单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 38991 篇文献,本页显示第 901 - 920 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
901 2026-04-24
Causal modeling reveals cell-cell communication dynamics in the tumor microenvironment during anti-PD-1 therapy in breast cancer patients
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出因果推断框架scIVCCC,利用单细胞数据分析抗PD-1治疗前后乳腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯动态 创新性地使用治疗作为工具变量,构建因果推断框架scIVCCC,避免传统相关性方法中的混杂关联,从单细胞数据中准确识别基因信号转导的因果网络 该框架可能受限于工具变量假设的满足程度(如治疗随机性),且仅基于单细胞RNA-seq数据,未整合其他组学或空间信息 阐明抗PD-1免疫检查点阻断治疗如何通过细胞间通讯重塑乳腺癌肿瘤微环境,并识别可靶向的联合治疗候选受体 31名乳腺癌患者在抗PD-1治疗前后的肿瘤组织单细胞RNA-seq数据 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA-seq 因果推断模型(工具变量方法) 单细胞转录组数据 31名乳腺癌患者,治疗前后配对样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
902 2026-04-24
GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 提出一个名为GALA的统一无地标框架,用于解决空间转录组学中跨分辨率和模态的粗细粒度空间对齐问题 创新地将全局仿射变换与局部微分同胚变形集成在单一优化中,实现无需地标的多模态对齐,并利用模态感知栅格化统一转录组和组织学数据 未明确提及局限性 开发一个高效、准确且生物学可解释的框架,以克服空间转录组学数据对齐中的技术变异和复杂场景 人类和小鼠的空间转录组学及组织学数据集 计算机视觉 NA 空间转录组学 NA 图像、文本 多样化的人类和小鼠数据集(未提供具体数量) NA 空间转录组学 NA NA
903 2026-04-24
Evaluating reference-mixture matching in cell-type deconvolution with single-cell RNA-seq references
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 系统评估单细胞RNA-seq参考数据在细胞类型解卷积中的匹配效果对解卷积性能的影响 首次系统地比较不同单细胞RNA-seq参考匹配条件(匹配、不匹配和混合)对七种细胞类型解卷积算法性能的影响,并提出方法选择比参考匹配更为关键 仅使用了来自系统性红斑狼疮患者和健康对照的外周血单核细胞数据集,可能限制了向其他组织或疾病类型的推广 评估在各种参考匹配条件下,不同细胞类型解卷积方法的准确性 系统性红斑狼疮患者和健康对照的外周血单核细胞样本 机器学习 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序、批量RNA测序 CIBERSORTx, MuSiC2, InstaPrism, BLADE, DISSECT, Scaden 基因表达数据 40名系统性红斑狼疮患者和40名健康对照的PBMC样本 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA 使用scRNA-seq数据构建参考,并模拟批量RNA-seq混合物
904 2026-04-24
CD8+ T cells cross-restricted by HLA-B*57 and HLA-E*01 recognize HIV Gag with different functional profiles
2026-Feb-09, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究评估了由HLA-E或HLA-B57限制的针对HIV Gag表位KF11的CD8+ T细胞的功能特征 首次揭示HIV特异性CD8+ T细胞可被HLA-B*57和HLA-E*01:03双重限制,且产生功能不同的免疫反应 样本量较小(仅8名HIV感染者),且未深入探讨双重限制T细胞在病毒控制中的具体机制 探究非经典HLA-E限制的HIV特异性CD8+ T细胞的功能特征及其与HLA-B57限制的差异 8名HIV感染者的CD8+ T细胞 免疫学,单细胞组学 艾滋病 单细胞RNA测序,TCR测序,细胞因子分析,多聚体筛选 NA 单细胞基因表达,TCR序列,细胞因子数据 8例HIV感染者样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
905 2026-04-24
Spatial multi-omics unveils the monoclonal origin, neuroendocrine plasticity, and microenvironment niches in combined small cell lung cancer
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过空间多组学揭示了联合性小细胞肺癌的单克隆起源、神经内分泌可塑性和微环境生态位 首次对联合性小细胞肺癌进行空间全外显子测序、空间转录组学和单核RNA测序的多组学分析,发现其单克隆起源和神经内分泌可塑性,并开发了基于突变的诊断检测方法 未明确说明,但从研究设计推断可能受限于样本量(19例)和单一肿瘤类型 探究联合性小细胞肺癌的分子特征、谱系可塑性和肿瘤微环境 联合性小细胞肺癌患者肿瘤组织 数字病理学 肺癌 空间全外显子测序、空间转录组学、单核RNA测序 NA 基因表达、突变、拷贝数变异数据 19 例未经治疗的联合性小细胞肺癌肿瘤 Illumina, 10x Genomics 空间转录组学, 单细胞RNA测序 Illumina NovaSeq, 10x Visium, 10x Chromium 10x Visium 用于空间转录组学, 10x Chromium 用于单核RNA测序
906 2026-04-24
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC
2026-Feb-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
研究论文 本研究揭示了Pre-B细胞白血病转录因子1(PBX1)在肝星状细胞(HSC)激活中的作用,并通过IL-7信号通路促进肝纤维化 首次发现PBX1通过Notch3介导的转录上调在HSC激活中起关键作用,并揭示IL-7受体(IL7R)与TGF-β受体相互作用促进纤维化的新机制 未明确提及研究局限性,但可能包括动物模型与人类疾病的差异、样本量限制或未深入探讨其他信号通路的交互作用 探究PBX1在肝星状细胞激活及肝纤维化中的分子机制 肝星状细胞(HSC)、小鼠肝纤维化模型、肝硬化患者样本 数字病理学 肝纤维化 单细胞RNA测序、报告基因检测、染色质免疫沉淀、整合转录组分析 NA 单细胞RNA测序数据、转录组数据 小鼠模型及肝硬化患者样本(具体数量未提供) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
907 2026-04-24
Microoxic conditions promote Escherichia-associated cellulase expression in the giant panda gut
2026-Jan-14, The ISME journal
研究论文 通过构建大熊猫肠道微生物组物种解析参考目录,结合培养组学、HiFi宏基因组和微生物单细胞RNA测序,揭示了大肠杆菌在微氧条件下表达纤维素酶并参与纤维素处理的机制 首次利用微生物单细胞RNA测序技术在大熊猫肠道原位鉴定出大肠杆菌亚群异质性,并发现呼吸富集亚群集中表达纤维素酶和裂解多糖单加氧酶相关转录本,结合分离菌株表型验证了微氧条件下大肠杆菌对纤维素处理的贡献 未直接测量体内氧气水平,仅通过体外实验模拟微氧条件,且样本量有限(4只动物进行单细胞测序) 探究大熊猫肠道微生物组中纤维素的降解机制及大肠杆菌在其中的作用 大熊猫肠道微生物组,包括466个物种水平基因组和三种肠型(大肠杆菌、梭菌和乳酸链球菌) 微生物组学,宏基因组学,单细胞转录组学 NA PacBio HiFi宏基因组测序,微生物单细胞RNA-seq(微流控液滴法),培养组学,多组学整合分析 NA 宏基因组序列数据,微生物单细胞转录组数据,分离菌株表型数据 142个粪便样本(16种测序方法评估),4个样本进行单细胞RNA-seq(16659个细胞),另有大肠杆菌分离菌株 PacBio, 10x Genomics 宏基因组测序,单细胞RNA-seq PacBio HiFi测序系统,10x Chromium(液滴式单细胞平台) PacBio HiFi宏基因组测序,10x Chromium单细胞3'端测序(微生物单细胞RNA-seq)
908 2026-04-24
Mesenchymal Stem Cell-Derived Extracellular Vesicles Modulate the Course of Peritoneal Inflammation Through Metabolic and Epigenetic Regulation
2026-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 揭示乳酸积累通过组蛋白H3K18乳酰化促进腹膜纤维化的代谢-表观遗传机制,并证明间充质干细胞来源细胞外囊泡可通过调控该通路改善腹膜损伤 首次发现乳酸诱导的组蛋白乳酰化在腹膜纤维化中的关键作用,并揭示间充质干细胞来源细胞外囊泡通过代谢-表观遗传调控抑制巨噬细胞招募的新机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化仍需进一步验证;未探讨其他可能参与纤维化的代谢通路或细胞类型 阐明腹膜纤维化的代谢-表观遗传机制并评估间充质干细胞来源细胞外囊泡的治疗潜力 人骨髓间充质干细胞来源细胞外囊泡、小鼠腹膜纤维化模型、腹膜间皮细胞 机器学习 肾脏疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠腹膜纤维化模型(使用氯己定葡萄糖酸盐或腹膜透析液诱导) 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium 单细胞3'测序
909 2026-04-24
Integrated RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological mechanisms of mitophagy-related genes in ulcerative colitis
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据,探索线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的生物学机制并构建诊断模型 首次结合转录组数据集和单细胞RNA测序,系统分析线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的作用,并构建高精度诊断模型 研究基于公共数据集,可能需要更多外部验证来确认诊断模型的临床适用性 探讨线粒体自噬在溃疡性结肠炎中的影响并创建诊断模型 溃疡性结肠炎患者和健康对照者的转录组数据及小鼠结肠炎模型 自然语言处理 溃疡性结肠炎 RNA-seq, 单细胞RNA-seq 逻辑回归 基因表达数据、单细胞测序数据 未明确说明样本数量,使用公共数据集和动物模型 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
910 2026-04-24
Single-cell RNA sequencing identifies microglial state changes associated with iTBS after ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one IF:2.9Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序解析间歇性Theta爆发刺激(iTBS)对缺血再灌注损伤后小胶质细胞状态变化的影响 首次在单细胞转录组水平揭示iTBS治疗缺血性中风的细胞机制,发现小胶质细胞状态转变及其与Vav3和Cblb等基因表达变化的关联 研究仅基于大鼠模型,未涉及人体样本验证;未明确iTBS调控小胶质细胞状态的具体分子机制路径 阐明间歇性Theta爆发刺激(iTBS)在脑缺血再灌注损伤后发挥神经保护作用的细胞机制 大脑中动脉闭塞(MCAO)模型大鼠的神经元和小胶质细胞 单细胞转录组学 缺血性中风/脑卒中 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 接受iTBS治疗的MCAO大鼠模型(具体样本数未提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Genomics单细胞RNA测序平台
911 2026-04-24
Optimized Retinal Cell Dissociation for Downstream Analysis of Cone Photoreceptors
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 开发了一种优化的视网膜细胞解离方案,用于下游锥体感光细胞的分子分析 提出了一种改进的视网膜细胞解离方法,使用木瓜蛋白酶消化、机械解离和过滤,提高了锥体感光细胞的活性和质量 未提及具体限制,但可能包括解离效率对不同视网膜细胞类型的差异及对脆弱细胞的潜在影响 开发一种可靠高效的视网膜细胞解离方法,以改善锥体感光细胞的下游分子分析 视网膜细胞,特别是锥体感光细胞 数字病理学 视网膜退行性疾病 单细胞测序、转录组学 NA NA NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
912 2026-04-24
FUNCellA: A Tool for Single-Sample Enrichment Analysis and Relative Pathway Activity Estimation in Single-Cell RNA Sequencing Data
2026, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2
研究论文 提出FUNCellA工具,用于单细胞RNA测序数据的单样本富集分析和相对通路活性评估 整合7种单样本富集算法与新颖的相对激活阈值方法,利用无监督工具(k-means和高斯混合模型)进行单通路活性向量聚类,实现细胞亚群功能分类 未提及具体局限性 开发一种针对单细胞RNA测序数据的相对通路活性评分框架,解决数据稀疏性和噪声问题,并支持单通路活性向量聚类以发现亚群 单细胞RNA测序数据(包括真实和模拟数据)以及批量RNA测序和微阵列转录组数据 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、批量RNA测序(bulk RNA-Seq)、微阵列 k-means、高斯混合模型 基因表达数据 单细胞RNA测序数据集(真实和模拟)、批量RNA测序和微阵列转录组数据 NA 单细胞RNA测序、批量RNA测序 NA NA
913 2026-04-24
Mapping the function of EF-hand domain-containing protein 2 and determining its clinical relevance in non-small-cell lung cancer through single-cell transcriptomics
2026, CytoJournal IF:2.5Q2
研究论文 利用单细胞转录组学绘制非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞图谱,并评估EFHD2在肿瘤进展中的作用 首次通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中EFHD2的表达异质性及其与免疫细胞浸润的关联 未说明具体局限性 探讨非小细胞肺癌中EFHD2在肿瘤进展和免疫调节中的作用及JAK-STAT信号通路机制 非小细胞肺癌肿瘤组织及癌旁组织样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,免疫组化,蛋白质印迹,实时定量PCR NA 单细胞转录组数据,组织切片图像 未明确具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
914 2026-04-24
Osteopontin-expressing valvular interstitial cell subpopulation as a driver of extracellular matrix remodeling in aortic valve disease
2026, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2
研究论文 通过生物信息学再分析公开的单细胞RNA测序数据,鉴定出骨桥蛋白表达阳性的瓣膜间质细胞亚群,该亚群通过细胞外基质重塑驱动主动脉瓣疾病进展 首次在主动脉瓣疾病中鉴定出Spp1+瓣膜间质细胞亚群,并揭示其通过细胞外基质重构参与早期瓣膜硬化的分子机制 研究基于公开数据集的小鼠模型再分析,缺乏人类样本验证和功能实验 探究主动脉瓣疾病中致病性瓣膜间质细胞亚群及其细胞间通讯网络 Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠主动脉瓣组织的单细胞转录组数据 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
915 2026-04-24
From genes to clinical application: a circulating four-gene signature for early diagnosis model of refractory Mycoplasma pneumoniae pneumonia
2026, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1
研究论文 基于外周血单个核细胞中四个基因标志物建立难治性肺炎支原体肺炎早期诊断模型 首次结合单细胞RNA测序与RT-qPCR筛选出四个特异性上调基因(IGHM, NEAT1, IL32, ACTG1)并构建三分类逻辑回归模型,实现难治性肺炎支原体肺炎的早期鉴别诊断 研究样本量相对有限,外部验证队列仅54例,且模型基于单一中心数据,可能影响泛化性 识别难治性肺炎支原体肺炎的早期诊断生物标志物并构建诊断模型 儿童外周血单个核细胞 机器学习 肺炎支原体肺炎 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR 多项逻辑回归模型 基因表达数据 349名儿童(117名健康对照,123名普通MPP,109名RMPP),其中8名用于scRNA-seq发现队列 NA 单细胞RNA测序 NA NA
916 2026-04-24
Integrated profiling of RUNX3 in intratumoral NK cells activity through bulk and single-cell transcriptomic analysis
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过整体和单细胞转录组分析,探究RUNX3在肿瘤内NK细胞活性中的综合作用 首次揭示RUNX3在肿瘤微环境中对NK细胞功能的调控作用,并利用单细胞RNA测序分析其表达与分化的关系 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内模型验证,且样本量有限 阐明RUNX3在NK细胞介导的抗肿瘤免疫中的生物学作用 RUNX3基因、NK细胞、肿瘤微环境 机器学习 肺癌, 肝癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 使用TCGA数据库的泛癌样本,具体数量未明确 NA 单细胞RNA测序, 整体RNA测序 NA NA
917 2026-04-24
B cells in anti-tRNA synthetase syndrome patients show an activated, interferon-responsive signature
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析抗tRNA合成酶综合征患者中B细胞呈现活化及干扰素应答特征 首次在抗合成酶综合征中鉴定出活化B细胞和记忆B细胞的干扰素及细胞应激相关通路变化,并发现FKBP5和MYADM基因在记忆B细胞亚群中表达上调 研究样本量较小,需要进一步验证这些发现作为新治疗靶点的实用性,并探索其在限制组织损伤中的作用 识别抗合成酶综合征中B细胞失调的分子通路,为治疗提供新靶点 抗合成酶综合征患者和健康对照的外周血CD19+ B细胞 数字病理学 抗合成酶综合征 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 ASyS患者和健康参与者(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
918 2026-04-24
Single cell transcriptomics reveals dendritic cell subsets in bovine afferent lymph and immune cell-resolved responses to BCG vaccination
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 利用单细胞RNA测序技术揭示牛传入淋巴树突状细胞亚群及其对BCG疫苗接种的免疫细胞响应 首次在牛模型中通过单细胞转录组学系统解析传入淋巴树突状细胞(ALDC)的亚群(cDC1和cDC2)及其对BCG疫苗接种的差异化响应,揭示了亚群特异性基因功能 样本量较小(3头牛),且仅关注皮肤引流淋巴结的ALDCs,未涉及其他组织或长期免疫应答 探究BCG疫苗接种后牛树突状细胞亚群的转录组变化及其在抗结核免疫中的作用 牛传入淋巴树突状细胞(ALDCs)及其他免疫细胞(单核细胞、T细胞、B细胞、NK细胞) 单细胞转录组学 肺结核 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3头牛,共20,761个细胞 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
919 2026-04-24
Integrating bulk, single-cell, and spatial transcriptomics to identify a novel pyroptosis-related gene signature for predicting prognosis and tumor immune landscape in triple-negative breast cancer
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过整合批量、单细胞和空间转录组学数据,构建一种新的焦亡相关基因特征,用于预测三阴性乳腺癌的预后和肿瘤免疫景观 首次结合多组学数据(批量RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学)全面识别三阴性乳腺癌中的焦亡相关基因,并构建预后特征,揭示了这些基因在肿瘤免疫微环境中的细胞和空间异质性 未提及 开发一种可靠的焦亡相关基因预后特征,用于预测三阴性乳腺癌的预后和免疫景观 三阴性乳腺癌患者 机器学习 乳腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组化 LASSO算法 转录组数据, 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 48个临床三阴性乳腺癌样本 Illumina 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 Illumina NovaSeq TCGA和GEO数据库中的转录组数据,单细胞RNA测序和空间转录组学平台未明确指定
920 2026-04-24
Acylation modification mediated post-translational modifications learning signature reveals ZDHHC18 promotes progression of lung adenocarcinoma by attenuating immunocyte activation
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 该研究构建了酰化修饰(AM)学习签名AM.score,并发现ZDHHC18通过减弱免疫细胞激活促进肺腺癌进展 首次整合12种酰化修饰类型,利用多组学共识聚类和机器学习建立跨癌种免疫治疗预测评分系统,并验证ZDHHC18作为关键分子靶点的作用 具体机制尚未完全阐明,且需更多独立队列验证AM.score的临床适用性 探索酰化修饰相关的新型治疗途径,为肺腺癌精准治疗提供预测生物标志物 肺腺癌患者及免疫治疗队列,包括1720名患者和8个验证队列 机器学习 肺腺癌 多组学共识聚类、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学 AM.score学习签名(基于机器学习算法) 转录组数据、多组学数据、免疫治疗响应数据 1720名肺腺癌患者(主队列)及8个独立队列 NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
回到顶部