单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-04-16	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道与大脑之间的感觉传递作用，挑战了传统观点，揭示了其在饮食行为、代谢和认知中的复杂角色	挑战了迷走神经仅作为饱腹感信号被动传递的传统观点，揭示了其主动编码多种餐食相关信息的能力，包括机械拉伸、营养成分、代谢状态和微生物代谢产物	NA	探讨迷走神经在肠道与大脑之间的感觉传递作用及其在饮食行为、代谢和认知中的角色	迷走神经传入神经元（VANs）及其下游脑回路	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
902	2025-04-16	Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation 2025-Mar-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-1697 PMID:40223964	研究论文	本研究通过多组学数据探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发了一个基于哮喘相关基因的肺癌预后模型	首次使用多组学方法研究哮喘与肺癌的关联，并构建了一个基于哮喘相关基因的预后模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发肺癌预后模型	哮喘和肺癌患者	多组学分析	肺癌	全基因组关联研究(GWAS)、批量RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	基因组数据、转录组数据	1990年至2019年的全球疾病负担数据及公共数据库中的RNA测序数据
903	2025-04-16	An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses 2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67753 PMID:40228013	research paper	本文描述了一种高效的方法，用于从新鲜输卵管中提取上皮细胞，用于单细胞分析	提出了一种快速且高效的方法，能够在4-6小时内从输卵管中分离出上皮细胞，且污染较少	未提及该方法在临床样本中的适用性或大规模应用的可行性	开发一种高效的方法用于输卵管上皮细胞的分离，以支持进一步的单细胞分析	人类输卵管上皮细胞	单细胞分析	生殖系统疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞悬浮液	未明确提及样本数量
904	2025-04-16	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	research paper	本文介绍了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，包括疾病	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率映射与复杂性状相关的细胞，并揭示了精神分裂症和抑郁症相关谷氨酸能神经元的不同空间分布和基因表达特征	研究仅使用了胚胎空间转录组数据集和脑空间转录组数据，可能无法完全代表成年或疾病状态下的细胞分布	开发一种方法，用于空间分辨率映射与人类复杂性状相关的细胞，并理解疾病病理学	人类复杂性状相关的细胞，特别是精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究(GWAS)	gsMap	空间转录组数据, GWAS摘要统计数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集和脑空间转录组数据
905	2025-04-16	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫布鲁氏锥虫，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示病原体抗原变异中表达层次性的分子机制	布鲁氏锥虫及其抗原基因	基因组学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
906	2025-02-18	Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease 2025-Mar-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf008 PMID:39957282	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在滑膜关节中的应用，揭示了关节发育和疾病中的新祖细胞和靶点	利用单细胞转录组测序技术，揭示了滑膜关节中不同细胞类型的异质性和相互作用，为关节发育和疾病研究提供了新的视角和策略	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究滑膜关节的发育过程和疾病机制	滑膜关节，包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节	生物信息学	关节炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
907	2025-04-16	Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis 2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-024-01555-x PMID:39373772	研究论文	该研究探讨了双硫仑（DSF）对卵巢切除小鼠骨质疏松的改善作用及其对破骨细胞生成的抑制作用	首次在体内证实DSF通过抑制破骨细胞生成改善骨质疏松，并发现其作用机制与抑制Tnfrsf11a表达相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证效果	探究DSF对骨质疏松的治疗潜力及其作用机制	卵巢切除诱导骨质疏松的小鼠模型	骨代谢研究	骨质疏松症	microCT分析、骨形态计量分析、scRNA-seq分析、流式细胞术	小鼠骨质疏松模型	影像数据、基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体样本量（使用卵巢切除小鼠）
908	2025-04-16	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	研究论文	研究增强子在单个细胞类型中的单向转录特征及其与双向转录的差异	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统的双向转录特征	未明确说明样本的具体数量或实验设计的局限性	探讨增强子转录方向性与细胞类型的关系及其对增强子检测的影响	增强子及其转录方向性	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组数据、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
909	2025-04-16	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	提出了一种基于扰动真实数据集信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	开发了一种名为GOF的单变量分布导向特征选择方法，并通过精心设计的实验验证其有效性	缺乏真实基准数据集来评估新方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GOF	RNA-seq数据	NA
910	2025-04-16	Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease 2025-Mar, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002 PMID:40225386	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者尿液中处于适应性状态的肾小管上皮细胞，探讨其在疾病进展中的临床意义	首次在糖尿病肾病患者的尿液中鉴定出适应性状态的肾小管上皮细胞，并发现其不同状态的比例具有诊断价值	研究样本量未明确说明，且仅针对糖尿病肾病患者，未涵盖其他肾脏疾病	探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义	糖尿病肾病患者的尿液样本中的肾小管上皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
911	2025-04-16	Unraveling tumoral heterogeneity and angiogenesis-associated mechanisms of PD-1 and LAG-3 dual inhibition in lung cancers by single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Chinese medical journal pulmonary and critical care medicine DOI:10.1016/j.pccm.2025.02.004 PMID:40226601	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的肿瘤异质性和血管生成相关机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制，并发现其在鳞状细胞癌中的优越疗效	研究仅基于PDX模型，未涉及人体临床试验	阐明PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制	肺癌患者来源的异种移植(PDX)模型	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PDX模型	RNA测序数据	8127个细胞(包括2699个基底细胞、4109个恶性细胞和1319个上皮细胞)
912	2025-04-16	Engineered Extracellular Vesicles Modified by Angiopep-2 Peptide Promote Targeted Repair of Spinal Cord Injury and Brain Inflammation 2025-02-04, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c14675 PMID:39853366	研究论文	研究通过生物工程改造的细胞外囊泡（Ang2-EVs和M-Ang2-EVs）在脊髓损伤和脑炎症中的靶向修复作用	利用Angiopep-2肽段增强细胞外囊泡的靶向性，并通过褪黑激素预处理提高其抗炎功能	未提及临床试验结果，仅限于小鼠模型研究	开发更有效的工程化细胞外囊泡以靶向修复脊髓损伤和减轻脑炎症	脊髓损伤和脑炎症	生物医学工程	脊髓损伤	单细胞测序、免疫荧光实验、单核测序	NA	测序数据、免疫荧光图像	小鼠脊髓样本
913	2025-04-16	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-02-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境的动态变化及预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，开发了一个新的预后模型，并鉴定了三种潜在的治疗药物	样本量相对较小（31个样本），且依赖于已发表的数据集	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	单细胞转录组数据	31个样本（包括8个PDAC I期、9个PDAC II期、6个PDAC III期和8个PDAC IV期）
914	2025-04-16	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data: unveiling RNA methylation and autophagy-related signatures in chronic obstructive pulmonary disease patients 2025-02-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87437-2 PMID:39893187	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中RNA甲基化和自噬相关的特征	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关键作用，并鉴定了FTO和IGF2BP2等关键RNA甲基化调节基因	研究主要依赖于公共数据库的数据，样本量可能有限；动物模型验证部分需要进一步扩展	研究RNA甲基化调节因子在COPD中的作用，并探索RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关系	COPD患者和非COPD患者的RNA测序数据，以及COPD小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	批量RNA测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，RT-qPCR，流式细胞术	WGCNA，逻辑回归模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的COPD和非COPD患者数据集，以及COPD小鼠模型
915	2025-04-16	Comprehensive analysis reveals the tumor suppressor role of macrophage signature gene FCER1G in hepatocellular carcinoma 2025-02-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88071-8 PMID:39893200	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因组分析，探索了肝癌中巨噬细胞的特征基因及其对患者预后的影响	揭示了FCER1G基因在肝癌中的肿瘤抑制作用，并开发了基于LASSO回归的预后预测模型	样本量较小（仅7个HCC样本），且在高风险组中未观察到MSI和TMB评分的显著差异	探索肝癌中巨噬细胞的特征基因及其对患者预后的影响	肝癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、基因组分析、LASSO回归	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据、基因组数据	7个HCC样本（来自GEO数据库），并在TCGA-LIHC队列中验证
916	2025-04-16	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-02-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	研究探讨了脐带血间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EVs）和人脐带血浆来源的细胞外囊泡（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕减少的影响	首次使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	评估MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的促进作用	小鼠皮肤伤口模型和人真皮成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤创伤	空间转录组学（ST）、超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒追踪分析、Western blot	小鼠皮肤伤口模型	转录组数据、图像数据	未明确说明小鼠数量，使用HDF-a细胞进行体外实验
917	2025-04-16	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了瘦素缺乏大鼠在MASH过程中的巨噬细胞动态变化	首次在大鼠模型中研究了MASH期间肝巨噬细胞的异质性和功能动态，并发现了一种独特的M1到M2的转变过程	研究仅基于瘦素缺乏大鼠模型，结果可能无法完全反映人类MASH的情况	探究大鼠模型中MASH期间肝巨噬细胞的动态变化及其作用	瘦素缺乏大鼠的肝组织	digital pathology	metabolic dysfunction-associated steatohepatitis (MASH)	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	未明确说明样本数量，研究对象为瘦素缺乏大鼠的肝组织
918	2025-04-16	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较特纳综合征、Graves病和健康女性的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较特纳综合征患者、健康女性和Graves病患者的抗原特异性CD4(+) T细胞的免疫基因表达差异	样本量较小，仅包括一名特纳综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析特纳综合征患者与健康女性和Graves病患者之间免疫基因表达的差异	特纳综合征患者、健康女性和Graves病患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	特纳综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名特纳综合征患者、1名健康女性、1名Graves病患者）
919	2025-04-16	Cholecystokinin (CCK) Is a Mediator Between Nutritional Intake and Gonadal Development in Teleosts 2025-01-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020078 PMID:39851506	研究论文	本研究探讨了胆囊收缩素（CCK）在鱼类营养摄入与性腺发育之间的中介作用	首次发现CCK通过下丘脑-垂体-性腺（HPG）轴调控鱼类生殖，并揭示了CCK对促性腺激素释放激素-3（GnRH3）和促卵泡激素（FSH）的刺激作用	研究主要基于体外实验，体内机制仍需进一步验证	阐明营养摄入通过CCK调控性腺发育的分子机制	草鱼（grass carp）的下丘脑、垂体和性腺组织	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、原代细胞培养	NA	基因表达数据	NA
920	2025-04-16	Comprehensive Analysis Identifies THEMIS2 as a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Glioblastoma 2025-01-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020066 PMID:39851494	研究论文	本文首次发现THEMIS2作为胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关键调控因子	首次识别THEMIS2在胶质母细胞瘤免疫微环境中的关键作用，并揭示其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	未提及研究样本量及实验验证的详细情况	探索胶质母细胞瘤免疫逃逸机制并寻找新的生物标志物	胶质母细胞瘤患者样本及肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA