单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39398 篇文献，本页显示第 901 - 920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-05-05 |
A transcriptomic axis aligns with in vivo functional dynamics in hippocampal inhibitory circuits
2026-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.07.716935
PMID:41993541
|
研究论文 | 通过细胞分辨双光子成像和空间转录组学，将小鼠海马体抑制性回路的分子身份与体内功能动态直接关联 | 建立端到端流程，结合双光子钙成像与空间转录组学，揭示转录组轴与神经元功能动态的对应关系，并证明仅凭生理特征即可恢复转录组分类 | 研究仅限于小鼠海马体CA1区，且虚拟现实导航行为的复杂性可能限制生理反应分类的普适性 | 在单细胞分辨率下桥接神经元分子身份与功能动态的关系 | 小鼠海马体CA1区的抑制性中间神经元 | 数字病理学， 机器学习 | NA | 空间转录组学， 双光子钙成像 | 分类器 | 基因表达数据， 成像数据 | 小鼠海马体CA1区的抑制性中间神经元（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 902 | 2026-05-05 |
Longitudinal Single-Cell RNA-seq Profiling of Lung Cell Phenotypes, Signaling, and Cross-talk During Fibrosis Resolution
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.06.716772
PMID:41993271
|
研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序分析肺纤维化消退过程中的细胞表型、信号通路和细胞间通讯变化 | 首次在自发消退的肺纤维化小鼠模型中进行纵向单细胞RNA测序，系统描绘了纤维化消退过程中免疫、间质和上皮细胞的动态变化，并发现cAMP、HGF/MET和TWEAK等潜在抗纤维化通路 | 研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺纤维化消退机制；单细胞测序缺乏空间信息，无法提供细胞在组织中的位置分布 | 阐明肺纤维化自发消退过程中涉及的信号通路、细胞间通讯和表型变化，为治疗肺纤维化发现内源性通路 | 小鼠全肺细胞 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 自发消退纤维化小鼠模型的纵向样本，具体数量未说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 903 | 2026-05-05 |
STDrug enables spatially informed personalized drug repurposing from spatial transcriptomics
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.03.715101
PMID:41993522
|
研究论文 | STDrug是一个空间感知的计算框架，整合空间转录组学、图建模和多模态学习，实现患者特异性的药物重定位 | 首次将空间转录组学与药物重定位结合，通过图卷积网络和相干点漂移技术对齐疾病与对照空间域，并融合多模态学习进行药物优先排序 | 需要利用空间转录组数据，可能对数据质量和可用性有较高要求；且仅通过肝细胞癌和前列腺癌数据集验证，泛化性有待进一步测试 | 利用空间转录组学实现患者特异性的药物重定位 | 肝细胞癌和前列腺癌患者的空间转录组数据 | 机器学习 | 肝细胞癌, 前列腺癌 | 空间转录组学 | 图卷积网络, 机器学习框架 | 空间转录组数据 | 肝细胞癌和前列腺癌数据集（具体样本数未提供） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 904 | 2026-05-05 |
Gain-of-function mutation in SKAP2 leads to type 1 diabetes and broader autoimmunity through hyperactive integrin signaling in myeloid cells
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716136
PMID:41993266
|
研究论文 | 本文发现SKAP2基因的功能获得性突变通过髓系细胞中过度活跃的整合素信号通路导致1型糖尿病和更广泛的自身免疫 | 首次鉴定出SKAP2基因功能获得性突变与1型糖尿病相关，并通过整合素信号过度激活解释机制 | 研究主要基于小鼠模型，突变对人类的直接作用需进一步验证 | 阐明SKAP2基因突变导致1型糖尿病和自身免疫的机制 | 携带SKAP2 p.G153R突变的小鼠（NOD和C57BL/6J遗传背景） | 机器学习 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 携带突变的SKAP2小鼠（雌性和雄性）与对照小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 905 | 2026-05-05 |
Halo: a pretrained model for whole-cell segmentation from nuclei images in spatial transcriptomics
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716237
PMID:41993456
|
研究论文 | 介绍Halo，一种基于核形态与RNA转录本空间分布整合的全细胞分割预训练模型，用于空间转录组学中从细胞核图像重建全细胞边界 | 提出Halo模型，直接整合原子核形态与RNA转录本的空间分布，无需特定数据集训练即可应用于新数据集，且在多种组织中优于传统核扩张策略 | NA | 开发一种通用且可规模化的全细胞分割模型，提高图像空间转录组学中细胞边界推断的准确性和可重复性 | 空间转录组学中的细胞核图像和RNA转录本坐标 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | Cellpose-SAM | 图像 | 12种组织类型的Xenium多模态数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | NA |
