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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-03-03 |
Pitfalls in analysis and interpretation of single-cell RNA-seq data in cancer
2026-Mar, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf047
PMID:41769412
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综述 | 本文讨论了癌症研究中单细胞和单核RNA测序数据分析的常见陷阱及其克服方法 | 系统性地识别并总结了癌症sc/snRNA-seq分析中的常见错误,包括统计分析、染色体畸变推断、轨迹分析和基于特征的批量RNA-seq数据分析中的潜在问题 | 作为一篇综述,未提供新的实验数据或具体案例分析,主要基于现有文献和经验进行讨论 | 旨在帮助研究人员避免单细胞RNA测序数据分析中的常见错误,提高分析质量和结果解释的可靠性 | 癌症研究中的单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 902 | 2026-03-03 |
Redefining the immune microenvironment of gliomas in the era of single-cell genomics
2026-Mar, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf087
PMID:41769417
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综述 | 本文回顾了单细胞基因组学时代下对胶质瘤肿瘤免疫微环境(TIME)的重新定义,并探讨了其对开发有效免疫疗法的影响 | 利用单细胞RNA测序等单细胞技术,系统性地重新定义了胶质瘤的免疫微环境,强调了非恶性细胞及其与癌细胞相互作用的重要性 | 本文为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有研究进行总结和展望 | 总结单细胞基因组学对胶质瘤肿瘤免疫微环境(TIME)的研究进展,并探索其对免疫疗法开发的启示 | 胶质瘤的肿瘤免疫微环境(TIME),包括恶性细胞和非恶性细胞(如免疫细胞) | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 903 | 2026-03-03 |
Current landscape of single-cell genomics in meningioma
2026-Mar, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf133
PMID:41769414
|
综述 | 本文综述了单细胞基因组学在脑膜瘤研究中的当前应用与未来机遇 | 整合了单细胞测序技术、空间分辨数据和功能基因组学方法,以单细胞分辨率全面研究脑膜瘤的转录组和表观基因组,揭示肿瘤内和肿瘤间的异质性 | NA | 探讨单细胞组学在脑膜瘤研究中的应用现状与未来发展方向 | 脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据、表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 904 | 2026-03-03 |
Identification of GLDN+ odontogenic stem cells as crucial for human tooth development and regeneration
2026-Feb-28, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00419-y
PMID:41760598
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序识别了人牙乳头中的GLDN+牙源性干细胞,并证实其在牙齿发育和再生中的关键作用 | 首次在人牙乳头中鉴定出GLDN+牙源性干细胞这一关键亚群,并揭示了其通过BMP5信号通路维持表型和功能的机制 | 研究主要基于体外和异位再生模型,在体功能验证和临床转化潜力仍需进一步探索 | 揭示人牙乳头细胞异质性,鉴定参与牙齿发育和再生的关键干细胞亚群 | 人牙乳头细胞 | 单细胞组学 | 牙科疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 905 | 2026-03-03 |
Tumor-Educated Extracellular Vesicle-Derived LINC01116 Drives Non-Small Cell Lung Cancer Progression and Immunosuppression by Sponging miR-3614-5p to Upregulate ARHGAP1
2026-Feb-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116347
PMID:41764827
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研究论文 | 本研究探讨了细胞外囊泡来源的长链非编码RNA LINC01116通过海绵吸附miR-3614-5p上调ARHGAP1,从而促进非小细胞肺癌进展和免疫抑制的机制 | 首次揭示了肿瘤来源细胞外囊泡中的LINC01116通过ceRNA机制调控miR-3614-5p/ARHGAP1轴,影响肿瘤微环境中巨噬细胞极化,为NSCLC提供了新的预后标志物和治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床样本验证相对有限,且具体信号通路下游机制有待进一步阐明 | 探究细胞外囊泡来源lncRNA在非小细胞肺癌进展和肿瘤免疫微环境中的作用 | 非小细胞肺癌组织、患者血液来源细胞外囊泡、肺癌细胞系、巨噬细胞及小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 生物信息学分析、RNA pull-down、RIP、荧光素酶报告基因检测、单细胞RNA测序 | ceRNA网络模型 | 基因表达数据、RNA序列数据 | TCGA数据库数据及NSCLC患者血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 906 | 2026-03-03 |
Step-by-Step Protocol for In Situ Profiling of RNA Subcellular Localization Using TATA-seq
2026-Feb-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5611
PMID:41769253
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TATA-seq的原位RNA亚细胞定位分析详细实验方案 | 开发了一种利用抗体靶向和T7启动子介导的线性扩增,对无膜细胞器内RNA进行原位、高灵敏度测序的新方法 | NA | 建立一种高效、直接的方法来检测和展示无膜细胞器内RNA的分布与多样性 | 无膜细胞器(如核斑、旁斑等)内的RNA | 空间转录组学 | NA | Target Transcript Amplification and Sequencing (TATA-seq) | NA | RNA测序数据 | 低输入样本(<10,000个细胞) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 907 | 2026-03-03 |
Modulating Bacteroides to boost anti-PD-1 immunotherapy in HCC
2026-Feb-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013755
PMID:41702649
|
研究论文 | 本研究通过调控肠道菌群中的拟杆菌属,特别是Bacteroides thetaiotaomicron,揭示了其通过KLF2/TLR9信号通路重编程树突状细胞,从而增强肝细胞癌抗PD-1免疫疗法疗效的机制 | 首次鉴定出Bacteroides thetaiotaomicron为增强抗PD-1疗效的关键免疫调节菌种,并阐明了其通过DC细胞的KLF2/TLR9信号轴激活抗原特异性CD8+ T细胞的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;微生物调控的具体操作方案(如ABX-3抗生素鸡尾酒)的长期安全性和标准化有待评估 | 探究肠道菌群调控如何增强肝细胞癌(HCC)抗PD-1免疫疗法的疗效 | 肝细胞癌(HCC)患者及小鼠模型、肠道菌群(特别是拟杆菌属)、树突状细胞、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学、微生物组学 | 肝细胞癌 | 16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植(FMT)、抗生素调控、功能验证实验 | NA | 基因测序数据、微生物组数据、单细胞转录组数据 | 抗PD-1响应的HCC患者及小鼠HCC模型 | NA | 16S rRNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 908 | 2026-03-03 |
A decline in follicle cell function is a major driver of Drosophila ovarian aging
2026-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.05.704044
PMID:41676725
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和遗传操作,揭示了果蝇卵巢衰老中滤泡细胞功能下降是主要驱动因素 | 发现滤泡细胞功能下降是卵巢衰老的关键驱动因素,并通过过表达Atg8a基因改善衰老表型 | 研究基于果蝇模型,结果在哺乳动物中的适用性需进一步验证 | 探究果蝇卵巢衰老的细胞机制 | 果蝇卵巢中的滤泡细胞和其他细胞类型 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 未明确样本数量,但涉及年轻和年老果蝇卵巢细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 909 | 2026-03-03 |
Harnessing Inflammatory Monocytes to Overcome Resistance to Anti-PD-1 Immunotherapy
2026-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.05.704029
PMID:41676732
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研究论文 | 本研究探讨了通过激活炎症单核细胞来克服抗PD-1免疫疗法耐药性的机制 | 发现CD8+ T细胞在肿瘤细胞缺乏抗原呈递的情况下仍能通过分泌IFNγ控制肿瘤生长,并识别出炎症单核细胞在CD40激动剂治疗中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证仍需进一步临床研究 | 克服免疫检查点抑制剂的获得性耐药性 | 黑色素瘤和结直肠癌模型中的肿瘤浸润免疫细胞 | 免疫肿瘤学 | 黑色素瘤,结直肠癌 | 单细胞RNA-seq,流式细胞术,体外功能实验 | NA | RNA-seq数据,单细胞RNA-seq数据 | 小鼠模型及已发表的人类RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 910 | 2026-03-03 |
Activated Human Pancreatic Stellate Cells SignatureCommunication in Type 1 Diabetes
2026-Feb-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-8704281/v1
PMID:41674826
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了1型糖尿病中激活的胰腺星状细胞在细胞间通讯中的关键作用 | 首次利用单细胞转录组学数据探索了1型糖尿病中激活的胰腺星状细胞的细胞间通讯特征,并识别了相关的信号通路变化 | 研究基于公开数据库的样本,样本量有限,且未进行实验验证 | 探究1型糖尿病中激活的胰腺星状细胞在细胞间通讯中的作用及其与疾病病理的关系 | 人类胰腺胰岛的单细胞RNA测序数据,包括1型糖尿病患者和对照组的样本 | 单细胞转录组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | CellChat R包 | 单细胞转录组数据 | 20名供体(包括1型糖尿病患者和对照组) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 911 | 2026-03-03 |
Performance of Naiive Spectral Geometric Models in Histopathology AI
2026-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.30.702908
PMID:41676645
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研究论文 | 本文系统评估了纯谱模型在数字病理学任务中的性能,并与CNN基线进行比较 | 首次对纯谱模型在数字病理学任务中进行系统评估,发现其作为CNN的补充工具在可解释性和处理方面具有价值 | 谱模型在空间转录组学任务中泛化能力差,性能未超越CNN基线 | 评估纯谱模型在数字病理学AI任务中的性能 | 数字病理学图像数据,包括乳腺癌组织切片、胶质母细胞瘤区域分类、空间转录组学和去噪任务 | 数字病理学 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 | 谱几何特征, SNO嵌入 | 谱模型, CNN, 融合模型 | 图像, 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium 10x |
