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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 901 - 920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2025-10-05 |
HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics
2025-Sep-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251377097
PMID:40982255
|
研究论文 | 提出一种用于空间转录组数据降维的双曲流形深度学习方法 | 首次将双曲几何空间与扩散过程结合用于空间转录组数据表示，通过Minkowski空间中的线性混合有效整合空间扩散信息 | 仅验证了聚类性能，未全面评估在其他下游任务（如细胞类型注释、空间域识别）的表现 | 解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构的表示学习问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 变分自编码器, 图卷积网络 | 空间基因表达数据 | 多个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 902 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy
2025-Sep-19, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00306-2
PMID:40971094
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞活化可作为免疫治疗疗效预测标志物 | 首次系统揭示CD8Teff细胞在三阴性乳腺癌免疫治疗中的预测价值，并发现CXCL13作为关键调节因子 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索三阴性乳腺癌免疫治疗的疗效预测生物标志物 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 人工智能模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 903 | 2025-10-05 |
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Sep-19, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537
PMID:40976482
|
研究论文 | 本研究提出了一个考虑细胞间通讯的Waddington景观动态模型 | 将细胞间通讯整合到Waddington景观模型中，通过偏微分方程和常微分方程耦合系统描述细胞状态密度和配体浓度 | 模型验证主要基于单细胞转录组数据，需要更多实验数据进一步验证 | 开发能够准确描述生物发育过程的数学模型 | 细胞成熟和发育过程 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | 偏微分方程和常微分方程耦合系统 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 904 | 2025-10-05 |
Mechanistic insights into iguratimod action in asthma-COPD overlap through multi-omics and in-silico modelling
2025-Sep-18, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152673
PMID:40976228
|
研究论文 | 通过多组学和计算机模拟研究艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的作用机制 | 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合分子对接和分子动力学模拟揭示艾拉莫德在ACO中的多靶点作用机制 | 研究基于生物信息学分析和计算机模拟，缺乏实验验证 | 阐明艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的治疗机制 | 哮喘-慢阻肺重叠综合征相关基因和艾拉莫德药物分子 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | PPI网络分析,分子对接模型,分子动力学模型 | 基因表达数据,蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 905 | 2025-10-05 |
Multi-omics Approaches to CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta in Oral Squamous Cell Carcinoma: Crosstalk Between Tumor Cells and Tumor-Associated Macrophages Driving Disease Progression
2025-Sep-18, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示CEBPB通过激活GAS6转录促进口腔鳞癌转移的分子机制 | 首次发现CEBPB通过调控GAS6增强子活性介导肿瘤细胞与巨噬细胞相互作用 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证仍需进一步扩展 | 探究CEBPB在口腔鳞癌中调控肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的表观遗传机制 | 口腔鳞癌细胞与肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq, ChIP-qPCR, ELISA, Transwell实验 | HOMER算法, Seurat分析 | 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 906 | 2025-10-05 |
Unraveling the Role of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from the Crosstalk between Immunometabolism and Ferroptosis
2025-Sep-18, Current neuropharmacology
IF:4.8Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了血管周巨噬细胞在阿尔茨海默病中通过免疫代谢与铁死亡相互作用发挥保护作用的分子机制 | 首次在血管周巨噬细胞中鉴定出8个与阿尔茨海默病风险呈负相关的关键基因，并揭示了这些基因通过免疫代谢与铁死亡相互作用的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认分子机制 | 探讨血管周巨噬细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用，特别关注免疫代谢与铁死亡的相互作用 | 阿尔茨海默病患者和对照组的血管周巨噬细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 差异表达基因分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的AD患者和对照组样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 907 | 2025-10-05 |
SOX2 commands LIM homeobox transcription factors in choroid plexus development and tumorigenesis
2025-Sep-17, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf085
PMID:40128799
|
研究论文 | 本研究探讨转录因子SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的作用机制 | 首次揭示SOX2通过调控LIM同源盒转录因子LMX1A和LMX1B维持脉络丛肿瘤祖细胞身份的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明SOX2在脉络丛发育和肿瘤发生中的分子机制 | 脉络丛肿瘤、小鼠模型、人类肿瘤样本 | 发育生物学、肿瘤生物学 | 脑肿瘤、脉络丛肿瘤 | 单细胞转录组学、表观遗传学、空间转录组学、多组学整合分析 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、表观遗传数据、空间转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 908 | 2025-10-05 |
Sphingolipid metabolism patterns reveal distinct prognostic and immune landscapes in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Sep-15, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156233
PMID:40976120
|
研究论文 | 本研究首次建立了基于鞘脂代谢的五基因标志物，用于预测头颈鳞状细胞癌的预后和免疫反应 | 首次在头颈鳞状细胞癌中建立基于鞘脂代谢的五基因预后标志物，并揭示其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系 | 研究主要基于公共数据库数据，需要更多前瞻性临床研究验证 | 开发基于鞘脂代谢的头颈鳞状细胞癌预后预测模型并探索其免疫学意义 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 转录组分析，单细胞RNA测序，Lasso回归，WGCNA分析，qRT-PCR，免疫组化 | Lasso回归模型，WGCNA | 转录组数据，临床数据，单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库中的头颈鳞状细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 909 | 2025-10-05 |
Chondrolectin regulates the sublaminar localization and regenerative function of muscle satellite cells in mice
2025-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675211
PMID:40964242
|
研究论文 | 本研究鉴定软骨凝集素(CHODL)是调控肌肉卫星细胞定位和再生功能的关键因子 | 首次发现CHODL通过调控细胞外基质相互作用和Notch信号通路维持卫星细胞在基底膜下的正确定位 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的功能需要进一步验证 | 探究软骨凝集素在肌肉卫星细胞生物学功能中的调控作用 | 小鼠骨骼肌卫星细胞 | 细胞生物学 | 肌肉疾病 | 单细胞RNA测序, 条件性基因敲除 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像 | 年轻和老年小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 910 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序研究秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的分子机制 | 构建了Q神经母细胞谱系的稳健转录组分化图谱，发现了这些细胞中先前未描述的新基因，并揭示了Wnt相关新机制包括左右不对称表达和Wnt/β- catenin不对称通路在Q谱系中的参与 | NA | 研究神经母细胞迁移和分化的分子机制 | 秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，FACS，功能富集分析，成像 | NA | 单细胞转录组数据 | 发育不同阶段的Q谱系细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 911 | 2025-10-05 |
Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452
PMID:40118056
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研究论文 | 本研究通过整合六个已发表的单细胞RNA测序数据集，分析了脑室下区神经干细胞的异质性及其标记物选择对细胞状态识别的影响 | 首次系统比较不同神经干细胞标记物方法对细胞状态选择的偏好性，并提供了优化富集特定神经干细胞状态的框架 | 研究仅基于已发表的六个数据集，未进行新的实验验证 | 评估不同神经干细胞标记物方法是否对特定细胞状态具有选择性偏好 | 成年小鼠脑室下区的神经干细胞 | 单细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 六个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 912 | 2025-10-05 |
Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606
PMID:40845852
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研究论文 | 通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物及其与人类神经系统疾病的关联 | 开发计算数字分选算法解析复杂基因表达数据，首次系统识别129个小鼠NPC富集基因并验证其人类同源基因与神经系统疾病的关联 | 基于小鼠模型数据推导人类疾病关联，需要进一步实验验证功能机制 | 识别定义神经祖细胞的特定基因并探索其与人类神经系统疾病的关联 | 小鼠神经干细胞和祖细胞（NPCs）及其人类同源基因 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），计算数字分选算法（DSA） | 模式识别算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 913 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611
PMID:40882639
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和表面蛋白组分析揭示了成人视网膜色素上皮细胞的异质性 | 首次使用CITE-seq技术同时分析成人视网膜色素上皮细胞的转录组和表面蛋白组，发现了具有独特空间分布和功能特征的RPE亚群 | NA | 探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的影响 | 成人视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 年龄相关性黄斑变性 | CITE-seq, 免疫组织化学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表面蛋白数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 914 | 2025-10-05 |
Gene-Expression Programs in Salivary Gland Adenoid Cystic Carcinoma Analyzed Using Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.01.673548
PMID:40950184
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学分析唾液腺腺样囊性癌的基因表达程序 | 首次对唾液腺腺样囊性癌进行空间转录组学分析，结合单细胞测序揭示肿瘤异质性和空间表型特征 | 样本量相对有限（单细胞样本n=4，空间样本n=5），需要更大队列验证发现 | 解析SGACC的肿瘤异质性、分子特征和微环境相互作用 | 唾液腺腺样囊性癌患者组织样本 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 单细胞样本4例, 空间转录组样本5例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组平台，2μm平方高分辨率 |
| 915 | 2025-10-05 |
Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.31.673173
PMID:40949951
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研究论文 | 本研究通过建立新的生殖干细胞分离和谱系追踪方法，揭示了原索动物生殖干细胞衰老的分子机制 | 开发了结合膜标记生殖干细胞移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用新的PacBio基因组组装提高了分析精度 | 研究仅限于原索动物模型，在哺乳动物中的直接适用性需要进一步验证 | 探究衰老对生殖干细胞适应度的影响及其在生殖衰老中的作用机制 | 原索动物的生殖干细胞、发育中配子和成熟配子 | 发育生物学 | 生殖衰老 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、PacBio长读长测序、谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据、基因组数据 | 年轻和年老生殖干细胞样本 | PacBio | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | PacBio测序平台 | PacBio长读长基因组测序技术 |
| 916 | 2025-10-05 |
Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02793-1
PMID:40903640
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研究论文 | 开发了T-CellAnnoTator (TCAT)流程，通过同时量化预定义的基因表达程序来改进T细胞表征 | 引入TCAT流程，能够同时量化捕获T细胞激活状态和细胞亚群的预定义基因表达程序，识别出46个可重复的GEPs | NA | 改进T细胞表征，识别T细胞亚群、激活状态和功能背后的基因表达程序 | T细胞 | 单细胞分析 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自700个个体的1,700,000个T细胞，涵盖38个组织和五种疾病背景 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 917 | 2025-10-05 |
scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487
PMID:40905625
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研究论文 | 开发了一个用于Oxford Nanopore单细胞RNA测序数据的标准化分析流程 | 首个基于nf-core框架的Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序分析流程，无需短读长数据辅助即可准确识别细胞条形码和分子标识符 | 未提及具体性能评估数据和应用案例验证 | 解决长读长单细胞RNA测序数据分析中缺乏模块化、可移植工作流程的问题 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | Oxford Nanopore测序平台 | Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序 |
| 918 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study
2025-Sep, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70571
PMID:40969146
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析人类眼睑描绘睑板腺细胞分化过程 | 首次提供人类睑板腺转录组空间图谱，识别了睑板腺特异性标志物 | 样本量有限，仅为初步研究 | 表征睑板腺分泌产物的转录程序 | 人类眼睑组织 | 空间转录组学 | 眼科疾病 | 空间转录组学，免疫组织化学 | 自组织映射(SOM)，伪时间分析 | 空间转录组数据，图像数据 | 1例60岁男性样本，另加3例老年人验证样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 919 | 2025-10-05 |
scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483
PMID:40889281
|
研究论文 | 提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，能够将染色质可及性峰和表达基因共同投影到共享低维空间 | 通过整合峰-峰、峰-基因和基因-基因相互作用关系，在嵌入空间中为相关的峰-基因对分配更接近的表示 | NA | 识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，理解基因调控和疾病机制 | 染色质可及性峰和表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 嵌入方法 | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞多组学平台 |
| 920 | 2025-10-05 |
scafari: exploring scDNA-seq data
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477
PMID:40891892
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研究论文 | 开发了一个名为scafari的R包，用于单细胞DNA测序数据的质量控制和探索性分析 | 提供了首个针对单细胞DNA测序数据的开源、用户友好的数据处理和质量分析工具 | NA | 解决单细胞DNA测序数据缺乏易用分析工具的问题 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Mission Bio | 单细胞DNA测序 | Tapestri | Tapestri单细胞DNA测序平台 |