单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-04-12	scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02627-0 PMID:40097811	研究论文	提出了一种结合单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络的方法，以解决单细胞数据分析中的挑战	采用基于图神经网络的双视图架构，联合表示基因表达和蛋白质-蛋白质相互作用网络数据，通过注意力机制优化细胞间关系	未提及具体的数据噪声和零膨胀问题的解决程度	提高单细胞RNA测序数据的分析能力，以更好地理解细胞异质性和生物通路变化	单细胞RNA测序数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用数据	NA
902	2025-04-12	Recursive Clustering of Cellular Diversity in scRNA-Seq Data 2025-Apr, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0625 PMID:40151847	research paper	该研究提出了一种递归聚类方法，用于在单细胞RNA测序数据中发现细胞类型的表型差异	通过递归执行特征提取和聚类，提高了细胞类型检测的准确性和分辨率	方法在特定粒度级别上的效果可能依赖于数据集和聚类参数的选择	改进单细胞RNA测序数据分析中的细胞聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	克罗恩病	scRNA-seq	递归聚类方法	基因表达数据	四个scRNA-seq数据集，包括克罗恩病患者的样本
903	2025-04-12	CD4+CD25- T-Cell-Secreted IFN-γ Promotes Corneal Nerve Degeneration in Diabetic Mice 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.15 PMID:40192636	研究论文	本研究探讨了糖尿病角膜病变中角膜神经退化与树突状细胞（DCs）增多之间的关系	发现CD4+CD25- T细胞通过分泌IFN-γ促进糖尿病小鼠角膜神经退化，而非DCs或CD8+ T细胞	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索糖尿病角膜病变中角膜神经退化的机制	糖尿病小鼠和健康小鼠的角膜组织、三叉神经节神经元	眼科疾病研究	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序、全角膜染色、体外共培养实验	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明具体数量，但涉及糖尿病和健康小鼠的角膜组织
904	2025-04-12	Single-Cell Profiling and Proteomics-Based Insights Into mTORC1-Mediated Angio+TAMs Polarization in Recurrent IDH-Mutant Gliomas 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70371 PMID:40202138	研究论文	本研究通过蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学和多维转录组学方法，探讨了mTORC1通路和肿瘤相关巨噬细胞在IDH突变胶质瘤复发和进展中的作用	首次结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了mTORC1介导的Angio+TAMs极化在IDH突变胶质瘤复发中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和数据库分析，需要进一步临床验证	阐明IDH突变胶质瘤复发和进展的分子机制	IDH突变胶质瘤及其微环境	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、空间转录组学	小鼠模型	组学数据、单细胞数据、空间转录数据	多个胶质瘤相关数据集（包括CGGA数据库）
905	2025-04-12	Bioinformatics Combined With Biological Experiments to Identify the Pathogenetic Link of Type 2 Diabetes for Breast Cancer 2025-Apr, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70759 PMID:40202151	研究论文	通过生物信息学与生物学实验结合，识别2型糖尿病与乳腺癌之间的致病关联	首次发现CCNB2、XRCC2和CENPI作为2型糖尿病与乳腺癌之间的关键致病介质	研究样本来源有限，未涵盖所有乳腺癌亚型	阐明2型糖尿病与乳腺癌共病的分子机制，以改善乳腺癌的诊断和治疗策略	2型糖尿病与乳腺癌的共病患者	生物信息学	乳腺癌	WGCNA、DEG分析、单细胞RNA测序、CCK-8、集落形成、伤口愈合、transwell实验、免疫组化、免疫荧光	机器学习	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA乳腺癌队列及GSE25724、GSE20966数据集
906	2025-04-12	Cell-Type-Specific mRNA N6-Methyladenosine Landscape and Regulatory Mechanisms Underlying Immune Dysregulation of Sleep-Deprived 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70046 PMID:40214141	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞转录组学数据集，揭示了睡眠剥夺患者外周血中m6A调节因子的景观和特定机制	首次阐明了m6A调节因子在睡眠剥夺导致的免疫失调中的细胞类型特异性调控机制，特别是ALKBH5在不同免疫细胞中的差异表达及其通过异常细胞间通讯介导获得性免疫失调的作用	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在细胞系中进行，需要更多体内实验验证	探究睡眠剥夺导致的免疫失调中m6A RNA修饰的调控机制	睡眠剥夺患者的外周血样本及SH-SY5Y和HT22细胞系	表观遗传学	睡眠障碍	RNA测序、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明数量的睡眠剥夺患者外周血样本
907	2025-04-12	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-Mar-24, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对5-FU的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径抑制自噬，逆转结直肠癌的5-FU耐药性	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏体内动物模型的验证	探索结直肠癌化疗耐药的新机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞和组织样本	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、临床样本数据	结直肠癌患者组织和耐药细胞系
