 | 310例HBV相关肝癌组织 | 癌症基因组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 310例HBV相关肝癌组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9236 | 2025-10-07 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-Apr, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
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研究论文 | 开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学中基因型与表型关系的流形结构 | 整合单细胞RNA测序和语言模型,构建了同时分析基因型和表型高维景观的计算框架 | NA | 解析基因表达与表型表现之间的复杂关系 | 人类转录组学数据,以内皮细胞中的von Willebrand因子基因为例 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,语言模型 | 多模态基础模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9237 | 2025-10-07 |
Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants
2025-Apr, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109391
PMID:40121788
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综述 | 探讨臭氧诱导肺损伤和炎症的分子通路及其作为空气污染物相关肺部疾病治疗靶点的潜力 | 通过单细胞转录组数据定位臭氧损伤感应与信号通路基因,识别臭氧反应热点区域 | NA | 阐明臭氧诱导肺损伤的病理机制并探索潜在治疗靶点 | 臭氧暴露导致的呼吸道上皮细胞损伤和炎症反应 | 数字病理学 | 肺损伤/肺部疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9238 | 2025-10-07 |
Endothelial FOSL1 drives angiotensin II-induced myocardial injury via AT1R-upregulated MYH9
2025-Apr, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-024-01410-9
PMID:39592734
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研究论文 | 本研究揭示了FOSL1通过调控MYH9表达在血管紧张素II诱导的心肌损伤中的关键作用机制 | 首次发现FOSL1直接结合MYH9启动子并激活其转录,阐明了FOSL1/MYH9轴在血管功能障碍中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人类临床样本中验证 | 探究血管紧张素II诱导心肌损伤的分子机制 | 小鼠心脏内皮细胞、人脐静脉内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9239 | 2025-10-07 |
Identifying reproducible transcription regulator coexpression patterns with single cell transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012962
PMID:40257984
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研究论文 | 利用大规模单细胞转录组数据识别跨细胞类型可重复的转录调控因子共表达模式 | 整合了120个人类和103个小鼠单细胞RNA-seq数据集,构建跨物种可重复的转录调控因子共表达网络 | 未深入探讨特定生物学背景下的信号保存 | 识别跨生物背景可重复的转录调控因子共表达模式 | 人类和小鼠的转录调控因子及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 超过2800万个细胞,来自223个数据集(120个人类,103个小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9240 | 2025-10-07 |
Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae231
PMID:39437255
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络,揭示了衰老对幼稚T细胞中转录蛋白复合物的不同调控趋势 | 首次将单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质和结构域-结构域相互作用网络整合,预测并比较不同年龄组幼稚T细胞中的转录蛋白复合物 | 研究仅关注幼稚CD4+和CD8+T细胞,未涉及其他T细胞亚型或免疫细胞 | 探究衰老过程中幼稚T细胞转录蛋白复合物的动态变化机制 | 来自3个不同年龄组的人类幼稚CD4+和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 衰老相关免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质相互作用网络分析 | 单细胞转录组数据 | 3个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |