单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-09-05	TGFB2/IGFBP5 activated by transcription factors STAT2 and SMAD3 initiate granulosa cell degeneration and cause follicular atresia in chickens 2025-Aug-28, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105747 PMID:40902342	研究论文	本研究揭示了STAT2和SMAD3转录因子激活TGFB2/IGFBP5通路引发鸡颗粒细胞退化及卵泡闭锁的分子机制	首次发现STAT2是TGFB2和IGFBP5的共同转录因子，并揭示JAK/STAT与TGF-β/SMAD信号通路在卵泡闭锁中的协同调控作用	NA	探究鸡卵泡闭锁的分子调控机制以改善产蛋性能	鸡颗粒细胞和卵泡闭锁过程	分子生物学	生殖系统疾病	DNA pull-down assay, 质谱分析, 单细胞调控网络推断与聚类(SCENIC), 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据	NA
902	2025-09-05	Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma 2025-Aug-27, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09445-6 PMID:40866703	研究论文	本研究揭示机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换	首次发现机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动增殖态与侵袭态的表型转换	NA	探究黑色素瘤表型转换的外部触发机制	斑马鱼黑色素瘤模型及人类样本中的肿瘤界面细胞	肿瘤细胞生物学	黑色素瘤	空间转录组学、单细胞转录组学、定量建模	NA	转录组数据、形态学数据	斑马鱼模型与人类样本联合研究
903	2025-09-05	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用	首次通过基因敲除模型证明ACAN缺失会导致斑块沉积增加、形态异常，并发现其对疾病相关小胶质细胞（DAM）表型的调控作用	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5xFAD转基因小鼠模型和ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	条件性基因敲除模型	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型群体（具体数量未明确说明）
904	2025-09-05	Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii 2025-Aug-25, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01277-25 PMID:40853149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术首次绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转换图谱	首次建立卡氏肺孢子虫的单细胞转录组图谱，揭示其13个转录特征不同的发育阶段	依赖宿主环境且无法连续培养的病原体研究存在技术挑战	解析宿主专性真菌病原体的完整生命周期和生殖转换机制	卡氏肺孢子虫（Pneumocystis carinii）	基因组学	肺部感染	scRNA-seq（10× Genomics平台）, RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	87,716个细胞（来自感染大鼠的支气管肺泡灌洗液）
905	2025-09-05	A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001 PMID:40876454	研究论文	开发了一种利用小鼠上皮干细胞生成大脑皮层类器官的可重复协议，用于模拟皮层发育和顺式调控进化	首次建立了能够重现胚胎皮层时序和细胞分化程序的小鼠皮层类器官平台，并利用杂交干细胞系统全面绘制发育过程中顺式调控变异	NA	研究大脑皮层发育的基因调控机制和跨物种顺式调控进化	小鼠大脑皮层类器官	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	类器官模型	基因表达数据	来自实验室小鼠（C57BL/6J）与四种野生近交系杂交产生的F1杂交上皮干细胞
906	2025-09-05	Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis 2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	研究论文	通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境，揭示促炎免疫微环境和特定单核细胞亚群在破骨细胞生成中的驱动作用	首次在单细胞水平描绘PMOP骨髓细胞异质性，鉴定出THBS1+单核细胞亚群及其通过NOD样受体通路促进破骨细胞生成的新机制	样本量较小（10例患者+10例对照），主要发现仍需进一步体内外实验验证	解析绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成关键通路	绝经后骨质疏松症患者骨髓细胞及小鼠模型	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，组织学验证，体外通路调控	NA	单细胞转录组数据	20例样本（10例PMOP患者+10例对照），共93,867个细胞
907	2025-09-05	MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.02.631152 PMID:40894791	研究论文	提出一种名为MODE的多模态自编码器流程，用于高分辨率数字解离，联合预测个性化多组学谱和细胞组成	通过结合内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据，实现多维度特征关联，解决了传统方法依赖模糊细胞标记和参考目标差异的问题	NA	开发适用于多组学数据的组织数字解离方法，提升细胞图谱构建和肿瘤微环境分解能力	批量组织样本的多组学数据	计算生物学	肿瘤	多组学分析，scRNA-seq	多模态自编码器	多组学数据	多种组织类型的真实多组学数据（具体数量未明确说明）
908	2025-09-05	Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells 2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.670223 PMID:40894735	研究论文	本研究通过单细胞克隆谱系追踪揭示了新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控程序	首次联合单细胞转录组和TCR分析技术，系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹	研究基于小鼠前列腺癌模型，人类临床适用性仍需进一步验证	解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制及其与临床疗效的关联	新抗原特异性CD8+T细胞	免疫学	前列腺癌	单细胞转录组测序、TCR谱分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	小鼠前列腺癌模型中的肿瘤和引流淋巴结样本
909	2025-09-05	Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures 2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/68957 PMID:40889269	研究论文	本文介绍了耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用	详细描述了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准实验流程	NA	开发耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略	癌细胞系	NA	癌症	细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序	NA	实验数据	NA
910	2025-09-05	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序揭示全基因组加倍（WGD）是高级别浆液性卵巢癌中持续发生的突变过程，并探讨其如何促进肿瘤进化与免疫失调	开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程驱动肿瘤进化的多种模式及其对免疫通路的差异化影响	研究样本仅针对高级别浆液性卵巢癌，结论在其他癌种中的普适性尚未验证	探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化与免疫逃逸的影响机制	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（包含30,260个肿瘤基因组）
911	2025-09-05	Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target 2025-Aug, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421 PMID:40578558	研究论文	本研究揭示了组织蛋白酶K（CTSK）作为扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调节因子及潜在治疗靶点	首次通过scRNA-seq技术发现CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达，并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖而非TGF-β1诱导的转分化	未明确CTSK调控纤维化的具体分子机制，且体外实验未能完全模拟体内复杂环境	探究扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制并寻找治疗靶点	人类心脏成纤维细胞（HCFs）及扩张型心肌病患者心脏组织	心血管疾病研究	扩张型心肌病	scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 组织切片图像	人类心脏组织样本及体外培养的心脏成纤维细胞
912	2025-09-05	Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.74 PMID:40879296	研究论文	本研究探讨自噬在小鼠视网膜Müller细胞中对炎症激活的调控作用及其对眼部免疫豁免的维持机制	首次揭示自噬通过调控Müller细胞的异质性激活状态来限制炎症反应，并发现自噬缺陷导致所有Müller细胞均呈现激活状态	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类视网膜中的适用性尚需验证	探究自噬是否通过调控Müller细胞来维持眼部的免疫豁免状态	小鼠视网膜Müller细胞	细胞生物学	眼部炎症疾病	基因敲除、单细胞RNA测序、免疫荧光共聚焦显微镜、流式细胞术、siRNA敲低	NA	基因表达数据、细胞图像数据、流式细胞数据	对照组和Atg5缺陷型小鼠的视网膜Müller细胞
913	2025-09-05	[Buyang Huanwu Decoction targets PPARG/SPP1/CD44 signaling pathway: mechanisms of lipid dysregulation and treatment in idiopathic pulmonary fibrosis] 2025-Jul, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20250310.401 PMID:40904095	研究论文	本研究通过多组学方法揭示补阳还五汤通过靶向PPARG/SPP1/CD44信号通路调控脂质代谢治疗特发性肺纤维化的新机制	首次发现PPARG/SPP1/CD44通路在IPF脂质代谢失调中的核心调控作用，并验证中药复方补阳还五汤通过该通路发挥抗纤维化作用	研究主要基于动物模型，临床转化价值需进一步验证	探究特发性肺纤维化中脂质代谢失调的分子机制及中药治疗靶点	特发性肺纤维化大鼠模型及人源基因表达数据	生物医学研究	特发性肺纤维化	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	大鼠模型六组（对照组、模型组、吡非尼酮组及补阳还五汤低中高剂量组），GEO数据库人源数据
914	2025-09-05	Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01450-z PMID:40307569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞移植实验，证明小胶质细胞驱动的炎症足以独立引发神经退行性疾病中的tau蛋白病变和突触核蛋白病变	首次证实小胶质细胞驱动的炎症可独立启动并传播多种蛋白病变，揭示神经炎症在神经退行性疾病中的起始作用	研究基于小鼠模型，人类疾病中的直接适用性仍需验证	探究小胶质细胞驱动的炎症是否能够引发和传播神经退行性疾病中的蛋白病变	小鼠模型及小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、细胞移植	NA	基因表达数据、行为数据	未明确说明数量的小鼠模型
915	2025-09-05	Prunella vulgaris: A potential molecule for the treatment of hepatocellular carcinoma 2025-Apr-25, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042267 PMID:40295240	研究论文	本研究系统评估了夏枯草（Prunella vulgaris）在肝细胞癌治疗中的潜力及其分子机制	首次通过多数据库整合和实验验证，识别出夏枯草治疗肝细胞癌的15个关键靶点基因及其与免疫细胞的关联机制	研究目前仅进行体外实验验证，尚未开展体内实验和临床验证	探索夏枯草治疗肝细胞癌的活性成分及其分子作用机制	肝细胞癌（HCC）相关靶点基因和夏枯草活性成分	NA	肝细胞癌	网络药理学分析、单细胞RNA测序、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、化合物靶点数据	185个药物靶点和635个HCC相关靶点（来源：TCMSP和GEO数据库）
916	2025-09-05	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究利用空间转录组学分析黑色素瘤靶向治疗中的细胞持久态动态和耐药机制	结合空间转录组学和深度学习分析，首次在患者来源异种移植模型中解析治疗过程中克隆谱系演化的时空动态	研究基于异种移植模型，可能与人类体内实际微环境存在差异	阐明BRAF突变黑色素瘤靶向治疗中耐药性的时空演化机制	BRAF突变黑色素瘤细胞及患者来源异种移植模型	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习分析	深度学习模型	空间转录组数据，组织病理切片图像	患者来源异种移植模型样本
917	2025-09-05	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺炎期间小鼠肺间充质细胞的转录组响应	首次系统揭示肺炎期间不同类型肺间充质细胞的共同核心响应和细胞类型特异性响应模式	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	阐明呼吸系统感染期间间充质细胞的免疫应答机制	小鼠肺组织中的间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	三组小鼠（初始状态、肺炎期、恢复期）的肺单细胞悬液
918	2025-09-05	WITHDRAWN: Retinal Phenotypes and Single-cell Sequencing Analysis of Ush2a Knockout Mice 2025-01-28, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110247 PMID:39884543	撤回论文	该论文因出版流程错误已被编辑要求撤回	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
919	2025-09-05	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	研究论文	本研究通过3D培养中过表达proneural转录因子刺激人类视网膜Müller胶质细胞再生神经元	首次在成人视网膜中证明Müller胶质细胞可通过转录因子重组生成新神经元，并采用3D培养系统提升再生效率	2D培养中神经发生效果有限且新生儿神经元分析不足	改善视网膜退行性疾病中神经元再生的治疗策略	人类胎儿视网膜组织和成人尸检视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	慢病毒载体转染、免疫组化(IHC)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电生理记录	NA	基因表达数据、电生理数据、组织成像数据	人类胎儿和成人视网膜样本（具体数量未明确说明）
920	2025-09-05	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	通过整合单细胞测序和空间转录组数据，构建甲状腺癌进展的图谱并识别与预后相关的成纤维细胞亚群	首次结合单细胞测序、空间转录组和bulk RNA测序技术，系统性定义甲状腺癌中基质细胞亚群及肿瘤-基质互作，并发现仅存在于恶性样本中的myCAF亚群与肿瘤侵袭和进展相关	NA	解析甲状腺癌进展过程中的基质细胞重组和肿瘤-基质互作机制	甲状腺癌组织样本（涵盖不同组织学类型和突变谱系）	数字病理	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组, bulk RNA测序	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据	NA