| 906 | 2026-05-05 |
Comparative single cell analysis of wound and cancer identifies the metabolic dialogues between tumor initiating stem cells and macrophages
2026-Apr-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.02.716187
PMID:41993506
|
研究论文 | 通过比较单细胞分析揭示伤口愈合与癌症中肿瘤起始干细胞与巨噬细胞之间的代谢对话 | 首次通过比较单细胞RNA测序揭示伤口相关巨噬细胞与肿瘤相关巨噬细胞的差异，发现失调的脂质代谢是TAMs的独特特征，并识别SOX2肿瘤起始干细胞为调控TAMs脂质代谢和细胞状态的关键协调者 | NA | 探究伤口相关巨噬细胞与肿瘤相关巨噬细胞的分子和功能差异，以及肿瘤起始干细胞如何调节TAMs的代谢对话 | 皮肤伤口愈合和皮肤鳞状细胞癌进展过程中的巨噬细胞和SOX2肿瘤起始干细胞 | 机器学习 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 907 | 2026-05-05 |
Mapping whole-organism genetic comorbidities across model Species using unified ontologies
2026-04-04, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyag038
PMID:41664592
|
研究论文 | 利用统一本体论跨物种绘制全生物体遗传合并症图谱 | 首次开发了跨物种表型本体整合框架，结合新构建的生殖表型本体与标准化全身体表型类别，实现了小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫和人类之间的直接跨物种比较 | 仅分析了与无梗阻性无精症相关的基因，且跨物种表型比较依赖于现有数据库的完备性和注释质量 | 识别与无梗阻性无精症相关基因在全生物体层面的合并症模式，揭示男性不育与系统性疾病之间的共享遗传基础 | 204个小鼠生精失败相关基因及其在人、小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫中的直系同源基因和表型注释 | 机器学习 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序、基因本体注释 | 聚类分析 | 基因型-表型关联数据、单细胞RNA测序数据、全身体基因表达数据 | 204个小鼠基因，涵盖多种跨物种模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 908 | 2026-05-05 |
Single-cell, clonal and spatial atlases of cranial placodes illuminate their specification and evolution
2026-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.01.715621
PMID:41959073
|
研究论文 | 整合单细胞、克隆和空间图谱揭示颅窝的发育和进化机制 | 首次将单细胞RNA测序、空间转录组学和高分辨率克隆追踪整合，构建颅窝发育的综合性图谱，揭示前体细胞连续转录景观及竞争性谱系分离模型 | 未明确提及研究局限性，可能包括样本量有限或跨物种比较的潜在偏差 | 解析颅窝前体细胞的谱系分化动态和进化起源 | 脊椎动物颅窝及其前体细胞 | 生物信息学, 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 克隆追踪 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 克隆谱系数据 | 涉及多个脊椎动物样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 909 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptomics of acetaminophen-induced responses in human 2D and 3D liver microtissues
2026-04, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04296-6
PMID:41535591
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术比较对乙酰氨基酚在人类2D单层和3D肝微组织中的细胞反应，揭示氧气可用性与药物代谢之间的相互作用 | 首次在人源2D和3D肝细胞培养模型中，通过单细胞转录组学系统比较对乙酰氨基酚诱导的细胞反应差异，特别是氧气张力对代谢活性和药物解毒途径的影响 | 2D培养仅使用低剂量暴露，未进行高剂量对比；研究仅在体外模型中进行，缺乏体内验证 | 评估人源2D和3D肝细胞培养模型在药物性肝损伤研究中的生理相关性，了解氧气微环境对对乙酰氨基酚代谢和毒性的影响 | 原代人肝细胞、库普弗细胞和肝内皮细胞组成的2D单层和3D球体培养物 | 数字病理学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 2D和3D肝细胞培养物，暴露于低浓度（350µM）和高浓度（2687µM）对乙酰氨基酚，2D仅接受低剂量 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 910 | 2026-05-05 |
Human hippocampal neurogenesis in adulthood, ageing and Alzheimer's disease
2026-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-10169-4
