单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-07-25	Transcriptomic analysis reveals novel targets in benign schwannoma using machine learning 2025-Jun-21, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.06.048 PMID:40550384	研究论文	本研究通过机器学习辅助的转录组和单细胞分析，识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物，并构建疾病评估预测模型	识别了五个新的免疫相关生物标志物，并验证了它们在神经鞘瘤进展中的生物学意义	预测模型的AUC值为0.67，可能还需要进一步优化以提高准确性	识别良性神经鞘瘤的关键免疫相关生物标志物并构建预测模型	良性神经鞘瘤的转录组数据和单细胞数据	机器学习	神经鞘瘤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO、SVM、随机森林算法	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	GSE108524数据集中的样本，以及NF2敲除小鼠模型
902	2025-07-25	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Jun-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究探讨了胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤生长的机制	首次揭示了中脑胆碱能神经元活动通过特定神经环路调控弥漫性中线胶质瘤增殖的机制，并发现毒蕈碱受体M1/M3在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者的临床相关性需要进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤(DMG)和少突胶质前体细胞(OPCs)	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	未明确说明具体样本数量，使用DMG小鼠模型和原代DMG样本
903	2025-07-25	Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions 2025-Jun-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47060470 PMID:40699869	综述	本文探讨了人工智能（AI）与下一代测序（NGS）的协同关系，及其在基因组研究和临床应用中的变革性影响	AI驱动的工具（如机器学习和深度学习）优化了NGS工作流程的各个方面，从实验设计到生物信息学分析，并在变异检测、表观基因组分析等领域超越了传统方法	存在数据异质性、模型可解释性及伦理问题等挑战	探索AI在NGS中的应用及其对基因组学和精准医学的推动作用	基因组数据及其在癌症研究和药物发现中的应用	机器学习	癌症	NGS, TGS	CNN, RNN, 混合架构	基因组数据	NA
904	2025-07-25	Immune reconstitution following allogeneic hematopoietic cell transplantation and CAR-T therapy: dynamics, determinants, and directions 2025-Jun, Best practice & research. Clinical haematology DOI:10.1016/j.beha.2025.101634 PMID:40701740	review	本文综述了异基因造血细胞移植（allo-HCT）和CAR-T疗法后免疫重建的动态过程、影响因素及优化策略	总结了当前关于免疫重建动力学的知识，并评估了不同移植和CAR-T设置的影响，讨论了优化免疫监测和治疗方法的个性化策略	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	探讨异基因造血细胞移植和CAR-T疗法后的免疫重建过程及其临床意义	接受异基因造血细胞移植和CAR-T疗法的患者	免疫学	白血病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
905	2025-07-25	High-resolution comparative single-cell transcriptomics of doublesex-expressing neurons reveals evolutionary conservation and diversity of sexual circuits in Drosophila 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652433 PMID:40654601	研究论文	通过高分辨率单细胞转录组学比较研究不同果蝇物种中表达doublesex基因的神经元，揭示性行为神经回路在进化中的保守性和多样性	首次系统性比较多个果蝇物种中表达性别决定基因的神经元细胞类型，揭示了细胞类型在进化中的高度独立性以及神经调节信号通路的物种差异	研究仅关注表达doublesex基因的神经元，可能忽略了其他参与性行为调控的神经元群体	探究神经回路在进化过程中细胞和分子组成的变化如何导致行为多样性	多种果蝇物种中表达doublesex基因的神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个果蝇物种的雄性个体（具体数量未明确说明），并包括一个雌性果蝇数据集
906	2025-07-25	Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics 2025-Apr-07, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47040256 PMID:40699655	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，对健康人类牙龈组织中小细胞外囊泡（sEVs）的分泌潜力进行了定位分析	首次在sEVs生物发生的特定背景下对牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了牙龈组织中不同结构在sEVs生物发生中的作用	研究仅基于公开可用的转录组数据，未进行实验验证	探索健康人类牙龈组织中sEVs的生物发生机制	健康人类牙龈组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	公开可用的牙龈转录组数据
907	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
908	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
909	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织
910	2025-07-25	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用，并开发了一个m6A评分系统来预测免疫治疗反应	首次揭示了m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的关键作用，并开发了新型m6A评分系统作为预测免疫治疗反应的生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化修饰对食管癌肿瘤微环境的影响并开发预测性生物标志物	食管癌患者样本和肿瘤微环境	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, 共识聚类算法, 主成分分析	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的食管癌数据集
911	2025-07-25	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合多种生物信息学方法和分子对接技术，系统性地探索牙周炎的分子机制并验证HLA-C作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎相关基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、孟德尔随机化(MR)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接(MD)	NA	基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数量未明确说明）
912	2025-07-25	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体耐药性的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1耐药性通过氧化还原调节代谢联系起来，并提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为一种新型组合免疫治疗策略	研究样本量较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的验证	探索细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的微生物、代谢和免疫相互作用	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本和12,487个细胞的单细胞RNA测序数据，每组8只小鼠的动物模型
913	2025-07-25	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	review	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，以及单细胞和空间转录组学在这些模型中的应用	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究，总结了这些模型中的主要发现	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
914	2025-07-25	NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS 2024-12-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002408 PMID:38888471	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白	首次结合scRNA-seq和定量蛋白质组学技术，识别出与脓毒症预后相关的活性蛋白，并揭示了不同患者群体的通路差异	样本量相对较小（脓毒症患者53例，对照16例），且仅分析了外周血样本	探索影响脓毒症预后的关键活性蛋白及其作用机制	脓毒症患者（NS=26，SV=27）和健康对照（Con=16）的外周血样本	生物医学研究	脓毒症	scRNA-seq, DIA蛋白质组学, Viper算法	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	69例（53例脓毒症患者+16例对照）
915	2025-07-25	Single-cell sequencing reveals LRRc17-mediated modulation of cardiac fibroblast ferroptosis in regulating myocardial fibrosis after myocardial infarction 2024-09, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111293 PMID:38996956	研究论文	通过单细胞测序揭示LRRc17介导的心脏成纤维细胞铁死亡在心肌梗死后心肌纤维化中的调节作用	首次发现LRRc17通过调节心脏成纤维细胞的铁死亡影响心肌梗死后纤维化的程度	研究仅基于GEO数据库中的两个数据集，样本量有限	阐明心肌梗死后纤维化的发病机制并寻找调节心室重构的治疗靶点	心脏成纤维细胞(CFs)	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE153485和GSE210159数据集
916	2025-07-25	IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS 2024-09-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002409 PMID:38904460	研究论文	本研究探讨了YWHAH基因表达在脓毒症早期检测中的潜在作用	首次发现YWHAH基因表达在感染和脓毒症患者之间存在差异，为脓毒症的早期检测和治疗策略提供了新见解	研究主要基于公共单细胞转录组数据库和体外分析，需要进一步的临床验证	探索YWHAH基因表达与脓毒症早期检测的关联	感染个体和健康对照组的YWHAH基因表达	基因表达分析	脓毒症	实时聚合酶链反应（real-time PCR），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	公共单细胞转录组数据库中的样本
917	2025-07-25	TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME 2024-08-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002379 PMID:38713581	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和通路分析，探讨了脓毒症患者外周单核细胞群体在转录组水平上的差异及其与临床结果的关系	首次在转录组水平上定义了脓毒症患者不同临床结果的免疫反应差异，特别是经典和非经典单核细胞的基因表达模式	研究样本量未明确说明，且未探讨其他免疫细胞类型的作用	阐明脓毒症患者不同临床结果的免疫学基础，寻找改善慢性危重病预后的治疗靶点	脓毒症患者的外周单核细胞群体	转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
918	2025-07-25	DIMINISHED EXPRESSION OF GLS IN CD4 + T CELLS SERVES AS A PROGNOSTIC INDICATOR ASSOCIATED WITH CUPROPTOSIS IN SEPTIC PATIENTS 2024-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002370 PMID:38662604	研究论文	本研究探讨了与铜死亡相关的分子标志物在脓毒症患者中的表达及其对预后的影响	发现了与铜死亡相关的三个关键基因，并验证了GLS表达下降与O-GlcNAc水平降低的关系	铜与GLS变化之间的相关性需要进一步研究	探索脓毒症患者中与铜死亡相关的分子标志物，以帮助分层和改善预后	脓毒症患者的外周血样本和Jurkat细胞	分子生物学	脓毒症	WGCNA、scRNA-seq、免疫印迹、流式细胞术、免疫荧光、CFSE分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血样本和Jurkat细胞
919	2025-07-25	Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade 2024-06-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01853-w PMID:38825657	研究论文	研究FAP靶向放射性配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其潜在机制	首次展示了Ga/Lu标记的LNC1004在肿瘤模型中的摄取和保留增强，以及联合疗法在完全消除肿瘤和促进抗肿瘤免疫方面的效果	初步临床研究样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索FAP靶向放射性配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及机制	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植模型及难治性癌症患者	肿瘤学	癌症	scRNA-seq, TCR测序	NA	基因表达数据、免疫组化数据	临床前研究使用小鼠模型，初步临床研究涉及难治性癌症患者
920	2025-07-25	Macrophages in cardiovascular diseases: molecular mechanisms and therapeutic targets 2024-05-31, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01840-1 PMID:38816371	综述	本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控机制中的多样表型和功能可塑性，以及单细胞测序技术带来的新视角	利用单细胞测序技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用及治疗靶点的下游机制，为心血管疾病的治疗提供了新的视角	未具体提及样本量或实验设计的详细限制	探讨巨噬细胞在心血管疾病中的分子机制及治疗靶点	巨噬细胞在心血管疾病（如冠心病、瓣膜病、心肌炎、心肌病、心力衰竭、动脉粥样硬化和动脉瘤）中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA