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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9181 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal Cellular Dynamics of Germinal Center Reaction in Coronavirus Disease 2019 Lung-Draining Lymph Node Based on Imaging-Based Spatial Transcriptomics
2025-Jan, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.102180
PMID:39522760
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研究论文 | 利用成像空间转录组学揭示COVID-19康复期和再感染过程中肺引流淋巴结生发中心反应的细胞动态变化 | 首次通过成像空间转录组学解析SARS-CoV-2感染过程中淋巴组织结构恢复的时空动态特征 | 研究基于非人灵长类动物模型,结果向人类临床转化的适用性需进一步验证 | 阐明SARS-CoV-2感染后淋巴结构恢复特征及其对免疫记忆的影响 | SARS-CoV-2感染的非人灵长类动物肺引流淋巴结 | 空间转录组学 | COVID-19 | 成像空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9182 | 2025-10-07 |
PKMζ, a Brain-specific PKCζ Isoform, is Required for Glycolysis and Myofibroblastic Activation of Hepatic Stellate Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101429
PMID:39542399
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研究论文 | 本研究揭示了脑特异性PKCζ异构体PKMζ在肝星状细胞糖酵解和肌成纤维细胞活化中的关键作用 | 首次发现PKMζ通过磷酸化VASP促进Glut1在质膜上的锚定,驱动肝星状细胞的代谢重编程和活化 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚未在人类肝脏疾病中进行临床验证 | 阐明肝星状细胞中葡萄糖转运蛋白Glut1在质膜上锚定/停靠的分子机制 | 人源和鼠源肝星状细胞、结直肠肝转移瘤相关成纤维细胞 | 细胞生物学 | 肝纤维化、结直肠肝转移 | RT-PCR、Western blotting、免疫荧光、shRNA、过表达、生物素化、2-NBDG检测、Seahorse糖酵解压力测试、位点定向突变、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | 原代人源和鼠源肝星状细胞、结直肠肝转移患者和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | NA |
9183 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404491
PMID:39540244
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示甲状腺乳头状癌的空间异质性和进化机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,在保留空间信息和形态特征的同时解析甲状腺乳头状癌的肿瘤内异质性 | NA | 阐明甲状腺乳头状癌空间异质性、恶性进展和转移的分子机制 | 甲状腺乳头状癌组织和细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9184 | 2025-10-07 |
A comprehensive human embryo reference tool using single-cell RNA-sequencing data
2025-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02493-2
PMID:39543283
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研究论文 | 开发了一个基于单细胞RNA测序数据的综合人类胚胎参考工具,用于评估人类胚胎模型 | 整合了六个已发表的人类胚胎数据集,构建了首个从受精卵到原肠胚发育阶段的通用参考工具 | 依赖于已发表数据集,可能受原始数据质量和注释准确性的限制 | 建立人类胚胎发育的标准化参考工具,用于胚胎模型的验证和评估 | 人类胚胎发育过程(从受精卵到原肠胚阶段) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) | 单细胞转录组数据 | 整合六个已发表人类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9185 | 2025-10-07 |
Identification of novel metabolism-related biomarkers of Kawasaki disease by integrating single-cell RNA sequencing analysis and machine learning algorithms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1541939
PMID:40276515
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序分析和机器学习算法识别川崎病的新型代谢相关生物标志物 | 首次在单细胞水平系统分析川崎病中胆汁酸代谢和脂肪酸代谢相关特征基因,并利用机器学习算法鉴定出VIM、CLIC1和ITGB2作为新型诊断标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证这些基因在川崎病发病机制中的具体功能 | 识别川崎病中与胆汁酸代谢和脂肪酸代谢相关的特征细胞和基因,探索其在疾病发病机制中的作用 | 川崎病患者免疫细胞(单核细胞和自然杀伤细胞) | 生物信息学 | 川崎病 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, 实时定量PCR, ROC曲线分析 | hdWGCNA, 机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 公共数据集GSE1687323和GSE68004,验证数据集GSE73461 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9186 | 2025-10-07 |
Pan-cancer analysis identified CD248 as a potential target for multiple tumor types
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1554632
PMID:40276611
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研究论文 | 通过泛癌分析鉴定CD248作为多种肿瘤类型的潜在治疗靶点 | 首次通过多数据库整合分析和实验验证,系统性地揭示了CD248在泛癌中的表达特征、预后价值及功能机制 | 研究主要基于数据库分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证和临床样本的直接证据 | 探索CD248在多种肿瘤类型中的表达模式、临床意义和生物学功能 | 多种肿瘤类型(重点关注头颈鳞状细胞癌)及相应细胞系 | 生物信息学 | 泛癌分析 | qRT-PCR, Western blot, transwell assay, scratch wound healing assay, EdU assay, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床预后数据, 单细胞测序数据 | 多种肿瘤数据库数据及HNSC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
9187 | 2025-10-07 |
Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890
PMID:39425929
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研究论文 | 本研究揭示了IL-1β在移植后通过调节Flt3阳性多能祖细胞命运促进B淋巴细胞生成的新机制 | 首次发现IL-1β能够诱导Flt3 MPPs从髓系偏向向淋巴系偏向的细胞命运转换,并促进B淋巴细胞生成 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类系统中验证 | 探究应激环境中调控造血干细胞和祖细胞行为的因子及其机制 | 表达Flt3的小鼠多能祖细胞(MPPs) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,克隆分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
9188 | 2025-10-07 |
Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876
PMID:39453813
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研究论文 | 本研究通过多物种方法整合猕猴、人类和小鼠数据,构建了背角神经元亚型的统一图谱,并揭示了慢性疼痛遗传易感性与神经元亚型特异性染色质区域的关联 | 首次构建了跨物种保守的背角神经元亚型图谱,结合空间转录组学精确定位神经元层状分布,并建立了慢性疼痛GWAS变异与神经元特异性调控元件的直接联系 | 研究主要依赖动物模型数据,人类样本验证相对有限,调控机制的功能验证需要进一步实验 | 确定慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控基因组学 | 背角神经元 | 空间转录组学 | 慢性疼痛 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 开放染色质分析 | 跨物种整合分析 | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间定位数据 | 猕猴单核RNA测序图谱整合人类和小鼠数据集 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学, 单核开放染色质分析 | NA | NA |
9189 | 2025-10-07 |
IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178558
PMID:39589809
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除CAR-T细胞中的ITK基因,显著改善了CAR-T细胞的抗肿瘤效果和持久性 | 首次揭示ITK缺失可通过降低CAR-T细胞耗竭、增强记忆特征来提升抗肿瘤疗效 | 研究主要聚焦CD19-CAR-T细胞,尚未验证其他CAR靶点的普适性 | 探索改善CAR-T细胞治疗持久性和抗肿瘤效果的新策略 | CD19-CAR-T细胞 | 免疫治疗 | 白血病 | CRISPR-Cas9基因编辑,RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
9190 | 2025-10-07 |
The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing
2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2024169
PMID:39539109
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示外周神经损伤早期Atf3+神经元群体在神经再生中的作用机制 | 发现CCI诱导的新型神经元群体(CIP)高表达Atf3和再生相关基因,并揭示其与卫星胶质细胞间的信号通讯网络 | 研究仅关注损伤后第3天的早期阶段,未涵盖完整再生过程的时间动态变化 | 探究外周神经损伤后背根神经节细胞的转录组变化与神经再生机制 | 小鼠背根神经节细胞 | 单细胞基因组学 | 外周神经损伤 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 小鼠慢性压迫损伤模型DRG细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9191 | 2025-10-07 |
Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling
2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405806121
PMID:39453742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥花器官脱落信号通路的分子调控机制 | 发现MKP1作为负调控因子建立脱落信号阈值,并鉴定IDA肽家族形成生物物理断路器机制 | 研究仅限于拟南芥模型,未验证其他植物物种的普适性 | 解析植物花器官脱落信号通路的调控机制 | 拟南芥花器官脱落区细胞 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9192 | 2025-10-07 |
Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.575008
PMID:38260361
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺纤维化形成转移前微环境的机制,并验证了抗纤维化药物尼达尼布的治疗潜力 | 首次发现骨肉瘤细胞通过诱导肺泡上皮损伤和慢性伤口愈合表型来创建肺转移前微环境,并证明抗纤维化药物可阻断此过程 | 研究主要基于小鼠模型和异种移植模型,人类样本验证有限 | 阐明骨肉瘤肺转移前微环境形成的细胞和分子机制,并寻找转移特异性治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺组织微环境、免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人源异种移植模型 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 多参数免疫荧光 | NA | 转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间定位数据 | 免疫活性小鼠模型和免疫缺陷人源异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9193 | 2025-10-07 |
Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis
2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxae042
PMID:38661482
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探索免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用 | 首次整合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析,揭示脑动脉瘤与免疫细胞之间的双向因果关系 | 研究仅基于未破裂脑动脉瘤样本,缺乏破裂动脉瘤数据 | 探索免疫细胞与脑动脉瘤形成的复杂相互作用机制 | 脑动脉瘤患者和对照组的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤和对照组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9194 | 2025-10-07 |
Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics
2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens13030188
PMID:38535532