908	2025-04-12	Prognostic and Immunotherapeutic Value of Regulatory T Cell Marker Gene Signature in Melanoma 2025-Mar-10, Iranian journal of allergy, asthma, and immunology DOI:10.18502/ijaai.v24i2.18150 PMID:40211502	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞（Tregs）相关基因（TRGs）在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用及其在预测免疫治疗反应中的预后意义	识别了一个与Treg相关的基因特征（TRGS），并证明其可作为黑色素瘤的独立预后指标，为Tregs在调节肿瘤微环境中的作用提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制	阐明TRGs在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用及其在预测免疫治疗反应中的预后意义	黑色素瘤患者	生物信息学	黑色素瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	预后模型	转录组数据	来自公共数据库的转录组和scRNA-seq数据
909	2025-04-12	Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea 2025-Mar-08, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties DOI:10.1159/000545134 PMID:40058359	research paper	研究CX3CL1-CX3CR1信号在耳蜗炎症老化中的作用及其机制	首次揭示CX3CL1在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是炎症老化的触发点	需要进一步的体内干预实验验证	探究CX3CL1-CX3CR1信号在耳蜗炎症老化中的角色	年轻和老年小鼠的耳蜗	生物医学	老年性耳聋	scRNA-seq, 免疫荧光, 实时定量PCR, Western blot, 迁移实验	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	年轻和老年小鼠的耳蜗样本
910	2025-04-12	Single-cell transcriptomics of melanoma sentinel lymph nodes identifies immune cell signatures associated with metastasis 2025-Mar-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183080 PMID:40048259	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术分析了黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞特征，揭示了与转移相关的免疫细胞亚群及其转录程序	首次使用单细胞转录组测序技术全面表征黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞亚群，并发现与免疫治疗响应相关的'高度激活'特征评分	研究样本量相对有限（97,777个细胞），且仅针对黑色素瘤患者	探究黑色素瘤前哨淋巴结中免疫浸润的动态变化及其与转移的关系	来自I/II期和III期皮肤黑色素瘤患者的前哨淋巴结组织	digital pathology	melanoma	single-cell transcriptomics, cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing	NA	single-cell RNA-seq data	97,777个细胞（来自黑色素瘤患者前哨淋巴结组织）
911	2025-04-12	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A水平与肿瘤免疫及抗PD-1疗法效果的关联，并发现PD-L1在赖氨酸129位点的琥珀酰化导致其降解	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型癌症的适用性尚不明确	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及抗PD-1疗法效果的潜在生物标志物	黑色素瘤患者及体外和体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量
912	2025-04-12	Mechanosensitive ion channel-related genes in hepatocellular carcinoma: Unraveling prognostic genes and their roles in drug resistance and immune modulation 2025-Mar, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.01.002 PMID:40206431	研究论文	本研究探讨了机械敏感离子通道相关基因（MICRGs）在肝细胞癌（HCC）中的作用，重点关注其作为预后生物标志物的潜力及其在免疫调节和药物耐药性中的参与	首次系统性地研究了MICRGs在HCC中的预后价值及其在药物耐药性和免疫调节中的作用，特别是PIEZO1基因的发现	研究结果需要在更大的患者队列中进行验证，并且PIEZO1靶向的功能影响需要在临床前模型中进一步探索	探究MICRGs在HCC中的分子机制，特别是在预后、药物耐药性和免疫调节中的作用	肝细胞癌（HCC）组织和细胞系	生物信息学与癌症研究	肝细胞癌	基因表达谱分析、生物信息学工具、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、富集分析、免疫细胞浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、深度学习神经网络分析	深度学习神经网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的HCC患者数据及HCC细胞系
913	2025-04-12	Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.05.592608 PMID:38766132	research paper	本文提出了一种名为CellTransformer的自监督框架，用于在小鼠脑部空间转录组数据中发现精细区域	使用新颖的编码器-解码器架构CellTransformer，能够从细胞和分子统计模式中分层学习高级组织特征，并实现多百万细胞数据集的扩展分析	未提及具体局限性	解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现自监督空间区域检测	小鼠脑部空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, MERFISH, Slide-seqV2	Transformer	spatial transcriptomic data	四个小鼠的九百万细胞，跨越200多个组织切片
914	2025-04-12	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	研究肺炎期间肺间充质细胞的转录组反应	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组变化，揭示了细胞类型特异性和共同的免疫反应	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明肺炎期间肺间充质细胞的免疫反应机制	小鼠肺间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺间充质细胞（包括初始组、肺炎组和恢复组）
915	2025-04-12	Spatial single-cell proteomics landscape decodes the tumor microenvironmental ecosystem of intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-25, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001283 PMID:39999448	研究论文	本研究利用人工智能辅助的空间多组学模式，生成了肝内胆管癌（iCCA）的全面空间图谱，并识别了与预后和免疫治疗相关的空间特征	首次通过空间单细胞蛋白质组学景观解码iCCA肿瘤微环境生态系统的空间特征，并开发了深度学习系统以高精度预测患者预后	样本量在某些组学数据中较小（如空间转录组学仅4例），可能影响结果的普遍性	阐明iCCA肿瘤微环境的空间特征及其与患者预后和免疫治疗的关系	肝内胆管癌（iCCA）患者的肿瘤微环境	数字病理学	肝内胆管癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、多重免疫荧光、scRNA-seq、bulk RNA-seq、bulk蛋白质组学	深度学习系统	蛋白质组学数据、转录组学数据、图像数据	共分析超过106万个细胞，包括155例成像质谱流式细胞术、155例空间蛋白质组学、4例空间转录组学、20例多重免疫荧光、43例scRNA-seq（9例内部+34例公共）、244例bulk RNA-seq（公共）、324例bulk蛋白质组学（110例内部+214例公共）
916	2025-04-12	Atypical memory B cells acquire Breg phenotypes in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187025 PMID:39998891	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序，分析了肝细胞癌中肿瘤浸润B细胞的功能可塑性及其在肿瘤微环境中的发展	揭示了肝细胞癌中非典型记忆B细胞获得Breg表型的新机制，以及它们在肿瘤微环境和外周血中的潜在调节作用	研究主要集中于肝细胞癌，未涉及其他癌症类型中Bregs的广泛作用	探讨肿瘤微环境如何影响肿瘤浸润B细胞的发育及其在免疫抑制中的作用	肝细胞癌中的肿瘤浸润B细胞和外周血B细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学、B细胞受体测序	NA	单细胞RNA测序数据、BCR测序数据	未明确提及样本数量，但涉及肝细胞癌患者的肿瘤组织和外周血样本
917	2025-04-12	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Delineate the Microstructure and Immune Landscape of Intrahepatic Cholangiocarcinoma in the Leading-Edge Area 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412740 PMID:39716897	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组分析，描绘了肝内胆管癌前沿区域的微结构和免疫景观	揭示了肝内胆管癌前沿区域肿瘤细胞与免疫微环境的相互作用，特别是发现了由CD8+ T细胞、SPP1+巨噬细胞和POSTN+癌症相关成纤维细胞组成的独特'三联结构'	样本量较小（仅9例患者），且仅关注了肝内胆管癌的前沿区域	探索肝内胆管癌前沿区域的肿瘤细胞特征及其与免疫微环境的相互作用	肝内胆管癌患者的肿瘤核心、邻近非肿瘤组织和前沿区域	数字病理学	肝内胆管癌	scRNA-seq, 空间转录组分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	9例肝内胆管癌患者
918	2025-04-12	Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans 2025-Jan-08, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae167 PMID:39693264	综述	本文概述了用于秀丽隐杆线虫基因表达检测的方法，包括原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序以及高通量蛋白质组学	总结了近年来基因表达检测新技术的发展，提供了选择这些技术的重要考虑因素和公开可用的基因表达数据资源	未提及具体实验数据或新技术的详细验证结果	理解发育过程并研究基因和环境扰动下的生物反应	秀丽隐杆线虫的基因表达	基因表达分析	NA	原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
919	2025-04-12	Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027 PMID:40206344	研究论文	通过整合单细胞测序和临床数据，探索牙源性角化囊肿恶性转化的机制	首次在COKC中鉴定出两个特异性上皮亚群，揭示了它们在OKC癌变中的关键作用，并发现成纤维细胞和巨噬细胞的表型转变可能与癌变过程相关	样本量较小（仅3例COKC样本），且未明确验证MAST4在淋巴转移中的调控机制	阐明牙源性角化囊肿(OKC)恶性转化为癌性牙源性角化囊肿(COKC)的分子机制和临床特征	3例COKC患者的肿瘤样本及公共OKC数据集	数字病理学	牙源性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据、临床数据、影像学数据、组织病理学数据	3例COKC样本+公共OKC数据集（共22,509个单细胞）
920	2025-04-12	Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1565090 PMID:40206583	research paper	本研究整合多组学和机器学习方法，揭示了氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）在结直肠癌（CRC）中的关键作用，并识别了潜在的治疗靶点	整合了批量转录组和单细胞转录组数据，结合多种机器学习方法构建预后模型，并实验验证了关键基因LSM8的作用	未明确提及样本量或数据来源的具体限制	探索MAAD在结直肠癌进展中的作用，识别潜在治疗靶点	结直肠癌（CRC）相关的氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）基因	machine learning	colorectal cancer	bulk transcriptome, single-cell transcriptome, machine learning	NA	transcriptome data	NA