单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9201	2024-09-17	Targeting CNS myeloid infiltrates provides neuroprotection in a progressive multiple sclerosis model 2024-Nov, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.08.032 PMID:39179123	研究论文	研究通过靶向中枢神经系统（CNS）中的髓系浸润细胞，提供了一种在渐进性多发性硬化症模型中的神经保护策略	首次展示了通过调节CNS髓系细胞的毒性来减少不可逆组织损伤，并提出了一种新的疾病修饰方法	研究仅在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中进行，尚未在临床试验中验证	探讨靶向CNS髓系细胞是否能预防慢性免疫介导的脱髓鞘疾病的不可逆组织损伤	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中的髓系细胞和神经保护效果	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	Biozzi小鼠模型中的脊髓CD11b+细胞
9202	2024-09-17	Integrative analysis of pan-cancer single-cell data reveals a tumor ecosystem subtype predicting immunotherapy response 2024-Sep-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00703-w PMID:39277681	研究论文	本研究通过整合泛癌单细胞数据，揭示了一种肿瘤生态系统亚型，该亚型与免疫治疗反应的改善相关	建立了新的免疫治疗反应生态型特征（IRE.Sig），并通过机器学习模型成功预测了ICI反应	缺乏直接的临床证据支持	揭示肿瘤生态系统亚型与免疫治疗反应的关系，并开发预测工具	泛癌单细胞数据和ICI治疗患者的数据	数字病理学	NA	scRNA-Seq	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	涉及5个CRISPR筛选队列和多个验证与测试队列
9203	2024-09-17	Single-cell sequencing analysis of multiple myeloma heterogeneity and identification of new theranostic targets 2024-Sep-14, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07027-4 PMID:39271659	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析多发性骨髓瘤的异质性，并识别新的治疗靶点	通过单细胞转录组测序揭示了多发性骨髓瘤与健康捐赠者之间B淋巴细胞系通讯的破坏，并发现了独特的信号分子	NA	阐明多发性骨髓瘤的异质性并识别新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞和健康捐赠者的骨髓细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	48,293个骨髓细胞，包括多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者
9204	2024-09-17	Cell therapy using ex vivo reprogrammed macrophages enhances antitumor immune responses in melanoma 2024-Sep-14, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03182-w PMID:39272209	研究论文	研究通过体外重编程巨噬细胞进行细胞疗法，增强黑色素瘤中的抗肿瘤免疫反应	首次展示了使用HDAC6抑制剂体外重编程巨噬细胞作为治疗实体瘤的可行性细胞疗法	NA	设计新策略以增加肿瘤微环境中M1/M2比例，从而增强基于巨噬细胞的细胞疗法	巨噬细胞、肿瘤微环境、黑色素瘤	细胞疗法	黑色素瘤	HDAC6抑制剂、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	使用SM1小鼠黑色素瘤模型和NSG-SGM3人源化小鼠模型进行研究
9205	2024-09-17	Single-cell profiling uncovers proliferative cells as key determinants of survival outcomes in lower-grade glioma patients 2024-Sep-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01302-8 PMID:39276278	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序，识别出一种与低级别胶质瘤患者预后不良相关的新型细胞类型，并构建了基于该细胞类型的预测模型	本研究首次识别出一种名为“Prol”的细胞类型，该细胞类型与低级别胶质瘤患者的预后不良相关，并构建了基于该细胞类型的预测模型，具有泛癌预测潜力	NA	本研究旨在通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，识别出与低级别胶质瘤患者预后相关的新型细胞类型，并开发新的预测模型	低级别胶质瘤患者及其细胞类型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	AI网络	RNA	NA
9206	2024-09-17	Single-cell RNA sequencing analysis of peripheral blood mononuclear cells in PD-1-induced renal toxicity in patients with lung cancer 2024-Sep-14, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03754-0 PMID:39277735	研究论文	研究分析了PD-1治疗引起的肾毒性中，外周血单核细胞的单细胞RNA测序特征	首次通过单细胞RNA测序分析了PD-1治疗引起的肾毒性中，外周血单核细胞的差异表达基因及其富集的生物学过程	样本量较小，仅包括六名患者	旨在分析PD-1治疗引起的肾毒性中，外周血单核细胞的特征	外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名患者
9207	2024-09-17	Single-cell RNA sequencing reveals the differentiation and regulation of endplate cells in human intervertebral disc degeneration 2024-Sep-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71891-5 PMID:39271714	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类椎间盘退变中的终板细胞的分化和调控	首次通过单细胞RNA测序分析了退变终板细胞的细胞命运和特性，并发现了两种软骨细胞分化途径	NA	揭示椎间盘退变过程中终板细胞的分化和调控机制	人类椎间盘退变中的终板细胞	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8534个单细胞
9208	2024-09-17	Machine learning algorithms for predicting glioma patient prognosis based on CD163+FPR3+ macrophage signature 2024-Sep-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00692-w PMID:39271911	研究论文	研究利用机器学习算法基于CD163+FPR3+巨噬细胞特征预测胶质瘤患者预后	首次基于CD163+FPR3+巨噬细胞相关特征构建了预测胶质瘤患者预后的机器学习模型，并展示了其优于传统临床因素和其他已发表签名的预测准确性	NA	开发一种基于CD163+FPR3+巨噬细胞特征的机器学习模型，以提高胶质瘤患者预后的预测准确性	胶质瘤患者及其肿瘤相关巨噬细胞	机器学习	脑肿瘤	单细胞测序分析	机器学习算法	基因表达数据	六个胶质瘤队列
9209	2024-09-17	scBubbletree: computational approach for visualization of single cell RNA-seq data 2024-Sep-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05927-y PMID:39271980	研究论文	本文介绍了一种名为scBubbletree的新方法，用于可视化单细胞RNA测序数据	scBubbletree方法通过将细胞聚类可视化为树状图上的气泡，解决了现有方法在可视化高维数据时的过绘制、缺乏定量信息和扭曲全局及局部生物模式的问题	NA	开发一种新的可视化方法，以更好地量化和展示单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq数据	包括一个超过120万细胞的大规模数据集
9210	2024-09-17	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	研究评估了接触除虫菊酯如何通过小胶质细胞激活引发与海湾战争疾病相关的抑郁样行为	首次揭示了除虫菊酯暴露通过小胶质细胞激活引发抑郁样行为的机制，并使用单细胞RNA测序分析了相关转录网络	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	评估除虫菊酯暴露对神经炎症应激反应的影响，并探讨其与海湾战争疾病相关抑郁样行为的关系	小鼠模型中的小胶质细胞激活和抑郁样行为	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	21,566个单核细胞
9211	2024-09-17	Single-cell, single-nucleus and xenium-based spatial transcriptomics analyses reveal inflammatory activation and altered cell interactions in the hippocampus in mice with temporal lobe epilepsy 2024-Sep-13, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00636-3 PMID:39272194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单核RNA测序和基于Xenium的空间转录组学分析，揭示了颞叶癫痫小鼠海马体中炎症激活和细胞相互作用的改变	首次建立了颞叶癫痫小鼠海马体的高分辨率单细胞转录组图谱，揭示了潜在的内在机制驱动炎症激活和细胞相互作用的改变	NA	探讨颞叶癫痫相关海马硬化发展的潜在机制	颞叶癫痫小鼠海马体中的胶质细胞和神经元	数字病理学	癫痫	单细胞RNA测序、单核RNA测序、Xenium空间转录组学分析	NA	转录组数据	31,390个胶质细胞和48,221个神经元核
9212	2024-09-17	CYR61/CCN1: A Novel Mediator of Redox Response in Corneal Stromal Cells of Keratoconus 2024-Sep-12, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110093 PMID:39277098	研究论文	研究探讨了CYR61/CCN1在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的作用	首次揭示了CYR61在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的关键作用	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床数据支持	阐明氧化应激在圆锥角膜病理生理中的分子机制	圆锥角膜基质细胞	NA	圆锥角膜	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	圆锥角膜组和对照组的基质细胞
9213	2024-09-17	Single-Cell RNA Sequencing Revealing that MMP12+ Macrophages are Associated with Cancer Liver Metastasis 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337385240827061539 PMID:39279118	研究论文	研究探讨了MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的作用	首次揭示了MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的关键作用及其相关信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探讨MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的功能	MMP12+巨噬细胞及其在结直肠癌肝转移中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	结直肠癌及其肝转移组织的单细胞RNA测序数据
9214	2024-09-17	Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337314240911053946 PMID:39279122	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制	首次识别出两个少突胶质细胞亚群（ODC3和ODC4）作为胶质母细胞瘤放疗抵抗的群体，并揭示了它们通过不同的分子机制发展放疗抵抗	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制并识别关键影响因素	胶质母细胞瘤中的少突胶质细胞及其放疗抵抗机制	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载的胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
9215	2024-09-17	Approximating mutual information of high-dimensional variables using learned representations 2024-Sep-03, ArXiv PMID:39279839	研究论文	本文提出了一种名为潜在互信息（LMI）近似的方法，用于在高维数据中近似互信息	LMI方法利用高维数据中的低维结构，通过非参数互信息估计器和简单理论模型架构学习到的低维表示来近似高维变量间的互信息	NA	探索在高维数据中利用低维结构近似互信息的方法	高维变量间的互信息	机器学习	NA	非参数互信息估计器	理论模型架构	高维数据	NA
9216	2024-09-17	FateNet: an integration of dynamical systems and deep learning for cell fate prediction 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae525 PMID:39177093	研究论文	本文介绍了一种名为FateNet的计算方法，结合动力系统理论和深度学习，用于预测细胞命运	FateNet通过整合动力系统理论和深度学习，提高了细胞命运决策点的预测精度，并提供了对生物系统新状态的定性见解	NA	理解细胞决策过程及其对生物系统（如组织健康和功能）的影响	细胞命运决策和细胞状态动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	使用不同的scRNA-seq数据进行验证
9217	2024-09-17	Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02325-3 PMID:38965443	研究论文	本文系统比较了11种基于测序的空间转录组学方法	首次全面基准测试不同的空间转录组学平台，并强调了分子扩散作为不同方法和组织中的变量参数	现有技术之间的变异性和数据集的多样性使得制定标准化的评估指标具有挑战性	帮助生物学家选择空间转录组学平台，并促进评估标准的共识	11种空间转录组学方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多个参考组织和区域
9218	2024-09-17	Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70085 PMID:39267259	研究论文	本研究通过整合34个数据集，识别出10,000个与急性髓系白血病（AML）相关的基因，并利用机器学习技术发现191个AML特征，同时开发了一个用户友好的数据库平台CSAMLdb，以促进研究结果的复用和个性化分析	本研究通过整合多源数据集和使用机器学习技术，成功识别出AML相关的基因和特征，并开发了一个用户友好的数据库平台，以增强研究的复现性和可定制性	NA	解决急性髓系白血病（AML）转录组研究中的异质性问题，并发现新的治疗策略	急性髓系白血病（AML）及其亚型	机器学习	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	XGBoost	转录组数据	34个数据集，包括26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集
9219	2024-09-17	Single-Cell RNA-Sequencing: Opening New Horizons for Breast Cancer Research 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179482 PMID:39273429	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对理解乳腺癌生物学和个性化治疗策略的潜在影响	单细胞RNA测序技术为乳腺癌研究提供了前所未有的细胞异质性和复杂性洞察	NA	探讨单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对个性化治疗策略的潜在影响	乳腺癌细胞及其微环境中的细胞类型和状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
9220	2024-09-17	Deciphering Dormant Cells of Lung Adenocarcinoma: Prognostic Insights from O-glycosylation-Related Tumor Dormancy Genes Using Machine Learning 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179502 PMID:39273449	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了肺腺癌中休眠细胞与O-糖基化相关基因的关系，并开发了一个预测肺腺癌预后的风险评分模型	首次揭示了O-糖基化在肺腺癌休眠细胞中的关键作用，并开发了一个基于机器学习的高精度预后预测模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的验证	揭示肺腺癌中休眠细胞的分子机制，并开发一个预测肺腺癌预后的模型	肺腺癌中的休眠细胞及其与O-糖基化相关基因的关系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	来自肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据