单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9221	2024-09-10	Defining cell type-specific immune responses in a mouse model of allergic contact dermatitis by single-cell transcriptomics 2024-Aug-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94698 PMID:39213029	研究论文	通过单细胞转录组学分析，研究了小鼠过敏性接触性皮炎模型中细胞类型特异性免疫反应	揭示了过敏性接触性皮炎中不同细胞类型的特异性免疫反应，并识别了真皮成纤维细胞在塑造1型皮肤炎症中的关键作用	NA	研究过敏性接触性皮炎中细胞类型特异性免疫反应	小鼠过敏性接触性皮炎模型中的免疫细胞和皮肤常驻细胞	单细胞转录组学	过敏性接触性皮炎	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类过敏性接触性皮炎皮肤样本
9222	2024-09-10	CRISPR-CasRx-mediated disruption of Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2 genes reduces intraocular pressure and retinal ganglion cell damage in mice 2024-Jul-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50050-4 PMID:39080269	研究论文	研究使用CRISPR-CasRx技术干扰Aqp1/Adrb2/Rock1/Rock2基因在小鼠中的表达，以降低眼内压并保护视网膜神经节细胞	首次使用CasRx技术干扰与房水循环相关的基因，显著降低小鼠眼内压并保护视网膜神经节细胞	研究仅在雌性小鼠中进行，结果的普遍性有待验证	探索通过基因干扰降低眼内压并保护视网膜神经节细胞的新方法	雌性小鼠的眼内压和视网膜神经节细胞	基因编辑	青光眼	CRISPR-CasRx	NA	单细胞测序数据	雌性小鼠
9223	2024-09-10	Data normalization for addressing the challenges in the analysis of single-cell transcriptomic datasets 2024-May-06, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10364-5 PMID:38711017	综述	本文综述了单细胞转录组数据分析中的数据标准化方法	本文详细讨论了不同标准化方法的分类及其优缺点	没有一种标准化方法在所有情况下都表现最佳，需要根据具体指标评估	指导读者选择最合适的数据标准化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9224	2024-09-10	Inhibition of heme oxygenase 1 alleviates thoracic aortic aneurysm via restoration of extracellular matrix 2024-01-29, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149405 PMID:38147696	研究论文	研究探讨了血红素氧合酶1（HO-1）在胸主动脉瘤（TAA）中的作用及其通过抑制HO-1减轻TAA的机制	首次揭示了HO-1阳性巨噬细胞在TAA中的重要作用，并证明了通过抑制HO-1可以减轻TAA并恢复细胞外基质（ECM）	研究主要基于小鼠模型和临床样本，缺乏更大规模的人类临床试验验证	探讨HO-1在胸主动脉瘤中的作用及其潜在的治疗机制	胸主动脉瘤（TAA）及其相关细胞和分子机制	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、Western blot、组织学检测	NA	RNA序列、蛋白质表达数据	113,800个胸主动脉细胞样本，BAPN诱导的TAA小鼠模型及TAA患者样本
9225	2024-09-10	SARS-CoV-2 niches in human placenta revealed by spatial transcriptomics 2023-09-08, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2023.06.003 PMID:37423216	研究论文	研究利用空间转录组学揭示了SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境	首次利用空间转录组学技术生成高分辨率的胎盘转录图谱，揭示了SARS-CoV-2在胎盘微环境中的动态响应	样本量较小，仅包括少数健康对照和COVID-19感染者	探究SARS-CoV-2在人类胎盘中的微环境及其对胎盘功能的影响	人类胎盘中的SARS-CoV-2感染及其转录组变化	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组	13个胎盘样本，包括4个健康对照、4个无症状感染者和5个有症状感染者
9226	2024-09-10	Durable alveolar engraftment of PSC-derived lung epithelial cells into immunocompetent mice 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.016 PMID:37625412	研究论文	本文研究了多能干细胞衍生的肺上皮细胞在免疫活性小鼠中的持久植入	首次实现了多能干细胞衍生的肺上皮祖细胞在免疫活性小鼠中的持久植入，并展示了其在肺损伤修复中的潜力	NA	探索多能干细胞衍生的肺上皮细胞在肺损伤修复中的应用	多能干细胞衍生的肺上皮祖细胞在免疫活性小鼠中的植入和成熟	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9227	2024-09-10	SOX2-positive retinal stem cells are identified in adult human pars plicata by single-cell transcriptomic analyses 2023-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.198 PMID:36582303	研究论文	通过单细胞转录组分析在成人人类睫状体区（pars plicata）中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞	首次通过单细胞RNA测序技术在成人人类睫状体区中鉴定出SOX2阳性视网膜干细胞，并验证了其增殖和分化潜力	研究仅限于成人人类睫状体区，未涉及其他眼部区域或不同年龄段	探索成人人类眼部组织中是否存在内源性视网膜干细胞，并评估其治疗视网膜疾病的潜力	成人人类睫状体区、睫状体平坦部、视网膜色素上皮、虹膜和神经视网膜中的细胞异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	成人人类眼部组织的多个亚区域
9228	2024-09-10	Pevonedistat, a Nedd8-activating enzyme inhibitor, in combination with ibrutinib in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2023-01-11, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-022-00763-w PMID:36631449	研究论文	研究了Pevonedistat（一种Nedd8激活酶抑制剂）与Ibrutinib联合治疗复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病的安全性与初步疗效	首次评估了Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效，并使用scRNA-Seq分析了Pevonedistat对NFκB信号通路的下调作用	研究样本量较小，且仅限于复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	评估Pevonedistat与Ibrutinib联合治疗的安全性和初步疗效	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤和慢性淋巴细胞白血病患者	NA	非霍奇金淋巴瘤	scRNA-Seq	NA	NA	18名患者，包括8名套细胞淋巴瘤患者和4名慢性淋巴细胞白血病患者
9229	2024-09-10	Protocol for Classification Single-Cell PBMC Types from Pathological Samples Using Supervised Machine Learning 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3239-0_4 PMID:37258906	研究论文	本文描述了一种使用监督机器学习方法对来自病理样本的单细胞PBMC类型进行分类的协议	本文提出了一种使用监督机器学习方法对单细胞转录组数据进行分类的新协议，相比传统的无监督聚类或结合无监督和监督方法的手动校正，该方法具有更高的准确性和效率	本文的示例主要集中在10× Genomics技术上，尽管适用于其他单细胞转录组平台的数据，但可能需要针对不同平台进行调整	开发一种高效准确的监督机器学习方法，用于对病理样本中的单细胞PBMC类型进行分类	单细胞外周血单核细胞（PBMC）及其在病理状态下的分类	机器学习	NA	单细胞转录组学（SCT）	监督机器学习模型	基因表达数据	NA
9230	2024-09-10	Concordance of MERFISH spatial transcriptomics with bulk and single-cell RNA sequencing 2023-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201701 PMID:36526371	研究论文	本文比较了MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	MERFISH技术在单细胞分辨率下直接将单细胞身份映射到空间位置，并能独立解析不同的细胞类型和空间结构	计算整合Tabula Muris Senis图谱并未增强MERFISH的结果	评估MERFISH空间转录组学与bulk和单细胞RNA测序的一致性	小鼠肝脏和肾脏的细胞类型和空间结构	空间转录组学	NA	MERFISH	NA	RNA	小鼠肝脏和肾脏样本
9231	2024-09-10	Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment 2022-12-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02828-2 PMID:36550535	研究论文	本文通过结合单细胞和批量转录组测序数据，分析了胃癌肿瘤微环境中的关键特征	首次系统地分析了胃癌肿瘤微环境中非上皮细胞的类型和转录程序，揭示了与恶性转化相关的细胞类型	研究样本仅限于24名未经治疗的胃癌患者，可能无法完全代表所有胃癌病例	深入了解胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序，以识别新的潜在生物标志物	胃癌肿瘤微环境中的细胞类型和转录程序	数字病理学	胃癌	RNA测序	NA	转录组数据	24名未经治疗的胃癌患者，共96,623个非上皮细胞
9232	2024-09-10	Single-cell transcriptome reveals dominant subgenome expression and transcriptional response to heat stress in Chinese cabbage 2022-12-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02834-4 PMID:36536447	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了白菜叶在不同细胞类型中的转录组特征及其对高温胁迫的响应	首次在单细胞分辨率下分析了白菜叶的转录组特征，并揭示了不同亚基因组在不同细胞类型中的表达差异及高温胁迫下的转录响应	NA	研究白菜叶发育过程中的转录调控网络及其对高温胁迫的响应	白菜叶的单细胞转录组及其对高温胁迫的响应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	30,000个单细胞
9233	2024-09-10	Protocol to benchmark gene expression signature scoring techniques for single-cell RNA sequencing data in cancer 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101877 PMID:36595948	研究论文	本文描述了在癌症单细胞RNA测序数据中基准测试基因表达特征评分技术的步骤	提出了在基因丢失不均匀的情况下基准测试单细胞RNA测序算法的方法	NA	基准测试单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术	癌症单细胞RNA测序数据中的基因表达特征评分技术	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9234	2024-09-10	Single-Cell DNA Methylation Analysis in Cancer 2022-Dec-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246171 PMID:36551655	综述	本文探讨了单细胞DNA甲基化分析在癌症研究中的潜力及其对临床应用的影响	本文介绍了单细胞DNA甲基化分析技术，该技术能够揭示癌症细胞的异质性，识别亚群并追踪细胞谱系	本文指出了单细胞DNA甲基化测序技术面临的实验、生物信息学和实际挑战	探讨单细胞测序技术在理解癌症生物学中的潜力及其对临床应用的影响	癌症细胞的DNA甲基化模式	数字病理学	癌症	单细胞DNA甲基化测序	NA	DNA甲基化数据	NA
9235	2024-09-10	Microbiota-host crosstalk in the newborn and adult rumen at single-cell resolution 2022-12-14, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-022-01490-1 PMID:36514051	研究论文	研究了新生和成年反刍动物瘤胃中微生物与宿主的相互作用，通过单细胞转录组学揭示了瘤胃组织的细胞组成和发育过程中的互惠共生关系	首次通过单细胞RNA测序构建了新生和成年反刍动物瘤胃上皮的全面细胞图谱，并揭示了瘤胃发育过程中微生物与宿主的相互作用	NA	研究瘤胃发育和功能，并探讨其对牛奶和肉类生产的影响	新生和成年反刍动物的瘤胃组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	49,689个高质量单细胞
9236	2024-09-10	Spatial transcriptomics landscape of lesions from non-communicable inflammatory skin diseases 2022-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35319-w PMID:36513651	研究论文	本文通过空间转录组学研究了非传染性炎症性皮肤疾病的病变特征	本文首次通过空间转录组学技术，分析了非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞浸润和细胞因子表达模式	样本量相对较小，仅包括31名患者	研究非传染性炎症性皮肤疾病病变中的免疫细胞和细胞因子表达模式	非传染性炎症性皮肤疾病的病变组织	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	31名患者的62,000个空间定义的人类皮肤转录组
9237	2024-09-10	Identifying the critical state of complex biological systems by the directed-network rank score method 2022-12-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac707 PMID:36282843	研究论文	本文提出了一种无模型的方法，即有向网络排名分数（DNRS），用于检测复杂生物系统中临界转变的早期预警信号	本文的创新点在于提出了一种新的计算方法DNRS，通过探索基因合作效应的动态变化来识别复杂生物系统中的临界点	NA	揭示复杂生物系统中临界转变的潜在机制	复杂生物系统中的临界点和转变状态	生物信息学	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	基因数据	包括模拟数据和六个真实数据集，其中包括三个胚胎发育的单细胞RNA测序数据集和三个肿瘤数据集
9238	2024-09-10	Integrated Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Unravels the Influences of SARS-CoV-2 Infections to Cancer Patients 2022-Dec-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms232415698 PMID:36555339	研究论文	本研究通过综合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了SARS-CoV-2感染对癌症患者的影响	首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了COVID-19患者中与癌症相关的共同差异表达基因，并构建了多个分子网络以识别潜在的治疗靶点	研究主要基于已有的RNA测序数据，未进行体内或体外实验验证，因此结果的临床应用需进一步验证	揭示SARS-CoV-2感染对癌症患者的分子机制，并识别潜在的治疗靶点	COVID-19患者中的癌症患者，特别是与急性呼吸窘迫综合征（ARDS）和肺纤维化（PF）相关的分子机制	生物信息学	呼吸系统疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19患者及其癌症状态的数据，具体样本数量未明确提及
9239	2024-09-10	Spatial-ID: a cell typing method for spatially resolved transcriptomics via transfer learning and spatial embedding 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35288-0 PMID:36496406	研究论文	提出了一种基于迁移学习和空间嵌入的空间转录组细胞类型注释方法Spatial-ID	结合了参考单细胞RNA-seq数据和空间转录组数据的空间信息，提高了细胞类型注释的准确性	NA	开发一种新的方法来提高空间转录组数据的细胞类型注释精度	空间转录组数据中的细胞类型	空间转录组学	NA	空间转录组学	迁移学习	空间转录组数据	公开的空间转录组数据集和自收集的小鼠大脑半球数据集
9240	2024-09-10	Bone Marrow Mesenchymal Stem Cell-Derived Exosomes Inhibit Triple-Negative Breast Cancer Cell Stemness and Metastasis via an ALKBH5-Dependent Mechanism 2022-Dec-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14246059 PMID:36551544	研究论文	研究探讨了骨髓间充质干细胞衍生的外泌体通过ALKBH5依赖的机制抑制三阴性乳腺癌细胞的干细胞特性和转移	首次揭示了ALKBH5在三阴性乳腺癌中的作用及其通过m6A修饰调控UBE2C和p53的分子机制	研究主要基于生物信息学分析和动物实验，缺乏临床数据验证	探讨ALKBH5在三阴性乳腺癌中的作用及其分子机制	三阴性乳腺癌细胞的干细胞特性和转移	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA表达数据	从TCGA和GEO数据库下载的RNA表达数据和单细胞RNA测序数据