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综述 | 本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展,重点介绍了单细胞转录组学技术的应用 | 整合了最新的单细胞和空间测序技术研究锥虫生命周期阶段和宿主细胞的转录组特征 | NA | 深入理解寄生虫生物学和宿主免疫机制,为开发新的疫苗和治疗策略提供基础 | 锥虫寄生虫、哺乳动物宿主细胞、组织微环境 | 单细胞生物学 | 寄生虫病 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
9195 | 2025-10-07 |
DeMixSC: a deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for improved analysis of cell-type ratios in complex tissue samples
2023-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.10.561733
PMID:37873318
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研究论文 | 提出一种名为DeMixSC的去卷积框架,通过结合单细胞测序数据和小型基准数据集来提高复杂组织样本中细胞类型比例的分析精度 | 引入匹配跨平台生物信号的实验设计,开发基于加权非负最小二乘法的新框架,能够识别和调整技术差异高的基因 | NA | 解决跨测序平台技术差异对细胞类型去卷积分析精度限制的问题 | 复杂生物样本中的细胞类型比例分析 | 生物信息学 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | 加权非负最小二乘法 | 基因表达数据 | 453名年龄相关性黄斑变性患者队列加上健康视网膜基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9196 | 2025-10-07 |
Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer
2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.20.563147
PMID:37961129
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研究论文 | 通过单细胞分辨率研究小鼠乳腺组织衰老过程中的转录组和表观基因组变化,揭示衰老与癌症之间的分子联系 | 首次构建了乳腺组织衰老的单细胞图谱,揭示了衰老过程中上皮细胞、基质细胞和免疫细胞的表观遗传和转录组变化,并发现衰老特征与人类乳腺癌的相似性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;空间转录组数据可能覆盖区域有限 | 探究衰老如何影响乳腺组织的细胞和分子程序,以及这些变化与癌症发生的关系 | 小鼠乳腺组织中的上皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,表观基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据,空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠乳腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
9197 | 2025-10-07 |
Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine
2023-06-09, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135
PMID:37289899
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综述 | 本综述全面探讨了表观遗传学在心血管代谢疾病中的作用机制及其在精准医学中的应用前景 | 系统整合DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力,并探讨社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学等新兴因素对疾病发展的影响 | NA | 阐述表观遗传学在心血管代谢疾病中的分子机制及其在精准医学中的应用 | 心血管和代谢疾病相关的表观遗传过程 | 表观遗传学 | 心血管代谢疾病 | 单细胞测序, 表观遗传编辑 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9198 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis
2022-Oct, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-022-00138-1
PMID:36970396
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研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学技术,构建了新生小鼠病毒性心肌炎的高分辨率时空转录组图谱 | 首次创建了呼肠孤病毒诱导心肌炎的高分辨率时空转录组图谱,揭示了心肌炎区域和边界区的空间限制性基因表达模式 | 研究仅限于新生小鼠模型,未在人类样本中验证 | 揭示病毒性心肌炎的发病机制 | 新生小鼠心脏组织和肠道组织 | 空间转录组学 | 病毒性心肌炎 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 感染后三个时间点收集的小鼠心脏和肠道样本 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
9199 | 2025-10-07 |
Decoding glioblastoma's diversity: Are neurons part of the game?
2025-Jun-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217666
PMID:40147584
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综述 | 本文综述胶质母细胞瘤与神经元相互作用的机制,分析其如何利用神经发育途径并重塑神经元网络 | 首次系统整合胶质母细胞瘤-神经元相互作用研究,并通过生物信息学分析提出驱动胶质瘤-神经元动态的细胞间相互作用假说 | 依赖公开数据库的snRNA-seq数据,需要进一步实验验证提出的相互作用机制 | 阐明胶质母细胞瘤与神经元的相互作用机制及其治疗潜力 | 胶质母细胞瘤(WHO 4级)及其与神经元的相互作用 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单核RNA测序(snRNA-seq),生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据库中的snRNA-seq数据集 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
9200 | 2025-10-07 |
Developmental landscape and asymmetric gene expression in the leaf vasculature of Brassica rapa revealed by single-cell transcriptome
2025-Jun, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf060
PMID:40271455
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术揭示白菜叶脉系统的发育轨迹和不对称基因表达模式 | 首次构建白菜叶脉系统的单细胞转录组图谱,揭示不同维管细胞类型的特异性基因表达模式及同源基因的不对称表达 | 研究仅限于白菜叶脉系统,未与其他植物物种进行直接比较 | 解析叶脉系统细胞类型特征及其在叶片形态建成中的作用 | 白菜叶脉系统细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12个细胞簇覆盖7种已知细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |