单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-06-06	DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99046 PMID:39239526	research paper	该研究通过整合单细胞、批量和空间转录组分析及多重免疫荧光技术，揭示了肝细胞癌和肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用	首次全面解析了CAFs在肝细胞癌和肝内胆管癌中的异质性及其与TAMs的相互作用，揭示了这种相互作用在形成免疫屏障和影响临床结果中的关键作用	研究样本量相对有限（90例HCC患者），且部分发现需要进一步验证	探索CAFs在肝细胞癌和肝内胆管癌中的异质性及其与TAMs的相互作用，以提高免疫治疗效果和改善临床结果	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	liver cancer	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, spatial transcriptome profiling, multiplexed immunofluorescence	NA	transcriptomic data, immunofluorescence data	235个肝癌单细胞RNA-seq样本（超过120万个细胞）和90例HCC患者的临床队列
902	2025-06-06	Oncofetal TRIM71 drives liver cancer carcinogenesis through remodeling CEBPA-mediated serine/glycine metabolism 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99633 PMID:39267787	研究论文	该研究揭示了TRIM71通过重塑CEBPA介导的丝氨酸/甘氨酸代谢驱动肝癌发生的机制	首次发现TRIM71在肝癌中特异性表达，并通过m6A依赖的方式稳定CEBPA mRNA，促进丝氨酸/甘氨酸代谢通路	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需要进一步验证	探索肝癌维持恶性特征的核心调控因子	肝癌细胞及其微环境	癌症生物学	肝癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	小鼠模型	RNA测序数据	胎儿肝脏、正常肝脏、肝肿瘤及其邻近组织的样本
903	2025-06-06	MCT1-mediated endothelial cell lactate shuttle as a target for promoting axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96374 PMID:39310103	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤(SCI)后内皮细胞与神经元间的乳酸穿梭机制及其对轴突再生的影响	发现了MCT1介导的内皮细胞-神经元乳酸穿梭在脊髓损伤修复中的新作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脊髓损伤后代谢改变对神经组织重塑和功能恢复的影响	脊髓损伤小鼠模型中的内皮细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	代谢组学分析、单细胞RNA测序、腺相关病毒(AAV)载体技术	NA	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明数量的SCI小鼠模型
904	2025-06-06	Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98620 PMID:39310107	research paper	该研究通过建立条件性敲除小鼠模型，揭示了DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次揭示了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的功能，发现其缺失会导致精子发生缺陷和雄性不育	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育和精子发生过程中的功能	条件性敲除DIS3L2的小鼠模型	生殖生物学	不育症	bulk RNA-seq, scRNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	条件性敲除小鼠睾丸组织
905	2025-06-06	Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.97276 PMID:39346534	研究论文	本研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺失通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝癌发生的机制	揭示了Smad4在肝细胞中通过调控CXCL10/mTOR/LDHA通路增强CD8 T细胞糖酵解活性的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明Smad4在肝细胞中调控肝癌发生的具体作用机制	肝细胞特异性Smad4缺失小鼠模型和HCC患者样本	肿瘤免疫学	肝癌	免疫荧光、FACS、单细胞RNA测序	小鼠肝癌模型	基因表达数据、免疫细胞分析数据	未明确说明样本数量，包括基因工程小鼠和HCC患者样本
906	2025-06-06	Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100417 PMID:39346541	研究论文	通过单细胞RNA测序分析辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化及Nur77的参与	首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤的转录框架，并鉴定了关键分子Nur77的功能	研究样本量有限，仅包括核事故患者和辐射暴露大鼠的皮肤样本	阐明辐射诱导皮肤损伤的分子机制及潜在治疗靶点	人类皮肤样本和大鼠皮肤样本	数字病理	皮肤损伤	scRNA-Seq	NA	RNA序列数据	核事故患者的皮肤样本和辐射暴露大鼠的皮肤样本
907	2025-06-06	Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99038 PMID:39431015	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，揭示了肺部和网膜结核肉芽肿的免疫微环境特征	首次利用空间转录组学技术分析了结核肉芽肿中细胞群体的空间分布和转录组特征，并鉴定了与肉芽肿形成相关的关键基因	样本量较小（仅4例临床活检样本），且未涉及其他器官的结核肉芽肿研究	解析结核肉芽肿形成和发展的核心转录组特征	结核分枝杆菌感染的肺组织和网膜组织	数字病理	结核病	空间转录组测序	organoid-macrophage共培养模型	空间转录组数据	4例临床活检样本（2例结核感染，2例非结核对照）
908	2025-06-06	SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107124 PMID:37434694	研究论文	本文提出了一种名为SCING的新方法，用于从单细胞和空间转录组数据中推断稳健且可解释的基因调控网络	SCING结合了梯度提升和互信息方法，提高了基因调控网络推断的准确性和生物可解释性，并能校正批次效应	NA	改进单细胞和空间转录组数据中的基因调控网络推断方法	小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	梯度提升和互信息方法	单细胞和空间转录组数据	整个小鼠单细胞图谱数据
909	2025-06-05	Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278 PMID:40448976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，整合跨疾病的肺髓系细胞数据，揭示了体外模型中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的特征	研究验证了3D人类细胞培养模型作为更接近体内环境的模型，可用于临床前测试靶向巨噬细胞的新药	研究受限于缺乏已验证的人类临床前模型	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症治疗中的潜在作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D人类细胞培养模型	RNA测序数据	NA
910	2025-06-05	RETRACTED: Deciphering the prognostic landscape of osteosarcoma: Integrating the roles of hippo pathway genes, programmed cell death, and the tumor immune microenvironment 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24280 PMID:38622820	研究论文	本研究通过分析Hippo信号通路与肿瘤免疫微环境(TME)的相互作用，探讨了骨肉瘤的分子基础及其预后标志物	鉴定了131个与Hippo通路相关的基因，并从中筛选出8个关键基因(DLG5、WNT11等)与患者预后显著相关，揭示了免疫逃避模式与不良预后的关联	研究基于公共数据集(TARGET-OS和GTEx)，可能需要更多独立样本验证	探索骨肉瘤的分子机制及预后标志物	骨肉瘤患者样本及其转录组数据	数字病理学	骨肉瘤	转录组数据分析、单细胞测序	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	转录组数据	TARGET-OS数据集和GTEx对照样本
911	2025-06-05	RETRACTED: Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24243 PMID:38572681	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性	利用单细胞转录组测序技术深入探索食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境机制，并成功构建预后风险模型和筛选关键基因UPF3A	样本量相对较小，仅包括60个肿瘤样本和4个癌旁样本	研究食管鳞状细胞癌的致癌机制和潜在关键分子事件	食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	LASSO分析	单细胞RNA测序数据	60个肿瘤样本和4个癌旁样本
912	2025-06-05	RETRACTED: Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24189 PMID:38476113	研究论文	本研究利用网络药理学探讨黄芪作为原发性肝癌新型治疗选择的潜力，揭示其分子和细胞机制	整合系统生物学、药物相互作用网络和毒理学视角，首次在单细胞分辨率下分析黄芪对肝癌的基因表达影响	研究结果需要进一步的体内实验验证	探索黄芪作为原发性肝癌治疗药物的潜在靶点和作用机制	黄芪及其活性成分对原发性肝癌细胞的影响	网络药理学	肝癌	scRNA-seq, UMAP, tSNE, 基因本体分析, KEGG通路分析, 基因集变异分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, 分子对接	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	处理组与对照组各20个基因表达变化, 15个独特的细胞簇, 9个MT1相关细胞亚群, 5个通过SingleR包指定的细胞亚群
913	2025-06-05	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Jul-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞技术和空间转录组学揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞亚型的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键性	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对精准治疗的潜在影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
914	2025-06-05	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24542 PMID:40358431	撤稿声明	该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求而被撤稿	NA	提交和同行评审过程被破坏，且作者未验证样本来源	NA	NA	NA	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
915	2025-06-05	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制及其与免疫抑制和不良预后的关联	揭示了PDGFRB作为引导间充质干细胞向更成熟的血管/血管周围基质细胞（PVSC）分化的潜在驱动基因，并发现了PVSCs与免疫抑制性髓系细胞亚群之间的相互作用	样本量较小（16例原发性胶质瘤患者样本），且机制研究仍需进一步验证	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖（MVP）的机制及其临床意义	胶质母细胞瘤患者样本中的血管/血管周围基质细胞（PVSC）和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，RNA速度分析，数字空间分析	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
916	2025-06-05	Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress 2025-Jun-04, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077 PMID:40397040	研究论文	研究探讨了花青素Malvidin通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用	首次揭示了Malvidin通过JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激来缓解急性肺损伤的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估Malvidin对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制	脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型	生物医学	急性肺损伤	单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明小鼠数量
917	2025-06-05	Cross-Analysis of Single-Cell Transcriptomic Datasets Reveals Conserved Neurogenic Gene Signatures and New Insights Into Neural Stem Cell Aging 2025-Jun-04, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70106 PMID:40464165	research paper	该研究通过跨分析单细胞转录组数据集，揭示了神经干细胞（NSCs）在神经发生和衰老过程中的保守基因特征和新见解	提出了新的标记物作为标准化参考，并通过伪时间推断分析探索了NSCs的时间动态及其向神经祖细胞的进展	研究中提到的NSCs分子分类和功能解析的挑战尚未完全解决	解决当前文献中细胞类型注释的不一致性，并提供一个研究NSCs不同状态的框架	海马成体神经干细胞（NSCs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间推断分析	转录组数据	公开可用的单细胞RNA测序数据集
918	2025-06-05	HLA-DR⁺ Tumor Cells Show an Association with a Distinct Immune Microenvironment and CD8⁺ T-Cell Exhaustion in HBV-Associated Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502979 PMID:40464412	研究论文	该研究通过整合最大的公开可用的肝细胞癌单细胞RNA测序数据集和多尺度蛋白质水平验证，发现HLA-DR⁺肿瘤细胞是HBV相关肝细胞癌的独特特征，并与免疫抑制微环境和CD8⁺ T细胞耗竭相关	首次发现HLA-DR⁺肿瘤细胞是HBV相关肝细胞癌的独特特征，并揭示了其与免疫抑制微环境和T细胞耗竭的关联	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证HLA-DR⁺肿瘤细胞的功能机制	探索HBV相关肝细胞癌中肿瘤微环境的免疫抑制机制	HBV相关肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光、组织微阵列	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	160个样本(来自124名患者)的scRNA-seq数据，198个HCC标本的组织微阵列数据
919	2025-06-05	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Jun-04, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	research paper	研究探讨了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼种类在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	首次详细描述了四种鲑鱼鳞状皮肤的形态学特征，并揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生	仅在第三次试验中使用轻度麻醉才成功在所有四种鲑鱼中实现鲑鱼虱的侵染，可能影响结果的普遍性	研究鲑鱼对鲑鱼虱的易感性及抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉红鲑鱼、银鲑鱼和狗鲑鱼）	水产病理学	寄生虫感染	组织学分析、蛋白质组学分析和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼种类，在侵染后12、24、36、48、60和168小时采集皮肤和鳍样本
920	2025-06-05	Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation 2025-Jun-04, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01616-y PMID:40465018	研究论文	本研究通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟，分析了全氟和多氟烷基物质（PFAS）对乳腺癌的潜在靶点和作用机制	首次采用多组学整合方法揭示PFAS通过影响脂质代谢、氧化磷酸化和免疫调节等关键细胞过程促进乳腺癌发展的分子机制	研究主要基于计算模拟和组学分析，缺乏体内实验验证	探究PFAS促进乳腺癌发展的分子机制	全氟和多氟烷基物质（PFAS）及其对乳腺癌的影响	计算生物学	乳腺癌	网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学、分子模拟	PPI网络分析	组学数据	NA