单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-06-20	Unveiling Moxibustion's Impact on AD Mice Learning and Memory: Role of Mitochondrial Respiratory Chain Complex I Subunit in the Hippocampus 2025-Jun-18, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05147-2 PMID:40531365	研究论文	本研究探讨了艾灸对阿尔茨海默病(AD)小鼠学习和记忆能力的影响，重点关注海马线粒体呼吸链复合物I亚基的作用	首次揭示了艾灸通过调节海马线粒体呼吸链复合物I改善AD小鼠能量代谢和突触可塑性的机制	研究仅使用APP/PS1转基因小鼠模型，未涉及其他AD模型或人体试验	阐明艾灸改善AD认知功能障碍的分子机制	APP/PS1转基因AD小鼠	神经科学研究	阿尔茨海默病	空间转录组学、生化检测、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、生化指标、电子显微镜图像	未明确说明样本量(使用APP/PS1小鼠)
902	2025-06-20	Microglial pruning of glycinergic synapses disinhibits spinal PKCγ interneurons to drive pain hypersensitivity in mice 2025-Jun-18, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8096 PMID:40531965	research paper	该研究探讨了脊髓小胶质细胞通过修剪抑制性突触在神经病理性疼痛中的作用	揭示了脊髓小胶质细胞通过修剪抑制性突触导致PKCγ中间神经元去抑制的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究脊髓小胶质细胞在调节神经病理性疼痛相关神经回路中的确切作用	小鼠脊髓小胶质细胞和PKCγ中间神经元	神经科学	神经病理性疼痛	药理学、光遗传学、遗传操作、行为测试、共聚焦成像、膜片钳技术、单细胞RNA测序	小鼠保留神经损伤(SNI)模型	行为数据、电生理数据、RNA测序数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
903	2025-06-20	Rescue of naïve porcine circovirus type 3 and its pathogenesis in CD pigs 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00341-25 PMID:40353661	研究论文	本研究成功拯救了原始猪圆环病毒3型（PCV3）并研究了其在剖腹产猪（CD猪）中的致病机制	首次通过TEM观察PCV3病毒颗粒，并阐明了其在CD猪中的免疫抑制机制	由于病毒分离失败，PCV3在猪中的致病机制尚未准确阐明	研究PCV3病毒的致病机制及其对猪免疫系统的影响	原始猪圆环病毒3型（PCV3）和剖腹产猪（CD猪）	病毒学	猪圆环病毒感染	免疫荧光检测（IFA）、Western blotting、透射电子显微镜（TEM）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	分子生物学数据、细胞学数据、组织病理学数据	剖腹产猪（CD猪）和PK-15细胞
904	2025-06-20	Dissection of the global responses of mandarin fish pyloric cecum to an acute ranavirus (MRV) infection reveals the formation of serositis and then ascites 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.02308-24 PMID:40366173	research paper	研究揭示了急性MRV感染如何通过靶向鳜鱼幽门盲囊的浆膜层，导致纤维性浆膜炎和腹水的形成	首次在单细胞水平上解析了鳜鱼幽门盲囊对急性MRV感染的全局响应，明确了病毒驱动的浆膜炎是严重腹水的根本原因	研究主要关注急性感染阶段，对慢性感染或长期影响未做探讨	阐明MRV感染导致鳜鱼出现严重腹水的病理机制	鳜鱼幽门盲囊组织	兽医学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为鳜鱼个体
905	2025-06-20	Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis 2025-Jun-17, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00555-25 PMID:40396761	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示高毒力PEDV毒株与宿主之间的互作机制	首次利用单细胞测序技术系统解析PEDV感染后的宿主细胞组成、基因表达和细胞间通讯变化，发现病毒可在B/T淋巴细胞内启动复制并诱导T细胞凋亡	未阐明病毒在免疫细胞内复制受阻的具体分子机制	探究高毒力PEDV毒株与宿主的互作关系及致病机制	猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞	病毒学	猪流行性腹泻	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪）
906	2025-06-20	ECT2+ cell group acts as cancer stem cell in malignant pleomorphic adenoma 2025-Jun-17, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00974-x PMID:40523903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)的综合图谱，并鉴定出ECT2+细胞群作为CXPA中的癌症干细胞	首次在CXPA中鉴定出ECT2+细胞群作为癌症干细胞，并证实其与肿瘤侵袭性和预后的关联	CXPA中癌症干细胞的研究仍处于初步阶段，需要进一步验证	探索CXPA的肿瘤异质性和癌症干细胞特征	唾液腺多形性腺瘤癌(CXPA)患者肿瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	唾液腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	CXPA患者肿瘤组织样本和细胞系
907	2025-06-20	Single-cell transcriptomics analysis of the healing process of ligament rupture 2025-Jun-17, Bone & joint research IF:4.7Q1 DOI:10.1302/2046-3758.146.BJR-2024-0307.R3 PMID:40525225	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究韧带断裂修复过程中的细胞和遗传学特征	首次在韧带组织中明确识别出肌腱细胞和成纤维细胞，并发现人类前交叉韧带组织中的十种细胞群	样本量较小（仅6例），且仅针对前交叉韧带进行研究	探究韧带断裂修复和愈合过程中的细胞与遗传学机制	健康个体和韧带断裂患者的ACL组织	单细胞转录组学	韧带损伤	scRNA-seq, 免疫组化	NA	单细胞基因表达数据	6例（3例健康个体+3例患者）共83,195个细胞
908	2025-06-20	Single-cell dissection of prognostic architecture and immunotherap response in Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer 2025-Jun-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.99337 PMID:40525824	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示幽门螺杆菌感染相关胃癌的分子异质性及免疫治疗反应的关键细胞和分子通路	揭示了幽门螺杆菌感染相关胃癌中恶性上皮细胞、血管生成相关肿瘤相关巨噬细胞和炎症性癌症相关成纤维细胞的分子特征及其相互作用	样本量较小（仅24例），且未涉及其他类型胃癌的对比	解析幽门螺杆菌感染相关胃癌的分子特征及免疫治疗反应机制	幽门螺杆菌感染相关胃癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	24例（9例当前感染患者，3例既往感染患者，6例未感染患者，6例健康对照）
909	2025-06-20	Id2 levels determine the development of effector vs. exhausted tissue-resident memory CD8+ T cells during CNS chronic infection 2025-Jun-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115861 PMID:40531616	research paper	本研究探讨了转录调节因子Id2在慢性中枢神经系统感染期间对CD8+组织驻留记忆T细胞（Trms）效应与耗竭表型的影响	揭示了Id2水平在决定CD8+ Trms功能状态中的关键作用，并展示了Id2过表达如何抑制T细胞耗竭	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究慢性中枢神经系统感染期间CD8+ Trms异质性的分子机制	小鼠脑部CD8 T细胞	免疫学	慢性感染	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
910	2025-06-20	Multi-omics reveals the polyethylene terephthalate carcinogenicity: Cancer progression and immune microenvironment 2025-Jun-17, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118522 PMID:40532600	研究论文	该研究通过多组学方法揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯（PET）的致癌机制及其对癌症进展和免疫微环境的影响	整合网络毒理学、机器学习、分子对接模拟、单细胞RNA测序和空间转录组学等多种技术，首次系统性地研究了PET的致癌机制	研究主要基于计算模拟和体外实验，缺乏体内实验验证	探究PET的致癌机制及其在肿瘤发生发展中的作用	聚乙烯对苯二甲酸酯（PET）及其与癌症相关的分子靶点	分子毒理学与癌症生物学	癌症	网络毒理学、机器学习、分子对接模拟、单细胞RNA测序、空间转录组学	机器学习算法	多组学数据	涉及22个核心基因的泛癌表达谱分析
911	2025-06-20	Single-Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma In Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2025-Jun-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3023 PMID:40101158	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）的基因表达，揭示了其与浸润性乳腺癌（IBC）之间的复杂基因型-表型关系	首次在单细胞水平上分析了DCIS的基因表达和克隆异质性，并揭示了基底膜完整性丧失在癌症浸润过程中的关键作用	研究样本量有限，且主要关注雌激素受体状态的影响	探究DCIS向IBC转变的分子机制	导管原位癌（DCIS）病变组织和匹配的正常乳腺组织	癌症基因组学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但包含DCIS病变和正常组织的临床标本
912	2025-06-20	A multi-type programmed cell death gene signature predicts survival and reveals therapeutic targets in osteosarcoma 2025-Jun-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02944-y PMID:40522389	research paper	该研究通过整合多种程序性细胞死亡相关基因，构建了一个预测骨肉瘤生存和治疗靶点的基因特征模型	首次整合18种程序性细胞死亡相关基因构建骨肉瘤预后模型，并揭示了关键基因和通路	研究基于回顾性数据，需要前瞻性研究验证模型的临床适用性	开发骨肉瘤预后预测模型并识别潜在治疗靶点	骨肉瘤患者及其相关基因表达数据	digital pathology	osteosarcoma	转录组数据分析，单细胞RNA-seq	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TARGET数据库的骨肉瘤患者数据
913	2025-06-20	Whole genome sequencing and single-cell transcriptomics identify KMT2D inactivation as a potential new driver for pituitary tumors: a case report 2025-Jun-16, BJC reports DOI:10.1038/s44276-025-00155-0 PMID:40523964	研究论文	通过全基因组测序和单细胞转录组学技术，发现KMT2D失活可能是垂体肿瘤的新驱动因素	首次发现组蛋白甲基转移酶KMT2D可能是垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的新驱动基因，并揭示了该肿瘤与转移性癌症共享的驱动因素和表观遗传改变	仅基于一个病例报告，样本量较小，需要更大规模的研究验证	探索垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的新驱动基因和分子特征	一名50多岁的混合型生长激素-泌乳素细胞瘤患者	基因组学	垂体肿瘤	全基因组测序（WGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全基因组DNA甲基化分析	NA	基因组数据、转录组数据、甲基化数据	1例患者（混合型生长激素-泌乳素细胞瘤）
914	2025-06-20	Integrative analysis of bulk and single-cell gene expression profiles to identify bone marrow mesenchymal cell heterogeneity and prognostic significance in multiple myeloma 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06637-6 PMID:40524208	研究论文	通过整合大量和单细胞基因表达谱，识别骨髓间充质细胞的异质性及其在多发性骨髓瘤中的预后意义	发现了一种独特的HMGhMSC亚克隆，并构建了基于该亚群的预后模型	NA	研究多发性骨髓瘤中骨髓间充质干细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	健康供体和多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（10X）、批量转录组数据分析、Seurat、SCENIC、CellChat、COX和LASSO回归	预后模型	基因表达数据	GSE4581和GSE136337数据集作为训练集和验证集
915	2025-06-20	Prognostic analysis of bladder cancer with neddylation-related genes 2025-Jun-16, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00463-y PMID:40524221	research paper	本研究探讨了neddylation修饰在膀胱癌（BLCA）进展中的作用及其预后意义	通过WGCNA、LASSO和Cox回归分析，识别出6个与neddylation相关的关键基因（CUL1、PUM2、UBE2D3、HIF3A、COPS2和DDB1），并构建了具有良好诊断效率的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的数据，未进行大规模独立队列验证	探索neddylation在膀胱癌进展中的作用及其预后意义	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析、RT-qPCR、单细胞测序	预后模型	基因表达数据	TCGA数据库中的膀胱癌患者数据及临床样本
916	2025-06-20	Pollutant Distribution in Vertebrates Across Scales: Organs, Cells, and Organelles 2025-Jun-16, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126680 PMID:40532810	综述	本文系统回顾了脊椎动物中环境污染物在器官、细胞和亚细胞水平的多尺度分布研究进展	强调了污染物生物转化带来的不确定性，并比较了纳米材料与传统污染物在分布特性上的差异	大多数研究集中在血液、肠道、肝脏和鳃/肺中污染物的细胞分布，亚细胞水平的研究较为有限	通过连接宏观积累与微观毒性机制，推进环境健康风险评估和靶向干预	脊椎动物中的环境污染物	环境健康	NA	单细胞测序等高分率技术	NA	NA	NA
917	2025-06-20	Spatial transcriptomics of Hirschsprung disease resection margins marks differential gene expression in myenteric plexus 2025-Jun-16, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012 PMID:40532828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
918	2025-06-20	Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development 2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501392122 PMID:40460128	研究论文	利用单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成能力的细胞亚型及其空间分布	通过单分子荧光原位杂交和单细胞RNA测序技术，首次揭示了胎儿Leydig细胞在类固醇生成中的异质性和空间分布变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的验证	探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素产生的贡献	小鼠胎儿睾丸中的Leydig细胞及其他间质细胞	发育生物学	NA	sm-FISH, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 空间分布数据	从小鼠胚胎期13天到围产期的睾丸样本
919	2025-06-20	Exploring the role of LFNG in hepatoblastoma using multiomics and raise a query in proof link 2025-Jun-09, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149604 PMID:40499700	研究论文	本研究通过多组学分析探讨LFNG在肝母细胞瘤中的作用，并验证其对肿瘤免疫微环境的影响	首次结合单细胞转录组数据揭示LFNG作为细胞间通讯靶点促进肝母细胞瘤发展的机制	研究仅基于两个数据集和HUH6细胞系，样本来源有限	鉴定肝母细胞瘤中异常表达的基因并探索影响肿瘤免疫微环境的细胞间通讯靶点	肝母细胞瘤组织及HUH6细胞系	肿瘤基因组学	肝母细胞瘤	多组学分析（包括GO/KEGG富集分析、PPI网络构建、单细胞转录组分析）	NA	基因表达数据（来自GSE133039和GSE180664数据集）	两个肝母细胞瘤数据集（具体样本量未明确说明）+ HUH6细胞系
920	2025-06-20	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	研究论文	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，解决了传统方法在配对scRNA-seq数据分析中的高假阳性率和假阴性率问题	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	元分析方法	单细胞RNA测序数据	使用了真实和合成数据集（具体数量未提及）