本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
9181 | 2025-10-07 |
Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406849
PMID:39556706
|
研究论文 | 本研究通过自闭症谱系障碍患者来源的脑类器官揭示FABP7缺陷通过MEK通路导致神经干细胞过早分化的机制 | 首次在头围正常的自闭症患者类器官中发现FABP7缺陷导致神经干细胞过早分化,并阐明FABP7/MEK信号通路在其中的作用 | 研究样本来源于特定临床表型的自闭症患者群体,结果可能不适用于所有自闭症亚型 | 探究头围正常自闭症患者神经发育异常的分子机制 | 自闭症谱系障碍患者来源的诱导多能干细胞脑类器官和基因修饰小鼠模型 | 发育神经生物学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序,组织形态学分析,基因敲除,基因过表达 | 脑类器官模型,小鼠模型 | 单细胞转录组数据,组织形态数据,行为学数据 | 前瞻性出生队列中头围正常的自闭症患者多细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9182 | 2025-10-07 |
Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring
2025-Jan, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00322-3
PMID:39558136
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型空间多组学方法,揭示了整合素β样1在伤口瘢痕形成中的关键作用 | 开发了整合空间转录组学与单细胞RNA测序的高分辨率空间多组学方法,首次发现Itgbl1在成纤维细胞介导的瘢痕形成中的核心机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探索伤口修复过程中分子与空间组织的相互关系,揭示瘢痕形成的分子机制 | 小鼠模型、人类和小鼠原代成纤维细胞 | 空间生物学 | 皮肤创伤修复 | 空间转录组学,scRNA-Seq | NA | 转录组数据,空间表达数据 | PU.1缺陷小鼠模型和转基因小鼠实验 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
9183 | 2025-10-07 |
scPharm: Identifying Pharmacological Subpopulations of Single Cells for Precision Medicine in Cancers
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412419
PMID:39560158
|
研究论文 | 开发了一种整合药理学特征与单细胞RNA测序数据的计算框架scPharm,用于识别肿瘤中药理学亚群并推荐个性化药物 | 首次将药理学特征与单细胞RNA测序数据整合,在单细胞分辨率下识别药理学亚群,并评估药物组合策略和毒性 | NA | 开发精准医疗方法,通过揭示单细胞水平的治疗异质性来改善癌症治疗 | 人类乳腺癌组织(ER阳性和HER2阳性)、人类PC9细胞系、小鼠模型 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9184 | 2025-10-07 |
Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02501-5
PMID:39562752
|
研究论文 | 开发了一种利用传统寡核苷酸微阵列进行空间转录组分析的新方法Array-seq | 将传统DNA微阵列重新用于空间转录组分析,实现了低成本、易操作且可扩展的空间分子研究平台 | NA | 开发易于采用、低成本且可扩展的空间转录组分析工具 | 小鼠组织切片、多器官切片、连续切片和完整人类器官 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 下一代测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 微阵列技术 | Array-seq | 基于定制设计探针的微阵列载玻片,包含侧翼有共同序列的独特条形码 |
9185 | 2025-10-07 |
Serinc5 Regulates Sequential Chondrocyte Differentiation by Inhibiting Sox9 Function in Pre-Hypertrophic Chondrocytes
2025-Jan, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31490
PMID:39568258
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Serinc5是前肥大软骨细胞的标志基因,并揭示其通过抑制Sox9功能调控软骨细胞顺序分化的机制 | 首次鉴定Serinc5为前肥大软骨细胞的标志基因,并阐明其在软骨细胞分化过程中的调控机制 | 前肥大软骨细胞的分子基础仍有许多未明确之处 | 探究前肥大软骨细胞的分子特征及其在软骨细胞分化中的调控作用 | 生长板软骨细胞,特别是前肥大软骨细胞 | 发育生物学 | 骨骼发育疾病 | scRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质免疫沉淀测序数据, 染色质可及性测序数据 | 荧光标记的生长板软骨细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序, 染色质可及性测序 | NA | NA |
9186 | 2025-10-07 |
Cryptotanshinone alleviates immunosuppression in endometriosis by targeting MDSCs through JAK2/STAT3 pathway
2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.156227
PMID:39580997
|
研究论文 | 本研究探讨了隐丹参酮通过JAK2/STAT3通路调控髓源性抑制细胞,从而缓解子宫内膜异位症免疫抑制的机制 | 首次证明隐丹参酮通过靶向JAK2/STAT3通路调节MDSCs,是治疗子宫内膜异位症的潜在天然化合物 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化价值需进一步验证 | 研究隐丹参酮通过JAK2/STAT3信号通路调节MDSCs的治疗潜力及其对EMS免疫微环境和病灶生长的影响 | 子宫内膜异位症患者组织样本、C57BL/6J小鼠模型、骨髓源性MDSCs | 生物医学研究 | 子宫内膜异位症 | 转录组测序、单细胞RNA测序、网络药理学分析、表面等离子共振、细胞热位移分析、流式细胞术、免疫荧光、Western blot | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | 使用公共数据库GSE141549和GSE213216数据,建立小鼠模型进行体内外验证 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
9187 | 2025-10-07 |
Comprehensive single-cell aging atlas of healthy mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00751-8
PMID:39587369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率构建健康乳腺组织衰老图谱,揭示衰老与癌症共享的表观基因组和转录组特征 | 首次在单细胞分辨率系统揭示乳腺组织衰老过程中的转录组和表观基因组重编程,并发现衰老特征与人类乳腺癌的潜在联系 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究衰老如何影响乳腺组织细胞和分子程序,及其与癌症发生的关联 | 小鼠乳腺组织中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
9188 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Seq and Histological Analysis Reveals Dynamic Lrig1 Expression During Salivary Gland Development
2025-Jan, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31487
PMID:39587709
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析揭示了Lrig1在唾液腺发育过程中的动态表达模式 | 首次系统揭示LRIG1在唾液腺发育各阶段的动态表达特征及其与祖细胞标记物的共定位关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞验证仅限于HSG细胞系 | 探究Lrig1在发育和成熟小鼠颌下腺中的表达模式和功能 | 小鼠颌下腺组织、人类唾液腺细胞系 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 免疫荧光, RNAscope染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 图像数据 | 不同发育阶段的小鼠颌下腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9189 | 2025-10-07 |
H. Pylori-Facilitated TERT/Wnt/β-Catenin Triggers Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia and Oxyntic Atrophy
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401227
PMID:39587848
|
研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌通过CagA激活TERT/Wnt/β-Catenin通路促进胃主细胞去分化和SPEM发生的分子机制 | 首次发现CagA通过破坏TERT与其新型E3连接酶SYVN1的相互作用来稳定TERT蛋白,并证实Tert敲除可抑制Wnt/β-Catenin通路和SPEM发生 | NA | 阐明幽门螺杆菌诱导胃黏膜SPEM发生的分子机制 | 胃主细胞和幽门螺杆菌感染模型 | 分子生物学 | 胃部癌前病变 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9190 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics
2025-Jan, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180
PMID:39522760
|
研究论文 | 利用成像空间转录组学揭示COVID-19康复期和再感染过程中肺引流淋巴结生发中心反应的细胞动态变化 | 首次通过成像空间转录组学解析SARS-CoV-2感染过程中淋巴组织结构恢复的时空动态特征 | 研究基于非人灵长类动物模型,结果向人类临床转化的适用性需进一步验证 | 阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复特征及其对免疫记忆的影响 | SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物肺引流淋巴结 | 空间转录组学 | COVID-19 | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9191 | 2025-10-07 |
PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101429
PMID:39542399
|
研究论文 | 本研究揭示了脑特异性PKCζ异构体PKMζ在肝星状细胞糖酵解和肌成纤维细胞活化中的关键作用 | 首次发现PKMζ通过磷酸化VASP促进Glut1在质膜上的锚定,驱动肝星状细胞的代谢重编程和活化 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚未在人类肝脏疾病中进行临床验证 | 阐明肝星状细胞中葡萄糖转运蛋白Glut1在质膜上锚定/停靠的分子机制 | 人源和鼠源肝星状细胞、结直肠肝转移瘤相关成纤维细胞 | 细胞生物学 | 肝纤维化、结直肠肝转移 | RT-PCR、Western blotting、免疫荧光、shRNA、过表达、生物素化、2-NBDG检测、Seahorse糖酵解压力测试、位点定向突变、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 原代人源和鼠源肝星状细胞、结直肠肝转移患者和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | NA |
9192 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404491
PMID:39540244
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示甲状腺乳头状癌的空间异质性和进化机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,在保留空间信息和形态特征的同时解析甲状腺乳头状癌的肿瘤内异质性 | NA | 阐明甲状腺乳头状癌空间异质性、恶性进展和转移的分子机制 | 甲状腺乳头状癌组织和细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9193 | 2025-10-07 |
A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02493-2
PMID:39543283
|
研究论文 | 开发了一个基于单细胞RNA测序数据的综合人类胚胎参考工具,用于评估人类胚胎模型 | 整合了六个已发表的人类胚胎数据集,构建了首个从受精卵到原肠胚发育阶段的通用参考工具 | 依赖于已发表数据集,可能受原始数据质量和注释准确性的限制 | 建立人类胚胎发育的标准化参考工具,用于胚胎模型的验证和评估 | 人类胚胎发育过程(从受精卵到原肠胚阶段) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) | 单细胞转录组数据 | 整合六个已发表人类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9194 | 2025-10-07 |
Identification of novel metabolism-related biomarkers of Kawasaki disease by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1541939
PMID:40276515
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别川崎病的新型代谢相关生物标志物 | 首次在单细胞水平系统分析川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢相关特征基因,并利用机器学习算法鉴定出VIM、CLIC1和ITGB2作为新型诊断标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证这些基因在川崎病发病机制中的具体功能 | 识别川崎病中与胆汁酸代谢和脂肪酸代谢相关的特征细胞和基因,探索其在疾病发病机制中的作用 | 川崎病患者免疫细胞(单核细胞和自然杀伤细胞) | 生物信息学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, 实时定量PCR, ROC曲线分析 | hdWGCNA, 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 公共数据集GSE1687323和GSE68004,验证数据集GSE73461 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9195 | 2025-10-07 |
Pan-cancer analysis identified CD248 as a potential target for multiple tumor types
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1554632
PMID:40276611
|
研究论文 | 通过泛癌分析鉴定CD248作为多种肿瘤类型的潜在治疗靶点 | 首次通过多数据库整合分析和实验验证,系统性地揭示了CD248在泛癌中的表达特征、预后价值及功能机制 | 研究主要基于数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接证据 | 探索CD248在多种肿瘤类型中的表达模式、临床意义和生物学功能 | 多种肿瘤类型(重点关注头颈鳞状细胞癌)及相应细胞系 | 生物信息学 | 泛癌分析 | qRT-PCR, Western blot, transwell assay, scratch wound healing assay, EdU assay, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床预后数据, 单细胞测序数据 | 多种肿瘤数据库数据及HNSC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9196 | 2025-10-07 |
Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890
PMID:39425929
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-1β在移植后通过调节Flt3阳性多能祖细胞命运促进B淋巴细胞生成的新机制 | 首次发现IL-1β能够诱导Flt3 MPPs从髓系偏向向淋巴系偏向的细胞命运转换,并促进B淋巴细胞生成 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类系统中验证 | 探究应激环境中调控造血干细胞和祖细胞行为的因子及其机制 | 表达Flt3的小鼠多能祖细胞(MPPs) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,克隆分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
9197 | 2025-10-07 |
Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876
PMID:39453813
|
研究论文 | 本研究通过多物种方法整合猕猴、人类和小鼠数据,构建了背角神经元亚型的统一图谱,并揭示了慢性疼痛遗传易感性与神经元亚型特异性染色质区域的关联 | 首次构建了跨物种保守的背角神经元亚型图谱,结合空间转录组学精确定位神经元层状分布,并建立了慢性疼痛GWAS变异与神经元特异性调控元件的直接联系 | 研究主要依赖动物模型数据,人类样本验证相对有限,调控机制的功能验证需要进一步实验 | 确定慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控基因组学 | 背角神经元 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 开放染色质分析 | 跨物种整合分析 | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间定位数据 | 猕猴单核RNA测序图谱整合人类和小鼠数据集 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学, 单核开放染色质分析 | NA | NA |
9198 | 2025-10-07 |
IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178558
PMID:39589809
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除CAR-T细胞中的ITK基因,显著改善了CAR-T细胞的抗肿瘤效果和持久性 | 首次揭示ITK缺失可通过降低CAR-T细胞耗竭、增强记忆特征来提升抗肿瘤疗效 | 研究主要聚焦CD19-CAR-T细胞,尚未验证其他CAR靶点的普适性 | 探索改善CAR-T细胞治疗持久性和抗肿瘤效果的新策略 | CD19-CAR-T细胞 | 免疫治疗 | 白血病 | CRISPR-Cas9基因编辑,RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
9199 | 2025-10-07 |
The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing
2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024169
PMID:39539109
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示外周神经损伤早期Atf3+神经元群体在神经再生中的作用机制 | 发现CCI诱导的新型神经元群体(CIP)高表达Atf3和再生相关基因,并揭示其与卫星胶质细胞间的信号通讯网络 | 研究仅关注损伤后第3天的早期阶段,未涵盖完整再生过程的时间动态变化 | 探究外周神经损伤后背根神经节细胞的转录组变化与神经再生机制 | 小鼠背根神经节细胞 | 单细胞基因组学 | 外周神经损伤 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 小鼠慢性压迫损伤模型DRG细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9200 | 2025-10-07 |
Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling
2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405806121
PMID:39453742
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥花器官脱落信号通路的分子调控机制 | 发现MKP1作为负调控因子建立脱落信号阈值,并鉴定IDA肽家族形成生物物理断路器机制 | 研究仅限于拟南芥模型,未验证其他植物物种的普适性 | 解析植物花器官脱落信号通路的调控机制 | 拟南芥花器官脱落区细胞 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |