单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28534 篇文献，本页显示第 901 - 920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2025-05-29 |
Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170
PMID:39255084
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研究论文 | 提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播 | NA | 更好地分析高维度、高稀疏性的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络 | 基因表达数据 | 24个模拟数据集和8个真实数据集 |
| 902 | 2025-05-28 |
Synergistic effects of mTOR inhibitors with VEGFR3 inhibitors on the interaction between TSC2-mutated cells and lymphatic endothelial cells
2025-Jun, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2760-4
PMID:39862344
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research paper | 本研究探讨了mTOR抑制剂与VEGFR3抑制剂对TSC2突变细胞与淋巴管内皮细胞之间相互作用的协同效应 | 发现雷帕霉素与VEGFR3抑制剂的联合使用不仅增强了雷帕霉素的效果，还抑制了淋巴管相关表现，为LAM及其他TSC2突变疾病的治疗提供了新策略 | 研究仅通过体外实验和小鼠异种移植模型验证，尚未进行临床试验 | 探索LAM细胞与淋巴管内皮细胞的相互作用及雷帕霉素对此的影响，以寻找LAM治疗的新靶点 | TSC2缺失细胞与淋巴管内皮细胞（LECs） | 肿瘤学 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM） | 单细胞测序、异种移植模型 | NA | 细胞培养数据、测序数据 | NA |
| 903 | 2025-05-28 |
Mechanistic insights into Hippo-YAP pathway activation for enhanced DFU healing
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024
PMID:40261295
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调节巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用 | 揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有前景的靶点 | NA | 探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在糖尿病足溃疡愈合中的作用机制 | 巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的作用 | 生物医学研究 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 904 | 2025-05-28 |
Pathway Enrichment-Based Unsupervised Learning Identifies Novel Subtypes of Cancer-Associated Fibroblasts in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00705-7
PMID:40272703
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研究论文 | 提出了一种基于通路富集的无监督学习方法scPathClus，用于识别胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞的新亚型 | 开发了scPathClus方法，通过通路富集矩阵和潜在特征矩阵克服单细胞RNA测序数据中基因表达丢失的问题，并发现了两种新的CAF亚型 | 方法的应用仅限于胰腺导管腺癌的scRNA-seq数据，未在其他癌症类型中验证 | 开发一种新的单细胞聚类方法，以更准确地识别癌症相关成纤维细胞的亚型 | 胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 生物信息学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, 空间转录组分析, 伪时间分析 | 无监督学习, 社区检测 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了多个PDAC scRNA-seq数据集 |
| 905 | 2025-05-28 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals alterations to cellular dynamics and paracrine signaling in radiation-induced muscle pathology
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00115.2025
PMID:40316295
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了辐射诱导肌肉病理中的细胞动态变化和旁分泌信号改变 | 首次使用scRNA-seq技术描述了辐射暴露后骨骼肌微环境中的转录变化，揭示了FAPs的纤维化和衰老转录组特征 | 研究仅基于小鼠模型，未在人体中进行验证 | 探究辐射治疗引起的骨骼肌萎缩和纤维化的潜在机制 | 小鼠辐射模型中的肌肉干细胞和纤维脂肪祖细胞 | 单细胞转录组学 | 肌肉萎缩和纤维化 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 辐射后24小时和56天的小鼠肌肉组织样本 |
| 906 | 2025-05-28 |
Stromal heterogeneity in the adult lung delineated by single-cell genomics
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00285.2025
PMID:40353369
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review | 本文综述了通过单细胞RNA测序研究揭示的肺基质细胞异质性，并强调了各细胞群的功能特性和位置 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肺基质细胞的异质性及其在空间分布上的独特性 | NA | 探讨肺基质细胞的异质性及其功能特性 | 肺基质细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 907 | 2025-05-28 |
Super-resolution imaging informed scRNA sequencing analysis reveals the critical role of GDF15 in rejuvenating aged hematopoietic stem cells
2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000236
PMID:40416726
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研究论文 | 本文通过超分辨率成像和单细胞RNA测序分析，揭示了GDF15在衰老造血干细胞再生中的关键作用 | 结合超分辨率显微镜和单细胞RNA测序技术，首次揭示了GDF15在调节线粒体信号和形态以影响造血干细胞命运中的新作用 | 研究样本量相对较小，仅涉及约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞 | 探索造血干细胞衰老过程中线粒体形态变化的分子和细胞机制 | 年轻和年老小鼠的造血干细胞 | 数字病理学 | 老年病 | 超分辨率显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列数据 | 约200个年轻和年老小鼠的造血干细胞 |
| 908 | 2025-05-28 |
Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions
2025-May-26, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00964-9
PMID:40419763
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术，分析了11例ETMR患者的样本，揭示了ETMR的细胞层次结构和致癌机制 | 揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干细胞性和谱系承诺的转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为致癌通路的新靶点 | 样本量较小（11例ETMR患者样本），可能影响结果的普遍性 | 研究ETMR的细胞层次结构和致癌机制，为更有效的靶向治疗提供理论基础 | ETMR（多层玫瑰花结胚胎性肿瘤）患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 儿科脑肿瘤 | 单细胞转录组学、多重空间成像 | NA | 转录组数据、图像数据 | 11例ETMR患者样本 |
| 909 | 2025-05-28 |
Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy
2025-May-26, The British journal of radiology
DOI:10.1093/bjr/tqaf114
PMID:40419861
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review | 本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响 | 提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益 | 需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制 | 研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响 | 内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织 | 肿瘤学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 动物模型和人类患者样本 |
| 910 | 2025-05-28 |
An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation
2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf022
PMID:39908237
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research paper | 该研究开发了一种可诱导的小鼠模型，用于探索由IFITM5基因c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的致病机制 | 开发了一种可诱导的小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并利用单细胞RNA测序技术揭示了SOX9异常表达和骨生成、软骨生成及脂肪生成平衡失调的致病机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证 | 探究V型成骨不全症的分子机制 | 携带Ifitm5 c.-14C>T突变的小鼠模型 | 遗传疾病研究 | 成骨不全症 | 单细胞RNA测序 | 可诱导小鼠模型(Ifitm5flox c.-14C>T) | 基因表达数据 | 多种Cre重组酶诱导的突变小鼠模型(Prx1-Cre, Col1a1-Cre, Ocn-Cre) |
| 911 | 2025-05-28 |
Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer
2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04048-6
PMID:40411560
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌进展和免疫中的作用 | 使用SAHMI流程系统性地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上研究肿瘤-微生物相互作用 | NA | 探究肿瘤内微生物群在胃癌发生和进展中的作用 | 胃癌组织中的细胞群和幽门螺杆菌 | digital pathology | gastric cancer | single-cell RNA sequencing, fluorescence in situ hybridization, immunohistochemistry | NA | RNA sequencing data, image data | 一个大型胃癌队列中的多个肿瘤和正常样本 |
| 912 | 2025-05-28 |
Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02696-9
PMID:40411678
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和机器学习方法，揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性 | 首次将铜死亡与肝细胞癌的异质性和肿瘤微环境联系起来，并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图 | 研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证 | 提高肝细胞癌的预后预测和个性化治疗策略 | 肝细胞癌（HCC）细胞亚群 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，机器学习 | LASSO回归，多变量Cox回归 | RNA测序数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据 |
| 913 | 2025-05-28 |
Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02733-7
PMID:40411705
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研究论文 | 本研究通过多机器学习分析识别了胰腺癌中与核糖体生物合成相关的基因，构建了一个预后风险模型 | 首次结合机器学习算法和单细胞RNA测序分析，筛选出9个关键生物标志物，揭示了核糖体生物合成在胰腺癌进展和治疗抵抗中的关键作用 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证 | 探索胰腺癌中核糖体生物合成的分子机制，寻找新的生物标志物和治疗靶点 | 胰腺癌患者和相关的基因表达数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，机器学习算法 | Cox回归和多种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，以及GSE155698单细胞RNA测序数据集 |
| 914 | 2025-05-28 |
Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02662-5
PMID:40413344
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研究论文 | 本研究探讨了PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义、空间分布及免疫相关功能，旨在阐明其作为胶质瘤治疗预后标志物和治疗靶点的潜力 | 首次全面评估PTPN7在胶质瘤中的预后价值和免疫调节作用，并利用空间转录组学技术揭示其空间分布特征 | 研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证PTPN7的具体作用机制 | 探索PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和免疫调节因子的潜力 | IDH野生型星形细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本，70例免疫组化验证病例 |
| 915 | 2025-05-28 |
Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice
2025-May-24, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008
PMID:40419113
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研究论文 | 本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了老年个体中SARS-CoV-2感染后免疫细胞景观的变化及炎症反应过度激活的机制 | 首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis（凋亡细胞清除）功能受损与COVID-19严重程度的关系 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证 | 探究老年个体COVID-19病情加重的免疫学机制 | 老年小鼠的肺组织免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | 老年小鼠COVID-19模型 | 基因表达数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 916 | 2025-05-28 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension
2025-May-22, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173
PMID:40401371
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research paper | 该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用 | 首次发现FABP4/5在肺动脉高压中的关键作用，并阐明其通过调控内皮细胞糖酵解和动脉编程促进血管重塑的分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化仍需进一步验证 | 探究FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的作用 | 肺动脉内皮细胞、肺动脉高压患者样本和PH大鼠模型 | digital pathology | pulmonary hypertension | single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomic analysis, bulk RNA-seq | Egln1Tie2Cre (CKO) mice, Egln1Tie2Cre/Fabp4/5-/- (TKO) mice | RNA-seq data, histology images | 患者样本和PH大鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 917 | 2025-05-28 |
Cell simulation as cell segmentation
2025-May-22, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02697-0
PMID:40404994
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research paper | 该论文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性 | 采用ab initio细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞分割的形态学合理性和计算效率 | 仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，未涵盖所有可能的实验条件 | 提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性 | 单细胞空间转录组数据中的细胞边界 | digital pathology | renal cell carcinoma | spatial transcriptomics | probabilistic segmentation model (Proseg) | spatial transcriptomics data | 来自肾细胞癌患者的样本数据 |
| 918 | 2025-05-28 |
Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression
2025-May-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734
PMID:40408246
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研究论文 | 本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序技术，揭示了Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用 | 发现了Dclk1表达的两种细胞群在胰腺肿瘤进展中的对立作用，并揭示了一种保护性的tuft细胞-ILC2轴机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类胰腺肿瘤中的相关性需要进一步验证 | 阐明Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用机制 | Dclk1表达的细胞群及其在胰腺肿瘤微环境中的功能 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Dclk1报告小鼠模型 | 基因表达数据 | NA |
| 919 | 2025-05-28 |
Embryonic mast cells arise from the Cpa3-expressing precursors but not granulocyte-monocyte progenitors
2025-May-22, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2891-1
PMID:40419842
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序和新的遗传命运图谱模型，揭示了胚胎期皮肤肥大细胞的起源和发育路径 | 发现了表达Cpa3的前体细胞群在卵黄囊、胎儿肝脏和外周组织中的顺序出现，并证实它们是皮肤肥大细胞的来源，而非粒细胞-单核细胞前体 | 研究主要聚焦于胚胎期的发育过程，对成年期肥大细胞的维持和功能未做深入探讨 | 阐明胚胎期肥大细胞的起源和发育路径 | 胚胎期肥大细胞及其前体细胞 | 免疫学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序、遗传命运图谱模型 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎期组织（卵黄囊、胎儿肝脏等）及人类早期卵黄囊和胎儿肝脏样本 |
| 920 | 2025-05-28 |
Controlling Human Stem Cell-Derived Islet Composition Using Magnetic Sorting
2025-May-21, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.29030
PMID:40400171
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研究论文 | 本研究开发了一种磁性激活细胞分选方法，用于富集干细胞来源的胰岛中的CD49a标记细胞，以改善其治疗1型糖尿病的潜力 | 利用磁性激活细胞分选技术控制干细胞来源胰岛的细胞组成，显著提高了β细胞比例和功能 | 研究仅针对CD49a标记进行富集，未探索其他可能的细胞表面标记 | 改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能，以增强其治疗1型糖尿病的效果 | 人类多能干细胞来源的胰岛细胞 | 干细胞治疗 | 1型糖尿病 | 磁性激活细胞分选、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、免疫染色图像 | 未明确说明具体数量，使用了人类多能干细胞来源的胰岛细胞 |