单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-05-31	Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619653 PMID:39463935	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体Candida auris的特异性抗真菌免疫反应以及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面解析了Candida auris皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了该病原体通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明宿主免疫因素如何调控Candida auris在皮肤组织的定植和持久性	Candida auris感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
902	2025-05-31	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究多发性硬化症(MS)患者脑脊液和血液中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	首次全面分析了MS患者中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性，并识别出识别EB病毒抗原和多个新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型	样本量相对较小，且仅包括未接受治疗的MS患者	探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性及其在疾病中的作用	多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据	一组未接受治疗的多发性硬化症患者和对照参与者
903	2025-05-31	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究人类胰岛细胞在24小时内对葡萄糖暴露的基因表达变化	首次在单细胞分辨率下全面描述人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定出与2型糖尿病相关的候选效应基因	仅使用两名捐赠者的胰岛细胞样本，样本量较小	探索高血糖条件下人类胰岛细胞基因表达的变化及其与2型糖尿病发病机制的关系	人类胰岛细胞（α细胞、β细胞、γ细胞、δ细胞、导管细胞和腺泡细胞）	单细胞转录组学	2型糖尿病	scRNA-seq, CRISPR干扰	离散时间和连续时间模型	单细胞RNA测序数据	两名捐赠者的胰岛细胞
904	2025-05-31	OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301758 PMID:38967205	研究论文	介绍了一个名为OrganogenesisDB的综合性数据库，用于探索器官发生过程中的细胞类型识别和基因表达动态	开发了一个包含超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据的数据库，并手动整理了3324个细胞标记物，覆盖1120种细胞类型	NA	为解密细胞谱系确定和揭示器官发生机制提供关键资源和有用工具	人类和小鼠的器官发生过程中的细胞类型和基因表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过140万个细胞，来自49个已发表的数据集
905	2025-05-31	Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301801 PMID:38958078	研究论文	开发了一种名为snRandom-seq的高通量单核总RNA测序平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本，以探索其分子多样性和肿瘤进化	开发了自动化snRandom-seq平台，优化用于FFPE样本的单核RNA测序，能够处理多种样本类型，并识别了丰富的非编码RNA和复发相关靶点	当前的单细胞RNA测序平台在大规模临床应用方面存在不足	探索胶质瘤的分子多样性和进化过程，以促进新治疗方法的开发	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本	数字病理学	胶质瘤	单核总RNA测序（snRandom-seq）	NA	RNA测序数据	17个FFPE样本中的116,492个单核
906	2025-05-31	Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease 2024-10, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6339 PMID:39177649	研究论文	通过单细胞转录组学和配体-受体分析，研究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常	揭示了WT1肾病早期阶段肾小球血管生成信号异常的新机制，并发现肾上腺髓质素作为一种促血管生成因子在早期损伤中的上调	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常的分子机制	WT1基因突变小鼠模型和人类WT1肾小球病变活检样本	单细胞转录组学	肾病	scRNA-seq, 配体-受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	WT1基因突变小鼠模型和人类活检样本
907	2025-05-31	Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70043 PMID:39440457	research paper	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究经典半乳糖血症（CG）患儿卵巢组织中基因表达和信号通路的动态变化，以揭示早发性卵巢功能不全（POI）的分子机制	首次创建了CG患儿卵巢组织的单核转录组图谱和空间景观，揭示了内质网应激、氧化应激及DNA损伤反应相关基因的激活，以及PTEN/PI3K/AKT信号通路的失调	研究样本量较小，且仅针对青春期前女孩的卵巢组织，可能无法完全代表所有CG患者的卵巢病理变化	探究经典半乳糖血症患儿卵巢功能早衰的分子机制	青春期前经典半乳糖血症患儿的卵巢组织	digital pathology	classic galactosemia	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	卵巢组织活检样本（具体数量未明确说明）
908	2025-05-31	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613484 PMID:39345600	研究论文	该研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，揭示了心包在斑马鱼心脏形成过程中的独立起源和发育机制	首次明确了心包起源于侧板中胚层中的特定前部间皮祖细胞，而非经典心区，并发现心包形成与心脏管形成是两个独立过程	主要研究在斑马鱼模型中进行，虽发现基因表达特征在哺乳动物中保守，但需进一步验证人类发育中的适用性	探究心包的发育起源及其在心脏形态发生中的作用	斑马鱼胚胎心脏发育过程	发育生物学	小儿扩张型心肌病	活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、光片显微镜、原子力显微镜	机器学习辅助细胞追踪	图像数据、转录组数据	斑马鱼胚胎模型及新生大鼠模型
909	2025-05-31	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	research paper	该研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的耗竭表型及其与SPP1+巨噬细胞的相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者数据，可能不完全适用于人类	研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其在肿瘤转移中的作用	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤	免疫学	肝癌和结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX蛋白质组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据	小鼠肿瘤模型和患者样本
910	2025-05-31	Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche 2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612751 PMID:39314376	研究论文	本文研究了炎症如何通过重塑骨髓微环境的特定区域来影响造血过程	通过结合scRNA-seq分析和流式细胞术分离，首次系统地验证了骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的存在，并揭示了炎症对不同区域的特定影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证	探究骨髓微环境空间区室化在炎症和肿瘤反应中的重要性	造血干细胞和祖细胞(HSPC)与骨髓基质细胞的相互作用	细胞生物学	造血系统疾病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	多个小鼠品系
911	2025-05-31	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.056 PMID:39142287	research paper	该研究探讨了光和 dopamine 如何影响果蝇的两个昼夜节律神经元以促进早晨清醒	揭示了 dopamine 受体 Dop1R1 在早晨清醒中的关键作用，并发现光依赖性上调早晨 Dop1R1 转录水平	研究仅基于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探究光和 dopamine 如何调控果蝇的早晨清醒行为	果蝇的两个 lateral neurons (LNs)	神经科学	NA	CRISPR-Cas9 mutagenesis, live imaging	NA	mRNA levels, cAMP responses	果蝇的两个 ITP LNs 神经元
912	2025-05-31	Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling 2024-Sep-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015 PMID:39047740	research paper	通过单细胞RNA测序分析小鼠胚胎休眠状态，揭示了胚胎滞育的分子机制和转录动态	首次在单细胞分辨率下定义了胚胎滞育的分子特征，并发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并通过Yap/Taz介导的生存信号维持其活力	研究仅基于小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物物种	探究胚胎滞育的分子机制和转录动态	小鼠胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
913	2025-05-31	A conserved cell-type gradient across the human mediodorsal and paraventricular thalamus 2024-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.03.611112 PMID:39282422	研究论文	利用单核和空间转录组学技术，研究人类内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其与精神疾病的遗传风险关联	发现了一个保守的兴奋性神经元梯度，并揭示了其在人类和小鼠中的差异，以及与精神分裂症和双相情感障碍遗传风险的关联	研究主要聚焦于内侧背侧丘脑和旁室丘脑，可能未涵盖其他相关脑区	探究内侧背侧丘脑和旁室丘脑的细胞组成及其在认知和精神疾病中的作用	人类和小鼠的内侧背侧丘脑和旁室丘脑	神经科学	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症	单核转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及人类和小鼠的脑组织
914	2025-05-31	Bin2cell reconstructs cells from high resolution Visium HD data 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae546 PMID:39250728	research paper	Bin2cell是一种从高分辨率Visium HD数据中重建细胞的方法	Bin2cell通过结合形态学图像分割和基因表达信息，首次实现了从2微米分辨率的数据中重建细胞	未提及具体局限性	开发一种从Visium HD数据中高效重建细胞的方法	小鼠脑组织和人类结直肠癌数据	空间转录组学	结直肠癌	Visium HD	NA	转录组数据和形态学图像	未明确提及样本数量
915	2025-05-31	Proteomic signatures improve risk prediction for common and rare diseases 2024-Sep, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03142-z PMID:39039249	research paper	该研究通过整合约3000种血浆蛋白的测量数据与临床信息，开发了稀疏预测模型，用于预测218种常见和罕见疾病的10年发病率	研究发现，仅包含5至20种蛋白质的稀疏模型在预测性能上优于仅基于基本临床信息的模型，甚至优于结合临床检测数据的模型	研究样本主要来自英国生物银行，可能限制了结果的普遍性	提高对常见和罕见疾病发病风险的预测准确性	41,931名来自英国生物银行药物蛋白质组学项目的个体	生物医学	多种常见和罕见疾病	血浆蛋白质组学测量、单细胞RNA测序	稀疏预测模型	蛋白质组数据、临床数据	41,931名个体，涉及81-6,038个病例
916	2025-05-31	Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07797-z PMID:39112713	research paper	该研究探讨了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤起始的影响，揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型	开发了致癌RAS剂量递增模型，揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并鉴定了两种不同的肿瘤类型	研究主要基于肝细胞模型，可能不适用于其他细胞类型或癌症类型	探究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤起始的影响	肝细胞和肝癌	肿瘤生物学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
917	2025-05-31	Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling 2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610447 PMID:39257811	research paper	研究慢性社交挫败压力通过I型干扰素信号传导诱导脑膜中性粒细胞增多的机制	首次发现慢性压力通过I型干扰素信号传导导致脑膜中性粒细胞增多，并揭示了其在压力相关行为症状中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究慢性压力如何通过免疫机制影响行为症状	小鼠模型中的脑膜免疫反应	免疫学	压力相关疾病	流式细胞术、免疫组织化学、全组织透明化、单细胞测序	小鼠慢性社交挫败(CSD)模型	细胞计数数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
918	2025-05-31	Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception 2024-08-30, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.ado6593 PMID:39208104	研究论文	通过单细胞转录组学和对吗啡响应神经元的操控，研究揭示了调控小鼠机械性伤害感受的神经元群体及其作用机制	发现了一个特定的RVM-脊髓回路，该回路通过BDNF/TrkB依赖机制和抑制性脊髓galanin阳性神经元的激活来调节机械性伤害感受，从而赋予吗啡抗伤害感受的特性	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索阿片类药物镇痛作用的神经解剖学基础	小鼠的rostral ventromedial medulla (RVM)神经元	神经科学	疼痛管理	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
919	2025-05-31	Type I Interferonopathy among Non-Elderly Female Patients with Post-Acute Sequelae of COVID-19 2024-08-28, Viruses DOI:10.3390/v16091369 PMID:39339845	研究论文	本研究探讨了非老年女性COVID-19后急性后遗症(PASC)患者中I型干扰素病的免疫机制	发现了一种与不受控的IFN-I信号激活相关的CD14STAT2单核细胞亚群，揭示了非老年女性PASC患者中可能的I型干扰素病	研究样本来自公开数据库，可能缺乏临床验证	探索非老年女性PASC患者的免疫机制	非老年女性PASC患者、急性SARS-CoV-2感染患者及健康对照	免疫学	COVID-19后遗症	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的样本(具体数量未明确说明)
920	2025-05-31	A single-cell atlas of the miracidium larva of Schistosoma mansoni reveals cell types, developmental pathways, and tissue architecture 2024-Aug-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95628 PMID:39190022	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了曼氏血吸虫毛蚴幼虫阶段的全身体细胞图谱，揭示了其细胞类型、发育途径和组织结构	首次在单细胞水平上解析了曼氏血吸虫毛蚴幼虫的细胞组成，发现了两类具有性别偏好的干细胞群及其发育轨迹	研究仅聚焦于毛蚴幼虫阶段，未涵盖寄生虫完整生命周期	在细胞和分子水平上理解曼氏血吸虫毛蚴幼虫的生物学特性	曼氏血吸虫毛蚴幼虫阶段的约365个细胞	单细胞生物学	血吸虫病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交	NA	单细胞转录组数据	约365个单细胞