| 912 | 2026-03-03 |
Integrative Multi-Omics Analysis Prioritizes Candidate Genes for Essential Tremor and Reveals a Gap Between Computational Prediction and Experimental Validation
2026-Feb, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society
IF:7.4Q1
DOI:10.1002/mds.70101
PMID:41178806
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研究论文 | 本研究通过多阶段计算框架整合多组学数据,优先筛选出12个与原发性震颤相关的高置信度候选基因,并揭示了计算预测与实验验证之间的差距 | 开发了一个整合跨组织转录组关联研究、组织特异性TWAS、基因关联分析、因果推断、共表达网络分析和药物基因组学的多阶段计算框架,并首次提出了原发性震颤的皮层假说 | 在死后小脑组织验证中未发现候选基因的显著差异表达,计算预测与现有患者组织验证结果存在不一致 | 阐明原发性震颤的遗传结构,将GWAS位点转化为效应基因以揭示疾病机制并开发靶向疗法 | 原发性震颤相关基因 | 生物信息学 | 原发性震颤 | GWAS, TWAS, 空间转录组学, 共表达网络分析, 药物基因组学 | UTMOST, FUSION, MAGMA, SMR, GeneMANIA | 基因组关联数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 两个独立的死后脑组织数据集(来自ET患者和对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 913 | 2026-03-03 |
Exploring the mechanism and therapeutic potential of BUB1 in regulating esophageal cancer progression based on 5-FU target prediction
2026-Jan-31, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04486-3
PMID:41618008
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探索BUB1作为5-FU潜在靶点在食管癌进展中的机制及治疗潜力 | 结合生物信息学分析和实验验证,首次系统性地将BUB1鉴定为5-FU在食管癌中的潜在治疗靶点,并揭示其通过调控细胞周期影响肿瘤侵袭迁移能力 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证;临床相关性分析中BUB1表达与TNM分期无显著关联,其临床转化价值需进一步评估 | 从现有化疗方案中识别新的药物靶点,为食管癌治疗开发新策略 | 食管癌组织、KYSE150/TE1人食管癌细胞系 | 生物信息学 | 食管癌 | 多组学分析、单细胞测序、Western blot、细胞划痕/Transwell实验、克隆形成实验 | WGCNA共表达网络、PPI网络、MCODE分析 | 基因表达数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据 | GEO数据集GSE17351、GSE196756单细胞测序数据、TCGA食管癌数据、KYSE150/TE1细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 914 | 2026-03-03 |
A spatially resolved atlas of gastric cancer characterises a lymphocyte-aggregated region
2026-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68612-z
PMID:41593079
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术,揭示了胃癌肿瘤微环境的空间组织特征,特别是淋巴细胞聚集区域的结构和功能 | 首次在胃癌中结合单细胞和空间转录组学技术,识别出淋巴细胞聚集区域,并揭示了其与T细胞激活和免疫治疗生物标志物的空间关联 | NA | 探索胃癌肿瘤微环境的细胞组成和空间组织,以寻找免疫治疗生物标志物 | 胃癌组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 915 | 2026-03-03 |
Spatial FBA reveals heterogeneous Warburg niches in renal tumors and lactate consumption in colorectal cancer
2026-Jan-27, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00654-x
PMID:41593100
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研究论文 | 本研究开发了一种空间通量平衡分析(spFBA)框架,用于从空间转录组数据中估计代谢通量,揭示了结直肠癌和肾癌中的异质性代谢特征 | 提出了spFBA框架,首次将空间约束整合到代谢通量分析中,能够从空间转录组数据中推断相对代谢通量,揭示了传统基因表达分析无法检测的代谢程序 | 该方法依赖于相对代谢通量估计,可能无法提供绝对通量值;且需要空间转录组数据作为输入,限制了其在非空间数据中的应用 | 研究空间约束如何塑造癌症代谢,并开发新方法从空间转录组数据中揭示代谢异质性 | 结直肠癌(CRC)的原发肿瘤和肝转移样本,以及肾癌样本 | 空间转录组学 | 结直肠癌,肾癌 | 空间转录组学,通量平衡分析(FBA) | 空间通量平衡分析(spFBA)框架 | 空间转录组数据 | 新生成的高分辨率配对结直肠癌原发肿瘤和肝转移数据集,以及独立的公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 916 | 2026-03-03 |
ZNF683+ NK cells govern chemotherapy sensitivity in advanced HPSCC via reshaping immune microenvironment
2026-Jan-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68676-x
PMID:41565699
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术,揭示了ZNF683+ NK细胞通过重塑免疫微环境调控晚期下咽鳞状细胞癌化疗敏感性的机制 | 首次通过纵向单细胞测序分析配对治疗前后的HPSCC样本,鉴定出ZNF683+ NK细胞作为化疗疗效的关键调控者,并发现其通过NK-CD8轴驱动多功能的GZMK+ CD8效应记忆T细胞 | 研究样本量有限,机制验证主要在体外共培养体系中进行,需要更多临床样本和体内实验进一步验证 | 探究下咽鳞状细胞癌化疗耐药的免疫学机制,寻找预测生物标志物和治疗靶点 | 晚期下咽鳞状细胞癌患者配对治疗前后的肿瘤样本 | 单细胞组学 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间多重免疫组化, 体外共培养 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白质表达数据 | 配对治疗前后的HPSCC标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 917 | 2026-03-03 |
Single nuclei and spatial profiling of sacrococcygeal teratomas reveals cellular composition and X inactivation heterogeneity
2026-Jan-21, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01262-4
PMID:41565739
|
研究论文 | 本研究通过单细胞核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了骶尾部畸胎瘤的细胞组成、异质性以及X染色体失活状态与细胞身份之间的联系 | 首次在骶尾部畸胎瘤中结合单细胞核RNA测序与空间转录组学进行分析,揭示了肿瘤的细胞谱系异质性,并发现了女性肿瘤细胞中存在X染色体双等位基因表达现象及其与细胞身份和免疫景观的关联 | 样本量较小(仅8例肿瘤),且未能在研究中检测到假定的多能性细胞群 | 探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层机制以及性别偏好的分子基础 | 骶尾部畸胎瘤组织样本 | 数字病理学 | 畸胎瘤 | 单细胞核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 8例骶尾部畸胎瘤样本(6例产后:1例男性,5例女性;2例产前:均为女性) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 918 | 2026-03-03 |
Age-dependent immune responses and resident cell dynamics in young mice following pneumonia
2026-Jan-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.114219
PMID:41488789
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序,揭示了幼鼠肺炎后年龄依赖的免疫反应和肺驻留细胞动态,强调了早期免疫发育对疾病易感性的影响 | 首次在幼鼠模型中,结合单细胞和批量RNA测序技术,全面绘制了新生儿与幼年鼠肺驻留细胞的转录组图谱,并揭示了年龄特异性免疫动态与健康结局的关联 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且未探讨长期免疫后果或具体治疗干预 | 探究年龄特异性免疫动态与未成熟肺健康结局差异的关联 | 新生和幼年小鼠的肺组织 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及新生和幼年小鼠肺组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 919 | 2026-03-03 |
Spatial transcriptomics reveals molecular heterogeneity and subtype-specific therapeutic targets in small cell lung cancer
2026-Jan-16, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01243-7
PMID:41545500
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了小细胞肺癌的分子异质性,并识别了亚型特异性治疗靶点 | 引入了Edgeindex指标定量评估肿瘤空间结构,并开发了专门的人工神经网络模型进行精确肿瘤注释 | NA | 解析小细胞肺癌的异质性并探索其分子机制 | 小细胞肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 人工神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 920 | 2026-03-03 |
Spatial transcriptomics reveals the mechanistic role of lactate metabolism in the pancreatic ductal adenocarcinoma microenvironment
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1743187
PMID:41766855
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了乳酸代谢在胰腺导管腺癌微环境中的机制作用 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析,系统探究了乳酸代谢在PDAC肿瘤微环境中的具体角色,并构建了基于机器学习的新型预后模型 | 样本量相对有限(8个PDAC样本),且研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质或代谢组层面的验证 | 探究乳酸代谢在胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的作用机制及其临床意义 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织中的恶性细胞及其微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 高通量转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 集成机器学习(StepCox + Enet) | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 92名PDAC患者(ICGC队列),另有多组验证队列(GSE28735: 45例,GSE62452: 69例,GSE183795: 139例),单细胞分析涉及8个PDAC样本的50,795个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |