单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-04-27	DeMixSC: a deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark dataset for improved analysis of cell-type ratios in complex tissue samples 2023-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561733 PMID:37873318	研究论文	介绍了一个名为DeMixSC的去卷积框架，该框架利用单细胞测序数据和一个小型基准数据集来提高复杂组织样本中细胞类型比例的分析准确性	提出了一个新颖的加权非负最小二乘框架，能够识别和调整具有高技术差异的基因，并将基准数据与大量患者队列对齐，用于大规模去卷积	NA	解决跨测序平台的技术差异对去卷积准确性的限制	复杂生物样本中的细胞类型比例	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	加权非负最小二乘框架	RNA测序数据	453名患者
902	2025-04-27	Comprehensive single cell aging atlas of mammary tissues reveals shared epigenomic and transcriptomic signatures of aging and cancer 2023-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.20.563147 PMID:37961129	研究论文	该研究通过单细胞分辨率分析了小鼠乳腺组织的转录组和表观基因组变化，揭示了衰老与癌症之间的潜在机制联系	首次在单细胞水平上构建了乳腺组织衰老的综合图谱，并发现了衰老与癌症共享的表观基因组和转录组特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探索衰老如何通过细胞和分子事件影响癌症发生	小鼠乳腺组织中的上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	生物医学	乳腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
903	2025-04-27	Epigenetics of Early Cardiometabolic Disease: Mechanisms and Precision Medicine 2023-06-09, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.322135 PMID:37289899	综述	本文全面概述了表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用及其在精准医学中的潜力	探讨了DNA甲基化作为精准医学生物标志物的潜力，以及社会健康决定因素、肠道细菌表观基因组学、非编码RNA和表观转录组学对疾病发展的影响	讨论了推动心脏代谢表观遗传学研究的挑战和障碍，包括技术、伦理和资源获取问题	探索表观遗传学在心血管和代谢疾病中的作用，以推动精准医学和个性化医疗	心血管和代谢疾病	表观遗传学	心血管疾病	单细胞测序、表观遗传编辑	NA	NA	NA
904	2025-04-27	Spatiotemporal transcriptomics reveals pathogenesis of viral myocarditis 2022-Oct, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00138-1 PMID:36970396	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，研究了新生儿小鼠心脏中呼肠孤病毒诱导的心肌炎的发病机制	创建了高分辨率、空间解析的转录组图谱，揭示了宿主-病毒相互作用的时空和细胞异质性	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心肌炎的情况	揭示病毒性心肌炎的发病机制	新生儿小鼠心脏和肠道	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	感染后三个时间点采集的小鼠心脏和肠道样本
905	2025-04-26	Decoding glioblastoma's diversity: Are neurons part of the game? 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217666 PMID:40147584	research paper	本文探讨了胶质母细胞瘤（GBM）与神经元之间的相互作用，以及GBM如何利用神经发育途径重塑神经元网络	揭示了GBM与神经元之间的相互作用，并利用snRNA-seq技术研究了这些相互作用，提出了潜在的细胞间相互作用驱动胶质瘤-神经元动态的假设	scRNA-seq技术在捕获神经元转录组方面存在技术限制，需依赖snRNA-seq进行研究	研究GBM与神经元的相互作用及其在肿瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及其与神经元的相互作用	digital pathology	glioblastoma multiforme	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA sequencing data	公开可用的snRNA-seq数据集
906	2025-04-26	Developmental landscape and asymmetric gene expression in the leaf vasculature of Brassica rapa revealed by single-cell transcriptome 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf060 PMID:40271455	研究论文	通过单细胞转录组技术揭示了中国白菜叶片脉管系统的发育图谱和不对称基因表达模式	首次生成了中国白菜叶片脉管系统的单细胞转录组图谱，揭示了不同脉管细胞类型的特异性基因表达模式及其在叶片形态发生中的潜在作用	研究仅针对中国白菜，结果可能不适用于其他植物物种	理解叶片脉管系统中不同细胞类型的特性及其在叶片形态发生中的作用	中国白菜叶片脉管系统的细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12个细胞簇，覆盖7种已知细胞类型
907	2025-04-26	Fibroblasts fluctuating between mesenchyme and epithelium are involved in hair follicle mesenchyme development 2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102006 PMID:40271513	研究论文	本研究探讨了间充质和上皮细胞之间的转换在毛囊间充质发育中的作用	揭示了表达特定基因的成纤维细胞在毛囊间充质干细胞发育中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类皮肤中的类似机制尚未验证	阐明间充质-上皮转换在皮肤发育中的精确作用和功能	新生小鼠皮肤	发育生物学	NA	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	基因表达数据和图像数据	小鼠皮肤样本（具体数量未提及）
908	2025-04-26	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	研究探讨了使用每日一次预防性阿那金拉（anakinra）预防淋巴瘤患者接受axicabtagene ciloleucel治疗后出现细胞因子释放综合征（CRS）和神经毒性（NT）的效果	通过单细胞RNA测序揭示了阿那金拉预防无效时突破性CRS和NT的分子免疫信号机制，特别是干扰素γ（IFN-γ）通路的关键作用	每日一次预防性阿那金拉在大多数患者中不足以预防需要住院治疗的毒性反应	探索预防CAR-T细胞疗法相关毒性的新策略，以实现门诊治疗和管理	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	临床试验注册号为NCT04150913的患者群体
909	2025-04-26	Emerging clinical applications of single-cell RNA sequencing in oncology 2025-May, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-025-01003-3 PMID:40021788	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤学中的新兴临床应用	总结了scRNA-seq在癌症患者样本研究中的潜在临床相关发现，并突出了四个主要研究方向	讨论了scRNA-seq的局限性以及未来可能提升临床适用性的方法	探讨scRNA-seq在肿瘤学中的临床应用潜力	癌症患者样本	digital pathology	cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	数百项研究中的癌症患者样本
910	2025-04-26	Chemokine (C-C Motif) Ligand 2 Expressing Adventitial Fibroblast Expansion During Loeys-Dietz Syndrome Aortic Aneurysm Formation 2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322069 PMID:40109260	research paper	该研究通过单细胞转录组学分析，探讨了Loeys-Dietz综合征（LDS）主动脉瘤形成中外膜成纤维细胞的作用及其促炎状态	揭示了LDS主动脉瘤形成中外膜成纤维细胞的促炎状态及其在巨噬细胞招募中的关键作用，与马凡综合征的机制不同	样本量较小，人类LDS手术标本仅5例，对照组仅2例	阐明LDS主动脉瘤发病机制中的细胞状态转变和转录组学变化	小鼠LDS模型（Tgfbr2G357W/+）和人类LDS手术标本的主动脉根/升主动脉	分子病理学	主动脉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA原位杂交、免疫荧光、免疫组织化学	NA	转录组数据、图像数据	小鼠模型（未明确数量）和人类样本（5例LDS，2例对照），共分析超过30,000个细胞
911	2025-04-26	Decoding the role of lipid metabolism in NSCLC: From macrophage subtype identification to prognostic model development 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500124 PMID:40277347	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）发生和进展相关的脂质相关巨噬细胞（LAM）标记基因，并开发了一个预后风险评分模型	识别了与脂质代谢密切相关的巨噬细胞亚型及其关键标记基因（S100A10、HLA-DMB和CTSL），并构建了一个高精度的预后风险评分模型	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的RNA测序数据，可能受到数据来源的限制	探索脂质代谢途径在NSCLC进展中的作用，并开发预后模型	非小细胞肺癌（NSCLC）患者和肿瘤微环境中的巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后风险评分模型	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的NSCLC患者数据
912	2025-04-26	Local DIO2 Elevation Is an Adaption in Malformed Cerebrovasculature 2025-Apr-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325857 PMID:40130314	研究论文	本研究探讨了甲状腺激素信号在脑血管畸形中的作用，发现DIO2介导的适应机制可能成为脑血管疾病的潜在治疗靶点	首次揭示了DIO2在脑血管畸形中的上调是一种适应性反应，并阐明了FOXK1-PI3K-Akt-mTOR信号通路调控DIO2表达的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化需要进一步验证	探究甲状腺激素信号在脑血管畸形病理过程中的作用机制	人类脑血管畸形样本（海绵状血管瘤和动静脉畸形）及两种小鼠模型（Pdcd10内皮特异性敲除和KrasG12D突变小鼠）	脑血管疾病研究	脑血管畸形	单细胞转录组分析、腺相关病毒介导的基因操作、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型（Pdcd10 KO）和基因突变小鼠模型（KrasG12D）	单细胞RNA测序数据、组织学图像、分子生物学数据	人类脑血管畸形样本（数量未明确）和多种基因工程小鼠
913	2025-04-26	Srsf3-Dependent APA Drives Macrophage Maturation and Limits Atherosclerosis 2025-Apr-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.326111 PMID:40160097	研究论文	本研究揭示了Srsf3依赖性APA在驱动巨噬细胞成熟和限制动脉粥样硬化中的关键作用	首次揭示了Srsf3通过调控线粒体相关基因的3'UTR长度影响巨噬细胞成熟和动脉粥样硬化进程的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究单核细胞向巨噬细胞转变的调控机制及其在动脉粥样硬化中的作用	Apoe-/-小鼠动脉斑块中的单核/巨噬细胞亚型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、3'端测序、流式细胞术、组织病理学分析	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、代谢组数据	Apoe-/-小鼠动脉斑块样本及部分人类斑块样本
914	2025-04-26	Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado6847 PMID:40267183	研究论文	本研究通过SM/J小鼠模型探讨了遗传背景和年龄对自发性椎间盘突出易感性及疼痛相关行为的影响	首次在野生型小鼠中建立了研究自发性椎间盘突出病理生理学的模型，并揭示了神经免疫和椎间盘变化的分子机制	研究仅使用SM/J小鼠这一特定品系，结果可能不适用于其他遗传背景的小鼠或人类	探究遗传和年龄因素如何影响椎间盘突出的易感性及相关疼痛行为	SM/J小鼠的腰椎间盘、背根神经节、脊髓和外周血单个核细胞	神经科学	椎间盘疾病	转录组学分析、流式细胞术、单细胞RNA测序	SM/J小鼠模型	基因表达数据、细胞组成数据	未明确说明具体数量，但涉及多个年龄段的SM/J小鼠组织样本
915	2025-04-26	The release of NETs during SFTSV infection downregulates the specific inflammatory factors that lead to liver and spleen damage 2025-Apr-25, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf053 PMID:40275780	研究论文	本文研究了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）病毒感染过程中中性粒细胞外诱捕网（NETs）的释放如何下调特定炎症因子，从而导致肝脏和脾脏损伤	首次揭示了SFTSV感染触发NETosis的机制，并发现NETs通过下调特定炎症因子影响免疫反应和器官修复过程	研究结果基于细胞和动物模型，尚需在人体中进一步验证	探究SFTSV感染过程中NETs释放对炎症因子和器官损伤的影响机制	SFTS患者、细胞模型（Thp-1细胞）和动物模型	传染病学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞测序、转录组测序	NA	测序数据、组织样本	NA
916	2025-04-26	M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration 2025-Apr-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416159 PMID:40277454	研究论文	本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡（M2-EVs）在减轻牙周炎引起的骨丢失中的关键作用，并发现了一种具有促修复特性的Anxa1中性粒细胞亚群	发现了M2-EVs通过破坏中性粒细胞成熟轨迹，促进Anxa1修复亚群的分化，从而增强炎症骨再生的新机制	未明确M2-EVs对其他免疫细胞的影响及长期治疗效果	探究M2巨噬细胞与中性粒细胞的相互作用对炎症骨再生的影响	牙周炎模型中的M2巨噬细胞、中性粒细胞及其亚群	免疫学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
917	2025-04-26	Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy 2025-Apr-25, Journal of molecular histology IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s10735-025-10427-1 PMID:40278950	研究论文	本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制	揭示了NRF1/PGC-1α通路在ICP孕妇血清胆汁酸升高导致胎盘滋养层细胞线粒体损伤中的作用机制	研究主要基于细胞模型，需要进一步在动物模型或临床样本中验证	探究ICP中胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制，为ICP治疗提供精准靶点	人类胎盘组织和ICP细胞模型	生殖医学	妊娠期肝内胆汁淤积症	单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜	ICP细胞模型	单细胞测序数据、显微镜图像数据	人类胎盘组织样本和建立的ICP细胞模型
918	2025-04-26	Association Between T2DM, TyG Index, Multiple Sclerosis, and Rheumatoid Arthritis: Insights into Potential Mechanisms 2025-Apr-25, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04961-y PMID:40279037	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）和胰岛素抵抗（IR）指标TyG指数与自身免疫相关疾病（ARDs）之间的因果关系，并评估了免疫细胞的影响	首次通过综合Mendelian随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了T2DM和TyG指数与多发性硬化症（MS）和类风湿性关节炎（RA）的因果关联，并发现特定免疫细胞和基因位点在其中的作用	研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且需要进一步实验验证发现的分子机制	探索T2DM和IR指标与自身免疫疾病之间的因果关系及其潜在机制	2型糖尿病（T2DM）、TyG指数、多发性硬化症（MS）、类风湿性关节炎（RA）和免疫细胞	遗传流行病学	多发性硬化症, 类风湿性关节炎, 2型糖尿病	Mendelian随机化分析, 贝叶斯共定位分析, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组关联研究（GWAS）数据, 单细胞RNA测序数据	NA
919	2025-04-26	m2ST: Dual Multi-Scale Graph Clustering for Spatially Resolved Transcriptomics 2025-Apr-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	research paper	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的空间聚类分析	引入多尺度掩码图自编码器提取不同尺度的表示，采用随机掩码机制和缩放余弦误差作为损失函数，并提出定制化的多尺度聚类框架	未明确提及具体局限性，但暗示传统单尺度分析方法可能限制特征判别力	提高空间转录组数据空间域注释的准确性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图神经网络（GNN）、自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集（未明确数量）
920	2025-04-26	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-Apr-24, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重胁迫对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重胁迫下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重胁迫对中华鳖的影响	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标数据	四组中华鳖（基于恒温28°C和热浪暴露，以及是否感染细菌）