PMID:41741649
|
研究论文 | 通过多组学单细胞测序技术，研究了人类海马神经发生在成年期、衰老和阿尔茨海默病中的变化及其分子机制 | 首次利用多组学单细胞测序（单细胞核RNA测序和单细胞核ATAC测序）分析大规模海马样本，揭示了神经发生失调与染色质可及性变化的关联，并识别了SuperAgers中的‘韧性特征’ | 研究仅基于死后人体样本，样本量有限，且未直接验证神经发生在认知功能中的因果关系 | 探索人类海马神经发生是否存在，以及其在衰老和阿尔茨海默病中的调控机制和认知影响 | 来自不同队列的人类死后海马样本，包括记忆完整的年轻成人、无认知障碍的老年人、有非凡记忆能力的老年人（SuperAgers）、临床前中间病理成人及阿尔茨海默病患者 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞核RNA测序、单细胞核ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 355,997个海马样本的单细胞核 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞核RNA测序和单细胞核ATAC测序 |
| 911 | 2026-05-05 |
Prosta-omics: machine learning-driven TPSA prediction and molecular modeling of ASPM-inhibitors for prostate cancer treatment
2026-Apr, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-026-11470-0
PMID:41781783
|
研究论文 | 提出Prosta-Omics整合流程，将单细胞转录组学、化学信息学和机器学习结合，用于前列腺癌生物标志物发现和药物筛选 | 首次将单细胞RNA测序、机器学习预测拓扑极性表面积与分子对接相结合，构建从组学到治疗的全链条精准医学平台 | 未进行体外或体内实验验证预测化合物的实际疗效 | 开发整合组学与机器学习的前列腺癌精准治疗策略，筛选新型治疗靶点和候选药物 | 前列腺癌组织样本中的恶性及非恶性细胞群体 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟，ADMET分析 | 随机森林 | 单细胞转录组数据，分子SMILES数据 | 前列腺癌组织样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 912 | 2026-05-05 |
Maternal obesity induces activator protein 1-mediated inflammatory response to impair embryonic neurogenesis
2026-04, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP289326
PMID:41823327
|
研究论文 | 母体肥胖通过激活蛋白1介导的炎症反应损害胚胎神经发生 | 首次通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示母体肥胖通过激活蛋白1转录因子增强炎症基因染色质可及性，从而抑制胚胎神经发生 | 未说明 | 探讨母体肥胖影响胚胎神经发育的分子机制 | 母鼠及其胚胎（E11.5和E13.5） | 单细胞组学 | 母体肥胖、神经发育障碍 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞基因表达数据、单细胞染色质可及性数据 | 对照组和高脂饮食组母鼠胚胎（E11.5和E13.5） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 |
| 913 | 2026-05-05 |
How to efficiently establish animal models of cholangiocarcinoma: challenges and inspiration
2026-Apr, Medical review (2021)
DOI:10.1515/mr-2025-0081
PMID:42078198
|
综述 | 本文综述了胆管癌动物模型建立的方法、挑战与启示，重点讨论了原发性胆管癌模型在临床前研究中的应用及其局限性 | 强调单细胞测序技术在癌症模型研究中的创新应用和巨大潜力，并系统分析了肝内外胆管发育差异对模型构建的影响 | 原生胆管癌模型存在固有局限性，需要进一步改进和优化 | 为建立更先进、更具临床相关性的胆管癌模型提供建议和推荐 | 胆管癌动物模型（包括原发性胆管癌模型、胆管癌类器官等） | 机器学习 | 胆管癌 | NA | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 914 | 2026-05-05 |
Cross-Species Multi-Omics Profiling Identifies Conserved Activated Valvular Interstitial Cell Population Driving Myxomatous Mitral Valve Degeneration
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.23.713796
PMID:41929066
|
研究论文 | 通过跨物种多组学分析，识别出在粘液性二尖瓣退变中保守活化的瓣膜间质细胞群体 | 首次整合单细胞RNA测序与空间转录组学，跨物种（小鼠和人）构建二尖瓣退变细胞图谱，发现保守的活化瓣膜间质细胞状态及其空间分布 | 未明确说明研究局限性 | 解析瓣膜间质细胞的分子异质性及其在粘液性二尖瓣退变中的致病机制 | 小鼠模型（原纤维蛋白-1缺陷）及人类组织标本（散发性二尖瓣脱垂和马凡综合征相关二尖瓣脱垂） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录数据 | 小鼠和人类组织标本，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 915 | 2026-05-05 |
CD68 identified as a regulator of human melanocyte development and function
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.02.003
PMID:41722766
|
研究论文 | 本研究鉴定CD68为黑色素细胞发育和功能的调节因子，通过构建人类胚胎干细胞分化模型并结合单细胞RNA测序揭示其在黑色素生成中的新作用 | 首次发现传统上被认为是巨噬细胞标志物的CD68在黑色素细胞生物学中发挥调节作用，突破了其仅与免疫细胞相关的传统认知 | NA | 探究CD68在黑色素细胞发育和功能中的新角色 | 人类胚胎干细胞分化的黑色素细胞发育模型 | 机器学习 | 色素性疾病 | 单细胞RNA测序 | 单细胞取向追踪算法 | 单细胞基因表达数据 | 5个关键发育时间点（第0、6、9、11和25天）的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 916 | 2026-05-05 |
Single-cell transcriptome defines cell-type repertoire of adult Daphnia magna
2026-01-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyaf234
PMID:41145233
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析成年雌雄大型溞的细胞类型图谱 | 首次在大型溞中基于单细胞转录组鉴定超过25种细胞类型，并与果蝇细胞图谱进行跨物种比较，发现非循环血细胞群体 | 未进行功能验证实验，部分细胞类型功能注释基于同源性推断 | 建立大型溞成体细胞类型转录组参考图谱，以支撑生态生理学、毒理学和进化基因组学研究 | 成年雌性和雄性大型溞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个单细胞RNAseq实验（雌性和雄性个体） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 917 | 2026-05-05 |
Advances in Massive Parallel Sequencing: From Genomics to Spatial Transcriptomics
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_3
PMID:42071139
|
综述 | 综述大规模并行测序从基因组学到空间转录组学的技术进步 | 系统梳理了测序技术从桑格测序到下一代测序再到单细胞和空间转录组学的演进脉络，突出概念创新如大规模并行化、克隆扩增和循环检测化学 | 未对具体技术细节进行比较或分析局限性 | 回顾测序技术的发展历程及其对生物学研究的影响 | 测序技术及其在基因组学、单细胞和空间转录组学中的应用 | 基因组学 | NA | 桑格测序、下一代测序、单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 918 | 2026-05-05 |
Key Concepts in Transcriptomics Data Analysis in the Era of Next-Gen Sequencing
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-18966-0_11
PMID:42071147
|
综述 | 讨论二代测序时代转录组学数据分析的关键概念与方法 | 整合了批量与单细胞转录组学的基本及高级分析方法 | 未提供具体实验数据或验证结果，仅为方法概述 | 介绍转录组学数据分析的核心概念与技术 | RNA测序数据及分析方法 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 919 | 2026-05-05 |
The Gut-Brain Axis in Alzheimer's: From Microbiota Genetics to Stigmasterol's Neuroprotection Mechanism
2026, Degenerative neurological and neuromuscular disease
IF:2.1Q3
DOI:10.2147/DNND.S580890
PMID:42077232
|
研究论文 | 通过肠道菌群遗传学分析，发现豆甾醇通过STIM1/Orai1通路发挥神经保护作用的机制 | 首次整合孟德尔随机化、单细胞和空间转录组学揭示肠道菌群与阿尔茨海默病的因果关系，并鉴定豆甾醇作为靶向STIM1/Orai1通路的天然化合物 | 实验验证仅限于体外SH-SY5Y细胞模型，缺乏体内动物实验和临床样本验证 | 利用肠-脑轴探究肠道菌群在阿尔茨海默病中的治疗靶点，并预测潜在天然化合物及其作用机制 | 阿尔茨海默病相关基因、肠道菌群遗传变异、豆甾醇 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化、SMR分析、单细胞转录组学、空间转录组学、网络药理学、分子对接 | CNN（未明确提及，基于上下文推测），但更准确为因果推断和药物预测模型 | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、分子结构数据 | 未明确提及样本量 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 920 | 2026-05-05 |
Advances in multi-omics research on neuroblastoma
2026, Frontiers in pediatrics
IF:2.1Q2
DOI:10.3389/fped.2026.1739376
PMID:42078544
|
综述 | 综述转录组学、放射组学和数字病理学等多组学方法在神经母细胞瘤诊断和治疗中的作用 | 强调多组学融合策略克服单一数据类型的局限，构建更精确的疾病分类模型并推动个性化治疗方案开发 | 未提及具体研究方法或数据，可能缺乏实证支持 | 探讨多组学方法在提高神经母细胞瘤诊断精度和优化治疗决策中的应用 | 神经母细胞瘤的转录组、放射组学和病理组学数据 | 计算机视觉, 自然语言处理, 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 转录组测序, 单细胞测序, 放射组学分析, 数字病理学分析, 人工智能 | NA | 基因表达数据, 图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |